総人口230万人を数える、東京西部に広がる巨大な都市。その人口の約八割を学生が占めることから、「学園都市」と呼ばれているその都市では、世界の法則を捻じ曲げて超常現象を起こす力――超能力の開発が行われていた。特殊な授業〈カリキュラム〉を受け、能力を得た学生たちは、定期的な『身体検査〈システムスキャン〉』によって、『無能力〈レベル0〉』から『超能力〈レベル5〉』の6段階に評価されている。その頂点に立ち、最強と謳われるのが、7人の『超能力者』たちである。そのひとり、御坂美琴。電気を自在に操る『電撃使い〈エレクトロマスター〉』最上位の能力者にして、『超電磁砲〈レールガン〉』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。後輩で『風紀委員〈ジャッジメント〉』の白井黒子。その同僚でお嬢様に憧れる初春飾利と、都市伝説好きな彼女の友人、佐天涙子。年に一度の一大イベントが迫っていた。7日間にわたって開催され、能力者たちが学校単位で激戦を繰り広げる巨大な体育祭。期間中は学園都市の一部が一般に開放され、全世界に向けてその様子が中継されるにぎやかなイベントを前に、誰もが気分を高揚させていた。その華やかな舞台の裏側で蠢くものには、まったく気づくこともなく――。少年は好きだった、ゲームが。少女は出会ってしまった、ゲームと。勝利への渇望と、技術の探求心と、個人の自尊心が渦巻くゲームセンターで生まれ、育まれていく友情と恋。友人や家族、そしてゲームキャラクターに支えられ、少年少女たちは強く、大きく成長していった。