セルフリーサイエンス社と愛媛大学プロテオサイエンスセンターの研究グループは今回、抗体の品質を効率よく同定可能とする技術、CF-PA2Vtech、を開発し、その性能を抗HA抗体と抗PD-L1抗体の交叉反応性の同定で実証した。(technology)を確立し、CF-PA2Vtech、として発表した。1引用下図参照]、この交叉反応性を免疫ブロット法で裏付けた。CF-PA2Vtechでは全てのタンパク質が全長cDNAに紐付けられていることから、設計されたエピトープの配列との相同性検索から交叉反応したタンパク質のエピトープ候補配列を推定し、続いて、アラニンスキャニングにより、それらがエピープであることを裏付けた。-2および-3のエピトープ候補は、SAQそしてまたはRxAQの配列を帯びていた。研究グループは、アラニンスキャニングの結果も受けて、抗-PD-1抗体(D4W2J)は、主としてRxAQ配列をエピトープとして認識するとした。プラットフォーム事業の略称であったが、この事業終了後のAMEDにおける後継プロジェクトに由来する成果も「PDIS事業成果」にカテゴライズ。(文末の'関連crisp_bio記事'参照)。代表的なヒト培養細胞であるHeLa細胞はこれまでに10万件を超える論文で直接利用されるか参照されてきたが、HeLa細胞はゲノムが不安定であり、継代あるいは研究室間の交換を経てゲノム変異を蓄積することが知られている。Kyotoが広く使われている。KyotoにおけるmRNA発現が研究室間で異なることも報告されてきたが、ゲノムの不均一性がプロテオームや細胞表現型に与える影響や、継代培養にともなう不均一化については、ほとんど、明らかにされてこなかった。成果スイス、ドイツ、イタリア、米国、中国の国際共同研究グループは今回、13研究室からの14種類のHeLa細胞株を共通の条件で培養し、コピー数、mRNAs、タンパク質およびタンパク質代謝回転を分析し、HeLa細胞株間に著しい不均一性が存在することを見出した。CCL2とKyoto株の間の差異が最も顕著であった。細胞株間の多様性に加えて、特定の細胞株について50回継代培養において徐々に形質が多様化することも見出した。遺伝的多様化は複雑であり、トランスクリプトーム、プロテオーム、およびタンパク質代謝回転プロファイルに、非線形的な影響を与える。63種類のタンパク質に基づくHeLa細胞株のプロテオタイプと、サルモネラ菌に対する応答が相関する。ヒト培養細胞を利用した実験結果の生物学的解釈をするにあたって、細胞自身に内在する多様性がもたらす影響を評価する必要がある。Program(PCRP)を開始し、650種類以上のhTFsとその関連タンパク質をカバーする1,500以上の試薬がデータとともに、提供するに至った。nMをスクリーン免疫沈降法(IP)とウエスタンブロッディング(WB)で評価。Institute)で安定性、再現性などの評価。(IWGAV)(**)から発表された。抗体は、最も広く使われている試薬の一つであるが、最も頭痛の種になる試薬の一つでもある。Uhlénが主導して立ち上げた委員会である。抗体を使ったアッセイでは、ウエスタンブロット、免疫組織化学、ELISAなどのアプリケーション***によってサンプルの処理方法が異なるため、アプリケーションを意識した上で、バリデーション手法の5つの柱(pillar)を提唱。FS)免疫捕獲と質量分析との組み合わせ(IP/ChIP)5本の柱の少なくとも1つの柱を実施することが必須であり、さらに、複数の柱を組み合わせることが望ましい。論文上で、実験に使用された抗体を特定する仕組みも標準化し、利用者と提供者に普及することが必要。(RRIDs)の利用(https://scicrunch.org/resources/)そしてあるいは抗体の配列。抗体の提供者へ:5つの柱の少なくとも一つの柱に属するバリデーションを、できる限り多くの細胞種で実施し、その実験条件の詳細を開示する。バリデーションはロットごとに実施する。抗体にはカタログ番号とロット番号にさらにRRIDsを付与する。バリデーションを促進する提供者も出始めている。Group:RNAi技術による抗体バリデーション抗体由来のデータの品質向上に向けて、学術雑誌ならびにNIHなどの研究資金提供機関は実験研究に使用した抗体の特定に必要な情報と実験条件を明らかにすることを求めていく。