少年は少女を守りたい。あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。魔法少女たちの日常(!?)はこれからが本番!!銀魂(3年目)天人(宇宙人)が来襲して、価値観が変わってしまった町、江戸。宇宙人や高層ビル、バイクなど何でもありの世界で変わらない“魂”を持った最後のサムライがいた。いい加減で無鉄砲、でもキメるところはさりげなくキメたりして...。舞台は海と山に囲まれた都市・冬木市。そこで行われる、ある一つの儀式。手にした者の願いを叶えるという聖杯を実現させる為、聖杯に選ばれた七人の魔術師に、聖杯が選んだ七騎の使い魔を与える。マスターは七つの役割を被った使い魔一人と契約し、七組は、聖杯を求め、最後の一組となるまで殺し合いを繰り広げる。その名は「聖杯戦争」。