大災害セカンドインパクトによって世界人口の半数が失われてから15年。NERV(ネルフ)の総司令である父・碇ゲンドウから突然第3新東京市に呼び出され、巨大な人型兵器エヴァンゲリオン(EVA)初号機のパイロットとなって第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」と戦うことを命じられる。当初は仕方なくEVAに乗っていたシンジだが、使徒との戦い、レイ、アスカ、ミサト、トウジ、ケンスケらとの交流によって次第に自らの意思でEVAで戦うようになる。逃げちゃダメだ......!キャラ:碇シンジ自分には、自分には、何も無いなんて云うなよ。別れ際に、サヨナラなんて悲しいこと、云うなよ。キャラ:碇シンジ僕がどうなってもいい。世界がどうなってもいい。それでも綾波は..綾波だけは..キャラ:碇シンジ動け、動け、動け、動け、動け、動いてよ!今動かなきゃ、今やらなきゃみんな死んじゃうんだ!もうそんなのやなんだよ!だから、動いてよ!キャラ:碇シンジごめんなさい。いうときどんな顔をすればいいかわからないの。キャラ:綾波レイあなたは死なないわ...。キャラ:綾波レイ私はあなたの人形じゃない。キャラ:綾波レイ生き物は生き物食べて、生きてんのよ。風呂は命の洗濯よ♪キャラ:葛城ミサト奇跡を待つより捨て身の努力よ!キャラ:葛城ミサトあら。希望的観測は人が生きていくための必需品よ?キャラ:葛城ミサト奇跡ってのは、起こしてこそ初めて、価値が出るものよキャラ:赤木リツコ男と女は分からないわ、ロジックじゃないものキャラ:赤木リツコ時計の針は元には戻らない。自らの手で進めることは出来る。キャラ:碇ゲンドウ人は他人を完全に理解することは出来ない。キャラ:加持リョウジ彼女とは、はるか彼方の女と書く。男には理解できない生き物なのさ...キャラ:加持リョウジ大人はさ、ズルイぐらいがちょうどいいんだ。キャラ:加持リョウジ人間は寂しさを永久に無くす事はできない。忘れる事ができるから、人は生きて行けるのさキャラ:渚カヲル僕は君に会う為に生まれてきたのかもしれないキャラ:渚カヲルすまんな転校生。ワシはお前を殴らないかん、殴っとかな気がすまへんのや。キャラ:鈴原トウジ他人の俺達には見せない本当の姿だろ。それって家族じゃないか。キャラ:相田ケンスケ君、いい匂い、LCLのかおりがするけど・・・面白いね。このことは他言無用ね、ネルフのワンコ君!キャラ:真希波・マリ・イラストリアスそうやってイジけていたって、何にも楽しいことないよ。逃げちゃダメだ......!自分には、自分には、何も無いなんて云うなよ。別れ際に、サヨナラなんて悲しいこと、云うなよ。殴られなきゃならないのは僕だ。私が死んでも変わりはいるものごめんなさい。いうときどんな顔をすればいいかわからないの。私はあなたの人形じゃない。あなたは死なないわ...。