夕張に留まり、江渡貝の工房で刺青人皮の偽物を見分けるための手がかりを探す土方たち。そこに突然火炎瓶が投げ込まれ、建物内に火の手が上がる。鶴見中尉に証拠隠滅を命じられた第七師団の兵士が、工房を包囲して攻撃を仕掛けてきたのだ。これに応戦する土方と尾形だが、徐々に追い詰められ、ついに中への侵入を許してしまう。アシ(リ)パの目撃情報を頼りに谷垣たちが旭川を目指している頃、杉元とアシ(リ)パたちは芦別に到着。無事に永倉と合流を果たすが、白石が第七師団に連行されたことを知る。ひと足先に白石の救出に向かった土方とキロランケは、アイヌが「カムイコタン(神の領域)」と呼ぶ事故の多い渓谷で奪還作戦を決行。フリーの機転によりドロテアへ入隊する。現れたマフィアは、フリーの元戦友にして妖精兵ウルフラン・ロウだった。ヴェロニカらが狙う〝黒の妖精書〟が発見されたとの報を受け、塔の都の妖精学者、カインとダミアンの元を訪ねるフリーとマーリヤ。そこに現れた謎の美女、スウィーティー。スウィーティーもまた、黒の妖精書が狙いだった。妖精〝スクライカー〟を操り、黒の妖精書を奪い去ろうとするが、マーリヤの捨て身の攻撃により撃退に成功する。本部へと戻るべく食事を摂っていたところ、彼女の差し向けた掃除屋に襲われ、マーリヤは絶体絶命の窮地に追い詰められる。首相暗殺は未遂に終わり、暗殺を阻止したハイブランツ公ディーゼは褒賞としてこの世に七振りしかない〝妖精武器〟の所有を認められることとなった。国宝でもある妖精武器〝フラタニル〟と共にディーゼの護送を命じられたフリー、マーリヤ、オズ、リリーたちは専用列車へと乗り込む。ディーゼは別働隊としてウルフランらと共に隠し通路を進み、ついに皇帝の前にたどり着く。そこにレイ・ドーンが現れ、ディーゼの野望を阻止した。国内唯一の貿易拠点ベイルンの船島で大量の禁制品と共に、黒の妖精書〝黒の九〟が発見された。確保へ向かうマーリヤたち。一方で妖精学者ダミアンとヴェロニカ、さらにスウィーティーとパトリシアの二人も船島へと集結。三大マフィアの一つ『グイ・カーリン』幹部のイージェイを交え、三つどもえの戦いとなる。ドロテアの活躍により〝黒の三〟〝黒の六〟が妖精省の手に渡る。残るはグイ・カーリンの四大幹部最後のひとり、イージェイの所持する〝黒の九〟のみ。潜伏先へと向かうフリー、マーリヤらは意気込む。イージェイは、独自の研究により〝培養型妖精兵〟を生み出していた。ウルフランに〝黒の九〟が奪われ、ついに黒の妖精書が揃ってしまう。それらを影で手引きしていたのが、マルコ・ベルウッドとその右腕であるグリフ・マーサーと判明し、妖精省を一斉検挙するためドロテアが動く。彼らの目的である『あらまほしき世』とは...。〝黒の妖精書〟が記す〝神獣〟の復活。捜査の過程でスーナを訪れたマーリヤは〝災いの子〟と呼ばれ疎まれてきた自分と、〝幸いの子〟と呼ばれ誰からも寵愛を受けてきたヴェロニカの真実、そして神獣復活のために必要な素材は何なのか、その秘密を知ることになる。教団が狙う最後の素材──〝妖精憑き〟。彼らがそれをひとりでも手にすれば、かつて、古代トゥパール王国を滅ぼしたほどの力を持つ〝神獣〟が甦るという。〝妖精憑き〟であるマーリヤ、レイ・ドーン、ヴェロニカの三人は、教団の陰謀によりロンダキアへと誘導されつつあった。それぞれの思惑をのせ、暗殺された首相の国葬の車列が走る。葬儀を強行するレイ・ドーン。それを狙い、妖精兵を率い襲撃をかけるウルフラン。