グリーン車、グランクラスは新函館北斗方車端の1か所に、普通車は各車両端の2か所に客用扉・デッキを設けた。コンセントについては、グリーン車は全座席に、普通車は窓側席のみに設置されている(2015年度増備分のU29編成からは、普通車も全ての座席に設置)。トイレは2両に1箇所(奇数号車の新函館北斗方)に設置されており、洋式トイレ2箇所と男性用小便器ブース1箇所、洗面所2箇所という構成である。5号車は、洗面所が1箇所のみとなっている。設置、車椅子対応トイレなど)が設置される[1]。5号車には多目的室も設置される[27]。H5系はE5系との共通運用を想定して座席配置など基本的な部分はE5系と共通となっているが、ドアの内側もJR北海道のコーポレートカラーである萌黄色にするなどの違いがある。これらの仕様の一部(LED照明、普通車全席コンセント設置など)は、E5系の2015年度以降の増備車(U29編成以降)にも反映されている[15]。