その歴史は法然上人が人々に教えを説かれていた禅坊に始まり、法然上人の没後、弟子の源智上人が師の徳を偲んで「知恩寺」と名付けられ、さらに、後醍醐天皇の勅命により「百萬遍」の号が下賜されました。その後、何度か移転を繰り返しましたが、寛文2年(1662)に現在の地に寺地が定まりました。伴い、小方丈の南側に庭園が作られました。この庭園は、法然上人の御遺訓にある、念仏を唱える際に必要な三つの心と極楽浄土への往生のために必要な四つの修法、すなわち「三心四修」を表現しています。至誠心や深心と縁のある花言葉を持つツバキやツワブキを植え、苔で深心をイメージさせる海を表現し、石橋で回向発願心によって功徳がめぐる様を表現するなど、より「三心」を感じ安い庭となっています。なぞらえた三尊石であるとともに、元祖法然上人、2世源智上人、3世信慧上人を表しているなど、浄土宗の大本山に相応しい作りの庭園となっています。