VRAINS』と呼ばれるVR空間が構築され、人々はそのVR空間での新たなデュエル体験に熱狂していた。VRAINS』に、デュエルによるハッキングを仕掛ける謎のハッカー集団『ハノイの騎士』が現れる。彼らの狙いはネットワークのどこかに存在するという『AIたちの世界=サイバース』を滅亡させる事にあった。VRAINS』の脅威に立ちはだかる1人のデュエリストがいた。彼の名は“Playmaker”。圧倒的なデュエルで『ハノイの騎士』を倒し、何も語らずに去っていく彼の名は、ネットワーク世界で一躍有名になる。VRAINSに出没する『ハノイの騎士』を追っていたのだった。ハノイの騎士との激闘に明け暮れる日々の中、遊作は『SOLテクノロジー社』と『ハノイの騎士』が追い求めている謎のAIプログラムの捕獲に成功する。これをきっかけに、運命の歯車は大きく動き出す......。『サイバース』を狙う『ハノイの騎士』の真意。