コルセイトの街をもり立てていこうと約束する。錬金術が紡ぐ、少女と青年の物語。機動戦艦ナデシコ時は22世紀。少女を追って、機動戦艦ナデシコに出会う。極限状態に陥った日本。性豊かな“13人の悪魔使い”たち。世界の終末まで、あと7日。その選択が未来を創る・・。十年後、平穏に暮らす士郎はふとしたきっかけから、あらゆる願いを叶えると言われる聖杯を巡る戦い「聖杯戦争」に巻き込まれ、魔術師として最強の使い魔(サーヴァント)セイバーと共に戦いに身を投じることとなった。