データ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。SRAファイルの中身を見る結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来ないようにみえる。前回のおさらいとしてまずはSRAファイルの中身を少しだけ見るという方法を述べておく。SRR390728これによりSRR390728の冒頭5行のデータが表示される。中身がきちんと存在しているか、目的のファイルかどうかを確かめることができる。使い方では実際にfastq-dumpの使い方を抑えていく。Documentationを読んでほしい。&lt;accession>path/fileにはローカルで落としてあるSRAファイルからFASTQを作成するときに入力する。その下の”accession”は先程のようにSRRXXXXXのようなアクセッション番号を記入する。この記事では楽なのでアクセッション番号で進めることとする。(通常、SRAファイルを直接落とせることはもうないはずなので)オプションは以下の通り。(WordPressの表の整形がうまくいかないがもう仕方がない、どうにも手の打ちようがなかったので画像形式にした。ペアードエンドのSRAファイルをダウンロードここではよく使われるであろう例として、ペアードエンドのRNA-seqデータをNCBIデータベース上からFASTQ形式でダウンロードする方法を記す。Trinityなどでは、ペアードエンドのデータを2つ、インプットすることができる。今回は「1つのペアードエンドのSRAファイルから2つのFASTQ形式」としてダウンロードする。コマンドは以下の通り。パスはbinで通っている前提である。optionの形式を避けるために正規表現で修正する。[アクセッション番号]Trynityを使わない、つまりRNA-seqでdenovoアセンブリをしないような用途だと(まだやったことはないが)以下のコマンドでいいかもしれない。[アクセッション番号]カレントディレクトリに2つのFASTQファイルがダウンロードされるはずだ。SRA-toolkitの使い方についてはとりあえずこれでおしまい。fastq-dumpしか使ってないけど。続きとしては、RNA-seqにおけるクォリティコントロールのためのソフト、prinseq++の使い方や、Trinityの使い方などを書こうかと思っている。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。WordPress.。