子嚢菌類の分類は、古くから混乱が多かった。古典的な分類では子実体の形質が重視され、子実体の形態によって、大きく4つに分けた。子実体を形成しない半子嚢菌類と特殊な形態のラブールベニア類を独立させる。子実体の形態には中間的なもの、特殊なものが多々あり、それらの帰属について諸説があるので、どの菌がどの綱に含まれるか、あるいは綱以下の目の扱いなどが定まらなかった。以下にごく古典的な体系の例を示す[4]。Pyrenomycetes:子のう果は子のう殻、細長い子のうがならぶ。Loculoascomycetes:2重膜の子のうを子のう子座などに形成しかし分子系統によって類縁関係を判定するようになり、このような体系は大きな改変を迫られた。al.(2007)によるものである。細谷はこの体系について以下のような点を挙げている[5]。この体系では子嚢殻と閉子嚢殻を形成する群が単系統をなすことがわかり、これらの形質が派生的であるとわかった。他方で盤菌類と小房子嚢菌類は多系統と判断された。子嚢菌類の子実体の進化過程について、まず子嚢盤が発達し、後に乾燥への対応としてそれを覆う殻が発達し、子嚢殻となり、また地中への進出から胞子を放出する必要がなくなって閉子嚢殻が発達したとの説があり、今回の体系はそれに符合している。他方でペジザ亜門がきわめて大きく取られており、これは全体をしっかり分けたというよりは明確に区別できる群だけをとりあえずまとめて出したとの感がある。