レオパードゲッコーの男の子と住んでます。愛が止まらない・・・。論文学習や研究に使えるデータベース、リンク集をまとめました。「こんなのも使ってるよ!」という方がいらっしゃいましたらTwitterまでよろしくお願い致します。データベース文献データベース塩基配列のデータベースタンパク質のデータベース生物のデータベース神経系のデータベース遺伝子工学実験で有用なツール(CMです)英語学習ライフサイエンス辞書(https://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl)無償のオンライン辞書サービス。英和・和英の対訳を調べるだけでなく、発音や用法、共起表現の検索も行うことができる。(https://www.zotero.org/download/)ジョージ・メイソン大学開発のオープンソースの引用管理ソフトウェア。(https://www.elsevier.com/ja-jp/solutions/mendeley)学術論文の管理とオンラインでの情報共有を目的とした、デスクトップアプリケーションおよびウェブアプリケーションの引用管理ソフトウェア。Information(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)米国立バイオテクノロジー情報センターが運用する統合データベース。書誌情報を検索することができる。(JST)が作成し、株式会社ジー・サーチが提供する科学技術や医学などのデータベースである。文献の検索や取り寄せ、分析・調査依頼ができる。塩基配列のデータベースDDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)国立遺伝研究所が管理しているデータベース。Tool(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)核酸の配列やアミノ酸配列を検索することができる総合ツール。アメリカ国立衛生研究所が運営している。rtools(http://rtools.cbrc.jp)RNAの高次構造を予測できるので、リボザイムの切断部位の判定などに使用できる。タンパク質のデータベースPDB(http://www.rcsb.org/pdb/)タンパク質、核酸などに関する、実験に基づいたデータベース。国際タンパク質構造データバンクが運営している。Japan(https://pdbj.org)国際タンパク質構造データバンクのグループである日本蛋白質構造データバンクが運営している。PDBのアーカイブおよび様々な解析ツールの提供を行っている。resource(http://elm.eu.org)真核生物のタンパク質に対し、どのような細胞内修飾やイベントが起こるか、アミノ酸配列をもとに予測できる。(https://sites.google.com/site/ilovegfp/Home)蛍光タンパク質やGCaMPなどの機能タンパク質検索サイト。STRING(http://string-db.org)発現パターンや機能の類似性から関連遺伝子やタンパク質を検索するツール。ヨーロッパ各地からライフサイエンス情報を集積する政府組織ELIXIRのプロジェクトのひとつ。SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)既知のシグナル配列を学習し、シグナル配列の位置を予測するツール。TargetP(http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)細胞内局在を予測するツール。Bioinformatics)の運営するデータベース。タンパク質の一次配列を基に解析できる。予想される二次構造の計算、組換えタンパク質の等電点や分子量の計算などができる。Jpred4(http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/)ExPASyはタンパク質の高次構造を検索・予測することができるが、helixなど2次構造が知りたいならJpred4で十分。(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)いずれもタンパク質の膜貫通領域をアミノ酸配列から予測。それぞれの使い方は統合TVを参照してください。生物のデータベース高等植物シロイヌナズナ:TAIR(https://www.arabidopsis.org/index.jsp)モデル生物であるシロイヌナズナについて遺伝学的データ、分子生物学データなどが掲載されている。GARDEN(http://strawberry-garden.kazusa.or.jp)いちごの配列検索ツール。専門研究機関としてスタートしたかずさDNA研究所が提供。微生物:MBGD(http://mbgd.genome.ad.jp)微生物ゲノムの比較分析のためのデータベース。K-12株のゲノムプロジェクト。cerevisiaeのゲノム、タンパク質情報が掲載されたデータベース。掲載されるデータベース。mRNAの発現解析や視覚野の機能解析なども閲覧できる。Light(http://mouselight.janelia.org)Janeliaが提供するマウスの脳神経細胞の形態を全脳レベルで調べられるサイト。(CMです)遺伝子工学実験で有用なツールPrimer3(http://primer3plus.com/primer3web/primer3web_input.htm)実験条件にあったプライマー設計の補助ツールです。CLUSTALW(https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw)核酸配列やアミノ酸配列を並べて(アライメントを作成し)解析できるサイト。Bioedit等のソフトにも実装されている。ApE(http://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/)プラスミドエディターとして有用なソフト。Win/Macに対応。操作がシンプルなためパソコンが苦手な人でも使いやすい。Snapgene(https://www.snapgene.com)プラスミドエディター。メーカーごとの制限酵素ライブラリーがあり、ライゲーション等で切り貼りを行いたい人には便利。専用のファイル形式でやりとりする場合はApEよりも有用だが、パソコン初心者にはApEよりかは扱いづらい印象がある。Amplify4(https://engels.genetics.wisc.edu/amplify/)Macのみ対応。プライマーのセルフダイマーを高精度で検出できるツール。PCR(qPCR)の新たなプライマーを作製するときには、Primer3やPrimer-BLASTと共に活用し、プライマーペアそのものの機能を予測するために用いるのがオススメ。Jにさまざまな機能が付加されたパッケージ。rikeitalkシェア!TwitterFacebookGoogle+はてブLINEPocketRSSfeedly参加しよう!理系とーくラボ理系とーくラボの特徴と参加するメリット●Slack(チャットツール)を使った理系のためのオンラインコミュニティ●全分野の理系研究者が集まっている●理系仲間ができる!理系なら、「理系とーくラボ」に入っているのがスタンダード。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。レオパードゲッコーの男の子と住んでます。愛が止まらない・・・。役立つデータベース集RECOMMENDこちらの記事も人気です。2018.6.14みしぇる。リストはこちら!<<次のライターはあなた!→応募は「ライター応募」からどうぞ。▼理系とーくのライターになるメリット・自分の意見や考えを発信する場が手に入る・同じ道を歩む後輩を助けられる・理系仲間が増える詳細・応募は「ライター募集」からどうぞ。