天候の概念が追加された。雨天時には何か特別なことが起こることがある。だいだら.」に売ることにより増える。ペルソナの合成予報が追加された。ペルソナ合成時に合成予報の内容に伴うボーナスが加算される。合成予報はベルベットルームで当日と翌日の2日分見る事ができる。12■ペルソナ全書についてベルベットルームで閲覧可能。入手したペルソナカードは自動的に登録される。ペルソナ全書のペルソナ登録率によりペルソナ召喚料金が割引になるアイテムが貰える。Topダンジョンについてテレビ(ダンジョン)探索は、前作ペルソナ3のように長時間潜っていても疲れはしないが、入口広場に戻ってもHP&SPは回復しない。開くために鍵が必要な宝箱がある。ダンジョンはそれまでに上った最上階から再スタート可能。Top戦闘について仲間を直接操作することが可能になった。ガード(防御)状態ならば弱点の属性攻撃を受けても平気。アナライズは実際に試した攻撃しか記録されない。ダウンしてから立ち上がるのに1ターンを要しない。(敵も同様)前作と違い、ダウン状態の敵を攻撃しても敵は立ち上がらずにダウン状態のままでいる。ダウン状態の敵を攻撃すると気絶状態にすることができる。これらは味方がダウンした場合も同様。勉強すると知識が2回アップする。四六商店で売られているアイテムの販売価格が2割引される。四六商店前のカプセル販売機が使用できる。中華飯店”愛家”で「雨の日スペシャル肉丼」を食べることができる。惣菜大学で「特製コロッケ」を購入できる。ベルベットルームペルソナの合成事故の発生率アップ。ダンジョン探索レア素材を落とす雨天時限定のシャドウが出現する。雨天時に活動を休止するコミュニティーがある。釣り大物を釣り上げる確率がアップする。