この現象は前述の2説の片方のみで説明できるものではなく、その双方の機構が関与していると言う説が出されている。爬虫類の性決定の特徴は、異なった分岐枝の生物において温度依存性決定(TSD)が広範に見られることである。爬虫類の祖先である有羊膜類の基本的な性決定機構は、TSDのようなものであったと考えている研究者もいる[28]。一般にTSDでは性染色体が存在しないとされるが、TSDと遺伝性決定(GSD)とが切り替わるフトアゴヒゲトカゲはZW型の性染色体を持っている。period)と呼ばれる。31]、TSDの機構について必ずしも一致した説明はなされていない。ヘビは、爬虫類の中でTSDが観察されず、ZW型の性決定機構のみを持つ例外的な存在である。他の爬虫類グループと比較すると比較的最近(約5,000万年以内)に放散進化し、性決定機構もその短い期間に進化・確定したと考えられている。後の(数字)は、その種においてメダカの性染色体(1番染色体)と相同である染色体番号である。例:ルソンメダカの12番染色体が性染色体として機能し、その染色体がメダカの性染色体と相同である。+はDMYあり、-はDMYなし。両生類の性決定は、有尾目・無尾目(カエル)双方でXY型・ZW型が観察されている。性染色体構成と同時に、両生類の性決定・性分化に影響を与える要因として、胚発生時の温度や性ホルモンが挙げられる。両生類のDMRT1については、ツチガエルとアフリカツメガエルで単離されている。アフリカツメガエルでは、DMRT1が重複し変化した遺伝子DM-Wが同定された。魚類は、生涯を通して雌雄同体である種や性転換を行う種(隣接的雌雄同体)、環境性決定および遺伝性決定を行う種を含み、変化が多岐にわたっている。ナイルティラピアのように、フトアゴヒゲトカゲと同様なGSD(XY型)とTSDの切り替えが起きる種も知られている[32]。モデル生物であるメダカ(XY型)では、性決定遺伝子としてDMYが単離され、精巣分化を誘導することが確認されている。DMYは、メダカの常染色体上のDMRT1が重複し変化した遺伝子であると推定されている。昆虫類では、雌雄モザイクにより同一個体内で雌性・雄性の器官が形成されている例が観察される。このことから、「特定器官で作られ全身に伝達されることで個体全体の性に影響するステロイド性ホルモンがなく、性別は個別の細胞で自律的に決まる」という説が定説になっている。昆虫類で性決定・性分化について研究が進んでいる例として、ショウジョウバエのXY型、セイヨウミツバチの半倍数性決定、カイコのZW型が挙げられる。それぞれ異なった遺伝子で性決定されている。脊椎動物のDMRT1の例と同様に、それぞれの昆虫の性決定・性分化カスケードに共通の遺伝子としてdsx(doublesex)が存在している。動物と比較して、DNAレベルでの植物の性決定遺伝子の研究は少ない。配偶子の大きさに区別がない同型配偶子型の有性生殖をする緑藻綱ボルボックス目のクラミドモナスでは、マイナス交配型がプラス交配型に対して優性である。この違いはこの植物種のMID遺伝子に支配されている。マイナス交配型のみがMID遺伝子を持っており、プラス交配型はMID遺伝子を持っていない[34]。starriiは、クラミドモナスとは異なり異型配偶子による有性生殖を行い、雌雄の性別がある。区別つまり性別について、各種神話の中にも男性神・女性神が登場するように古代から人類は意識をしていた。おいて、ヒトの性別について「女は男の対極にある」と述べている。彼は『動物発生論』の中で胎児の性別がどのように決まるかについて考察を行い、「受精時点では性別は決定しておらず、胚発生の過程で性別が決定する」と結論した。性決定機構についての科学的知見が得られたのは、1890年のドイツの生物学者ヘルマン・ヘンキングによるX染色体の発見が最初とされる。20世紀初頭にクレランス・マックラングは、X染色体が性決定と関連があるとして、「X染色体は男性決定染色体である」と主張した。この考えは間違っていたが、染色体と性決定機構を結びつける最初のものであった。