あらすじ】ハイヴの妨害により、記者会見場へ辿り着くことが出来なかったナイン。そのため自動で流れる最期の犯行予告とともに、原子爆弾の発射装置が動き始める。混乱し、人がいなくなった東京でナイン、ツエルブ、そしてリサは空を見上げる。警視庁に出頭したナイン。ナインは原子爆弾をセットしてきた事を伝え、爆発を止めるかわりにある要求をする。全ての真実が今、白日の下へさらされようとしている。あらすじ】リサを捕えたハイヴは、ナインとツエルブを呼び出す。リサを助けるべきかどうか。二人の時間は限られている。その一方、調査を続けていた柴崎はアテネ計画の存在を知る。アテネ計画とは何だったのかようやく探り当てた関係者の青木は、柴崎に重い口を開く。無期限の休職を言い渡された柴崎。関係者を訪ねるその頃、ナインとツエルブはアジトを変えようとするが、古いアジトにいるリサに荷物が届き...。羽田空港の電光掲示板に映し出されるチェスの問題。それはハイヴがナインにあてた〝挑戦状〟だ。ツエルブは監視カメラの死角を縫って反撃の準備を進める。空港に駆けつける柴崎。爆弾を巡り、水面下で激しい攻防が行われる。犯人の手掛かりを追って核燃料再処理施設のある青森を訪れた柴崎。東京に戻って来た柴崎を待っていたかのようにスピンクスから新たな謎が発表された一方、家出をしたリサの前にツエルブが姿を見せる。あらすじ】スピンクス1号・2号を追うため、文書課の刑事・柴崎が捜査に加わる事になった。二つの事件の周辺を洗う中、スピンクスが第三の標的を発表する柴崎の推理は爆弾の在処を突き止める事が出来るか。都庁を襲った爆弾テロ。その騒動に巻き込まれたリサは、自分が会ったあの二人――ツエルブとナインが犯人と知り狼藉する。混乱する警視庁を尻目にスピンクス1号・2号の新たなメッセージ動画がアップされる。