「旭丘分校」の生徒はたった5人。学年も性格も違うけれど、いつも一緒に春夏秋冬の変わりゆく田舎生活を楽しんでいます。ある日、デパートの福引で特賞の沖縄への旅行券を当てた「旭丘分校」の面々。夏休みを利用して、皆で沖縄に行く事になるのですが......。穏やかで何気ないけれど、笑えて、ほろっとして、心があたたかくなる。ゆるゆるなメンバーが送る日常の中の非日常に会いに来て下さい。関係していた研究機関は全て稼働を停止し、『実験』を中止に追い込むという自分の目的は達せられた。孤独な戦いを終えて、ついに日常へと戻った美琴の前に、ツンツン髪の少年、上条当麻が姿を現す。なにかと絡んできてはやりあっていたはずなのに、その事実を覚えていない上条にキレる美琴。自分を慕う後輩の黒子が乱入してきての大騒ぎが始まる――。以前と変わらぬ、日常の空気に安心しかけた美琴の前に現れたのは、『妹達』。自分がとどめを刺したはずの『実験』は、依然として継続されている。愕然とする美琴に、さらに驚愕の事実が立ちはだかる――。寮則を破るたびに、寮監から厳しい罰則(体罰付き)を受けている美琴たち。いい加減、我慢の限界だという黒子は、腹いせとばかり、とある事件の調査に乗り出すことに。美琴を巻き込み、目指した先は第13学区の児童養護施設・あすなろ園。「置き去り(チャイルドエラー)」で学園都市に置き去りにされた身寄りのない子どもたちを集め、保護している施設だった。調査を進めようとするふたりだったが、偶然、ボランティア活動であすなろ園を訪れていた初春と佐天に巻き込まれて、子供たちの相手をすることに。そんな中、美琴は木山とのやり取りを思い出してしまい......。常盤台中学の女子寮、美琴たちの部屋に招待された初春と佐天。下着あさりをしたりアルバムを見たりと定番の行動で盛り上がる美琴たち。同室になって一カ月の記念日を、美琴とふたりきりで(勝手に)祝おうとしていた黒子は、まったくもって面白くない。しおらしく美琴への切なる想いを吐露する黒子に、初春と佐天はしんみりしてしまうが、当の美琴はいつものことと一蹴。黒子の行き過ぎた行動にお仕置とばかりに強烈な電撃を食らわし、壮絶な能力合戦に発展してしまう。騒ぎを聞きつけた寮監にとがめられ、ふたりはプール掃除を命じられることに......。常盤台中学をはじめとする、5つのお嬢様学校が集まる「学舎の園(まなびやのその)」。外界から隔絶されたこの区域で、常盤台中学の生徒だけを狙った連続襲撃事件が発生していた。そんな中、黒子たちに招かれて「学舎の園」を訪れる初春と佐天。学園都市の普通の学区とは異なる独特の風景に心躍らせるふたり。黒子たちと合流し、「学舎の園」にしか出店していないパティスリーでケーキに舌鼓を打たんとしたまさにその時、「風紀委員(ジャッジメント)」からの呼び出しがかかってしまう。トイレに立った佐天は何者かに襲われ......。ファミレスに集まった美琴たち4人。科学万能主義の学園都市で語られる、数多くの都市伝説話に花を咲かせていた。服を脱ぎだす「脱ぎ女」、逆回転する風力発電のプロペラ、幻の虚数学区、使うだけで能力が上がるレベルアッパー、そして、どんな能力も効かない能力を持つ男......。美琴は、とある少年との出会いを思い起こす。自分の電撃が効かないその少年は、妙におせっかいで......。そんな折、街で女性を案内している少年を見かける美琴。決着をつけろという美琴に、少年は女性の案内を頼むが、その女性はいきなりブラウスを脱ぎだして......。頻発する車上荒らし対策に、監視カメラの増設をしていた黒子と初春。鳴り出した警報器に付近を探したふたりは、校舎の陰で車の中を物色する不審な学生を発見する。応援を呼ぶ初春の制止も聞かず、車上荒らしを捕まえようと先行した黒子は不意打ちを受け、逃げる犯人を捕まえようとした初春も昏倒させられてしまう。逃げられたのは自分のせいではないとばかりの黒子の態度にカチンときた初春。その上、大事な約束のことまで忘れている黒子に、ついに仲違いしてしまう。風紀委員(ジャッジメント)を目指していたふたりは、過去にとある事件で関わっていて......。事件の捜査を手伝うと言う美琴に、好奇心や興味本位で風紀委員(ジャッジメント)の真似事をするなと釘を刺す黒子。ついでとばかりに、日頃の行いからファンシーグッズに埋もれた私生活にまで口出しされ、美琴はまったくもって面白くない。ファミレスで愚痴の相手をしてくれていた初春が任務に連れて行かれたあと、美琴はテーブルに置かれた腕章を見た風紀委員・固法に、新人の応援要員と勘違いされてしまう。黒子を見返してやるチャンスとばかり、美琴は固法についていくことに。実際に体験する風紀委員の仕事は、思いのほか地味だったり難しかったりで......。連続爆弾テロ「虚空爆破(グラビトン)事件」の被害が拡大する第七学区。場所にも時間にも一貫性がなく、手掛かりすら残されていない犯行に、風紀委員(ジャッジメント)も警備員(アンチスキル)も手をこまねいていた。犯人の使っている能力は『量子変速(シンクロトロン)』。これだけの規模の爆発を起こせる能力者は「大能力(レベル4)」以上で、『書庫(バンク)』のデータに該当者は見当たらない。忙しい風紀委員の初春に相手をしてもらえない佐天を見かけた美琴は、彼女から「幻想御手(レベルアッパー)」という能力のレベルを上げる道具の話を聞く。「虚空爆破(グラビトン)事件」の犯人を捕えた美琴たち。彼は「低能力者(レベル2)」で、あれだけの被害を出すほどの力をもっていないはずだった。煮詰まってしまったふたりは、通りがかった佐天とともに、風邪をひいた初春を見舞いに行くことに。(レベルアッパー)」に思い至る美琴。黒子によると、使うだけで簡単にレベルが上がるという噂を証明するかのように、『書庫(バンク)』のデータと被害状況が食い違う事件が頻発しているという。美琴たちは噂の書き込まれた掲示板を手掛かりに調査を開始する......。取り調べ中、「虚空爆破(グラビトン)事件」の犯人が突然、意識不明に陥ったとの報せを受けて、病院へ向かった美琴たち。手に入れていた佐天は、そのことを言い出せないまま、ひとり悩んでしまう。そんな折、「幻想御手」の取引現場に迷い込んでしまった佐天は......。売人からの情報をもとに「幻想御手(レベルアッパー)」を手に入れた黒子たち。(ジャッジメント)」としての黒子の活躍を目の当たりにした佐天は、ショックを受けていた。「無能力者(レベル0)」の自分とはまったく違う世界に住んでいる人がいる。そんな想いを抱いてしまった佐天は、同じ境遇の友人たちと「幻想御手」を使い、初めて能力を手にした実感をかみしめていた。数日後、友人が倒れてしまい......。