合成オリゴヌクレオチドは、ウィルス感染症や癌など、さまざまな疾病の将来性のある治療薬として新たに使用されるようになりました。(siRNA)、アプタマなどのいくつかの核酸に注目しています。同定して除去し、また合成後処理をモニタリングする必要もあります。そのため、オリゴヌクレオチド治療薬の開発および製造において、不純物の分離と同定が可能な分析メソッドの確立が重要な課題となります。分離に適した方法の探究トリチルオンオリゴのイオンペア逆相分離は、比較的簡単に実行できます。基が結合したままの全長ターゲットオリゴを、脱保護された不完全配列から分離します。得られる分析情報が限られているため、一般には精製メソッドとして考えられています。代わりに実行できるトリチルオフの脱保護オリゴのイオン交換分離メソッドでは、オリゴの主鎖上の負電荷を利用して分離を促進します。短鎖オリゴは良好に分離しますが、鎖長が長くなるにつれて分離能は低下します。移動相添加物を利用して、オリゴヌクレオチドの負帯電性リン酸ジエステル主鎖とのイオンペアを形成します。高性能カラムを使用すれば、非常に明確な分離が可能です。適しており、オリゴヌクレオチドの構造および配列の特性解析に有効な情報が得られます。液体クロマトグラフィーによるオリゴヌクレオチド分析の方法の一部をまとめています。