相対式ホーム2面2線を有する橋梁上の高架駅。分岐器や絶対信号機を持たないため、停留所に分類される。亀岡駅管理の無人駅だが、自動券売機および、集札機能の無い簡易型の自動改札機が設置されている。行楽期などには係員が配置されて改集札業務を行なうことがある。駅舎は小規模であるほか、ホーム幅も比較的狭い。馬堀駅寄りに各ホームを結ぶ線路下の通路がある。ホームの一部は橋上にあり、真下を遊覧船(保津川下り)が通過する。トイレは設置されている。ICOCAクイックチャージに対応している。新線切り替え後の一時期(現駅舎と駅前整備の完成以前)は駅業務が旧保津峡駅で行われていた。旧線の路盤を利用して新駅ホームの東端へ繋がる改札内通路が整備されていたが、のちに閉鎖されている。運転されていた大晦日の臨時列車(終夜運転)は、普通列車であっても当駅を通過していた。