スタッフも新たに『攻殻機動隊』が動き出す。世界中が戦場となった非核大戦で荒廃した世界を統合した総合管理局が運営する巨大人工都市オリュンポス。そこは『バイオロイド』と呼ばれるハイブリッドのクローン人間が運営する理想郷であり、彼らは優秀なヒトの遺伝子から作られていた。元LA市警SWAT隊員デュナン・ナッツと『ヘカトンケイル』である多機能サイボーグである相棒のブリアレオスは、そのオリュンポスにスカウトされ特殊部隊ESWAT隊員として世界警察の名の下にテロリストと戦う日々を送っていた。人類の未来をバイオロイドに委ねた『方舟計画』が進む中、オリュンポスに牙を向く『人類解放戦線』の裏にはテロリスト集団『アルゴノーツ』の英雄アル・ケイデスの影があった。彼は二十年前に技術国家ポセイドンの攻撃で死んだはずだった――。