トリニティセブンの一人である浅見リリスらと共に遺跡調査を行っていた。すると突如、紅い稲光とともに、顔がアラタにそっくりなある男が現れる―。長く「天空図書館」に封印されていた。魔王としての力を取り戻し、世界を、すべてを無に還すことを目論んでいた。アビィスの危険すぎる力により囚われたリリス。アラタたちは、リリスを救い、最強魔王を打ち倒すべく魔王兵器を探すことに......。それを使えば、人の心を失い、完全に魔王化してしまうというが......。魔力を支配するか、それとも支配されるか――。-悠久図書館と錬金術少女-再び訪れる、世界崩壊の危機。ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわす。「リリム」と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。少女の出現と同時に、世界に異変が。目覚める禁忌の“悠久図書館”。人の手によって造られし“白き魔王”が封じられていた。“白き魔王”は、真の魔王へ至るため、アラタとトリニティセブンたちの抹殺を企てる。ない強大な力を持つ“白き魔王”を前に、世界の崩壊と、絶体絶命の危機がアラタたちを襲う。それは、王立ビブリア学園に君臨する、7人の少女にかせられた罪(テーマ)。従姉妹の聖ごと異空間に消えてしまった。崩壊現象を解明し、聖を取り戻すため、王立ビブリア学園に入学したアラタ。そこに待っていたのは、テーマにより魔道を操る7人の少女たちだった。奇跡の恋物語を――」2020年、新東帝都にそびえ立つビルの屋上で、一人の男がそう宣言した。それは「鶺鴒計画」の始まりを告げる合図。&quot;セキレイ&quot;と呼ばれる108羽の可憐な戦士たちは、自らの主・葦牙(アシカビ)を求めて人の世へと放たれた――――自らの想いを賭けて、最後の一羽と成る為に。やりたい事も無く・親しい友人もおらず・ましてや彼女なんているわけもない、いわゆるヘタレ。その日、2浪が決定したばかりだった。厳しい現実に、落ち込みながら帰路に付く皆人。そんな彼の前に、突然、空から謎の美少女が降ってきた。彼女の名は&quot;結&quot;。自らを&quot;セキレイ&quot;と名乗る彼女は、運命の相手&quot;葦牙&quot;として皆人を選んだのだった。これは、運命の相手と紡ぎ出す、奇跡の恋物語。