その世界で何を見るのでしょうか?果たして、果たして...。敵を驚愕させる人とは真面目なハヤト君だと思っていたら、真面目にやっていたのは自由研究の鉄道の研究だけで他の宿題が全く終わっていなかった。そのため、母から超進化研究所に行くのを禁止されてしまう。滅びゆく種族の運命や、いかに...。ブラックシンカリオン戦で負傷したリュウジの代わりに人員が必要に成り、それに立候補したハヤト。名古屋に向かうことに。そこに向かう新幹線の席の隣に出水指令長。そこでハヤトは、出水指令長と父・ホクトの接点を聴くのであった。そこで、リュウジの父と自分の父に繋がりを知るハヤト。そんな中、漆黒の新幹線が現れる。漆黒の新幹線はブラックシンカリオンにチェンジ!更にドラグーンモードにチェンジ!!する。自分の翼を信じて、空を飛ぶ夢を実現するために挑戦し続けるお嬢様・二宮ユウハ。彼女には、そうしなければ成らない理由があった。ひょんなことから助手として手伝うことに成ったイサミ。私の考える物語シンカ理論!!ハヤトとホクトが到着するまで一人で必死にブラックシンカリオンの攻撃から進化研究所を守ろうとするリュウジ。一人で救いに行こうとするハヤトをリュウジは大局を見ろ。