DOGSの活動拠点である。資源やGMPはミッション、傭兵派遣、資源の発掘・加工によって増えていく。マザーベースではそれ自体の機能拡張、FOBの増設、スネークを支援する新兵器の開発といった様々な事ができる。基本的にマザーベースは情報端末の「iDROID」を介して運営するため時間と場所を選ばず操作できる。マザーベースのスタッフに顔を見せると士気が上がったり、兵士たちのうわさ話を聞くとイベントが発生したり、クワイエットが仲間になると施設内に不穏な空気が流れたりする。施設内には汚れを落とすシャワーがあったり、広い施設を移動するのに車輌やダンボール配送がある。マザーベースの色を変えたりオリジナルのエンブレムを貼り付けたりもできる。PWと違い収容人数を超えたスタッフは待機室に配置できるため、上限を気にせずにスタッフをフルトン回収できる。Base"の略で、前線基地を意味する軍事略語のこと。ストーリーを進めると、マザーベースとは異なるFOBを建築できるようになる。建築すると他のユーザーの作ったFOBに潜入可能になると同時に、自分のFOBに他のユーザーが潜入してくるようになる。ONLINE」と言う。他のユーザーのFOBに潜入する場合、ゴールまで到達できれば、それまでにフルトン回収した相手の人材や物資を奪取できる。他のユーザーに侵入された場合、ゴールまで到達されれば、フルトン回収された自分の人材や資源などが奪取される。侵入されるとそのユーザーは報復リストに載り、侵入したユーザーのFOBに報復へ行くことができる。報復リストはフレンドにも共有されるため、フレンド同士で防衛網を敷くことができる。侵入を防ぐためにFOBを守る「警備班」に優秀な人材を配備したり、監視カメラや盗難防止装置など、対侵入者用の設備などの警備体制を強化するとユーザーが自分で防衛に行かなくても自動で侵入者を排除してくれる。プレイヤー間で協力関係を結べる。これを結んでおくと侵入者が現れた時に全員に向けて警告が通知される。味方プレイヤーを増やすか、自分だけで対処するかはあなた次第。FOBオンラインはオフライン中でも侵入を受ける。オンラインに繋げた段階でサーバーから更新されるため、FOBを設置したら必ず侵入の対象になることを覚えておきたい。して防衛と侵入が連鎖することで報復合戦へと発展するという、ゲームだからこそできる追体験である。これを踏まえて報復とは何かを考えるいい機会かもしれない。戦闘を専門に請け負う班。班の中で唯一派遣ミッションを受注できる。班のレベルが上がると、派遣ミッションで得られるGMPの量が増加する。この班のレベルを上げるとさまざまな兵器・アイテムが開発できる。班レベルが高まれば、兵器の性能向上や装備の開発ができる。研究開発班のレベルがかなり高くなると、PVで確認されたワームホールフルトンやステルス迷彩が開発できるようになる。拠点開発班マザーベースの開発を行なう班。この班のレベルが上がると入手できる資源の量が増加する。資源は加工することでプラットフォーム増設などに利用できる。加工時間も、拠点開発班のレベルアップに応じて短縮される。支援ヘリからの補給や爆撃などのミッションをサポートする班。レベルを上げることで攻撃支援の選択肢が増え、支援までの時間も短縮される。フルトン回収は天候によって成功率が変化するが、支援班のレベルが高ければ成功率が上がる。敵兵の位置や動向、天候の変化などの情報を収集する班。レベルが上がると索敵の精度や更新頻度が上がる。マップにゴミ箱、植物、裏道といった攻略に役立つ情報を追加してくれる。医療班ミッションで負傷したり、病気になったスタッフの治療を請け負う班。レベルが上がるとスタッフの回復が早くなる。負傷者のフルトン回収は成功率が低下するが、医療班のレベルが高ければ成功率が上がる。警備班FOBを警備する班。FOBに潜入してきた他ユーザーの迎撃を行なう。戦闘能力に優れたスタッフを配備すればFOBの防衛もしやすくなるが、他ユーザーにスタッフが奪われたり殺されたりする。その他の施設マザーベース内には傷病者が入る診療所や、問題を起こしたスタッフ、フルトンで回収されたが説得中の兵士が入る営倉がある。これらの場所にいるスタッフは班に配属できない。診療所では治療が終了したら、営倉では説得が成功すれば班へ配属できる。捕獲した動植物を集めた動物保護プラットフォームも作れる。スタッフの中には、植物学者やロシア語を話す特殊スキルを持つ者もいる。派遣ミッションマザーベースでは派遣ミッションを受注できる。派遣ミッションではスネークではなくMBスタッフの戦闘班が各地に行き、ミッションをこなす。ミッションが成功すると報酬としてGMP,資源、人材、を獲得できる。ミッションによっては敵勢力のヘルメット、ボディーアーマー、武器などの供給を断つことができる。これによりストーリーミッションが楽にったり恩恵を受ける。ミッションが失敗した場合は最悪派遣したスタッフが死ぬことになるので慎重に派遣したい。