その殆どは上部尿路の結石であり、腎臓で形成された石が尿管へと下降したものである。膀胱結石や尿道結石は割合としては数パーセントに過ぎず、その病因は前立腺肥大症や尿道狭窄など、尿の出にくい疾病と共に罹患するものである。ホルモン、薬剤など原因の明らかなものは、全体の約2割とされている。石の形成は、腎臓内で結石成分(カルシウムや燐など)の濃度が飽和状態にまで高まり、結晶核が形成される。この結晶が尿路を移動する間に成長し、やがて結石となると考えられている。主な結石成分として、次のようなものが知られている。