実行し、エネルギーの低い構造を選択する。方法を使った方が効率が良い。点電荷の割り当て¶MD計算の場合は、多くの力場において点電荷を必要とするため、Winmostar上で設定する方法を紹介する。デフォルトのAM1/BCC電荷を用いる場合は明示的に電荷を設定する必要がない。水分子には選択した水モデルの電荷の値が無条件で適用される。変更することで表示し確認することができる。Gasteiger電荷を割り当てる。