---1996年にTypeRが生産を終了した後、インテグラやシビックにタイプRは設定されたものの、NSXにタイプRが設定されない状態が続いていた。その間、1997年にマイナーチェンジした中期型にZeroというスポーツモデルが登場したが、TypeRを名乗る事は許されなかった。先代はNA1型だったが、NA2型に型式変更された。それに対するホンダの回答が2001年にマイナーチェンジした後期型をベースに登場した本モデル、NSX-Rである。コンセプトがプロトタイプとなる本モデルは、エアロダイナミクスの向上を謳い、市販車では珍しい前後マイナスリフトを発生させるボディを作り上げた。その上で、先代タイプR同様のアプローチ(軽量化、エンジン精度の向上、足回りセッティング変更等)で車体を磨き上げた。エアアウトレット一体成型のボンネット及びリアスポイラーはカーボン製とすることで、ノーマルNSXに対して70kgの軽量化を果たしている。GTレギュレーション上必要となったホモロゲーション取得用モデルである。前後パンバーの延長、リアのハッチエアースクープとサイドエアーインテークの合計5点のエアロパーツが追加・変更されたのみで車体自体に変更はなく、販売価格は5000万円とされた。販売期間は1ヶ月間に限定され、かつ5台限定生産とされていたが、驚くことに1台売れたようである。この手のモデルには珍しくカタログも製作されている。当時の新車価格が1200万円に迫る高額であったことに加えて、不況等の社会情勢から当時のNSXはベースモデルを含めても月に1台売れるか否かという状態であった。追い討ちをかけたのは2006年から施行された欧米での排ガス規制で、それに先立つ形でNSXはNSX-Rを含めた全モデルの販売を2005年に終了している。そのため、本モデルの販売期間は先代同様わずか3年足らずであった。このTypeRは、極僅かだが、現在も中古車市場に出回っている。状態の良いものであれば2000万〜3000万円という新車価格より高値で取引されている。ゲーム的な部分では、前作GT5においてPP500クラスで選択できる車種の中では圧倒的な速さを誇っていたが、今作でもそれは健在。使用するタイヤによってはややマイルドにはなるが。ヘッドライトガーニッシュとホイールのカラーリングは、ボディカラーがチャンピオンシップホワイトの場合は同色に、それ以外のボディカラーだった場合はシルバーになる。Ver.1.06以前ではボディペイントを施すと、元のカラーに関係なくガーニッシュが白に変化していたが、Ver.1.07でペイントに使ったカラーと同じ色で塗装されるようになった。元々がチャンピオンシップホワイト以外のカラーだった場合、一度ペイントしてしまうと再度元の色で塗装しても完全には元の姿に戻せなくなるので注意。