任天堂から2003(平成15)年2月14日に発売されたメトロイドシリーズの第4作目。ゲームボーイアドバンス用のソフトであるが、メトロイドシリーズの正等な続編とされ、いままでのサイドビューアクションの形態も踏襲している。Xという生命体に寄生された主人公のサムスが、メトロイド細胞から作り出されたワクチンで奇跡的に一命をとりとめ、さらにメトロイド細胞とXとが融合することでXへの耐性を得る。同じようにXに侵食されつつあったBIOLOGIC宇宙生物研究所への派遣をみずから申しで、そこが今回のゲームの舞台となる。今回はコンピューターの指令によるタスクをこなしながらゲームを進めていくという形態で、リアルタイムに事件(Xの侵食)が進行していくため、シリーズ中もっともスリリングでエキサイティングなストーリーになっている。基本的なシステムは変わらないままに、グラフィックやサウンドが前作より格段にグレードアップしていて、特にボスの鳴き声などの効果音は非常に臨場感があり秀逸である。ステレオモードとしてヘッドフォン専用のサウンドも容易されていることから音への力の入れようが伺える。サムスの攻撃形態などは簡略化され、前回のようにミサイルとスーパーミサイルが分けられておらず、ミサイルそのものがグレードアップされスーパーミサイルになり、アイスミサイルになり、最終的にはディフュージョン効果という物までつくようになる。丸まり等の複雑なアクションは健在で、今までの物はゲーム進行に関係無い物まで含めほぼすべて実現している。今回は崖につかまるというアクションを導入して、より複雑な地形を移動することを可能にしている。操作体系も少ないボタン数にまとめてあり、評判が良い。