つの配列を以下のように、碁盤のように縦と横に並べて配置する。アラインメントを求める場合は、下図のように並べる。つの配列を「都合よく」合わせるためには、様々な制限を付ける必要がある。」が対応した方がいい、といったルールが必要である。機械的にこのルールを実現するにはスコアと呼ばれるものを定義する必要がある。通りの状況が考えられる。つの塩基が一致する場合。つの塩基が不一致する場合。おいて、片方の配列の塩基に対して、もう片方の配列の塩基が存在しない場合。(スコアの定義は生物種や実験の目的などに応じて決める必要がある、ここでは省略する。