対応ありの二群間比較においては、患者間の比較に興味がなく、正常細胞とがん細胞のような比較が目的である。一般化線形モデルによりこれを解析を行う方法について説明する。つのモデルに差があるかどうかを検定する方法である。リードカウントデータをモデル化することによって、尤度比検定を発現変動遺伝子の検出に応用できる。少ないパラメーターをしか含まない。含まれていないパラメーターの効果を調べることができる。機能を調べることに似ている。