潮田渚ほか3年E組の生徒たちは地球を救うため、マッハ20の超速度で動き回るその超生物の暗殺を国家に託されているのであった。新学期を迎え、残された暗殺の時間も僅か。慌ただしい学園祭が終わり、束の間の安息が訪れた時、息を潜め、ずっとその機会を待っていた一人の暗殺者が正体を現す。それはE組の一員である、茅野カエデ。彼女の出現で殺せんせーの衝撃の悲しき過去を知ってしまった生徒たち。「暗殺」か「救済」か。そんな中、ついに動き出す“殺せんせー暗殺最終作戦”。なる本作では、地球・人類の運命を賭した生徒たちの暗殺の結末と卒業、殺せんせーに隠された謎がスクリーンで明らかになる。主人公・潮田渚を演じる山田涼介、赤羽カルマを演じる菅田将暉ほか、前作から引き続き「暗殺」メンバーが総出演。