1に、表題手法16種類について利点と弱点がまとめられている。CRISPR技術については、単一遺伝子のスクリーンと、トランスクリプトームを対象とするCRISPRスクリーンの2種類の手法として取り上げられている。Mosaic-seq)が取り上げられている。(C)引用下図参照)。(3件)[crisp_bio注]「CRISPRメモ」を文献リストとしては維持しつつ、簡略化を模索中です。コメントよろしくお願い致します。現時点でも「CRISPRメモ」はCRISPR関連論文の悉皆的リストとはなっておりません。nicking)手法である。Nick2)によるノックイン結果の比較図である。Nick2のバーのマゼンタ色とシアン色はgRNAの内向きと外向きに相当する。(以下、TPN)”の性能を評価した。(以下、TPN)”によるノックインを試み、ノックイン効率とノックインに伴うindelsの発生およびオフターゲット編集を検証した。これまでCas9ヌクレアーゼHDRを介したゲノム編集との相関について議論が続いているp53とTPNとの相関についても検証した。HDRを介したノックインと同レベルである。大規模なノックインにおいて、単一のニッキングを介したノックインを遥かに凌ぐ効率を実現する。TPNのノックイン効率は、相同アームの長さに左右され、これが、先行研究でTPNの効率が相対的に低く見えた原因と考えられる。bpまで離れていても、ノックイン効率が維持される。TPNは、ホリデーモデルに似たDNAの相同組み換えを介して、目的以外のサイレント突然変異のような塩基改変を誘導することなく、目的のノックインを実現する。TPNはまた、ノックイン標的サイトにindelsをほとんど誘導せず、また、ドナープラスミド全体のノックインを引き起こさない。TPNは、p53の活性化を誘導することなく、また、p53の抑制にも左右されない。2020-01-26.メタゲノムシーケンシングから環境中の生物の組成を知るには、分類群が特定されている参照配列が必須である。JHUの研究チームは今回、NCBIが提供している配列データベースについて全配列-対-全配列を悉皆的に比較することで、ラベルされた生物種に誤りがある配列を効率的に検出・除去するプログラム、Conterminator、を開発・実行・公開した。kingdoms"から公開されている。(コンタミ配列)として、配列決定の過程で紛れ込んだ可能がある。NCBIではVecScreenで合成配列を検出・除去し、BLASTアラインメントでよく見られるコンタミ配列を検出・除去しているが、それでもコンタミ配列の混在が指摘されている。ゲノムシーケンシングの現場には常にヒトが存在するために、ヒトゲノム配列がコンタミネーションの主犯であり続けている。加えて、その他の生物種間のゲノム配列のコンタミも知られている。コンタミが2次コンタミを引き起こすことがないように、コンタミ配列を網羅したいところであるが、単純なアラインメントでは非現実的な計算コストがかかることになる。