21;7(1):8943.ブタ胎児線維芽細胞において、低分子Scr7、L755507またはレスベラトロールによるHDR亢進効果を評価。EGFPレポーターシステムで評価したHDR効率は、コントロールに対して、Scr7とL755507が2倍、レスベラトロールが3倍に。ノックインの達成効率での評価では、コントロールの26.1%から50%程度までに改善。この低分子によるHDRの亢進は、細胞周期との同期やドナーDNAの最適設計などの手法と併用可能。marxianusにおいて、NHEJに関与するタンパク質のヌル変異体をTarget-AIDによる遺伝子(Nej1とDnl4)への変異導入により作出し、HRD比率を高めて、マーカーレスのCRISPR-Cas9によるDNA断片挿入を実現。23;7(1):9250.糸状菌は薬理活性化合物の供給源であるが、ゲノム編集による生理活性代謝産物の増量と多様化が広がれば、その価値がさらに上昇する。40-1-4-1)、さらにはTalaromycesとMyrotheciumのゲノム編集にも展開可能な手法を確立した。vitro転写gRNAと、リニアな選択マーカー遺伝子カセットを含むDNAフラグメントを同時に送達する。このDNA断片は、形質転換体の選択に役立つだけでなく、自身をCas9切断サイトに挿入することで標的の破壊効率を顕著に上昇させることも見出した。crispr_bioの環境で閲覧できたのがアブストラクト限りでした。crispr_bioの環境で閲覧できたのがタイトルを含む書誌事項限りでした。pombeは低pH環境に耐性を示す特徴があるが、相同組換え効率が低いことから、有用物質の効率的生産をもたらすゲノム編集が困難であった。g-glucose)。社会的相互反応が損なわれるFMRPの症状再現も確認。22;7(1):9039.神経組織に存在するα-syn凝集を包含したレビー小体はパーキンソン病の顕著な特徴である。一方で、健常者の神経細胞には高濃度のα-synが存在するが、レビー小体は存在しないことから、α-syn凝集を抑制する機構を同定することが重要である。今回、α-synを発現するHEK293T細胞において、CRISPR/Cas9によりDnaJタンパク質遺伝子DNAJB6をノックアウトし、α-synの凝集が顕著に亢進した。DNAJB6を再導入すると、α-syn凝集がKO前の細胞と同程度へと提言したが、不活性なDNAJB6変異体(H31Q変異)を導入しても凝集が低減しないことから、α-synの抑制はDNAJB6のJドメインに依存するとした。J-ドメインは、アンフォールド状態とミスフォールドのタンパク質をHsp70タンパク質へ輸送する機能があることが知られているところ、Hsp70の阻害実験から、DNAJB6とHsp70が協働してα-syn凝集を抑制する機構が想定された。kb領域に絞り込まれているが、そこにはタンパク質コーディング配列変異が存在せず、新奇なlncRNA(Rffl-lnc1)内の連続的な19bpのindel多型の存在が見出されている。bpをノックインすると修復されることを見出した。21;13(8):e1006570.可視化からHIV-1の動態モデルを構築(挿入図参照)し、CRISPR/Cas9によるノックアウト実験で、細胞核内でのクロマチンへの係留にLEDGF/p75のインテグラーゼ結合ドメインが不要であることを同定。2016.概要ゲノム変異がタンパク質ネットワークに、ひいては細胞生理活性に、どのようにどのような影響を与えるかを理解することから、癌の不均一性の由って来る所以を理解することが可能になる。サンガー研究所とEBIを中心とする英、オランダ、独の共同研究チームは今回、ゲノム変異と癌の不均一性とをタンパク質発現量を介して紐づけることを目指して、50種類の大腸癌細胞株のパネル(COREAD)を対象とするゲノミクス、トラスクリプトミクスおよびプロテオミクスの統合的解析を行った。labeling)とトライブリッド質量分析によって、大腸癌細胞株あたり平均9,410種類のタンパク質と11,647種類のリン酸化ペプチドを、細胞株間で相対的に定量した。タンパク質間相互作用プロテオームのデータ解析では、COREADパネル内で発現量が共変化するタンパク質(co-variation)に注目した。(WGCNA)によって行った。WGCNAネットワークは、既知のタンパク質複合体やタンパク質間相互作用(CORUM登録の7,248種類とSTRING登録の20,969種類)を含む87,420組のタンパク質間相互作用で構成されたが、ネットワーク上で、284種類のタンパク質モジュール(メンバータンパク質数3〜1,012)を識別するに至り、それぞれにGOを始めとする公共データベースを参照し機能アノテーションを加えた。1は、大腸癌タンパク質ネットワークにおいて、メンバーのタンパク質数が50個以上のモジュールと主要なアノテーションである[参照DB:GO、CORUM、KEGG、GOBP-slim、GSEAおよびPfam。このWGCNAネットワークにタンパク質発現量をマップすることで、各細胞株の生物学的特徴を判別可能にするco-variomeを構築した。novoで予測可能にする手がかりを得た。遺伝子変異とDNAコピー数異常がタンパク質発現量に直接影響を及ぼすのはプロテオームの一部であることが示唆された。ミスセンス変異は、TP53を例外として、タンパク質発現量にはほとんど影響を与えない。ナンセンス変異は、mRNAの分解に加えて、翻訳そしてまたは翻訳後修飾の過程で、タンパク質発現のさらなる下方制御につながって行くことが示唆された。networkを構築した。このサブネットワークは特定のタンパク質発現の遺伝子変異による下方制御によって、それと相互作用するタンパク質発現が下方制御される関係を表現しており、306タンパク質と278の相互作用で構成され、少なくとも10種類のよく知られたタンパク質複合体を含んでいる。ARID2およびPBRM1)との関係であり、CRISPR-Cas9によるノックアウト実験で、この関係を検証した。タンパク質発現の調節が、mRNAレベルの調節とは独立な現象も改めて確認した。細胞株間で変異が大きい上位30%のタンパク質2,161種類の発現量プロファイルに基づいたCOREAD大腸菌細胞株のクラスタリングを試み、これまでの大腸癌分類体系を整合しつつより精密なサブタイプの定義が可能なことを示した。実験的低分子141種類)に対する薬剤応答モデルを構築・評価した。7-Bにあるように抗癌剤ごとに特異的なデータモデルによって薬剤応答が推定されることを見出した。プロテオミクスに基づくデータモデルでは、薬剤排出トランスポーターABCB1とABCB11の発現量が特徴量となっていた。よって病因変異が修復され、また、モザイク発生は抑制され、オフターゲットも非検出であった。gingivalisには6タイプ存在)。同定したCRISPRアレイ中の6,896個のスペーサーをPorphyromona属ゲノムデータおよび国際塩基配列データベースのバクテリア/アーケア/ウイルス配列データと照合した結果、1,720個のスペーサー(24.9%に相当)の相同配列がPorphyromona属ゲノムに存在した一方で、Porphyromona属以外に相同配列が存在したスペーサーはわずかに74個(1.1%に相当)であり、CRISPR/Casシステムが、外来ファージ・プラスミドに対する獲得免疫応答以外の免疫機能を有していることが示唆された。