公益認定申請の中で、平成23年3月末時点での不認定事例は全部で5件あります。個別に法人のお名前を挙げるのは避けます(調べればすぐに出てきます。)が、大きく分けて以下の2点が挙げられます。公益認定申請の不認定答申を確認し、まとめた結果は下記の通りとなります。複数の理由にまたがっている不認定事例がありますので、下記の件数を足すと5件を超えます。50%未満になってしまうため、財務三基準を満たさないことから、不認定処分を受ける。社員資格の制限について、合理的な制限ではないと判定される。(この団体の直接の不認定の理由ではないが、公益目的事業の否認の理由の1つとなった。遊休財産の保有制限の対象外とするための特定費用準備資金について認められないと判定されたため、遊休財産の保有制限額を超え、財務三基準を満たさないことから、不認定処分を受ける。申請書類の別紙3別表A~G間の数字の整合性が取れていないことから、説明を求めたが回答がないため、経理的基礎に疑義を呈される。