理化学研究所が小保方晴子研究ユニットリーダーの「STAP細胞」論文について、「ねつ造にあたる研究不正」と発表したことについて、小保方氏は、「改ざん、ねつ造と決めつけられたことは、とても承服できません。近日中に不服申し立てをします」などとしたコメントを発表した。同コメントは理研HPに掲載されたもので、「驚きと憤りの気持ちでいっぱいです」と心情を吐露し、「研究不正と認定された2点については、理化学研究所の規程で『研究不正』の対象外となる『悪意のない間違い』であるにもかかわらず、改ざん、ねつ造と決めつけられたことは、とても承服出来ません。近日中に、理化学研究所に不服申し立てをします」と表明。「このままでは、あたかもSTAP細胞の発見自体がねつ造であると誤解されかねず、到底容認できない」と述べ、改ざんやねつ造と指摘されている部分について、データを改ざんしても得られる結果は変わらず、改ざんするメリットがないことや、正しい画像データが存在していることが中間報告でも認められており、画像データを意図的にねつ造する必要がないことなどを指摘している。