バイオインフォマティクスの備忘録コンテンツへスキップバイオインフォマティクスの備忘録バイオインフォマティクスやPython等プログラミング関連の情報をメモしておきます。LLCからお願いいたします。Rossum(グイド・ヴァンロッサム)氏により開発されたプログラミング言語です。C言語などのように機械に近い言語を「低級言語」と呼びますが、Pythonは比較的人間が理解しやすい「高級言語」に分類されます。Pythonは高級言語の中でも、特に習得が容易であるため、プログラミング初心者に向いている言語であると言われています。初心者だけが使用するプログラミング言語というわけではありません。Pythonは多くの企業で採用されており、実践的なプログラミング言語でもあります。データ分析やWEBアプリ開発の分野で、よく利用されています。学習コストが低いPythonは比較的シンプルな文法ですので、学習にかかる時間も少なく済みます。汎用的であるPythonは他の言語と比べると多くの用途に利用できます。データ分析の分野に興味があるのであれば、Pythonが第一選択肢になるかと思います。WEBアプリ開発の分野でも多く利用されています。比較される言語であるPerlやRubyやPHPの場合、WEBアプリ開発には向いていますが、データ分析を本格的に行うには向いていません。WEB上に情報が多いこれは、Pythonのユーザー数が多いことに起因します。ユーザー数が多ければ、その分、情報を発信する人が多くなります。ライブラリが充実ライブラリとは、よく使用される機能をひとまとまりにしたプログラムです。ライブラリが充実していれば、開発時間を短縮することが可能です。これも、Pythonのユーザー数が多いことに起因します。解析対象とするfastqファイルをダウンロードしていきます。Toolkitをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gzbinフォルダにパスを通しておいてください。以下のコマンドでSRR3485766のfastqファイルをダウンロードできます。SRR3485766_1.fastqとSRR3485766_2.fastqが作成されました。参照配列をダウンロードします。Homo_sapiens.GRCh38.94.gtf.gz次に、STARのインデックスを作成していきます。STARをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。2.6.1d.tar.gzbin/Linux_x86_64にパスを通しておきます。以下のコマンドでインデックスを作成します。マッピング以下のコマンドで、マッピングをします。sample1リードカウントHTSeqをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。htseq以下のコマンドで、リードカウントをします。result.txtresult.txtにリードカウント結果が得られました。