バイオインフォマティクスの備忘録コンテンツへスキップバイオインフォマティクスの備忘録バイオインフォマティクスやPython等プログラミング関連の情報をメモしておきます。LLCからお願いいたします。バイオインフォマティクスを始めるのにどの言語を勉強したら良いかバイオインフォマティクスをこれから始める人にどの言語を使用したら良いかと質問されることがよくある。Rubyのいずれかだと思う。結論からいうと、2018年現在でバイオインフォマティクスをこれから始める人にふさわしい言語はPython一択であると考えられる。Pythonはユーザー数が多いそれぞれの言語のユーザー数がどれくらいいるか正確に把握することは難しいが、参考までにGoogleトレンドの結果を示す。全世界:日本:世界的には2011年後頃からPerlを逆転してPythonがトップになっている。日本でも2014年頃にはPythonがPerlを抜いている。ユーザー数が多い言語を選ぶべきかPythonのユーザー数が多いことは理解いただけたかと思うが、なぜユーザー数が多い言語を選ぶべきかを説明する。Overflow」の検索結果を示す。圧倒的にPythonの件数が多くなっている。WEB上に情報が多ければ、問題が起きた時にググるだけで解決する可能性が高い。BioRubyを比較してみる。そのライブラリーの開発に貢献した人数である「Contributer」の数を見てみる。30人BioPythonが最も多くの人が関わっている。次に、直近1年の更新頻度を見てみる。BioPython:BioPerl:BioRuby:縦軸に注意してもらいたい。圧倒的にBioPythonの更新頻度が多くなっている。ユーザー数の多い言語のライブラリーほど、多くの人が関わり、更新頻度が高くなるので、機能が充実している&バグが少ない可能性が高い。まとめ以上のように、バイオインフォマティクスをこれから始める人にふさわしい言語はユーザー数の多いPythonであると考えられる。過去に開発されたプログラムはPerlだからPerlを使うべきという人がいるが、進歩の早いこの分野においては、10年前のプログラムは使い物にならないことが多い。Rubyを勧める人の言い分で「Rubyは日本語ドキュメントが充実している」という人がいるが、主にWEB開発に関するドキュメントであり、バイオインフォマティクスにはほとんど役に立たない。今後他の言語が主流になる可能性は否定しないが、現状としてはPythonをお勧めする。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。