延喜式という平安時代中期に編纂された格式に記載のある、古い神社です。本殿と末社三神社本殿が1638年のもので、国の重要文化財に指定されています。三間社流造という、江戸時代初期の建物によく用いられた建物の形をしています。拝殿は、昭和10年(1935年)頃に再建されたものです。境内に映っているのは毎年6月30日に行われる「夏越の祓」の設えです。「夏越の祓」とは、半年分の穢れをを払い、これからの半年の健康と厄除けを祈願する行事です。「夏越の祓」にあわせて、京都近辺ではういろうの上に邪気を払うと言われる小豆をのせた「水無月」というお菓子を食べる風習があります。秋祭りでは、波太神社本殿前の石段をやぐらが駆け上がって宮入します。その様子は勇壮で迫力満点です。