京都市長選とは違い、立憲の地方組織は対抗馬の支援に回った。求めていないということだし、基本的にはそういう状況では党本部は関知はできない、しようがない」などとして地方組織と党本部は無関係だという点を強調した。当時、門川氏の選挙母体「未来の京都をつくる会」が地元紙に「大切な京都に共産党の市長は『NO』」などとうたった意見広告を出したことが問題視されていた。会見では、ネガティブキャンペーンのような広告への評価を問う質問も出たが、枝野氏は「広告自体存じ上げませんので、コメントのしようがありません」。この発言をJ-CASTニュースが報じると、ツイッターでは立憲支持者とみられる人から失望の声が相次ぎ、中には数千回リツイート(拡散)されるものもあった。