異世界より突如現れた、異形の敵「セイレーン」。一度は結束し外敵を退けたはずの人類は、理念の違いから二つの陣営に分裂していた。ジャベリンは、マントに身を包んだ謎の少女・綾波と出会う。それは新たな戦いの予兆だった。重桜の攻撃を退けたアズールレーン基地。綾波のことが忘れられない。襲撃を受けたことを知ったエンタープライズは怪我を押して救出に向かおうとする。エンタープライズの窮地を救った「メイド」のベルファスト。彼女は女王エリザベスからエンタープライズの監察を命じられていた。この戦いについて悩むジャベリンをラフィー達は浜辺へと連れ出す。基地に帰還した重桜艦隊の一行。綾波や瑞鶴もまた彼女たちの仲間の元に戻っていた。スパイとして潜入調査中のシェフィールドとエディンバラは、基地の深部で赤城とセイレーンの密談を目撃する。エンタープライズやベルファストらアズールレーンの救援部隊も到着し、海域は一触即発の状態となる。レッドアクシスとセイレーンの繋がりに思い当たったアズールレーン司令部。分析を急ぐ中、黒いメンタルキューブは何故かエンタープライズに反応する。両陣営の間で大規模な戦闘が勃発。ユニオンとロイヤルの連合艦隊は嵐の中、セイレーンによって作られた暗黒界域での戦いを余儀なくされる。激しい争いの中で、エンタープライズは再び赤城・加賀と激突する。激しい戦闘の後、行方不明となったエンタープライズと赤城。捜索が続く中、暗黒界域の空間は大きく乱れ、両陣営は撤退戦を強いられる。身を挺して重桜を守ろうとする綾波を、ラフィーとジャベリンは救い出そうとする。一方で今まで事態を静観していたセイレーンが、本格的に動き出そうとしていた。捕虜としてアズールレーンに連れてこられた綾波。見張り役となったのはラフィーとジャベリンだった。二人と共に基地を回ることになった綾波は身構えるが、少女達は優しく迎え入れる。いのショックから立ち直れずにいた。オロチ計画をめぐり、激しく意見が対立する重桜内部。夜桜の下で加賀は一人、赤城と天城との過去に思いをはせていた。苛まれるエンタープライズは、幻想の中で天城と、自らに似た形をした謎の存在と対峙する。