1942年に門司駅から改称[1]。ホームを望む0哩ポスト関門トンネルが開通するまで九州の鉄道の玄関口であり、対岸の下関駅との間に就航した関門連絡船との連絡中継駅として賑わった。駅舎は重要文化財に指定されている[1]。日本経済新聞社の2007年アンケート「足を延ばして訪れて見たい駅」の全国第1位にランクされた。九州鉄道の起点の駅、門司駅として1891年(明治24年)4月1日に開設された。1901年(明治34年)5月27日には関門連絡船の運航が開始され、本州の鉄道と結ばれて多くの旅客と貨物がこの駅を経由することになった。小森江間で貨車の車両航送が開始されて、貨車は直接連絡船に載せて本州と九州の間でやり取りされるようになり、当駅を経由するのは旅客が中心となった[1][2]。1914年(大正3年)に、2012年現在も存在する2代目の駅舎が完成し、移転開業した。その後も九州の鉄道の起点としての地位を保っていたが、関門トンネルの開通に伴って門司駅の名前は関門トンネルが接続することになる従来の大里駅に使うことになり、当駅は門司港駅へと改称した[1]。それまでは門司の埠頭にある貨物輸送用の駅が門司港駅(こちらの読みは「もじみなと」)と称しており、これに合わせて貨物駅は門司埠頭駅に改称された。それ以降の当駅は、本州と九州を連絡する鉄道輸送の流れから外れることになった。第二次世界大戦に際しては、1945年(昭和20年)3月5日に米軍の空襲を受け、駅構内で3名が死亡した。21世紀になってからの駅舎復元工事の際には、駅舎に残されていた機銃や爆弾の痕跡が発見された[3]。JR九州は異例の福岡と北九州の2本社体制を維持して、門司港駅脇に北九州本社が引き続き置かれていた。福岡本社への統合に伴い2000年(平成12年)に北九州本社は閉鎖となっている。それ以降は門司港レトロへの観光客などが利用する駅となっている[1]。2012年より、開業当初への復原・耐震工事を行うために一度仮駅舎に移行したが、2019年に工事完了した[4]。九州鉄道(初代)が門司駅として開設[1]。山陽鉄道が関門連絡船を就航[1]。山陽鉄道が国有化され関門連絡線も国有となる[1]。九州鉄道(初代)が国有化され帝国鉄道庁が所管[1]。小森江間で貨車の車両航送開始[1]。構内でお召し列車の入換作業中に御料車の脱線事故が発生する[6]。この時に、当時の当駅の構内主任が自殺するという事件が起きている[7]。東方より200m移転し現在の駅本屋が完成[1]。