エターナルかつての機械帝国は滅び、人間の手で繁栄しているかに見えていた地球。新たなる支配者が現れ、人々はその圧政に苦しんでいた。鉄郎もいまや危険分子として幽閉されていた。そんな鉄郎と心を通わせた少女は氷漬けにされ、この状況から逃れるため鉄郎は脱走を試みる。ところが、すぐに見つかっってしまった鉄郎は、今にも総督ボルカザンダ�V世に処刑されようとしていた。その時、懐かしい汽笛の音が鉄郎に近づいてきた。メーテルを乗せて999が鉄郎を助けに来たのだ。1年ぶりの再会に感動する鉄郎とメーテル。取り上げられていた戦士の銃を再びメーテルから受け取った鉄郎は、再び遥かなる宇宙への旅立つのだった。氷の中に閉じ込められた少女に似たイーゼル、鉄郎たちの命を狙う女騎士ヘルマザリア。様々な運命を背負った人々との出会いがあり、そして別れがある。