ゲノム配列(dna.toplevel)をダウンロードする。Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gzマッピングには必要としないが、マッピングされたリードを遺伝子領域ごとに集計するときにアノテーションファイルも必要である。GTF)も合わせてダウンロードしておく。取り除いたデータ)などの配列データも提供されている。ダウンロードしてくる。配布されているが、これを利用しないので、ダウンロードする必要がない。ゲノム配列に対応したアノテーションデータ(GFF/GTF)も配布されている。よるマッピングリファレンスとなる全ゲノムのインデックスを作成する。後に、ダウンロードした全ゲノムのファイル場所を指定し、その後にインデックスの名前を付ける。インデックス作成は非常に時間がかかる。パソコンの性能によっては数時間以上及ぶ場合がある。つのファイルが生成される。データをゲノム上にマッピングする。形式で出力することを意味する。ファイルが出力される。ファイルに変換して、ソートする。プログラムに与えれば、各遺伝子領域にマッピングされたリード数を数えることができる。