車体間ダンパーが装備されている。床下機器は台枠横梁からの吊り下げとしており、騒音対策として、車体側面の裾部分には点検ふたを兼ねたふさぎ板で車体下半分を覆う構造としている[7]。車体連結部分には全周幌と車体間ダンパーが装備されており、騒音低減と車体間の揺れの低減がなされている。全周幌は、屋根部分と側面部分に分割された、片持ち支持方式となっており、連結時には、車両の2位側に固定され、隣の車両の1位側にリング機構で押し付ける構造となっているが[8]、U28編成からは車両端に取り付けられたお互いのゴム製全周幌をつき合わせる構造に変更されている。単相交流25kVを主変圧器で降圧した上で、主変換装置のコンバータで直流に整流した後、インバータで三相交流に変換して主電動機を制御するVVVFインバータ制御方式である。強制風冷式を採用し、3,130kVAの容量を備える[10][11]。トルクの変動を低減している。50Hz)を電源とする[12]。100V、制御・ブレーキ電源、蛍光灯などで使用される直流100Vの3種類がある[12]。冷却方式は自己通風で、定格出力はE2系と同じ300kWである[4]が、特性を変更することで高速走行に対応させている[13]。ブレーキを採用している。(S-TIMS)により、回生ブレーキ力と空気ブレーキ力の演算を行ってから、編成の各車両の主変換装置・ブレーキ装置に指令が送られる、編成ブレンディング制御を行っている。ブレーキ制御装置は信頼性向上のため2重化されており、地震発生時において停電検知装置が作動した際には、通常の非常ブレーキよりも高いブレーキ力指令(HEB)を出力するとともに、後述するセラミック噴射装置からセラジェットを噴射する。H5系では、在来線との共用走行区間である青函トンネル内の連続下り勾配区間を一定速度で走行できるように抑速ブレーキを装備している[14]。この抑速ブレーキの装備は、北海道新幹線への対応工事としてE5系U1~U28編成にも追加された(U29編成以降は新製時より装備)[15]。車輪の直径は860mmである。ヨーダンパは高減衰化されて高速安定性を高めており、軸箱支持装置は2枚支持板式を採用しており軸箱支持剛性を見直して走行安定性を向上させている。軸箱と台車枠の側梁の間に軸ダンパを装備しており、軸ダンパの定数を平行して取付けられている軸ばねとともに最適化を図って乗り心地を向上させている。採用しており、アルミニウム製の軸箱体は軽量化を達成しつつ、温度上昇の低減を考慮した形状とした[16]。5]、付随台車には、さらにキャリパー式車軸ディスクブレーキを2枚装備している。作動方式は滑走再粘着制御の技術の進化と高速域からのブレーキによる熱の影響を受けにくくするため、空圧油圧変換式から空圧式に変更されている。ボルトの負担とディスク面の熱変形とを最小限に減らす為に、車輪のホイール部両側と車軸に装着されたブレーキディスクのボルト締結を内周締結式から中央締結式に変更して、ブレーキ力強化を図っている[17]。量産先行車には、乗り心地の向上のため、枕ばねである空気ばねの定数をギリギリまで下げて柔らかく設定し、車体と台車枠の間をトーションバーで連結して、台車の蛇行動と車体のローリングを抑制する、トーションバー式のアンチローリング装置を装着している[18]。