チェックインシステムとは、飛行機の搭乗手続きをするシステムのことで、旅客の座席を確定させ、搭乗券を発行する際に必要となる。チェックインカウンターで、航空会社の受付係員が操作したり、自動チェックインカウンターで旅客自ら操作することができる。航空会社ごとにシステムを整えている。特定の航空会社のチェックインシステムに障害が出ると、その航空会社の全ての搭乗が手続きができなくなるため、システムが復旧するまで出発が延期や欠航することになる。チェックインシステムの仕組みを新しくした場合などに、不具合が起きやすくなる傾向にある。