方法で1分子の構造を作成する。方法で電荷を割り当てる。mol2形式で保存する。1.から3.の手順を計算したい全ての分子種に対して行う。系内にどの分子を何分子入れるか決める。クリックし1.から4.の手順で保存したmol2ファイルを選択する。系内に投入する個数を入力する。6.、7.の手順を計算したい全ての分子種に対して行う。密度が高いと系の作成に失敗することがあるので、少し低い密度から始め、圧力一定計算で目的の密度、圧力まで徐々に圧縮してください。組み合わせることでも作成可能です。方法で計算したいポリマーの繰り返し単位(ここではモノマーと呼ぶ)を作成する。方法で電荷を割り当てる。方法でモノマーとして登録する。