それは、王立ビブリア学園に君臨する、7人の少女にかせられた罪(テーマ)。従姉妹の聖ごと異空間に消えてしまった。崩壊現象を解明し、聖を取り戻すため、王立ビブリア学園に入学したアラタ。そこに待っていたのは、テーマにより魔道を操る7人の少女たちだった。見つけた六畳一間で家賃五千円の格安物件。引越し直後の孝太郎のもとに次々と現れる、かわいい侵略者たち。対話不能の異生物・奇居子(ガウナ)破壊された太陽系。小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。ながて)が、祖父の死を期に街へ出る。そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。長道たちの前に突如、奇居子が出現。人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。見上げ探し続けていた。転校生・黒羽寧子が現れる。