2020/2/10[不具合修正]不正なライセンスの場合のエラーメッセージが他のメッセージとかぶって見えづらい不具合を修正しました。マウス操作で拡大している最中にたまに縮小してぶれてしまうことがある不具合を修正しました。ブロックポリマービルダで末端のモノマーを指定しないとエラーになる不具合を修正しました。力場の設定に失敗したときアクセス違反でことがある落ちる不具合を修正しました。[MD]-[Gromacs]-[最終構造を読み込み]において、デフォルトで提案されるファイルが最終構造ではなく始構造となる不具合を修正しました。LAMMPSにおいて、新規ジョブ実行後、ファイル名を変更せずもう一度新規ジョブを実行すると出現するエラーを修正しました。Default機能を使用すると、その後キーワード設定ウィンドウを正常に立ち上げられない不具合を修正しました。大規模ポリマーのLAMMPSのdataファイル作成でエラーになることがある不具合を修正しました。スーパーセルの作成で電荷が保存されない不具合を修正しました。GAMESSのリモートジョブ実行のデフォルトスクリプトでNWChemを実行している不具合を修正しました。CONFLEXをローカルPCで起動が出来ないことがある不具合を修正しました。[ツール]-[配座探索(Balloon)]実行時に、デフォルトのファイル名で保存すると生じるエラーを修正しました。リモートジョブ投入ウィンドウのソルバー選択コンボボックスに空白の選択肢が入る不具合を修正しました。リモートジョブ投入機能において、テンプレートスクリプト仕様時に、Queue=Runでジョブが実行されない不具合を修正しました。分子の重ね合わせ画面で棒球表示にして原子を3箇所クリックするとエラーになる不具合を修正しました。[ヘルプ]-[オンラインマニュアル]メニューのURLを修正しました。[仕様変更]各種ウィンドウがメインウィンドウの後ろに隠れないようにしました。Charge)」に名称変更しました。Dreiding力場の割付で三角形的な結合ではDihedralを出力しないようにしました。Gromacsのテンプレートスクリプトを使用したリモートジョブ実行時に、テンプレートスクリプトを修正することなく倍精度・単精度の切り替えを行えるようにしました。V10.0.1以前に生成したGromacsのリモートジョブ用テンプレートスクリプトを受け付けないようにしました。[パフォーマンス向上]大規模ポリマーのLAMMPSのdataファイル作成及び読み込みを高速化しました。Dreiding力場の割付を高速化しました。2020/1/20[不具合修正]タイトルバーの表記を一部修正しました。2020/1/14[新機能]Economyライセンスを追加しました。メインウィンドウの奥行き表現に対応しました。([表示]-[奥行き表現を使用])3D表示で許出願用表示できるようにしました。3D表示で階調なしに対応しました。グループ選択の登録と選択に対応しました。[登録グループを選択])Animationウィンドウに、全フレームの原子を並進移動する機能を追加しました。Atoms])QMの各種ソルバのSetup、EasySetupにDFT汎関数及び分散力補正を複数追加しました。Gaussianを利用してRESP電荷を算出する機能を追加しました。MD計算実行前に、複数分子に対し電荷を自動で割り振る機能を追加しました。([MD]-[自動で電荷を割り当て])LAMMPS実行時に出力されるdumpファイルの各行を、idに対しソートする設定を追加しました。id])LAMMPS実行の際に、登録されたグループをndxファイルを出力し、後で選択できるようにしました。LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、システムサイズの半分を超えないようにカットオフ半径を設定する機能を追加しました。L/2])[不具合修正][固体]-[クラスタを作成]メニューでエラーになることがある不具合を修正しました。[仕様変更]初期状態でのファイル名は無題にするようにしました。コマンドライン実行での仕様を変更しました。Altキーを用いたショートカットキーを一部変更しました。[ファイル]-[上書き保存]及び[名前を付けて保存]において、xyzファイル保存する際のフォーマットを変更しました。1行目:原子数2行目:コメント3行目以降:原子座標SMILESインポートウィンドウにおいて、[Convert]ボタンの名称を[Import]に変更しました。ツールバーの[編集操作で適用される元素を選択]の名称を[編集操作向けの元素を選択]に変更しました。ツールバーに[プロジェクトを開く]、[最近開いたプロジェクトを開く]、[プロジェクトブラウザ]ボタンを追加しました。ESPRESSOのNEB計算向けのみ)メインウィンドウにおいて、左右同時ドラッグでもズームイン・アウトするようにしました。4つのマーカー原子の番号が重複しないようしました。各種ソルバの結果解析機能について、メインメニューにおいてサブメニューにまとめました。複数のエネルギー変化、アニメーション機能を持つソルバに関して、ツールバーの[エネルギー変化]、[アニメーション]ボタンをプルダウンできるようにしました。[編集]メニュー以下に[フラグメントの選択]と[編集操作向けの元素の選択]を追加しました。セルの周期境界のデフォルト属性を、NoneからPeriodicに変更しました。Manualに変更しました。各種ファイル保存時に出現する、上書き確認ダイアログのデフォルトの選択肢をNoに変更しました。Axis]に変更しました。CSV]メニューを追加しました。Plotウィンドウにおける[ESP2]の名称を[ESP2(Mulliken)]に変更しました。Setup機能において、[OK]ボタンを押すまでは変更が反映されないようにしました。changes]のチェックをデフォルトでは外すようにしました。[半経験QM]および[QM]の作業ディレクトリに、ソルバごとに異なった名前を設定するようにしました。QMの計算方法のデフォルトをHF/STO-3GからB3LYP/6-31G*へ変更しました。GAMESSの[Basic]の[COORD]のデフォルト値をZMTMPCからUNIQUEに変更しました。NWChemのリモートジョブのスクリプトにおいて、デフォルトでmpiexecではなくmpirunを使用するように変更しました。window]に変更しました。[MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[固体]-[結晶ビルダ]において、機能の実行後にファイル名を無名とするようにしました。Fieldタブを廃止し、同等機能を[MD]-[Gromacs/LAMMPS]-[力場を割り当て]メニューに分離しました。LAMMPSキーワード設定時に、力場の設定機能を自動で開くようにしました。Gromacsキーワード設定において、[constraints]の設定を[Advance]タブに移設しました。Gromacsキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。Gromacsのアニメーション機能において、topファイルがある場合は自動で電荷と力場の情報を読み込むようにしました。Seed]、[Tdamp]、[Pdamp]の設定を[Basic]タブに移設しました。atoms]の設定を[Advance]タブに移設しました。File]において、汎用力場の種類を選択できるようにしました。atoms]を、登録グループから設定するように変更しました。entryタブに移設しました。LAMMPSキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。1e-5DPD計算時に生成されるdataファイルに、使用したポテンシャルファイルの名前をコメントで残すように変更しました。ESPRESSO]以下に移設しました。ESPRESSOキーワード設定のvdw-corrの選択肢にgrimme-d3を追加しました。ESPRESSOキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。Bandキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。ESPRESSOのバンド構造表示時に、E=Efermiの線を出力しないようにしました。ジョブマネージャのUIを大幅に変更しました。リモートサーバに作成されるフォルダ構成を「~/(Windowsユーザ名)/(ソルバ名)/(ジョブ名)」から「~/wm_(Windowsユーザ名)/(ソルバ名)/(ジョブ名)」に変更しました。リモートジョブのテンプレートスクリプトに、そのファイルを生成した際のWinmostarのバージョンをコメントとして入れるようにしました。リモートジョブ実行でデフォルトではPuttyを使用しないようにしました。リモートジョブ実行画面でログ表示テキストボックスにUNIXコマンドを入力して実行できるようにしました。Image]のショートカットキーを変更しました。[廃止された機能][MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、Packmolを使用しないV8以前の機能を廃止しました。V9以前で作成したプロジェクトファイルへの対応を廃止しました。V8でのリモートジョブ画面を使用できないようにしました。2D表示は使用できないようにしました。2020/1/20[不具合修正]コマンドライン実行でエラーになることがある不具合を修正しました。GAMESSのRESP電荷算出時に、一部の分子構造において共有結合が表示されない不具合を修正しました。[固体]-[クラスタを作成]メニューでエラーになることがある不具合を修正しました。Rotation)を追加しました。[溶媒を追加/セルを作成]メニューでPackmol使用時に乱数のシードを設定できるようにしました。ESPRESSOの各種RISMのRMS変化について、リモートジョブウィンドウから直接表示できるようにしました。Plot...]機能)[不具合修正][ファイル]-[エクスポート]-[画像]メニューでエラーになる不具合を修正しました。Viewerのキャプチャ画像がずれる不具合を修正しました。原点を大きくはずれたセルを持つ系で結合が表示されない不具合を修正しました。MOを変更すると[Cube]ボタンが消える不具合を修正しました。(V9.1.2以降)GaussianのFranck-Condon計算で、ピーク数が多いと読めないことがある不具合を修正しました。ESPRESSOで日本語を含むファイル名の電子状態の読み込みができない不具合を修正しました。ESPRESSOのバージョン6を使用した継続計算でエラーになることがある不具合を修正しました。Puttyを使用しない設定のとき、リモートジョブで大きなファイルの転送に失敗することがある不具合を修正しました。リモートジョブのファイルの転送中にプログレスバーが固まることがある不具合を修正しました。SetupウィンドウにおいてTDDFTを選んだ際のNSTATEを5から10に変更しました。2019/11/5[新機能]座標軸を入れ替える機能を追加しました。([編集]-[座標系の取り直し]-[座標軸を交換])座標軸を反転させる機能を追加しました。([編集]-[座標系の取り直し]-[X/Y/Z軸を反転])オイラー角を入力してグループを回転する機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループを回転(数値を指定)])アニメーションの表示中に、現在表示されているフレームのみをファイル出力する機能を追加しました。Frame])[不具合修正]LAMMPSのOPLS力場生成でOPLSに対応していない原子タイプがある際に適切なエラーメッセージにならない不具合を修正しました。Animationウィンドウが出ている状態で[ファイル]-[名前をつけて保存]を実行した際に、Animationウィンドウが隠れる不具合を修正しました。[仕様変更]OpenMXキーワード設定画面のヒントが出るようにしました。2019/10/7[新機能]Gromacsの慣性半径算出機能において、慣性主軸に沿った慣性半径を算出できるようにしました。Gromacs、LAMMPSの密度分布算出機能において、ヒストグラムのサイズを変更できるようにしました。Gromacs、LAMMPSの密度分布算出ウィンドウ内で、グループを作成できるようにしました。Groupボタン)Gromacs、LAMMPSの結果解析ウィンドウにおいて、結果処理プログラムのログを表示するボタンを追加しました。ESPRESSOのESM-RISM計算における1D-RISM計算のRMS変化のグラフ化機能を追加しました。DCDFTBMDキーワード設定ウィンドウにおいて、THIRDDIAG、DAMPXHZETAを設定できるようにしました。各種のグラフ表示機能において、特定のカラムのテキストデータをコピーする機能を追加しました。Columns])[パフォーマンス向上]プログレスバーの表示を高速化しました。OpenMX、DCDFTBMDのアニメーション読み込みにおいて、メモリ消費量を削減し、約2倍のデータを読み込めるようにしました。[不具合修正]一部の処理において、前面に出ていたサブウィンドウが背面に隠れる不具合を修正しました。CNDO/SのUV-Vis表示ウィンドウにおいて、画像のコピー範囲がずれる不具合を修正しました。Gromacsキーワード設定ウィンドウを閉じる際に、一部の条件下で閉じない不具合を修正しました。groファイルを読み込んだ際に処理が失敗する不具合を修正しました。[仕様変更]複数のライセンスキーを同時に設定できるようにしました。ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいてvdw_corrを自由に入力できるようにしました。ESPRESSOのバージョン6に対応しました。(推奨バージョンは5.2.1のままです。)グラフのCopy機能において、外枠のエンボスを表示しないようにしました。リモートジョブで転送時にプログレスバーを表示するようにしました。SP値計算機能において、溶解度パラメータの単位をcsvに出力するようにしました。[ツール]-[単位を変換]機能をスタンドアロンのアプリケーションにしました。2019/12/4[不具合修正][ファイル]-[エクスポート]-[画像]メニューでエラーになる不具合を修正しました。Viewerのキャプチャ画像がずれる不具合を修正しました。原点を大きくはずれたセルを持つ系で結合が表示されない不具合を修正しました。MOを変更すると[Cube]ボタンが消える不具合を修正しました。(V9.1.2以降)GaussianのFranck-Condon計算で、ピーク数が多いと読めないことがある不具合を修正しました。ESPRESSOで日本語を含むファイル名の電子状態の読み込みができない不具合を修正しました。SetupウィンドウにおいてTDDFTを選んだ際のNSTATEを5から10に変更しました。2019/11/5[不具合修正]LAMMPSのOPLS力場生成でOPLSに対応していない原子タイプがある際に適切なエラーメッセージにならない不具合を修正しました。2019/10/7[不具合修正]GAMESSの基底関数を原子ごとに指定した入力ファイルの読み込みで、diffuse関数があるとLpとして読む不具合を修正しました。MODYLASで力場の結合パラメータが正しくないことがある不具合を修正しました。表面切り出しで一部原子が表示されない不具合を修正しました。フラグメント登録ではじめからあるファイル名で保存すると、Winmostarが応答しなくなる不具合を修正しました。2019/9/3[新機能]UV-Visウィンドウに遷移軌道番号を表示するようにしました。[不具合修正]一部の保存ダイアログにおいて、ピリオドを含むファイル名の際に適切に拡張子が設定されない不具合を修正しました。[電荷を編集]メニューでUserChargeを削除できない不具合を修正しました。各種キーワード設定ウィンドウ内の一部のプルダウンメニューが表示されなくなる不具合を修正しました。MOPACデータの3行目が空行の時に、1原子を読み落とすことがある不具合を修正しました。Viewerで表示すると、結合の組み換えが発生しない不具合を修正しました。LAMMPSキーワード設定ウィンドウのレイアウトが崩れる不具合を修正しました。Filesボタンを押すとアドレス違反が起こる不具合を修正しました。(V9.3.0以降)[仕様変更][電荷を編集]メニューで電荷を原子ごとに設定できるようにしました。UV-Visウィンドウの縦軸をオートスケーリングするようにしました。Spectrumウィンドウの振動モードの番号を表示するようにしました。[MD]-[界面ビルダ]の保存ダイアログにおいて、[ファイルの種類]で選んだ拡張子が[ファイル名]に直接入力した拡張子よりも優先されるように変更しました。LAMMPSの結果解析に自由体積計算機能を追加しました。Gromacsの慣性半径算出機能において、慣性主軸における慣性半径を算出できるようにしました。EPSRESSOで連続計算できるようにしました。[パフォーマンス向上]結合再生成を高速化しました。[不具合修正]xyz/txyファイル保存でフォーマットが正しくないことがある不具合を修正しました。一部環境で原子選択できなくなることがある不具合を修正しました。溶媒を配置/系を構築機能を使用して単原子イオンを配置した際に、力場にGAFFまたはOPLS-AA/L+GAFFを選択するとトポロジファイルを作成できない不具合を修正しました。GromacsのER法の設定において、ecdminの値に小数値を入力すると値が適切に設定されない不具合を修正しました。2019/4/2のバージョンのcygwin_wmでacpypeの実行に問題がある不具合を修正しました。2019/3/20以降のバージョンのcygwin_wmでERmodが極端に遅くなることがある不具合を修正しました。ESPRESSOのMOLファイル作成機能において、作業フォルダがwm_system\wm_tmp_1に移動する不具合を修正しました。directoryにコピーされる不具合を修正しました。(以前のバージョンでも計算結果に影響ありません)Animationウィンドウで不正なSDFファイルが保存される不具合を修正しました。フラグメント登録で描画が更新されない不具合を修正しました。[仕様変更]xyz読み込みでZ-Matrixの生成は小分子のみ行うようにしました。ウィンドウサイズを変えたときにツールボタンが隠れないようにしました。結合再生成と描画でプログレスバーに進捗を表示するようにしました。GAMESSのOptimize/PCM計算でもRESP電荷を算出できるようにしました。溶媒を配置/系を構築機能において、残基名が空白の場合はUNKに自動で変更するようにしました。MD、固体メニュー以下のグラフ表示機能において、グラフの画像の周囲にエンボスを表示しないようにしました。界面ビルダにおいて、周期境界の直上に原子が置かれている場合は、原子の再配置機能の適用について尋ねないようにしました。GromacsのER法の設定において、eccoreを設定できるようにしました。おいて、デフォルトのX軸の表示範囲を変更しました。ESPRESSOのMOLファイル作成機能において、生成されたMOLファイルを自動でメインウィンドウに読み込むようにしました。リモートジョブ実行でサーバのシェルがcshでQueueがRunの場合に実行できるようにしました。Fchk」等の設定を保存するようにしました。リモートジョブ実行でPuttyを使用しない接続の場合に、公開鍵の設定なしで秘密鍵のみで接続できるようにしました。リモートジョブ実行でPuttyを使用しない接続の場合に、ポートフォワードで多段SSH接続できるようにしました。[その他]OpenMX分子動力学計算のチュートリアルを追加しました。2019/7/7[新機能]ツールバーに10種のツールボタンを追加しました。座標軸と原点位置を可視化する機能を追加しました。ESPRESSO、OpenMX、DCDFTBMD使用時に、Animationウィンドウにおいて動径分布関数を算出できるようになりました。算出できるようになりました。Constant])Animationウィンドウにおいて、フレームを間引く機能を実装しました。ESPRESSOの使用時に、1D-RISM計算のみを実行するモードを追加しました。ESPRESSOの溶媒(MOL)ファイルを自動生成する機能を追加しました。Potentials...])真空層を挿入メニューにてダングリングボンドを水素でキャップする機能を追加しました。DCDFTBMD関連機能を一新しました。GUIを追加しました。コマンドラインオプションでハンセン溶解度パラメータを計算できるようにしました。溶解度パラメータ計算モジュールにて表面張力と熱伝導率の出力が可能になりました。Connection]をチェックすると、Puttyを使用せずにリモートサーバにSSH接続できるようにしました。Files]ボタンを使えるようにする機能を作成しました。Finalization])原子・分子系に特化した単位変換ツールを追加しました。([ツール]-[単位を変換])[パフォーマンス向上]起動時間が短くなるようにしました。ESPRESSOのアニメーション表示機能を最大30倍程度高速化しました。[仕様変更]原子を追加でCtrl+クリックで座標指定した場合は編集状態を解除しないようにしました。Deleteキーで原子削除、またはグループ削除をするようにしました。水素付加をグループ選択に対してできるようにしました。ツールバーを移動できないようにしました。Animationウィンドウのタイトルに現在表示しているフレームと総フレーム数を表示するようにしました。LAMMPSのトラジェクトリ読み込みで途中経過のプログレスバー表示するようにしました。[MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[分子を挿入]において、作成されたセルの境界条件をNoneではなくPeriodicとするように変更しました。[MD]-[界面ビルダ]において、セルの外に原子があるファイルを選択した際に、周期境界を考慮して原子を再配置できるようにしました。MODYLASのキーワード設定時に、系の電荷の総和が0ではない可能性がある場合は警告を表示するようにしました。リモートジョブ使用時に、ファイルをSendするタイミングでリモートサーバ上の*_after.zipを削除するようにしました。リモートジョブ使用時に、ファイルをGetするタイミングでローカルマシン上の*_after.zipを削除するようにしました。IRC+MEP計算チュートリアルを追加しました。2019/9/3[不具合修正][電荷を編集]メニューが起動しない不具合を修正しました。MOPACデータの3行目が空行の時に、1原子を読み落とすことがある不具合を修正しました。2019/8/5[不具合修正]xyz/txyファイル保存でフォーマットが正しくないことがある不具合を修正しました。一部環境で原子選択できなくなることがある不具合を修正しました。2019/4/2のバージョンのcygwin_wmでacpypeの実行に問題がある不具合を修正しました。2019/3/20以降のバージョンのcygwin_wmでERmodが極端に遅くなることがある不具合を修正しました。Animationウィンドウで不正なSDFファイルが保存される不具合を修正しました。フラグメント登録で描画が更新されない不具合を修正しました。[仕様変更]xyz読み込みでZ-Matrixの生成は小分子のみ行うようにしました。2019/7/7[不具合修正]カルボニル基を含むmol2ファイルの保存で不正な原子タイプになる不具合を修正しました。複数モデルのあるmol2の読み込みでエラーになる不具合を修正しました。原子リストで元素を変更した後にMOPAC等を実行すると、保存ダイアログが表示されない不具合を修正しました。Plotを押すとエラーになる不具合を修正しました。分子表示エリアの文字色変更が3Dビューで反映されない不具合を修正しました。GAMESSのRESP電荷算出機能において、分子全体の電荷が負の場合に正として誤認識される不具合を修正しました。GAMESSのRESP電荷算出機能において、04/02/2019版以降のcygwin_wmを使用し、かつ一部の元素が含まれている場合に、処理が正常終了しない不具合を修正しました。リモートジョブのプロファイルpbs_gamessにおいて、GAMESSのキーワード設定ウィンドウで指定した並列数が反映されない不具合を修正しました。GaussianのTDDFT計算出力の読込で、複数のステップのスペクトルが重なって表示される不具合を修正しました。[MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[分子を挿入]において、packmolを使用時に、32bit環境において処理が異常終了する不具合を修正しました。(V9.2.0以降)[MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[分子を挿入]において、セルの外側の原子の配置が適切に考慮されない不具合を修正しました。[MD]-[溶媒を配置/系を構築]において、[Import]ボタンを押した際に[Density]等の値が更新されない不具合を修正しました。LAMMPSの固体壁を含む系の計算においてgroおよびndxファイルの生成に失敗する不具合を修正しました。スーパーセルを作成、真空層を挿入などの機能でモデルの変更情報が更新されない不具合を修正しました。ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウが、一部の格子の種類の際に立ち上がらない不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定ウィンドウにおいて、[MD]-[Type]-[NVT-NH]または[NVT_VS]を選んだ際に、TempControlに設定されるキーワードの数が適当でない不具合を修正しました。[仕様変更]GAMESSキーワード設定のDFTタブで、NSTATEのコンボボックスに「1」を追加しました。2019/6/7[新機能]電荷を削除、またはユーザ電荷に設定する機能を追加しました。Gaussianのキーワード設定で、HamiltonianにAPF,APFDを追加しました。[不具合修正]カルボニル基を含むmol2ファイルの保存で不正な原子タイプになる不具合を修正しました。GAMESSのPIO計算ができないことがある不具合を修正しました。ESPRESSOのファイル(pwinおよびpwoutファイル)を読み込んだ際にメインウィンドウに最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。Potentialを選択した際に、分子表示エリアのモデルが更新されると原子種のリストが適切に設定されないことがある不具合を修正しました。FOCUS向けのESM-RISM計算用テンプレート(focus_qe_eis)を使うとpprismが実行されない不具合を修正しました。2019年4月9日以降、FOCUS向けの各種テンプレートを用いて計算を流せない不具合を修正しました。ESPRESSOのconstant-mu計算実行時に、キーワード設定ウィンドウを開きなおすたびにfcp_muの値が増加し続ける不具合を修正しました。Plot機能において、リストに表示される項目がリセットされない不具合を修正しました。[仕様変更]samples/al_slab.cifの格子定数を変更しました。UV/Vis、IR/Raman、NMRスペクトルウィンドウのタイトルバーにファイル名を表示するようにしました。リモートジョブ実行のJM(Windows)選択時に、サーバ側のユーザが管理者でなくても実行できるようにしました。2019/5/13[不具合修正][表示]-[周期境界条件の表現形式]の絵が正確でない不具合を修正しました。[編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]の絵が正確でない不具合を修正しました。半経験QMでキーワード変更時に変更情報がタイトルバーに反映されない不具合を修正しました。Version19以降の出力読込で、キーワード行に&があるとエラーになる不具合を修正しました。Version19以降の振動解析出力の読込でエラーになる不具合を修正しました。セルの作成/編集後に表示にすぐに反映されないことがある不具合を修正しました。イオンを含む系を一旦mol2に保存してからMDを実行するとエラーになる不具合を修正しました。Dreiding力場を使用したときに、ffnonbondedのinclude文が2行出力される不具合を修正しました。Dreiding力場のときはイオンと水はamber03に固定なので、他に設定できないようにしました。真空層を挿入でスラブをbaseの最大値の位置に置こうとすると、スライダの微妙な加減でz=Lz付近の原子層が消える不具合を修正しました。電荷が持つモデルがメインウィンドウに表示された状態で真空層挿入や表面切り出し等を使ってモデルを作成すると、電荷を持っていると誤認識される不具合を修正しました。格子を変換機能を使って、XY平面にA,B軸が平行でないセルが作成された場合に、スーパーセルを作成を使用すると軸と原子座標がずれる不具合を修正しました。ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。Plot機能を複数回呼び出した際に、UIがリセットされない不具合を修正しました。[仕様変更]保存するファイル名に半角英数、アンダースコア、ピリオド以外が含まれている場合は、警告を出すようにしました。XYZ形式の原子リストで残基名が切れないようにしました。mol2の読み書きで残基情報等も含めるように変更しました。そのグループに属している原子のみ表示されるようにしました。2019Febで最終dataファイルが生成されない問題を修正しました。溶媒を配置/セルを構築メニューでPackMolを使用する場合、dodecahedron,octahedronは選択できないようにしました。リモートジョブ実行でSubmitした時にsubmissionコマンドの内容をオプション付きで表示するようにしました。リモートジョブ実行でOpenSSHサーバとジョブマネージャを利用してWindowsサーバを使用できるようにしました。リモートジョブ実行で最後に選択されたプロファイルが再起動時に選択されるようにしました。2019/4/23[仕様変更]底心単斜格子のコンベンショナル・プリミティブセル相互変換に対応しました。2019/4/9[新機能]元素の選択を周期表から選べるようにしました。グループ選択された構造の電荷の合計値を、入力値にシフトさせる機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループの電荷をシフト]メニュー)[選択]-[原子選択言語による選択]において、電荷の値を使用して原子を選択できるようにしました。Setup機能を追加しました。MOPACのスキャン計算の入力支援機能を追加しました。Setup])Gaussianのスキャン、IRC計算の入力支援機能を追加しました。Setup])[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]および[分子を挿入]機能において、packmolを用いることにより、従来よりも高密度または大分子数での分子の配置の成功確率が向上するようになりました。Energy]ボタン)LAMMPSのキーワード設定において、ReaxFF用のプリセットを追加しました。LAMMPSを用いた、Green-Kubo式による粘度計算機能を追加しました。Properties])LAMMPSを用いた熱伝導率計算時に、熱輸送の自己相関関数をグラフ化する機能を追加しました。Restaraintを指定している場合に、拘束されていない原子のみの温度を表示できるようになりました。横軸にエネルギーをプロットする機能を追加しました。Plot]ボタン)Animationウィンドウにおいて、MOPAC、Gaussianのトラジェクトリを反転させる機能を追加しました。エンタルピー、標準ギブス自由エネルギー)の数を増やしました。リモートジョブ投入ウィンドウにおいて、リモートジョブの設定を任意のタイミングで保存できるようにしました。File]メニュー)リモートジョブ投入実行時に、リモートサーバ上の標準出力(winmos.o)と標準エラー(winmos.e)のみを取得できる機能を追加しました。stderr]メニュー)[不具合修正]原子数が大きい時に原子の追加ができない不具合を修正しました。新しいGromacs(少なくともGromacs2018.3で確認)において、継続ジョブの実行に失敗する不具合を修正しました。ESPRESSOのCar-Parrinello計算のキーワードがメインウィンドウに出現している状態でキーワード設定ウィンドウを開くと、「更新されたキーワードを読み込みますか?」と必ず表示される不具合を修正しました。[ツール]-[環境設定]-[計算]-[GAMESS計算後に強制的にスリープ]の設定が保存されない不具合を修正しました。[仕様変更]無償版のcifファイル読み込みで結合が正しく生成されるようにしました。グループをコピー、グループを貼り付けで電荷等の情報をコピーできるようにしました。[表示]-[周期境界条件の表現形式]をフォームから選択するようにしました。ポリマービルダでランダムに配置できる機能を追加しました。groファイルを開く際に結合を自動生成する最大原子数を指定できるようにしました([ツール]-[環境設定]-[編集]-[ボンドを自動生成する最大原子数])LAMMPSのdataファイルの読み込みを高速化しました。LAMMPSの熱伝導率計算時に出力される、熱輸送の自己相関関数のファイル名を、hextflux.dからautocurr_heatflux.dに変更しました。LAMMPS計算時に、対応するmdpおよびtopファイルを出力するようにしました。大規模なスーパーセルの作成を高速化しました。ESPRESSOのバンド構造および、フォノンバンドを表示する際に、K点パスを自動で取得するようにしました。nr3bを直接変更できるようにしました。AnimationウィンドウにおいてSDFファイルを保存するメニューを作成しました。File])リモートジョブの各種処理の実行時に、自動で実行されるサーバへの接続テストが失敗した際には、処理を中断するようにしました。File]において、UserPrefフォルダ以下のファイルを選択した際に、テンプレートファイルを複製しないようにしました。溶解度計算モジュールで出力されたCSVの行と列を交換しました。Winmostar用cygwinパッケージ(cygwin_wm)のAmberToolsのバージョンを14から18に変更しました。[ヘルプ]-[cygwin_wmを診断]でcygwin_wmのバージョンを確認できるようにしました。分子の重ね合わせ表示で複数モデルを選択できるようにしました。分子の重ね合わせ表示で全部チェックを入れる/外すボタンを追加しました。分子の重ね合わせ表示でAlignはチェックした分子のみ行うようにしました。ウィンドウサイズを変えたときにツールメニューのツールバーが二行にならないようにしました。ESPRESSOのファイル(pwinおよびpwoutファイル)を読み込んだ際にメインウィンドウに最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。Potentialを選択した際に、分子表示エリアのモデルが更新されると原子種のリストが適切に設定されないことがある不具合を修正しました。FOCUS向けのESM-RISM計算用テンプレート(focus_qe_eis)を使うとpprismが実行されない不具合を修正しました。2019年4月9日以降、FOCUS向けの各種テンプレートを用いて計算を流せない不具合を修正しました。ESPRESSOのconstant-mu計算実行時に、キーワード設定ウィンドウを開きなおすたびにfcp_muの値が増加し続ける不具合を修正しました。Plot機能において、リストに表示される項目がリセットされない不具合を修正しました。[仕様変更]samples/al_slab.cifの格子定数を変更しました。UV/Vis、IR/Raman、NMRスペクトルウィンドウのタイトルバーにファイル名を表示するようにしました。2019/5/13[不具合修正][編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]の絵が正確でない不具合を修正しました。セルの作成/編集後に表示にすぐに反映されないことがある不具合を修正しました。Version19以降の出力読込で、キーワード行に&があるとエラーになる不具合を修正しました。Version19以降の振動解析出力の読込でエラーになる不具合を修正しました。半経験QMでキーワード変更時に変更情報がタイトルバーに反映されない不具合を修正しました。Dreiding力場を使用したときに、ffnonbondedのinclude文が2行出力される不具合を修正しました。Dreiding力場のときはイオンと水はamber03に固定なので、他に設定できないようにしました。真空層を挿入でスラブをbaseの最大値の位置に置こうとすると、スライダの微妙な加減でz=Lz付近の原子層が消える不具合を修正しました。電荷が持つモデルがメインウィンドウに表示された状態で真空層挿入や表面切り出し等を使ってモデルを作成すると、電荷を持っていると誤認識される不具合を修正しました。格子を変換機能を使って、XY平面にA,B軸が平行でないセルが作成された場合に、スーパーセルを作成を使用すると軸と原子座標がずれる不具合を修正しました。ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。2019/4/23[仕様変更]底心単斜格子のコンベンショナル・プリミティブセル相互変換に対応しました。2019/4/9[不具合修正]CNDO/Sの計算結果にエラーがある時に、分子構造がおかしくなる不具合を修正しました。GAMESSのSetupに$PCMCAVを追加して、$PCMCAVのキーワードが$PCMに混同される不具合を修正しました。Gaussianの振動解析出力の読込で、固定原子があるとエラーになる不具合を修正しました。NWChemのキーワード設定ウィンドウのOtherSettingでsetキーワードを設定した後に、もう一度ウィンドウを開くと設定されていない不具合を修正しました。Plotウィンドウで、使用できない[Draw(2D)]ボタンが出現することがある不具合を修正しました。LAMMPSのdataファイル読み込みで不正なZ-Matrixが生成される不具合を修正しました。LAMMPSのdata読み込みでxlo,ylo,zloがセルの原点に反映されない不具合を修正しました。ermodが実行できなくなる不具合を修正しました。ESPRESSOのCar-Parrinello計算のキーワードがメインウィンドウに出現している状態でキーワード設定ウィンドウを開くと、「更新されたキーワードを読み込みますか?」と必ず表示される不具合を修正しました。[表面切り出し]、[真空層挿入]、[クラスタ作成]で結合が表示されない不具合を修正しました。ブラベ格子に変換したときに選択原子がなくなることがある不具合を修正しました。表示設定の背景(3D)が機能しない不具合を修正しました。ESPRESSOのMOLファイルを開く際に、原子名と電荷も読み込むようにしました。ESPRESSOのMOLファイルを開く際に、XMLフォーマットに準拠していない場合は処理を中断するようにしました。2019/3/3[不具合修正]学生版でNWChemを使用できない不具合を修正しました。リモートジョブ投入ウィンドウが開いた状態でWinmostarを終了すると、リモートジョブ投入ウィンドウで加えられた変更が保存されない不具合を修正しました。[仕様変更]読み込めるmol2ファイルの原子タイプを拡充しました。各種キーワード設定ウィンドウでRunボタンを押した後にキャンセルをしたらウィンドウを閉じないようにしました。DPDセルビルダにおいて、系の作成後にズームを自動調整するようにしました。ライセンス設定時のメッセージを変更しました。SP値)チュートリアルを追加しました。GAMESSの実行直後に強制的にスリープする機能を追加しました。([ツール]-[環境設定]-[計算])[不具合修正]MOPAC7(mop7w70)で、COSMO計算ができない不具合を修正しました。GaussianのEasySetupで、tddftの時にb3lypが設定できないことがある不具合を修正しました。DPDセルビルダ使用後、[表示]-[周期境界条件の表現形式]などの一部機能が使えない不具合を修正しました。[仕様変更][ファイル]-[エクスポート]-[画像]メニューでPNGの出力に対応しました。ファイル上書き保存時はファイルの読み直しはしないようにしました。最適化フラグをZ-MatrixとXYZで別にするようにしました。セルが定義されていない場合にグレーアウトして実行できなかった一部メニューを、常に実行できるようにしました。MODYLASの継続ジョブ実行後、モデルの変更フラグが立たないようにしました。MoleculeまたはWaterを複数行リストに生成しないようにしました。2019/3/3[不具合修正]学生版でNWChemを使用できない不具合を修正しました。リモートジョブ投入ウィンドウが開いた状態でWinmostarを終了すると、リモートジョブ投入ウィンドウで加えられた変更が保存されない不具合を修正しました。[仕様変更]DPDセルビルダにおいて、系の作成後にズームを自動調整するようにしました。2019/2/12[不具合修正]GromacsのχパラメータおよびDPDパラメータ算出機能において、それらの値が本来の値の1/2となる不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定ウィンドウで、タブオーダーを修正しました。OpenMXキーワード設定時、scf.ElectronicTemperatureの綴りが異なる不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定時、scf.ProExpn.VNAが設定できない不具合を修正しました。%WM_NUM_PARALLEL%が反映されない不具合を修正しました。2019/1/28[不具合修正]C-S結合を含む一部の分子で結合次数が不正になることがある不具合を修正しました。ベンゼン環を含む一部の分子に対する[編集]-[水素を付加]-[すべての原子に付加]メニューで水素が多く付加されることがある不具合を修正しました。Ctrlキーを押しながら画面の原子をクリックしてグループ選択したときに、分子リストのハイライトが変更されない不具合を修正しました。計算中のログファイルなど、不完全なテキストデータをグラフ化する際にエラーが出て描画できない不具合を修正しました。コマンドライン引数によるGAMESSの入力ファイルの保存でエラーになることがある不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定のupscaleキーワードに実数値を入力できない不具合を修正しました。ESPRESSOのフェルミ面の表示でエラーになることがある不具合を修正しました。トライアル版でリモートジョブ投入できない不具合を修正しました。コマンドライン引数によるアスペクト比の計算でエラーになることがある不具合を修正しました。2019/1/15[新機能]分子表示エリアにグループ選択した原子の個数と組成を表示するようにしました。マウスのホイールによる分子表示エリアの拡大・縮小の速度を変更できるようにし、デフォルトで滑らかに拡大・縮小するようにしました。グラフ描画エンジンの変更により、描画速度が高速化し、またリサイズに対応するようになりました。ツールバーに11個のよく使う機能に関するボタンを追加しました。マーカーの付いた原子にカメラの注視点を合わせる機能を追加しました。([表示]-[選択原子を注視]メニュー)グループ選択した原子を透明表示する機能を追加しました。([表示]-[透明化]メニュー)セルの端を座標の原点に取り直す機能を追加しました。([編集]-[座標系の取り直し]-[セルの下限の端を原点に設定]メニュー)セルサイズを直接指定した立方体状セルの作成が可能になりました。([編集]-[セルを作成/編集]メニューの[Create]機能において、デフォルトで立方体のセルを作成するようにしました。)[編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]にて直方セル以外にも対応しました。[選択]メニューを設置し、分子・原子の柔軟な選択に対応しました。メインウィンドウでグループ選択した原子をインデックス(ndx)ファイルに追加し、MD計算の結果解析時に(動径分布関数など)Groupとして指定できるようにしました。([選択]-[グループをndxファイルに追加]メニュー)各種キーワード設定画面にRunボタンを追加しました。GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、全キーワードの説明がポインタを重ねた際に表示されるようにしました。メインウィンドウに表示された分子を並べて液相を作成する機能を追加しました。solute_sigmaの設定欄を追加しました。ESPRESSOのリモートジョブの実行中に、エネルギー変化、アニメーション、ログファイルの表示のみを可視化できるようにしました。Open...]ボタン)ESM-RISM用のMOLファイルの読込に対応しました。Animationウィンドウにおいて、グループ選択した原子のトラジェクトリのみを抽出し新しいトラジェクトリファイルを作成できるようにしました。Atoms]メニュー)リモートジョブ投入ウィンドウにおいて、すでに存在する設定ファイルから追加で設定を読み込めるようにしました。リモートジョブ投入でスケジューラを使用せず、スクリプトを実行するだけの機能を追加しました。ESPRESSOのジョブを投入するプロファイルを追加しました。focus_qe)ウィンドウメニューを追加し、現在開かれているウィンドウ一覧の表示や結果解析ウィンドウの再表示に対応しました。マニュアルを一新し、HTML版とPDF版の両方を公開しました。(Sphinxを使用)[不具合修正]リモートジョブ投入機能において旧sendsubボタンを押した際に、キャンセルボタンなどにより処理を中断しても正常に処理が中断されない不具合を修正しました。[仕様変更]バージョン番号にミドルバージョンをつけるようにしました。wm_systemディレクトリを追加し、ユーザが直接編集することのないファイルをまとめました。一部形式でファイルを保存する際に、その直後にそのファイルをメインウィンドウで読み込み直すようにしました。samplesフォルダ以下のファイルを開いた際に、Winmostarイントールフォルダ以下のUserDataフォルダを自動的にカレントディレクトリに設定するようにしました。メイン画面及び結晶ビルダにステータスバーを追加し、メッセージを表示できるようにしました。ステータスバー上にズーム機能を移動しました。ツールバーにツールボタンを追加し、メニューに合わせた再配列を行いましたchgボタンをツールボタンにしました。対応するツールボタンのアイコンをメニューに表示するように変更しました。各種メニュー・ウィンドウのレイアウトとUIパーツの名称を変更しました。(詳細はユーザマニュアルを参照)各種ウィンドウをEscキーで閉じられるようにしました。モデル変更時にタイトルバーのファイル名にアスタリスクをつけるようにしました。学生版と無償版の背景色を製品版と同じものに統一しました。原子リストのXYZとZ-Matrixの表示切り替えをタブにしました。[表示]-[拡大・縮小]-[ウィンドウに合わせる]メニューは拡大率100%を上限にしないようにしました。Viewerと名称変更しました。[編集]-[グループ編集]-[グループをペースト](旧[部分ペースト])の際に、ペーストした原子に原子を移動する設定を追加し、デフォルトでそれが有効となるようにしました。[編集]-[セルを作成/編集]メニューの[Create]機能において、デフォルトで立方体のセルを作成するようにしました。[編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]メニューをフォームから実行するようにしました。各種結果表示ウィンドウ(IR、Animationなど)のGIFアニメーションやCSV出力機能を[Export]ボタンに集約しました。Settings]に名称変更しました。MOPACのデフォルトで設定されるキーワードにVECTORSを追加しました。changes]に名称変更しました。NWChemの並列数の設定場所をメインメニューおよび環境設定ウィンドウからキーワード設定ウィンドウに移しました。GAMESSキーワード設定ウィンドウの構成を変更しました。GAMESSのローカルジョブ実行時も拡張子gmsを使えるようにしました。Solidのキーワード設定の際に、メインウィンドウでセルが定義されていない場合はセルを自動で作成するようにしました。MDのキーワードを設定後、キーワード表示エリアにキーワードが設定された旨を表示し、その表示がある状態でないとソルバが実行されないようにしました。Molecule]ボタンの機能に統合しました。LAMMPS実行時に、groファイルとndxファイルを新規ジョブ開始時のみ生成するように変更しました。Cancelボタンを配置し、OKボタンでメイン画面へのデータ移動ができるようにしました。結晶ビルダの[File]-[Close]メニューは削除しました。結晶ビルダの[Edit]-[Lattice]機能はウィンドウの右側に常に表示するように変更しました。結晶ビルダの[Edit]-[Repeat]機能はスーパーセルを作成機能としてメイン画面から呼び出せるように変更しました。結晶ビルダをモーダルウィンドウとして表示するように変更しました。結晶ビルダの表示画面と非対称要素リストをそれぞれクリックした際の相互参照ができるようにしました。結晶ビルダの非対称要素の行を一回クリックしたときは選択状態とし、選択状態からもう一度クリックしたときに編集できるように変更しました。表面切り出し、真空層挿入などの機能をメイン画面から直接呼び出せるようにしました。学生版では[固体]-[クラスタを作成]メニューを使用不可にしました。cellに変換可能である場合は自動で変換するか尋ねるようにしました。ESPRESSO実行時に、ローカルジョブにおいてもESPRESSO_PSEUDOをoutdirと同じにするよう変更しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウの構成を変更しました。Directory=Continueの状態で保存されるpwinファイルのoutdirキーワードを、ファイル保存時に開かれているファイルのoutdirから、キーワード設定時に開かれていたファイルのoutdirへ変更しました。surf)]の時はチェックを入れ、それ以外の時はチェックを外すようにしました。ESPRESSOキーワード設定において、プリセットが[SCF+Band+DOS]の時はPDOSも計算するようにしました。surf)]の時はoccupations=smearingと設定するようにしました。ESPRESSOキーワード設定において、以下のキーワードのデフォルト値を変更しました。Accuracyのみをプロットするように変更しました。Filesを追加しました。FDMNESのログファイル名をfdmnes.logから入力ファイル名の拡張子をlogにしたものに変更しました。GUIを使用不可にしました。プログラムパスでV8以前では%WINMOSTARDIR%in'と表記するところを'%BINDIR%'に変更しました。リモートジョブ投入をツールメニューに移動しました。リモートジョブ投入の設定ファイル(iniファイル)名をwinmos_profile.iniに変更して、フォーマットも変更しました。リモートジョブ投入のリモートディレクトリの指定方法を変更しました。リモートジョブ投入のスクリプトファイル名を「ソルバ名.***.txt」に統一しました。リモートジョブ投入のスクリプトで使えるエイリアスを変更しました。LANG=Cを追加しました。TSUBAME2用およびその他一部のリモートジョブ用のプロファイルを削除しました。samplesフォルダにau.cifをに加えました。2019/11/13[不具合修正]カルボニル基を含むmol2ファイルの保存で不正な原子タイプになる不具合を修正しました。2019/5/13[不具合修正]mol2の読み書きで残基情報等も含めるように変更しました。イオンを含む系を一旦mol2に保存してからMDを実行するとエラーになる不具合を修正しました。Dreiding力場を使用したときに、ffnonbondedのinclude文が2行出力される不具合を修正しました。Dreiding力場のときはイオンと水はamber03に固定なので、他に設定できないようにしました。2019/2/12[不具合修正]GromacsのχパラメータおよびDPDパラメータ算出機能において、それらの値が本来の値の1/2となる不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定ウィンドウで、タブオーダーを修正しました。OpenMXキーワード設定時、scf.ElectronicTemperatureの綴りが異なる不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定時、scf.ProExpn.VNAが設定できない不具合を修正しました。ESPRESSOのフェルミ面の表示でエラーになることがある不具合を修正しました。2019/1/15[不具合修正]Winmostarのアイコンにファイルをドラッグ&ドロップして起動すると2D表示になり、ズームイン・アウトができなくなる不具合を修正しました。[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]でFixedでmol2を入れるとエラーになることがある不具合を修正しました。[MD]-[分子を挿入]でエラーになることがある不具合を修正しました。大規模系のLAMMPSのdataファイルを読み込んだ後に部分移動でエラーになる不具合を修正しました。ERmodのOptionsにおいてecdminを変更した際に、solnとrefsで異なる値が設定され計算できない不具合を修正しました。_atom_site_aniso_のキーがあるcifファイルを読み込めない不具合を修正しました。ESPRESSOのpwoutファイルがメインウィンドウで開かれている状態でgetできない不具合を修正しました。[仕様変更][ファイル]-[新規]を実行した際に、[表示]-[センタリング]にチェックを入れるようにしました。2018/12/25[不具合修正]原子の並び替え、分子種のソートで結合の表示が不正になることがある不具合を修正しました。大規模系の[分子種でソート]でエラーになる不具合を修正しました。GAMESSキーワード設定で$HESS等の情報が消える不具合を修正しました。MDセルビルダーで溶質のみの系を作ろうとするとエラーになる不具合を修正しました。Job)をチェックしたときローカルでもmpiで起動する不具合を修正しました。FragmentERでフラグメントのアタッチがずれることがある不具合を修正しました。ESPRESSOの入力ファイルを読み込む際に、丸括弧を含む行が正常に読み込まれない不具合を修正しました(V.8.033以降)特定のdatファイルフォーマットから読み込んだ構造からHSP計算ができない不具合を修正しました。[仕様変更]分子表示エリアで3D表示(デフォルト)を使用している際の、選択原子間の角度の表示桁数を、3D表示を使用していない状態の桁数と同じにしました。Setupを使用する際に、$DATAインプットグループの2行目が強制的にリセットされる仕様を廃止しました。環境設定画面で原子リストの表示とZ-Matrix自動生成の原子数制限を設定できるようにしました。ESPRESSOのローカルジョブ実行に対応しました。Energyの変化もプロットできるようにしました。リモートジョブ投入で、NQSIIに対応しました。[不具合修正]キーワード設定欄が空のとき、PDBの保存に失敗する不具合を修正しました。[ファイル]-[追加読み込み]、[編集]-[水素付加]-[OpenBabelを使用]、[MD]-[界面ビルダ]などのいくつかの機能において、[編集]-[元に戻す]を使用できない不具合を修正しました。グループ選択された状態で[ファイル]-[追加読み込み]を実行した際に範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。部分削除後にPDBで保存すると、残基情報などが失われる不具合を修正しました。Chargeと表示される不具合を修正しました。CNDO/Sでパラメータがない元素がある場合も計算して異常な結果を出すことがある不具合を修正しました。トライアル版でNWChemが使えない不具合を修正しました。リモートジョブ実行時に、大きいサイズ(数百MB~)のzipファイルをgetした後解凍に失敗する不具合を修正しました。[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]メニューでPDBの残基情報が抜けることがある不具合を修正しました。[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]メニューで、4サイトまたは5サイトの水分子を配置した際に、原子配置が崩れる不具合を修正しました。ESPRESSOの入力ファイルを読み込めない不具合を修正しました。ESPRESSOのキーワード設定において、solute_ljをuff以外に設定した後、メインウィンドウ上でキーワードを変更していないにも関わらず「メインウィンドウで更新されたキーワードを読み込みますか?」と表示される不具合を修正しました。ESPRESSOにおいて、原子座標を全て固定してrelax計算を実行した場合に、出力ファイルを読み込むと座標が正常に読み込まれない不具合を修正しました。ESPRESSOのFCP計算時に、dampを使用するとアニメーション表示でChargeの変化がプロットできない不具合を修正しました。ESREPSSOのNEB計算において、1ステップで構造最適化が収束したpwoutファイルを指定した際に範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。ESPRESSOインプットファイルの読み込み時にcelldmと括弧の間に半角スペースが含まれると正常に読み込まれない不具合を修正しました。[仕様変更][ファイル]-[追加読み込み]を実行した際に、追加された構造をグループ選択するようにしました。メインウィンドウでファイルを開く際に、自動でカメラをセンタリングするようにしました。環境設定において、ファイルを開いた後カメラをセンタリングするか否か選択できるようにしました。CubegenでScaleを設定できるようにしました。結晶ビルダで原子が選択されていない状態でRemoveを押した際に、警告メッセージを表示するように変更しました。ESPRESSOのローカルジョブ実行時に、outdirをESPRESSO_PSEUDOに設定するようにしました。ESPRESSOのローカルジョブ実行時に、pw.exeと同じ階層にmpiexec.exeが存在する場合は、そのmpiexec.exeを使用するようにしました。FragmentERのデフォルトのパラメータファイルのパスを変更しました。FragmentERで付加したフラグメントに近接原子がある場合になるエラーを回避するようにしました。FragmentERでCheckを実行する前にCHECKフォルダを空にするようにしました。ESPRESSOの実装に揃えました。2018/11/8[新機能]GAMESSとFireflyとNWChemの遷移双極子モーメントの表示に対応しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、RISM(2)タブを追加し、新規に7種類のRISM関連キーワードを設定できるようにしました。DCDFTBMDインターフェースの学生版での利用が可能になりました。[不具合修正][ファイル]-[インポート]-[SMILES]機能において、メインウィンドウに表示された構造が更新されていると処理が中断する不具合を修正しました。部分削除で電荷情報がなくなる不具合を修正しました。双極子モーメントの3D表示でWire表示の時にベクトル表示がおかしくなる不具合を修正しました。3Dを起動したときに、双極子モーメントが表示される不具合を修正しました。Plot時にEnergLevel画面が表示される不具合を修正しました。GaussianとGAMESSの出力読込で、初回起動時にMO表示できないことがある不具合を修正しました。Gaussian03で遷移双極子モーメントが表示できない不具合を修正しました。logファイルのEigenvaluesが"**********"の時に、MO表示でOpenCubegenに失敗する不具合を修正しました。logファイルのEigenvaluesが"**********"の時に、PIO計算ができない不具合を修正しました。Gaussianキーワード設定でtdの設定がTdコンボボックスに反映されない不具合を修正しました。Gaussianキーワード設定のコンボボックスの数値がEasySetupのコンボボックスに反映されないことがある不具合を修正しました。Cubeチェックボックスが表示されない不具合を修正しました。Animationウィンドウのgif,jpegチェックボックスが機能しない不具合を修正しました。[溶媒を配置/セルを構築]で結合が不正になることがある不具合を修正しました。ESPRESSOのESM法を使用する際に、Lz/2の付近に粒子があった場合に警告を表示する処理において、セルの原点の位置が無条件で(0,0,0)として処理される不具合を修正しました。Lzの位置に粒子があると計算が流れない不具合を修正しました。ESPRESSOのジョブ開始後やpwinファイル読み込み後、原子位置だけを変更してジョブを開始またはpwinファイルを保存すると、ATOMIC_SPECIESカードが2重に出力されて計算できない不具合を修正しました。ESPRESSOにおいて、RISMを使用した計算を開始した後にキーワード設定ウィンドウを開くと、メインウィンドウ上でキーワードを変更していないにも関わらず、キーワードが変更された旨を知らせるダイアログが開く不具合を修正しました。allowed」と表示される不具合を修正しました。coefficentの単位をV/Kに修正しました。DCDFTBMDのエネルギー変化をクリックした際にデフォルトのファイル名が登録されていない不具合を修正しました。DCDFTBMDのエネルギー変化を二回開くと、エラーになる不具合を修正しました。[仕様変更]mol2ファイルでの保存で電荷の桁数を増やしました。[編集]-[部分編集]-[部分移動(スライダー)]において、テキストボックスに値を入力した場合の制御の精度を向上させました。Winmostar3DでWindows10のゲームバー(キャプチャツール)を使用できるようにしました。Setupの[Reset]ボタンでキーワードMMOKを追加しました。桁溢れしたgroファイルを読み込めるようにしました。ESPRESSOを用いてFCP計算を実行する際に、ion_dynamicsと同じ値でfcp_dynamicsを出力するようにしました。ESPRESSOのリモートジョブ投入のカスタムスクリプト内で$0,$1が置換されるようにしました。点群解析およびリモートジョブ投入ウィンドウを常に最前面に出さないようにしました。DC-DFTBの名称をDCDFTBMDに変更しました。ESPRESSOの擬ポテンシャルのプライオリティリスト(qe_pseudo_priority_list.d)で、ワイルドカード(*)の使用に対応しました。[不具合修正][編集]-[セルを作成/編集]において、数値入力欄でEnterキーを押した際に、変更が保存されない不具合を修正しました。電荷のグラフィカル表示が前後逆に表示されることがある不具合を修正しました。dos2unixがインストールされていないリモートサーバにおいて、リモートジョブが異常終了する不具合を修正しました。CNDOSのUV-Visスペクトル(*.lst)読込で、初回起動時にMO表示できないことがある不具合を修正しました。CNDOSのUV-Visスペクトル(*.lst)読込で、BasisがSPDの時にMO表示できないことがある不具合修正を修正しました。3D表示時にfchkファイルを読み込んだ時に、[cube]ボタンが表示されない不具合を修正しました。振動スペクトルのアニメーション表示で原子位置がずれることがある不具合を修正しました。OPLS-AA/Lを設定した場合に、水分子以外がすべてUNKというグループにまとめられてしまう不具合を修正しました。ESPRESSOの計算でcp.xを用いる際に、ion_dynamics=noneを選ぶとion_dynamicsキーワードが出力されず、イオンが動いてしまう不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのSOLVETSの設定が、Resetボタンを押しても表示がリセットされない不具合を修正しました。3D表示状態で点群解析のSymmetrizeボタンを押したときに、表示がおかしくなる不具合を修正しました。3D表示状態で点群解析をした際、回反軸が回転軸に隠れてしまう不具合を修正しました。3D表示状態で点群解析をした際、対称点の色が設定されない不具合を修正されました。[仕様変更]Winmostarのインストールパスがスペースまたはマルチバイト文字を含む場合は、警告を表示するようにしました。ファイルの保存時に、ファイル名がスペースまたはマルチバイト文字を含む場合は、警告を表示するようにしました。リモートジョブ投入ウィンドウのMethod欄のプルダウンメニューに履歴を残すようにしました。[編集]-[分子種単位で選択]において、複数の分子種を選択する場合は、各行をCtrl+クリックするように変更しました。MOPAC計算時に、選択したバイナリが対応していないハミルトニアンを選択した場合は警告を表示するようにしました。GAMESSのPDB編集機能の仕様を変更しました。UVVisスペクトル画面の吸収ピークのリスト表示をリストボックスに変更して選択可能にしました。ポリマーセルビルダにおけるシステムサイズ設定方法を、[溶媒を追加/系を構築]機能と同じ方式に変更しました。groファイルを選択した場合はトポロジファイルの選択を省略できるようにしました。LAMMPSのキーワード生成において、kspace_*コマンドをread_dataコマンドの後ろに出力するように変更しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに取り込むように変更しました。ESPRESSOの入力ファイル(*.pwin)を読み込んだ際に、ATOMIC_SPECIESカードをキーワード表示エリアに表示するように変更しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、tprnfor、tstressキーワードを明示的に指定できるようにしました。ESPRESSOの擬ポテンシャルのプライオリティリスト(qe_pseudo_priority_list.d)の中で、大文字・小文字を区別しないようにしました。ESPRESSOの擬ポテンシャルのプライオリティリストにGBRVの擬ポテンシャル用の設定を追加しました。filesボタンを押した際に、擬ポテンシャルのプライオリティリストも読み込むようにしました。ESPRESSOのキーワード保存ファイル(*.qeset)の中で、キーワードが出力される順番を変更しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのOtherに記入したキーワードが、Otherタブ以外のタブで設定されたキーワードよりも優先されるようにしました。表面切り出しにおいて、自動探索された格子候補の中に左手系の並進ベクトルの組み合わせのものが含まれないようにしました。リモートジョブ投入で使用しているPutty0.60をPutty0.70に変更しました。アニメーション、リモートジョブ投入画面がメイン画面よりも前面に表示されるように変更しました。環境設定ウィンドウにUserPrefフォルダを開くボタンを追加しました。各種のグラフ表示時に生成されるxmgrace向けファイルのフォーマットを変更しました。分子の重ね合わせで複数分子のあるMOL2ファイル、SDFファイルに対応しました。一部UIにヒントメッセージを追加しました。2018/8/21[不具合修正]3D表示の時、POV-Rayがエラーになる不具合を修正しました。[表示]-[拡大・縮小]-[ウィンドウサイズに合わせる]の結果が3Dと2Dで異なることがある不具合を修正しました。3D表示時に[ファイル]-[エクスポート]-[画像]で保存すると、少し前の画像になる不具合を修正しました。アニメーション画面でファイル名とプログラム名がかぶることがある不具合を修正しました。GAMESSのPDB編集で編集後に原子リストが更新されない不具合を修正しました。芳香環に窒素原子を含む系でGROMACSのtopファイル作成に失敗する不具合を修正しました。factorが0にならない不具合を修正しました。ガラス転移チュートリアルのモノマーの電荷を計算した直後に電荷がすぐに表示されないことがある不具合を修正しました。結晶ビルダで大きな単位格子をもつ構造を保存した際、周期境界に接近した原子が不正に削除される不具合を修正しました。ESPRESSOの入力ファイル生成時に、calculation=md以外でion_dynamicsキーワードが出力されない不具合を修正しました。ESPRESSOでion_dynamics=dampの時にアニメーションを表示できない不具合を修正しました。ESPRESSO使用時に、異なる接尾辞の擬ポテンシャルファイルを混在させた計算を実行した後またはpwinファイルを読み込ませた後にキーワード設定ウィンドウを開くと範囲チェックエラーが起きる不具合を修正しました。ESPRESSOでFCP(constant-mu)計算のアニメーション表示時にchargeが読み込まれない不具合を修正しました。[仕様変更]メインウィンドウの分子表示エリアの体積の表示に単位を追加しました。CNDO/Sキーワード設定ウィンドウの表示を修正しました。NMRスペクトル表示ウィンドウの参照スペクトル一覧にHF/STO-3Gのデータを追加しました。2018/8/1[不具合修正]水素付加が失敗することがあるの不具合を修正しました。[編集]-[Z-Matrix]-[原子追加]メニューが失敗することがある不具合を修正しました。[編集]-[部分編集]-[部分削除]メニューでCancelしても、原子のハイライトが元に戻らない不具合を修正しました。[環境設定]-[表示]-[標準色]を変更して[OK]を押してもすぐに背景色が反映されない不具合を修正しました。factorsが設定されない不具合を修正しました。set」と出ることがある不具合を修正しました。cif読み込み時や結晶ビルダで構造を作成した際、大きなセルで分率座標が近接する場合に、片方の原子が削除される不具合を修正しました。2018/7/24[新機能]メインウィンドウに系全体の電荷・スピン密度を表示できるようにしました。選択した原子の電荷とスピン密度を入力できるようにしました。([編集]-[原子]-[電荷/スピン変更])メインウィンドウで電荷を表示する際に、半径を対数的に表示できるようにしました。(NEB)法のGUIとチュートリアルを追加しました。ESPRESSOのログファイルからSCF計算中のエネルギー変化をプロットできるようにしました。おいて、プロットする原子を選択できるようにしました。ESPRESSOのスピン分極計算の出力(pwout)ファイルの読み込み時に、磁気モーメントを読み込むようにしました。ESPRESSOのキーワード設定においてinput_dftの設定とvdW_kernel_tableの自動生成に対応しました。ESPRESSOのバンド構造の描画時に、縦軸幅を指定可能にしました。densityの読込に対応しました。BoltzTraPインターフェースを正式リリースしました。BoltzTraPインターフェースのチュートリアルを公開しました。BOMD編、リモートジョブのチュートリアルを追加しました。[不具合修正]電荷の種類を表示した場合に起動時にエラーになることがある不具合を修正しました。Gaussian16の振動解析結果のMO表示ができないことがある不具合を修正しました。Gaussian16でGPUを使った(%gpucpu)計算結果の出力を読むと、キーワードを取得できない不具合を修正しました。GaussianSetupの%nprocsharedのプルダウンメニューをTSUBAME3.0のコア数に合わせました。[MD]-[分子を挿入]メニューでセルサイズがかわってしまうことがある不具合を修正しました。cセッティングを逆に判定してしまう不具合を修正しました。ESPRESSOのBOMDのアニメーション読み込みにおいて、継続ジョブのpwoutファイルを認識しない不具合を修正しました。ESPRESSOの継続ジョブ実行時に、リモートジョブが実行されない不具合を修正しました。ESPRESSOの継続ジョブ実行時に、メインウィンドウでpwinファイル以外が開かれていると処理できない不具合を修正しました。ESPRESSOの継続ジョブ実行時に出力されるpwinファイルに、座標が正しく出力されない不具合を修正しまいた。ESPRESSOのバンド構造の描画時に、gS1などの3文字のラベルに対応しました。ESPRESSOのバンド構造の描画時に、パスが途中で途切れている場合、ラベル位置がずれたり空白領域が生じる不具合を修正しました。ESPRESSOのバンド構造の描画時に、band.datに書かれる値が8文字になると表示が崩れる不具合を修正しました。ESPRESSOのバンド構造の描画時に、バンド図書くときの縦軸のラベルを、Efermiにシフトするとき(E-E(fermi))、しないとき(E)と表記を変えるように変更しました。Energyを取得できない不具合を修正しました。リモートジョブ投入にてダブルクオーテーション記号"を含むパスワードに対応しました。MLDファイルの読み込み時、結合の種類を読み込めるように変更しました。分子の重ね合わせ表示機能を[ファイル]メニューから[ツール]メニューへ移動し、仕様を大幅に変更しました。大規模な系での部分削除を高速化しました。編集メニューの操作の一部メッセージを修正しました。3D表示がデフォルトになるように変更しました。モデル、ウィンドウサイズなどの設定を保存するようにしました。メインウィンドウに表示される体積と密度の表示桁数を変更しました。NWChemのキーワード設定画面でStart/Restartを設定できるようにしました。NWChemのNEB機能は学生版では使用できないようになりました。Gromacsのgroファイルの読込を高速化しました。古いフォーマットのLAMMPSのリモートジョブ用ひな形スクリプト(lammps.txt)を削除しました。結晶ビルダのビュー画面を3D描画するようにしました。ESPRESSOでkpath_default.txtをibravではなくlatticeで指定するように変更しました。14に相当)のパスを追加しました。Centered(ORCC)に対応しました。Hubbard_alphaをキーワードウィンドウに読み込むようにしました。ESPRESSOの入力ファイルの読み込みにおいて、原子名に数字が含まれていても認識できるようにしました。ESPRESSOの入力ファイルの読み込みにおいて、ATOMIC_POSITIONSなどの単位が丸括弧で囲まれていても認識できるようにしました。ESPRESSOキーワード設定において、Preset設定時にPropetiesが設定されたとき、Propetiesタブの一番上の項目が表示されているように変更しました。QE]にチェックが入っていた場合、Constant-mu(FCP)の設定をRISM対応QEの書式に合わせて出力するように変更しました。ESPRESSOキーワード設定において、RISMのSOLVENTSのMoleculeを変更した際に、Labelも自動で変更するようにしました。ESPRESSOの継続ジョブ実行時に出力されるpwinファイルに、ATOMIC_POSITIONSのif_posフラグも出力されるようにしました。OpenMXのキーワードがメインウィンドウに設定されていない状態でOpenMXの入力ファイルを保存する場合に、キーワード設定ウィンドウを表示するようにしました。OpenMXのキーワードをSetした際に、メインウィンドウ右下のキーワード欄をクリアするようにしました。OpenMXインターフェースにてmxinのα、βスピンの有効桁数を小数点以下6桁まで拡張しました。BoltzTraPインターフェースにてcygwin_wmに対応しました。BoltzTraPでのグラフ表示はGnuplot限定としました。connections)ボタンを追加しました。[不具合修正]PDB保存で結合の情報が正しくないことがある不具合を修正しました。電荷のグラフ表示をしたときに、電荷の数値が隠れてしまう不具合を修正しました。Z-MatrixのないモデルをMOPACのdatファイルにXYZ形式で保存するとエラーになる不具合を修正しました。MOPACの電荷読込でエラーになることがある不具合を修正しました。GaussianのEasySetupで、不要な%chk=tempが入ることがある不具合を修正しました。PIOのLummox用データ作成で、結合情報の不具合を修正しました。ESPRESSOを用いる時にfcp計算が流れない不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定において、MixingStarPulayとcriterionの位置が逆転している不具合を修正しました。[仕様変更]大規模な系のmol2ファイルの読み込みを高速化しました。CONFLEXのWindows版バイナリがない場合でもCONFLEX設定画面を開けるようにしました。CONFLEX設定画面でローカルジョブとリモートジョブを切り替えられるようにしました。CONFLEX設定画面で計算の実行時にinファイルを保存するようにしました。2018/6/18[不具合修正]結晶ビルダで結晶構造を作成、またはCIFファイルを読み込んだ際に全ての対称要素が再生されない不具合を修正しました。2018/5/31[新機能]GAMESS/Gaussian基礎編チュートリアルを追加しました。ESPRESSOの溶媒密度/エネルギー分布機能において、密度の積算機能と単位変更機能を追加しました。FDMNES実行時に入力ファイルのファイル名を指定できるようにしました。結晶ビルダでP1以外のCIFの保存に対応しました。3DのMOのコンター表示でカラーバーの赤と青が逆になる不具合を修正しました。Gromacs実行時に、水やタンパク質を含む系で警告が出現する不具合を修正しました。LAMMPSの実行時に、OPLS-AA/L+GAFFを選択した際に、improper_styleがcvffでなくumbrellaとなり計算できない不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定の[RISM]タブのSOLVENT、rism1d_conv_thr、rism1d_conv_thrを変更できない不具合を修正しました。support"にチェックを入れた状態で、FDMNESを実行できない不具合を修正しました。[仕様変更][溶媒を配置/セルを構築]でセルパラメータの誤差が出にくいように変更しました。界面ビルダでセルパラメータの許容誤差を大きくしました。EPSRESSO実行時に、「(原子名)_」から始まる擬ポテンシャルファイルを選択できるようにしました。ESPRESSOキーワード設定において、esm_bc=bc1の時にlfcpoptにチェックを入れられるようにしました。FDMNES実行時に、メインウィンドウのキーワード欄から入力ファイルを作成するようにしました。アスペクト比の出力に軸ベクトルの情報を追加しました。2018/5/10[新機能]スライダーで部分構造を並進移動できる機能を追加しました。([編集]-[部分編集]-[部分移動(スライダー)])[溶媒を配置/セルを構築]機能で単原子イオンを追加した際にGAFFで力場をアサインできるようにしました。LAMMPS実行前に生成されるndxファイルに分子の組成の情報を追加し、結果解析時にグループを組成で選べるようにしました。noncolinキーワードを追加しました。ESPRESSOのキーワード設定において、キーワードを自由入力できるOtherタブを追加しました。OpenMXのチュートリアルメニューを追加しました。OpenMXのoutファイル(及びこのバージョンからのmxoutファイル)の読込に対応しました。cell)を追加しました。OpenMXのMD.Fixed.XYZキーワードの設定と読み込みに対応しました。[不具合修正]GAMESSキーワード設定ウィンドウのOtherボタンを押した際に一部のレイアウトが崩れる不具合を修正しました。dihedralが適切に設定されない不具合を修正しました。最新のFDMNESを実行する際に、存在しないパラメータファイルのコピーに失敗する不具合を修正しました。aで与えられた格子定数がbohrではなくangstromとして解釈される不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定において、tot_magnetizationが-1のときにwarningメッセージが出る不具合を修正しました。結晶ビルダの表面切り出しで、Filter=Orthoの時、格子選択の候補がリストアップされない場合がある不具合を修正しました。アスペクト比算出機能で正しい値が出力されないことがある不具合を修正しました。[仕様変更]CIF保存時にdata_キーワードを追記するように変更しました。nameをUNKから原子名に設定するようにしました。LAMMPSキーワード設定において、groとndxファイルを毎かい生成するか否か選べるようにしました。LAMMPS実行時に、ndxファイルをジョブ実行時ではなくジョブ実行前に生成するようにし、リモートジョブ実行時にGromacsのインストールを不要としました。ESPRESSOにおいてESM法を用いて計算する際に、Lz/2付近に原子が存在したら警告を出すようにしました。ESPRESSOのtrismキーワードを指定した際に、lfcpoptをlfcpに変更し、fcp_muの単位をRydからeVに変更しました。OpenMXのひな形スクリプトを変更しました(旧バージョンでひな形スクリプトを作成していたユーザは本バージョン以降で再生成する必要があります)。OpenMXキーワード設定のPresetのOptをRelaxと表記しました。OpenMXの計算結果のpdfを生成するタイミングを、ジョブ実行時ではなく、各種結果解析メニューを選択する時に変更しました。OpenMX実行時のシェルスクリプトの標準出力の拡張子をoutからlogに変更しました。OpenMX実行後保存されるmxoutファイルを、stdファイルではなくoutファイルをコピーして生成するように変更しました。OpenMXの入出力ファイルの拡張子の選択肢を変更しました。ESPRESSOの参考文献に変更しました。ibrav=2のデフォルトのk点のパスを変更しました。結晶ビルダの表面切り出しの格子選択時、Filter=Orthoをデフォルトに変更しました。2018/4/12[不具合修正]CIF保存時にdata_キーワードを追記するように変更しました。nameをUNKから原子名に設定するようにしました。LAMMPSキーワード設定において、groとndxファイルを毎かい生成するか否か選べるようにしました。LAMMPS実行時に、ndxファイルをジョブ実行時ではなくジョブ実行前に生成するようにし、リモートジョブ実行時にGromacsのインストールを不要としました。ESPRESSOにおいてESM法を用いて計算する際に、Lz/2付近に原子が存在したら警告を出すようにしました。ESPRESSOのtrismキーワードを指定した際に、lfcpoptをlfcpに変更し、fcp_muの単位をRydからeVに変更しました。OpenMXキーワード設定のPresetのOptをRelaxと表記しました。OpenMXの計算結果のpdfを生成するタイミングを、ジョブ実行時ではなく、各種結果解析メニューを選択する時に変更しました。OpenMX実行時のシェルスクリプトの標準出力の拡張子をoutからlogに変更しました。OpenMX実行後保存されるmxoutファイルを、stdファイルではなくoutファイルをコピーして生成するように変更しました。OpenMXの入出力ファイルの拡張子の選択肢を変更しました。ESPRESSOの参考文献に変更しました。結晶ビルダの表面切り出しの格子選択時、Filter=Orthoをデフォルトに変更しました。ESPRESSOで擬ポテンシャルファイルダウンロードする機能を追加しました。[不具合修正]一部の系でDreiding力場が正しく設定されないことがある不具合を修正しました。MOPAC実行を選択した後に、デフォルトでOpenMX形式でファイルを保存しようとする不具合を修正しました。(V.8/017以降)メインウィンドウのキーワードからソルバの種類を自動判別できない不具合を修正しました。2018/4/12[不具合修正]一部の古いノードロックライセンスが動作しない不具合を修正しました。ESPRESSOのpwoutファイルの読み込みでエラーが出る不具合を修正しました。ESPRESSOのLowdin電荷読み込みでエラーになることがある不具合を修正しました。2018/4/10[新機能]「ファイルを開く」ツールボタンにファイル履歴のドロップダウンメニューを追加しました。「ファイルを再度読み込み」「ファイルを名前をつけて保存」「フォルダを開く」「全画面」のツールボタンを追加しました。環境設定画面で結合再生成時の例外対象を指定することができるようにしました。[編集]-[原子]-[最適化フラグ変更]において、各ソルバの設定を選択できるようにしました。[編集]-[分子種単位で選択]ウィンドウにおいて、各成分の密度を表示できるようにしました。gro形式で出力できるようにしました。LAMMPSにおいて、ローカルマシンで実行中のジョブのエネルギー変化を表示できるようにしました。LAMMPSの入力ファイル作成において、単原子イオンをサポートしました。界面ビルダでリピート数のサジェスト機能を追加しました。crystalに対応しました。ESPRESSOのLSDA計算のPDOS出力に対応しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに、Propertiesタブを新設し、各種結果処理をpw.x実行後に連続して実行できるようにしました。diagonalizationキーワードを追加しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに、現在選択されているpseudoファイルから計算される価電子数を表示し、nbndが価電子数を下回っていた場合はエラーを出すようにしました。ESPRESSOのPotential分布のcubeファイル生成・表示に対応しました。ESPRESSOにおいて、ibrav毎のデフォルトのk点のパスをUserPref\kpath_default.txtにおいて設定できるようにしました。ESPRESSOにおいて、デフォルトで選択されるpseudoファイルの優先度をUserPref\qe_pseudo_priority_list.txtで設定できるようにしました。ESPRESSOの結果表示ウィンドウにおいて、グラフ上で右クリックすると画像をコピーできるようにしました。ESPRESSOの入出力ファイルのデフォルトで設定される拡張子を変更できるようにしました。OpenMXキーワード設定にてPresetを追加しました。OpenMXキーワード設定にて、Resetボタン追加しました。OpenMXキーワード設定にてHubbard.U.Valuesに対応しました。OpenMPハイブリッド並列の設定を行えるようにしました。OpenMXキーワード設定にてDefinition.of.Atomic.Speciesキーワードの読み込みに対応しました。MD.Opt.EveryDIISキーワードに対応しました。OpenMXキーワード設定にてTemp.Control、scf.lapack.dste、MD.NH.Mass.HeatBathキーワードの読込に対応しました。OpenMXキーワード設定にてOrderN.HoppingRanges、OrderN.KrylovH.order、OrderN.KrylovS.order、OrderN.Exact.Inverse.S、OrderN.Recalc.Buffer、OrderN.Expand.Coreキーワードの読込に対応しました。OpenMXインプット読込時、Hubbardキーワードの読込に対応しました。OpenMXインプット読込時、Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit(frac/Ang/AU)の読み込みに対応しました。OpenMXインプット読込時、Atoms.UnitVectors.Unit(Ang|AU)の読み込みに対応しました。OpenMXキーワード設定時、キーワード間にスペースを入れて整形するようにしました。OpenMXのPDOSのポスト計算・表示に対応しました。dat#のOpenMXの入力ファイル読み込みに対応しました。環境設定ウィンドウにおいて、OpenMXの入出力ファイルのデフォルトで設定される拡張子を変更できるようにしました。BoltzTraPインターフェースを追加しました。experimental)表面切り出しの格子点の取りなおし画面にて、縦・横・高さを指定できるようにしました表面切り出しの格子点の取りなおし画面にて、新しい格子を候補リストから選べるようにしました。環境設定ウィンドウにおいて、各種結果表示ウィンドウにおけるグラフ描画エンジンにGnuplotを選択できるようにしました。(experimental、一部未対応)[不具合修正]一部の処理において、空ファイルを読み込んだ際にエラーが出る不具合を修正しました。mapのカラーバーが動かないようにしました。[編集]-[原子]-[最適化フラグ変更]において、初期状態で適切にフラグが表示されない不具合を修正しました。CNDO/SでUVVISの結果を表示するフォームが出ない不具合を修正しました。MDライセンスがないときにGaussianおよびGAMESSのリモートジョブを投入できない不具合を修正しました。SP3酸素原子を含む系でDreiding力場が正しく設定されないことがある不具合を修正しました。アニメーションウィンドウからのGIF出力がインストールフォルダに作成される不具合を修正しました。Gromacsのエネルギーグラフの描画が失敗する不具合を修正しました。WSLでLAMMPSの動系分布関数でGroupの追加でエラーになる不具合を修正しました。WSLでLEaPを実行できない不具合を修正しました。WSLでsanderを実行できない不具合を修正しました。Update以降のWSLで関連するプログラムが実行できない不具合を修正しました。Triclinic(内部処理におけるibrav=14)と判定された構造でcelldmが正しく設定されない不具合を修正しました。cellがEnableでキーワードを設定し、インプットファイルを作成すると構造が崩れる不具合を修正しました。ESPRESSOの各種結果処理のファイル選択ダイアログにおいて、デフォルトで適切なファイルが選択されない不具合を修正しました。EPSRESSOのconstant-mu計算のアニメーション表示の際に、ローカルマシンで実行中のoutファイルを開くと範囲チェックエラーが出る不具合を修正しました。cosBCキーワードが適切に読み込まれない不具合を修正しました。cキーワードが大文字の場合に読み込まれない不具合を修正しました。ESPRESSOのバンド構造描画において、表示桁数が小さくグラフがずれる問題を修正しました。OpenMXの入力ファイルで複数の改行コードが共存するときに読み込みができない不具合を修正しました。PBS用リモートジョブのひな形スクリプトのbashをデフォルトシェルに変更し、Cシェル系がデフォルトの一部環境で動作しない不具合を修正しました。[仕様変更][編集]-[分子種単位で選択]ウィンドウのリサイズに対応しました。groファイルに各ステップの時間を入れるようにしました。Animationウィンドウにメニューバーを設置しました。LAMMPSのキーワードを設定せずにLAMMPS実行を選んだ場合に、キーワード設定ウィンドウを自動で開くようにしました。界面ビルダでAdjustチェックボックスを使用せず、常にセルのサイズを調整するようにしました。ESPRESSOの実行時にPrimitiveセルに変換する際、rhombohedral格子をtriclinicではなくrhombohedralとして内部処理するようにしました。ESPRESSOの入力ファイルでATOMIC_POSITIONSの後に{}を付けないようにしました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのPresetからBandsとDOSを削除しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおける入力値のチェック機構を一部変更しました。ESPRESSOの入力ファイルを書き出す際に、ATOMIC_POSITIONS、CELL_PARAMETERSの単位を囲む括弧を除去しました。ESPRESSO用リモートジョブのひな形スクリプトを変更しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウの初回起動時の処理を高速化しました。ESPRESSOキーワード設定のBands/DOSタブの内容をPropertiesタブに移しました。ESPRESSOキーワード設定において、[Set]ボタンを押す際に開いているファイルの種類に応じて編集中のファイルの拡張子を変更するようにしました。cellのチェックを外す仕様を廃止しました。ESPRESSOの各種結果処理における中間ファイルのファイル名を一部変更しました。OpenMXキーワード設定時VPSファイルが見つからない時にエラーを表示するようにしました。settingを削除しました。OpenMXキーワード設定にて、タブ順序を変更しました。%WM_NUM_PARALLEL%という文字列をスレッド数・プロセス数・それらの積として解釈するようにしました。PBS用リモートジョブのひな形スクリプトのヘッダを変更しました。リモートジョブ投入ウィンドウにおいてひな形スクリプトを新規作成する際のメッセージを変更しました。2018/3/9[不具合修正]MO表示のSmoothSolidがSolidと同じ表示になる不具合を修正しました。ソルバプログラムのコンボボックスをGaussianにした時のインポートボタンが機能しない不具合を修正しました。紫外可視吸収スペクトルのピークが2000個以上の時に範囲チェックエラーになる不具合を修正しました。cell]のチェックが起動時に外れる不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウを立ち上げる際に、範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。OpenMXのキーワード設定画面で、scf.criterionとscf.MixingStarPulayの位置が逆転している不具合を修正しました。OpenMXのファイル読み込みとジョブ実行ができない不具合を修正しました。(V.8.011以降)puttyボタンでputtyを起動するとコンソールウィンドウが表示されない不具合を修正しました。64bit版でMACアドレスが一部しか取得できない不具合を修正しました。[仕様変更]OpenMXでscf.criterionのデフォルト値を1.0e-6に変更しました。ESPRESSO関連機能において、outdir内のdata-file.xmlが他の名前で出力されていてもoutdirとして認識するように変更しました。2018/2/9[新機能]OpenMXキーワード設定にscf.EigenvalueSolverにKrylovを追加しました。OpenMXキーワード設定にMDの温度制御と熱浴に関するパラメータを追加しました。3DでJPG保存できないことがある不具合を修正しました。MOPACのIRC出力読込で、一部を読み落とすことがある不具合を修正しました。Fireflyの出力読込で、分子軌道の表示ができないことがある不具合を修正しました。GaussianのFchkファイル読み込みで原子リストが更新されない不具合を修正しました。NWChemのrestart計算の出力ファイルの読み込みが失敗する不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定の[Save]および[Load]において、K_POINTSなど複数行のテキストが適切に設定されない不具合を修正しました。FDMNESの対象原子選択において、インデックスが1つずれる不具合を修正しました。結晶ビルダでマウスのWheel操作でズームしない不具合を修正しました。結晶ビルダを起動中にタスクバーからWinmostarのアイコンが消える不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定でHoppingRangesはon/offとなっていたが、正しくは数値なので修正しました。OpenMXキーワード設定で2文字元素の時にパラメータが設定できない不具合を修正しました。OpenMXキーワード設定でキーワードの操作順序により、設定が元に戻ってしまう不具合を修正しました。crystalの時に座標が全て原点になってしまう不具合を修正しました。[仕様変更]OpenMXキーワード設定でメイン画面上に既に設定されているキーワードを読み込めるように変更しました。OpenMXキーワード設定でscf.EigenvalueSolver=Krylovの時のみ、OrderNのKrylov関係の項目を表示するように変更しました。OpenMXキーワード設定でscf.SpinPolarization=NCのときにオイラー角などのカラムが追記されるように変更しました。OpenMXキーワード設定でscf.SpinPolarization=NCのとき原子座標の一番右のカラムにonをいれ、それ以外はoffになるように変更しました。OpenMXキーワード設定でomxprm.txtのデフォルト値をOpenMXViewerのデフォルト値に変更しました。言語設定を英語にしても日本語になる一部のエラーメッセージの英語化しました。[環境設定]-[表示]-[表示選択]において、メイン画面における格子定数・電荷の種類の表示を設定できるようにしました。選択した原子の最適化フラグの一括変換機能を追加しました。([編集]-[原子]-[最適化フラグ変更])計算用ツールバーにインポートボタンを追加しました。])でタブ間を移動できるようにしました。GAMESSのEasySetupにCISとCCSDを追加しました。ESPRESSOキーワード設定のPhononタブに、キーワードを自由に入力できる欄を追加しました。ESPRESSOの各自由度の最適化フラグの読み込み・出力に対応しました。ESPRESSOの入力または出力ファイルの拡張子がinまたはoutの場合にも読み込めるようにしました。ESPRESSOのキーワード設定の内容(qesetファイル)を書き出し・読み出しできるようにしました。ESPRESSOキーワード設定において、ローカルマシンにインストールされていない擬ポテンシャルファイルを設定できるようにしました。ESPRESSOキーワード設定において、選択された擬ポテンシャルファイルをテキストエディタにて開けるようにしました。ESPRESSOにおいて、BOMDのキーワード設定、アニメーション表示、アニメーションウィンドウ下部でのエネルギー・温度のグラフ化に対応しました。alatの形式に対応しました。OpenMXのキーワード設定を項目ごとのタブにしました。OpenMXの原子種ごとの設定(PAO,VPS,α,βスピン)を行えるようにしました。As]メニューにショートカットキーを追加しました。sdfファイルの読み込み時に各自由度の最適化フラグがリセットされない不具合を修正しました。大規模PDBファイルで、原子リストのXYZ表示の桁がズレることがある不具合を修正しました。3D表示で原子選択がうまくいかないことがある不具合を修正しました。ESPRESSOの出力ファイルを開けない不具合を修正しました。convert-tprが流れない不具合を修正しました。groファイル保存時に、原子数が100,000以上の場合にフォーマットが崩れる不具合を修正しました。ESPRESSOを実行できない不具合を修正しました。cosBCが適切に考慮されない不具合を修正しました。ESPRESSOの入力ファイル読み込み時に、コメントアウトが一部考慮されない不具合を修正しました。ESPRESSOのファイルを読み込む際に、デフォルトでルートディレクトリが選択される不具合を修正しました。リモートジョブ投入において、Conflexの設定が一部動作しない不具合を修正しました。Windows)ライセンスをなくし、無償版でも使用できるようにしました。200から600に拡張しました。グラフェン-水-グラフェン系のサンプルファイルを追加しました。(samples/graphene_water_graphene.mol2)メイン画面右上のキーワード入力部の内容からファイルの種類を判定する基準を一部変更しました。メイン画面のソルバ選択のプルダウンの並び順を変更しました。原子数が多い状態でgroファイルを保存する際に、規定のフォーマットから逸脱する場合は警告を表示するようにしました。MDの力場(itp)ファイルの生成に失敗した場合に、一連の処理を中断するようにしました。acpypeを用いてGAFFまたはOPLS力場を割り当てる際に、自動で割り当てられなかった係数がある場合はメッセージを表示するようにしました。ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのレイアウトを変更しました。ESPRESSOの入力ファイル作成において、restart_modeの設定基準を一部変更しました。ESPRESSO形式で保存する際に、キーワード設定ウィンドウを表示するようにしました。ESPRESSO用のリモートジョブ投入スクリプトを一部変更しました。(カスタマイズされたスクリプトを使用している場合は、8.007を使用して再度生成することをお勧めします。ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、メイン画面右下のキーワード表示部に、ATOMIC_SPECIES、ATOMIC_POSITIONSレコードを表示しないようにしました。ESPRESSOの結果解析画面において、項目名のダブルクリックでチェックを入れられるようにしました。ESPRESSOの結果解析画面において、グラフ出力に失敗した場合の挙動を一部変更しました。directoryに自動でキーワード設定ファイル(qeset)を出力するようにしました。ESPRESSOの差密度・エネルギー(.esm1)表示機能を変更し、差分だけでなく選択したesm1ファイルの密度・エネルギーも表示できるようにしました。OpenMXのキーワード設定時、構造に関する浮動小数点数データを書式付きで出力するようにしました。FOCUS向けのLAMMPS用リモートジョブ投入スクリプトのサンプルファイルの名称を変更しました。lammps.txtfoc)旧式のLAMMPS用リモートジョブ投入スクリプトlammps.txtを削除しました。リモートジョブ投入ウィンドウのレイアウトを変更しました。testを実行するようにしました。各種リモートジョブ投入スクリプトの冒頭にpwdコマンドを追加しました。環境設定ウィンドウのレイアウトを変更し、[計算]タブを新設しました。SP値の計算で、Node.jsのインストールを不要にしました。2017/12/8[新機能]エネルギーレベル画面にHOMO-LUMOギャップを表示するようにしました。GAMESSのSetupで、CITYPにCISを追加しました。CCTYPを追加しました。GAMESSのEasySetupに$PCMを追加しました。GaussianのSetupにSCRF=PCMを追加しました。GaussianのEasySetupにSCRF=PCMを追加しました。GaussianのSetupのHamiltonianにccd,ccsdを追加しました。TurbomoleのADC(2)計算に対応しました。ハンセン溶解度パラメータを計算した際に、HildebrandのSP値も表示するようにしました。3Dの画像保存で読み込んだファイルのパスに保存されない不具合を修正しました。Z-Matrixの結合関係が原子名で記述されている場合に、Gaussianの入力ファイルが読みこめない不具合を修正しました。Atomsが表示されない不具合を修正しました。同じ種類の分子が不連続に複数回登場する際に、LAMMPSのdataファイルが適切に生成されない不具合を修正しました。ESPRESSOのpwinファイルを読み込み、もう一度格子変換をした際に失敗する不具合を修正しました。点群Ih(C60等)が対称化できない不具合修正しました。大きな分子のハンセン溶解度パラメータを計算できない不具合を修正しました。[仕様変更]メイン画面の元素コンボボックスを手入力可能にしました。メイン画面の元素コンボボックスや分子情報ペインでダミー原子を追加/変更できるようにしました。GAMESSのデフォルトパスを変更しました。LAMMPSのdataファイル読み込み時に失敗した際の挙動を変更しました。LAMMPSのdataファイル読み込み時に、各種Coeffセクションが通し番号順に並んでいなくても読み込める様にしました。LAMMPSのエネルギー変化メニューでthermo出力が複数に分かれている場合でも読み込めるようにしました。thermo_styleは一致している必要があります。CRYSTALの時の読み方をCELL_PARAMETERSに則すように変更しました。リモートジョブ投入のRescaleの[info-c]テストで、エラーになる場合も表示されるようにしました。リモートジョブ投入のProgramで、プログラム名.*.txtの指定も可能にしました。ハンセン溶解度パラメータの算出時の中間データ形式を変更しました。2017/11/13[不具合修正]ディスプレイの設定を拡大表示にしたとき、レイアウトが崩れる不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定を開くたびに擬ポテンシャルの設定がリセットされる不具合を修正しました。[仕様変更]ハンセン溶解度パラメータの算出をCygwinなしで実行できるようにしました。Windowsでは、インストーラ実行時にWinmostarの64bit/32bitの選択ができるようにしました。cellの相互変換を行う機能(格子変換)を追加しました。OpenMXキーワード設定時、結晶構造のコンベンショナルセルの並進ベクトルを自動判定し、Band.KPath.UnitCellとして設定するようにしました。[不具合修正]ダイポールモーメントの矢印の形を修正しました。Gromacsにおいて、キーワード設定を一度も立ち上げていない状態でGromacsを実行できない不具合を修正しました。LAMMPSのdataファイル生成時に、原子種は同一だが電荷が異なる原子を含む原子について、最初に登場した原子の電荷が使われる不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定において、calculation=mdまたはcpで、ion_dynamics=noneを指定しているときに、pwinファイルにion_dynamicsおよびion_velocitiesキーワードが出力されない不具合を修正しました。(V.8.002以降のみ)QuantumESPRESSOの実行時、体心のセンタリングがない一部の結晶に対して体心格子として判定し、ibrav=3としてしまう不具合を修正しました。[仕様変更]ツールバーのアイコンを修正しました。ライセンスがない、または不正な場合はWinmostarを起動しないようにしました。antechamber(AmberTools)が作成したRESP電荷を含むmol2ファイルの読み込みに対応しました。リモートジョブ実行時に、Gromacsがインストールされない環境でもLAMMPSのリスタートファイルが生成されるようにしました。HSP機能利用時に生成されるシェルスクリプトを微修正しました。2017/10/2[新機能]64bitに対応しました。インストーラで32bit/64bit,日本語/英語を自動判別するように変更しました。メイン画面の3D描画に対応しました。(β版)計算ソルバ用ツールバーの追加しました。NWChemキーワード設定画面で基底関数ののCartesian/Sphericalの選択できるようにしました。NWChemキーワード設定画面で基底関数の例外を指定できるようにしました。Stringに対応しました。NWChemキーワード設定画面で使用メモリを設定できるようにしました。guessの精度を設定できるようにしました。NWChemキーワード設定画面でECPの設定をできるようにしました。NWChemキーワード設定画面でgeometryのnoautozを設定できるようにしました。分子の慣性主軸の長軸をx軸に揃える機能を追加しました(タンパク質向け)。Gromacsにおいて連続ジョブ実行に対応しました。GromacsのRamachandoranプロット作成機能を追加しました。スペクトル算出機能を追加しました。Gromacsのトラジェクトリの回転・間引き機能を追加しました。Gromacsのリモートジョブスクリプトのカスタマイズに対応しました。GromacsのER法・BAR法機能において任意の分子種の溶質に対応しました。GromacsのBAR法のリモートジョブ実行時に、submitした一連のジョブを一括でkillできるようにしました。Gromacsの密度分布算出機能において複数グループの選択に対応しました。LAMMPSの熱伝導率計算機能を追加しました。LAMMPSキーワード設定においてPreset機能を追加しました。LAMMPSの無機物、DPD計算時の伸張・アニーリング計算に対応しました。LAMMPSの界面(表面)張力計算機能を追加しました。LAMMPSのSAXS計算機能を追加しました。LAMMPSのリモートジョブスクリプトのカスタマイズに対応しました。LAMMPSキーワード設定において平均温度・密度のスケーリング機能を追加しました。LAMMPSのlogファイルに工業ひずみの出力を追加しました。ESPRESSOキーワード設定において、リモートジョブ実行に必要なファイルを一括で保存するボタンを追加しました。MDのトラジェクトリ読み込み機能において、メイン画面で選択された分子についてトラジェクトリを抜き出す機能を追加しました。ESPRESSOのSCF、Bands、DOS計算の連続実行に対応しました。誘電率計算のリモートジョブに対応しました。OpenMXのローカル環境(Cygwin)での実行に対応しました。OpenMXのリモートジョブスクリプトのカスタマイズに対応しました。結晶ビルダにてナノクラスタ作成機能を追加しました。DC-DFTBキーワード設定にてMD関連の項目を追加しました。DC-DFTBキーワード設定にてSKファイルのディレクトリを指定できるようにしました。dcoファイル編集メニューを追加しました。datファイル編集メニューを追加しました。DC-DFTBトラジェクトリ読み込みメニューを追加しました。DC-DFTBエネルギー変化メニューを追加しました。Parameterの算出に対応しました。[仕様変更]Zoom,Atom,Bondのスライダーを表示用ツールバーのポップアップに移動しました。Plain/Normalラジオボタンを削除しました。アノテーションの切り替え機能をビュー用ツールバーに移動しました。メインメニューの項目の順番を一部入れ替えました。リモートジョブ投入画面でzipファイル解凍時に「done.」と表示するよう変更しました。リモートジョブのPBSキュー使用時に出力されるスクリプトを一部変更しました。各種ヒント(バルーンヘルプ)の表示時間を60秒に変更しました。directoryの最大バックアップ数を100から1000に変更しました。MD、Solidの各種ソルバの並列数の設定を保存するようにしました。[MD]-[溶媒を配置/系を構築]においてBuildした後に視点をリセットするように変更しました。[MD]-[分子を挿入]において冗長なメッセージが表示されないように変更しました。MDの各種結果解析処理において、中間ファイルの上書き前に、以前の中間ファイルを削除するようにしました。キーワード設定画面のconstraintsをBasicタブ、refcoord-scalingをAdvanceタブに移しました。Gromacsのリモートジョブ実行時に、継続ジョブをローカルのデータから開始するか、リモート上のデータから開始するか選べるように変更しました。GromacsのER法実行画面のデザインを変更しました。GromacsのBAR法計算のスレッド数をBAR法実行画面で設定できるように変更しました。Gromacsの速度・セルサイズの自動スケーリング機能において、スケーリングするタイミングをジョブ開始前からジョブ開始後に変更しました。GromacsのER法およびBAR法のリモートジョブ実行のデータ取得(get)時に、データを保存するローカル上のパスを都度選ぶように変更しました。LAMMPSキーワード設定のデフォルト設定で、PPPM法を使用し、水素原子にSHAKE法を使うように変更しました。LAMMPSの実行に失敗した際に、ポスト処理を実行せず即座に終了するように変更しました。LAMMPSキーワード設定画面のSHAKEの設定をBasicタブに移しました。LAMMPSのジョブ実行用batファイルを一部修正しました。ESPRESSOのリモート実行時に、ローカル環境にMPIのインストール有無をチェックしないように変更しました。ESPRESOキーワード設定画面において、キーワード名をそのまま表示し、ヒント表示でキーワードの内容を表示するよう変更しました。ESPRESSOのジョブ実行用batファイルを一部修正しました。ESPRESSOの入力ファイルからpseudo_dirキーワードを削除し、擬ポテンシャルファイルは環境変数ESPRESSO_PSEUDOから探すように変更しました。ESPRESSOのepsilon.x実行時にMPIを使用しないように変更しました。ESPRESSOの結果表示ウィンドウのデザインを変更しました。ESPRESSOキーワード設定において、一部のプルダウンメニューにおいて直接キーワードを入力できるよう変更しました。ESPRESSOキーワード設定において、scf計算などにおいてもcp.xを選択できるように変更しました。おいて、x軸をフェルミエネルギーにシフトできるように変更しました。プロットファイル(xvg)の出力桁数を増やしました。DC-DFTBリモートジョブ実行時に作業フォルダを作成するようにしました。2017/10/2[新機能]DC-DFTBキーワード設定にてMD関連の項目を追加しました。DC-DFTBキーワード設定にてSKファイルのディレクトリを指定できるようにしました。dcoファイル編集メニューを追加しました。datファイル編集メニューを追加しました。DC-DFTBトラジェクトリ読み込みメニューを追加しました。DC-DFTBエネルギー変化メニューを追加しました。[仕様変更]DC-DFTBリモートジョブ実行時に作業フォルダを作成するようにしました。Schemeがgmxsetファイルに保存できない問題を修正しました。末尾に空行を含まないgroファイルを読み込めない不具合を修正しました。2017/9/4[不具合修正]4オングストローム未満の辺を持つセルがある場合に、共有結合の自動生成でエラーが起こる不具合を修正しました。LAMMPSキーワード設定のOutputタブで変更がスクリプトに反映されないことがある不具合を修正しました。LAMMPS実行機能において、OPLS+GAFFでdataファイルを生成できない不具合を修正しました。groupに失敗する不具合を修正しました。ESPRESSOキーワード設定において、フォノン分散の設定が保存されない不具合を修正しました(V.7.025以降)。アスペクト比が正しくないことがある不具合を修正しました。[仕様変更]Winmostar終了時にtempフォルダを削除しないようにしました。GAMESS実行前にtrjファイルを削除するようにしました。IR/UVVis画面でリストとグラフの間のスプリッタでサイズ変更できるようにしました。[MD]-[分子を挿入]メニューで不必要な警告が表示されないようにしました。LAMMPS実行時に生成されるgroファイルにおいて、units=metalの際に系全体が同一分子となるよう変更しました。LAMMPSのリモートジョブ実行で並列度が$npに反映されるようにしました。DC-DFTBメニューをアドオンメニューに移動しました。ERメニューをアドオンメニューに移動しました。CONFLEXメニューをアドオンメニューに移動しました。ERでNAMDのエネルギー変化グラフを表示できるようにしました。ESPRESSOのリモートジョブ実行において、リモートジョブ用スクリプトの編集に対応しました。メインメニューからcygwinコンソール画面を起動する機能を追加しました。[不具合修正]LAMMPSキーワード設定において、メタン状分子が存在しSHAKEの設定をdisableにする際、手入力したキーワードがリセットされる不具合を修正しました。ESPRESSOで擬ポテンシャルフォルダの一部の階層のフォルダが数字で始まる場合に正しく設定されない不具合を修正しました。ESPRESSOのキーワード設定画面でキャンセルした際に、一部の設定(大きいテキストボックスを使う設定)が残る問題を修正しました。ESPRESSOおよびOpenMXのアニメーション表示画面において、原子座標に変更を加えると範囲チェックエラーが起きる問題を修正しました。ESPRESSO実行において、一度もキーワード画面を立ち上げずに既存のpwinファイルからジョブを開始する際にエラーが発生する問題を修正しました。[仕様変更]GromacsからMODYLASに入力ファイルを変換するツールをwinsmostarに同梱するようにしました。ERで自由エネルギー計算サマリ出力、グラフ表示、CSV出力等を修正、変更しました。ERで溶媒を追加する際の密度指定をなくしました。ESPRESSOのアニメーション表示時に、原子数が3000以下の場合はメイン画面のリストを更新するように変更しました。OpenMXキーワード設定においてMD.Type=RFC5を追加しました。リモートジョブ投入のRescaleの[info-c]テストで、エラーになる場合も表示されるようにしました。ヒントの表示時間を10秒に変更しました。2017/7/7[新機能]LAMMPSのエネルギー変化において、単位表示に対応する項目の種類を増やしました。Aveにおいて、単位を表示するようにしました。ESPRESSOキーワード設定にResetボタンを追加しました。[不具合修正]ドラッグ&ドロップによるファイル読み込みでタイトルバーのファイル名が正しく反映されない不具合を修正しました。LAMMPSのDreiding力場の設定に失敗することがある不具合を修正しました。一部の中間ファイル生成時にファイルがロックされて処理が継続できなくなる不具合を修正しました。dataファイルの読み込み時に、指定したファイルが読み込まれない不具合を修正しました。ESPRESSOのアニメーション読み込み(pwout)において、読み込まれたファイルがロックし続けられる不具合を修正しました。2017/7/4[新機能][ファイル]-[追加読み込み]メニューを追加しました。[編集]-[分子種でソート]メニューを追加しました。MOPACキーワード設定において、バルーンヘルプを追加しました。GAMESSのIRCキーワードに対応しました。GAMESSのHSSENDキーワードに対応しました。チュートリアルを追加しました。Gromacsキーワード設定のForceFieldのtopファイル読み込み時に、topファイルに記述された電荷をメイン画面へ読み込むようにしました。GromacsのHildebrand溶解度パラメータとChi/DPDパラメータにおいて、Excel出力と結果のコピーに対応しました。Aveにおいて、対象とするデータの範囲を指定できるようにしました。Gromacsキーワード設定において、出力されるtrrファイルのサイズを推定する機能を追加しました。Gromacsのエネルギー表示画面において、ドラッグアンドドロップによるファイルの指定が可能となりました。LAMMPSのアニメーション表示において、結合の動的判定に対応しました。(DynBondボタン)MODYLASにおいて、対応するジョブスケジューラの種類を増やしました。MODYLASのoutファイル編集メニューを追加しました。ER]メニューを追加しました。MDのMSD表示画面において対数表示に対応しました。多機能マウスの進む/戻るボタンに対応しました。[不具合修正]OpenBabelを用いた水素付加において、メイン画面の座標リストが更新されない不具合を修正しました。[編集]-[部分編集]-[部分クリーン]で形がゆがむことがある不具合を修正しました。[編集]-[番号交換]メニューでZ-Matrixが正しくないことがある不具合を修正しました。GAMESS入力データのゴースト原子でエラーになる不具合を修正しました。Amberの座標ファイル読み込み時に残基番号と残基名がずれる問題を修正しました。bond/angle算出において、指定した原子が選択されない不具合を修正しました。アニメーションウィンドウにおいて、groボタンの配置がリサイズ時に崩れる不具合を修正しました。一部の処理中にファイルがロックされる不具合を修正しました。[仕様変更]ファイル保存時に、拡張子を自動で補う機能が、ドットを含む文字列についても動作するようにしました。ファイル保存時に上書きを確認するメッセージを一部変更しました。結合の自動生成ルーチンを高速化しました。水素付加(OpenBabel)において、処理前のセルの全情報を引き継ぐようにしました。MOPACキーワード設定のレイアウトを微修正しました。溶媒を配置/セルを構築における警告メッセージの内容を変更しました。nameを原子種の名前から設定するようにしました。Gromacs実行時に生成されるシェルスクリプトを一部変更しました。Gromacsの溶解度/Chi/DPDパラメータをHildebrand溶解度パラメータとChi/DPDパラメータに分離しました。LAMMPSでExceptionで生成する力場の原子タイプに分子番号のサフィックスを追加しました。LAMMPSでDreiding力場割当時にImproperに対応しました。LAMMPSでDreiding力場割当時にbond_types,angle_types,dihedral_types,improper_typesを使用するようにしました。LAMMPS実行時に出力されるgroファイルにおいて、分子名をUNKからMOLXX(XXは分子種のカウント)に変更しました。LAMMPSキーワード設定を閉じる際に、入力項目のチェックを行うようにしました。RestraintをRestraintタブに、PullをNon-Equilibrium(1)タブに移しました。LAMMPSにおいて、dataファイルを作成する際に不要なパラメータ行を削除するよう変更しました。Amberのleap実行時に、作業ディレクトリ名を、その時点で開いているファイル名でなく、保存されるcrdファイルの名前から取得するようにしました。MDのキーワード設定のForceFieldの設定において、Exceptionに指定した原子のLJパラメータのデフォルト値を0に変更しました。aveで表示される数値の絶対値が小さい項目は対数表示に切り替えるようにしました。OpenMXキーワード設定画面のレイアウトを微修正しました。ESPRESSOのpwinファイル読み込み、cp.xのアニメーション読み込み後に、ファイルがロックされる不具合を修正しました。Gromacsのエネルギー変化において、#を含む項目のグラフ表示ができない不具合を修正しました。LAMMPS実行時に、MPI使用有無に関わらず、キーワード設定画面で入力された並列数がリクエストされる不具合を修正しました。OpenMXのmxinファイルを開いた後に上書き保存するとエラーになる不具合を修正しました。[仕様変更]10万原子以上または1万残基以上のPDBファイルの保存をできるようしました。OpenMXのジョブ開始時にlogファイルのバックアップを作成するようにしました。リモートジョブ投入において、メイン画面のモデルの変更がなかった際に、変更を保存するか問い合わせないようにしました。OpenMXのリモートジョブ投入において、PBS以外のジョブスケジューラを標準サポートしました。2017/5/9[新機能]リモートジョブ投入で、Rescaleに対応しました。DC-DFTBのインターフェースを追加しました。Gromacsにおいて分子内座標の拘束に対応しました。分子モデリングチュートリアル(金属錯体)を追加しました。DC-DFTBを用いた構造最適化チュートリアルを追加しました。[不具合修正]リモートジョブ投入のTest[sftp]で、SubmitJob画面が最前面に固定される不具合(V.7.017)を修正しました。Webサイトへのリンクを修正しました。[仕様変更]IR/Raman振動のベクトル表示の太さを結合の太さと連動して変更できるようにしました。FieldのExceptionの設定において、分子にチェックを入れると同時にその分子を選択するように変更しました。FieldでDreidingを選択した時に、途中で生成されるitpファイルの中のatomtypeに分子種のIDを付加するようにしました。2017/4/20[新機能]GaussianのEasySetupで、Link1がある時はpop=full,gfprintをLink1の後に設定するようにしました。MODYLASキーワード設定においてmddefファイル保存ボタンを追加しました。[不具合修正]編集作業後に原子リストが更新されないことがある不具合を修正しました。1番目の原子を削除したときにZ-Matrixの再生成に失敗することがある不具合を修正しました。GAMESS入力ファイルのZ-Matrixが読めないことがある不具合を修正しました。GAMESSデータ(*.gms)の読込後に、名前を付けて保存でファイルの種類がMOSFになる不具合を修正しました。GaussianのTDDFTの出力結果で、エネルギーが0eVの時にエラーになる不具合を修正しました。一部の環境でcygwinコマンドを発行する機能(acpype電荷アサイン、pdb2gmx水素付加など)のUIが崩れる不具合を修正しました。Directoryボタンが動作しない不具合を修正しました。結晶ビルダを再起動時に視点がリセットされない不具合を修正しました。[仕様変更]GAMESSの入力ファイルがGAMESSのインストールフォルダにある場合は計算後に入力ファイルを削除しないように変更しました。GAMESSの赤外線強度の表示を(Debye/amu-Angstrom)^2単位にしました。リモートジョブ投入画面でsftp後にウィンドウを最前面に戻すようにしました。llsubmitを用いたジョブ投入の際に出現する冗長なダイアログを出ないようにしました。ESPRESSOにおいて、擬ポテンシャルファイルのフォルダをマニュアル設定できるようにしました。2017/4/6[新機能][編集]-[密度を変更]を原子単位で適用できるようになりました。OnLineに対応しました。SMASHのインプットファイル作成および読込に対応しました。[MD]-[溶媒を配置/セルを作成]においてmol2ファイルのドラッグアンドドロップに対応しました。[MD]-[界面ビルダ]でファイルのドラッグアンドドロップに対応しました。ESPRESSOのデータ読み込みに対応しました。Gromacsキーワード設定において、プリセット(簡易セットアップ)機能を追加しました。密度分布算出機能を追加しました。timeの表示を追加しました。simulationにおいて、前の計算の平均温度またはシステムサイズに自動的にスケーリングする機能を追加しました。LAMMPSにおいて、水分子の結合角のSHAKEによる拘束に対応しました。LAMMPSにおいて、拡張ハミルトニアンの出力に対応しました(ensemble=nvtかつtchain=1のときのみ)。g」ボタンによるログの中継機能に対応しました。[MD]メニューにMODYLASインターフェースを追加しました。mddef作成、結果の表示のみ可能。)[固体]メニューにOpenMXインターフェースを追加しました。入力ファイル作成()キーワード設定、リモート接続と一部の原子種のみ対応。ESPRESSOにおいて、フォノン・誘電率計算機能を正式に追加しました。ESPRESSOにおいて、積算DOSの表示機能を追加しました。ESPRESSOにおいて、フェルミ面の表示機能を追加しました。ESPRESSOキーワード設定、バンド構造および状態密度表示において、スピン分極計算に対応しました。ESPRESSOのバンド構造の表示において、特殊点のラベル設定を追加しました。フェルミ面、スピン分極計算チュートリアルを追加しました。[不具合修正][編集]-[密度を変更]でメイン画面右のリストが更新されない不具合を修正しました。PDB形式で読み込んだ分子に対し[編集]以下の機能で原子を追加した後にPDB形式で保存できない問題を修正しました。一部の「開く」ダイアログで全拡張子(*.*)の選択ができない問題を修正しました。LAMMPSにおいて一部のdataファイルを読み込ませた際に処理が完了しない不具合を修正しました。ESPRESSOにおいて、pwoutファイルのアニメーションを3D表示する際にセルが表示されない不具合を修正しました。[仕様変更]新規作成時にカメラを初期状態に戻すよう変更しました。新規作成またはファイル読み込み時にAnimationウィンドウが開いていた場合に閉じるように変更しました。自動で結合を生成する箇所でH2分子の結合を認識するよう変更しました。openbabel]、[MD]-[水をイオンに置換]で、進捗を確認できるように変更しました。[編集]-[水素付加]-[pdb2gmx]、[MD]-[水をイオンに置換]において元となるpdbファイルのchainレコードを考慮するように変更しました。NWChemで全原子に同じ基底を使用した場合はどの基底でもMOの表示ができるように変更しました。[MD]-[溶媒を配置/セルを作成]の名称を[溶媒を配置/セルを構築]に変更しました。[MD]-[溶媒を配置/セルを作成]において、水を配置する際に水モデルの種類ではなく水のサイト数を指定するように変更しました。[MD]-[水をイオンに置換]において、置換された数を処理後に表示するよう変更しました。[MD]-[界面ビルダ]のCancelボタンのラベルをCloseに変更しました。(挙動の変化はなし)top形式のトポロジファイルを生成する際に、atomtypesレコードの2カラム目の内容を原子番号に変更しました。(計算結果への影響はなし)Gromacsキーワード設定において画面レイアウトを変更しました。Gromacsキーワード設定においてデフォルトでfourierspacingキーワードを選択するようにしました。Gromacsキーワード設定において次のキーワードの設定を追加しました。Gromacsにおいてmdrunが異常終了した際に、ポスト処理を実行せずに即座に終了するよう変更しました。LAMMPSキーワード設定においてApplyボタンの機能をOKボタンに統合しました。LAMMPSキーワード設定において各タブの名称を変更しました。LAMMPSキーワード設定において、次のキーワードの設定を追加しました。Restraintに変更しました。LAMMPSキーワード設定においてSHAKEの最大反復回数を1000に変更しました。LAMMPSキーワード設定においてデフォルトで出力されるエネルギーの種類(thermo_style)を増やしました。LAMMPSにおいて、restartファイルからdataファイルを作成する段階でmpirunを使わないように変更しました。LAMMPSのリモートジョブ用スクリプトにおいて、新規・継続ジョブの処理を一部共通化しロバスト性を向上させました。LAMMPSのdataファイルを開いた状態で新規ジョブを開始したときに、dataファイルの再生成の是非と問うように変更しました。LAMMPSのdataファイルを開く際に、結合力の係数のフォーマットに依らず読み込みを行うように変更しました。Symmetry」に変更しました。symmetry)の設定を追加しました。cell」を無効とするように変更しました。ESPRESSOの状態密度表示機能において、エネルギーの範囲を可変とするよう変更しました。ESPRESSOにおいて、ジョブ継続時に前のジョブの出力ファイルから原子配置・セル情報を取得してpwinファイルを作成するように変更しました。directory以下に変更しました。ESPRESSOのフォノン分散表示において、k点を特殊点のラベルで入力できるように変更しました。ESPRESSOのフォノン分散表示の表示において、同じバンド構造を与える2点を接続して表示するように変更しました。ESPRESSOキーワード設定において、各設定項目を変更してもPresetの表示を変更しないようにしました。2017/3/1[不具合修正]Fireflyで計算結果が出力されないことがある不具合を修正しました。GaussianのESP2/Surfaceの3D描画で色がつかない不具合を修正しました。Restraint機能が使えるようにしました。LAMMPSのdataファイル生成部分を高速化しました。[不具合修正]SDFファイル読込で、最終行に$$$$がない時に最後のデータが読まれない不具合を修正しました。グラフェンのmol2保存で原子タイプ、結合タイプが正しく保存されない不具合を修正しました。QMの振動計算の3Dアニメ表示、3Dベクトル表示がずれる不具合を修正しました。GromacsのBAR法実行において、一部ファイルが適切にコピーされず処理を実行できなかった不具合を修正しました。Restraint機能において、拘束する原子数が多いときに.inファイル内に不要な改行が挿入される不具合を修正しました。LAMMPSにおいて、水を含む系でDreiding力場を使用した際に計算が回らない不具合を修正しました(V.7.010以降のみ)。一部のバージョンのLAMMPSで継続ジョブが回らない問題を修正しました。LAMPPSにおいて、GAFF・OPLS力場を使用する際に、dihedralの平衡角が適切に設定されない不具合を修正しました(V.7.010以降のみ)。[仕様変更]PG,PA,PBなどの原子の名前で元素記号を持たないPDBファイルの読み込みにある程度対応するようにしました。結合再生成で周期境界条件を考慮するようにしました。Fireflyの出力経過を表示するようにしました。アニメーションフォームを閉じたときに、原子リストをアップデートするようにしました。チュートリアルを追加しました。[不具合修正]CIFファイルの対称操作が大文字で書かれていると読み込めない不具合を修正しました。NWChemで一部出力ファイルの読み込みに失敗する不具合を修正しました。NWChemでNMRのピークが一つしかでない不具合を修正しました。NWChemでSTARTキーワードで出力ファイル名が指定されている場合にmovecsファイルを移動できない不具合を修正しました。LAMMPSインターフェースにおいて、ポテンシャルファイルのコピーが作業フォルダ内にコピーされない不具合を修正しました。LAMMPSインターフェースにおいてDreiding使用時にAngleポテンシャルの情報が出力されない不具合(V.7.010限定)を修正しました。結晶ビルダでRepeatの数字が更新されない不具合を修正しました。[仕様変更]GAMESSの2016バージョンに対応しました。2017/2/1[新機能]画面右上のZoom、Atom、Bondのエディットボックスで値を変更できるようにしました。[ファイル]-[再度読み込み]機能を追加しました。[編集]-[周期境界折り返し]において、原子単位の折り返しに対応しました。[MD]-[Bond/Angle算出]にTorsionの計算機能を追加しました。Gromacsキーワード設定においてDreiding力場を選択できるようにしました。LAMMPSキーワード設定においてAcpypeによる電荷の自動アサインに対応しました。OPLS-AA/L力場を選択できるようにしました。LAMMPSキーワード設定においてLJパラメータのマニュアル指定(Exception)にしました。LAMMPSキーワード設定において絶対座標の拘束に対応しました。LAMMPSキーワード設定において各種水モデルを選択できるようにしました。LAMMPSのdataファイルの読み込みを高速化しました。[不具合修正]原子選択時に最適化フラグがコンボボックスに反映されない不具合を修正しました。PDBファイル読み込みにおいて、一部のケースで原子名が認識されない不具合を修正しました。部分複製で増えた原子の最適化フラグが設定されない不具合を修正しました。環構築後に原子リストが更新されない不具合を修正しました。[編集]-[周期境界折り返し]において、メイン画面右のリストが更新されない不具合を修正しました。環境設定画面で結合判定係数を設定しても、次回立ち上げた時にリセットされてしまう不具合を修正しました。(5)タブのキーワードが更新されない不具合を修正しました。Managerで起動する際にリクエストするコア数が、MPI並列数に関わらず1になる不具合を修正しました。ポリマービルダでモノマーファイル(.wmo)の大文字、小文字の区別ができない不具合を修正しました。ESPRESSOの結果処理画面において、一部UIの表示の不具合を修正しました。2文字の元素名(Znなど)を点群解析するとダミー原子になる不具合を修正しました。[仕様変更]メインビューのAngleを小数点3桁まで表示して、各種小数点桁数を固定するようにしました。OpenSCADの設定を調整しました。NWChemをcygwinを使用してビルドしたものからMinGWを使用してビルドしたものに変更しました。LAMMPSのdataファイル読み込み時に結合長から結合次数を判定するようにしました。charges」に変更しました。Stylesレコードのカラム数が5の場合に処理を中断しないようにしました。Coeffsレコードがcharmm形式の場合に処理を中断しないようにしました。LAMMPSのdataファイル読み込み時に、原子IDをAtomレコードの並び順ではなくAtomレコードに書かれた値から取得するように変更しました。fieldのデフォルト値を「Dreiding」から「GAFF」に変更しました。realの時のみSHAKEのfixコマンドを発行するように変更しました。Points=Automaticを指定できるようにしました。CELL_PARAMETERSの単位が中括弧以外で囲まれている場合にも読み込めるようにしました。[MD]-[電荷割り当て]-[acpypeを使用]にて、実行後電荷を表示するようにしました。[MD]-[ポリマー]-[モノマー登録]において、点電荷が定義されていないと警告を表示するようにしました。ジョブマネージャで、Pauseをチェックすると停止するようにしました。2017/1/10[新機能]メイン画面でのcifファイルの読み取り時、対称操作後の構造を表示できるようにしました。CHARMM形式の座標ファイルのエクスポート機能を追加しました。File])原子リストで部分選択できるようにしました。セルの外側にある分子をセル内に戻す機能を追加しました。([編集]-[周期境界折り返し])系の密度を変更する機能を追加しました。([編集]-[密度を変更])明示的にacpypeを用いて点電荷を割り当てる機能を追加しました。([MD]-[電荷を割り当て]-[acpypeを使用])[表示]-[リセット]メニューを追加しました。OpenSCADでスケールの倍率を変更できるようにしました。GaussianのEasySetupで電荷と多重度を設定できるようにしました。GAMESSのEasySetupで電荷と多重度を設定できるようにしました。ESPRESSOのエネルギー表示画面において、各種エネルギー・熱力学量の平均値表示機能を追加しました。LAMMPSインターフェースにおいて、セルの自動作成機能を追加しました。LAMMPSキーワード設定において、Pulling機能(選択分子の等速移動)を追加しました。groファイルを出力する機能を追加しました。(VMD等との連携が可能)MD計算のトラジェクトリについて、指定した原子間の結合距離・角度の時間変化とヒストグラムを算出する機能を追加しました。([MD]-[Bond/Angle算出])MDの解析ツールなどのタイムアウト時間を設定できるようにしました。