自己レスで根本の解決ではありませんが、Sonyペイメントの決済モジュールを導入しています。jquery3.4.1を読み込んでいると、カード決済を選択した際にカード情報入力のポップアップが表示されないため、カートURLで当該jqueryを読み込まないようにテーマファイルを修正した事が関係しているようです。読み込むバージョンを、2系の最新版にしたところ、それぞれの3.4.1無効・有効にした際に個々で起きていた不具合は再現しなくなりました。取り急ぎご報告となります。