tracing)マウスを樹立した。10組とCAG配下にEGFPとsgRNAsの標的になるアレイを配したコンストラクトを、導入する。アレイは、13-bpの保存領域、10種類のsgRNAsのターゲットとなる7-bp領域および3-bpのPAMと4-bpのリンカーからなる。このアレイをCARLINアレイと称するCARLINアレイとは別に、リバーステトラサイクリン調節性トランス活性化因子(M2-rtTA)を、ES細胞のセーフ・ハーバー領域Rosa26遺伝子座に導入する。して作出したES細胞において、DoxでCas9の発現を誘導するごとに、CARLINアレイに、Cas9による二本鎖DNA切断からのエラーが起きやすいNHEJ修復過程を経て、極めて多様な変異が刻まれていくこと、および、Cas9発現のレベルと期間によって、変異の様相が変わることを確認した。CARLINマウスCARLINアレイ/Col1a1を導入したES細胞由来マウスと、tetO-Cas9/Col1a1とrtTA/Rosa26を導入したES細胞由来マウスを交配することで、CARLINマウスを作出し、シングルセル・ドロップレット・シーケンシングを介して44,000種類までのCARLINアレルの読み取りを実現した。CARLINマウスにおいて、造血幹細胞の分化の過程と5-FUによる損傷からの修復の過程それぞれにおけるクローンの動態について新たな知見を得るに至った。immunoprecipitation)やRaPIDなどが開発されてきたが、網羅的な解析はまだ困難である。(BirA)で標識しRNAに結合するタンパク質をビオチン化・プルダウンするRaPIDは比較的長いRNAへの偏りが生ずるリスクを、それぞれ伴っている。immunoprecipitation)、を開発した。このCMapの利用者数は18,000人以上におよび、肥満・糖尿病や筋萎縮症の治療薬開発や、炎症性腸疾患と癌の新たな療法の研究開発に活用されてきた。microarrayで解析したデータをもとにしていた。第1世代CMapからの拡充が当初からの懸案事項であったが、市販の遺伝子発現マイクロアレーはいうまでもなく、RNA-seqでさえも摂動因子と細胞株を多様化しCMapをゲノムスケールへと拡充するには、あまりにコストが過重であった。transcripts’へと縮退させたプラットフォーム'L1000(この'L'はlandmarkに由来する)'を開発し、第1世代の〜1,000倍のプロファイルからなる第2世代CMapを構築・公開した。L1000アッセイに必要な試薬のコストは2ドル程度である。HGU133A発現プロファイルをもとに、生物学的意味による事前評価を加えることなく、多変量解析を介したデータ駆動型で抽出した。L1000はヒト・トランスクリプトーム全情報量の82%をカバーしており、特定の機能クラスやタンパク質のクラスへの偏りがなく、また、30種類の組織にわたり特定の細胞系譜への偏りがないことも確認した。environment)から公開した。v1で構成されている。CMap-L1000v1を対象遺伝子からみると、ユニークな遺伝子12,318種類を網羅している。(LM)'として遺伝子発現を測定した遺伝子であり、残る11,350遺伝子のうち9,196遺伝子がGTExプロジェクト由来のRNA-Seqプロファイルの裏付けが得られた信頼性の高いデータを伴っている。(AIG)と呼ぶこととし、CMapの利用者は解析の際に、LM、BINGあるいはAIGを選択可能である。機能アノテーションなどが、遺伝子群と低分子および疾患との相関関係をルックアップすることが可能になる。screening)やプロテオミクス・プロファイリングとの融合へと、さらに拡充していく。