キー名の末尾を/にすることでlodash/uniq.jsのようにパッケージ名の後に/をつけた場合どのディレクトリを見るかを指定できます。管理できると思います。仕様の問題ではなくレジストリの問題です。パッケージマネージャを作ったとしても同様の問題が発生します。書き換えるような手間が発生します。相当するのか規則性がありません。使えるようにするのは難しいでしょう。足りないので別のソリューションを組み合わせる必要があると思っています。してハードコードする必要があります。変換のような事前処理が必要になります。パーティ製のパッケージに頼るケースは多くありません。パーティライブラリに頼ることは少なからず発生するでしょう。よっていくつかのニーズを満たすことはできそうだと思いますが、これさえあれば万事解決ってわけではなく、まだ問題は残っていると思います。利用するツールやユーザがもっと増えユースケースやフィードバックが増えれば、また変わった体験になっていくのかなと思いました。個人的に面白い仕様だと思いますし、正しく使えば開発体験が向上すると思うので、もっと使い込んでみます。参加は以下の資料をご参照下さい。