最後は戦争ストーリーリッチでイケメン、独身生活を謳歌する敏腕ベテラン刑事のマイク(ウィル・スミス)。妻に頭が上がらず家庭優先、仕事はイマイチだが、最高の相棒マーカス(マーティン・ローレンス)。マイアミ市警の名物コンビ≪バッドボーイズ≫の2人だったが、マーカスは家庭のことを想い危険と隣り合わせの仕事から引退を決意する。そんな中、マイクは新チームへの配属を命じられ、若手エリート捜査官で結成されたAMMO<マイアミ市警特殊エリート部隊>のメンバーたちと新たにチームを結成することに。生意気な若手と衝突を繰り返すマイクだが、新しい事件の捜査を進めるうちに何者かに命を狙われてしまう。容赦なくマイクの周囲にまで凶弾が———。追い詰められたマイクは、マーカスのもとを訪れ再び≪バッドボーイズ≫を結成し、本格的に捜査を進める。その過程で政府要人が次々と殺害されていく。無関係に見えた政府要人達の殺害と自分への脅威。全てはマイクが過去に関わった事件と深い因果関係があった。