「どんなカードが存在しているか」「どんなカードが流行っているか」「どんなデッキが大会で大多数を占めるか」をまとめて「環境」という。大会で勝ち抜くためには環境を把握することが非常に重要である。環境変化の要因としては新カードの登場・制限改訂・ルール改訂・裁定変更、それによる新コンボや新シナジーの発見などが挙げられる。環境の変遷についてはデッキ・カードプールの変遷、遊戯王OCGの歴史を参照。原作・アニメにおいても、環境は回を進むごとに変化している事が描写される作品も少なくない。原作では最新カードである《ドラゴン族・封印の壺》の使用時にペガサスが、(当時最強であった)《青眼の白龍》でも無力である事を挙げ、「このゲームは日々進化(バージョンアップ)をしている」と述べている。スーパーエキスパートルールの移行や効果モンスターの増加により、「決闘者の王国編」までに使われていた上級モンスターの殆どは姿を消している。アニメ5D'sでは、《眠れる巨人ズシン》の話題の際にジャックが「今のデュエルの戦術はハイスピードでモンスターを回していくデュエルが主流」と発言しており、事実GX以前と比べてターン数の平均は減っている。アニメARC-Vの第21話ではデュエル雑誌「Dステップ」内に【トマハン】などが紹介されており、スタンダード次元ではこちらの世界でいう第2〜3期辺りの環境であることが窺える。その雑誌の付録カードは、こちらの世界での第2〜3期当時には存在しなかった《黄泉ガエル》である。アドバンス召喚・儀式召喚が普及している一方で、融合召喚・シンクロ召喚・エクシーズ召喚が新興の召喚方法とされている事から見ても、現実の当時の環境とは相違点があるようだ。シンクロ次元の住人が融合モンスターやレベルを持たないエクシーズモンスターの存在に驚くシーンなど、各次元ではそれぞれの召喚法しか流通していない描写もあり、一種の特殊な環境と言える。LV8」というハンドルネームの者が、現在の環境トップのデッキを尋ねる書き込みをしている。公式でも環境という言葉は認知されているようだ。LV12」という者が「やっぱり【剛鬼】や【トリックスター】は相変わらず強い」とそれぞれ回答しているが本当にそうなのかについては作中で言及されていない。収録カードの状況やオリジナルカード、ゲーム独自のシステムにより、現実とはまったく異なる環境が生まれている場合がある。現実では環境に顔を出していないがゲーム内で大きな活躍を見せたカードの例として、《レオ・ウィザード》や《ネオフレムベル・サーベル》、空牙団等が存在する。