綿毛の付いたトゲだらけの種(×)が降ってくると生まれる。</dt><dd>お馴染みの、雲に乗った空飛ぶ眼鏡カメ。トゲだらけのパイポを投げてくる。</dt><dd>お馴染み溶岩オバケ。タマゴを当てると溶岩の中に戻る。どちらかというとヨッシーアイランド版の姿に近い。</dt><dd>お馴染みの火の玉。マグマの中から飛び出してくる。</dt><dd>大型のバブル。不気味な声をあげながら斜めに飛び出してくる。</dt><dd>骨の竜。頭が弱点でヒップドロップかタマゴで倒せる。</dt><dd>タマネギみたいな敵。</dt><dd>紫のトゲ付きの玉型の敵。転がって体当たりしてくる。</dt><dd>中ボス。ピンクとグリーンの迷彩柄のナメクジ。ぶよぶよなのでタマゴを跳ね返す。目に花火を当てると倒せる。</dt><dd>青い象の頭型の敵。鼻から弾をぶつけてくる。溶岩地帯に住んでいる。</dt><dd>くもから降ってくる水滴。地面に落ちると跳ねながら近寄って来る。</dt><dd>雪のステージで、道の外から雪玉を投げてくる。無敵状態でヒップドロップをする以外では倒せないが、無敵以外でヒップドロップをすると雪玉作りを阻止できる。</dt><dd>前作に登場した丸い九官鳥。</dt><dd>ペンギン。ヨッシーに体当たりしてくる。今回はヨッシーが食べると卵になる。</dt><dd>そのままアホウドリ。「あほー」と鳴いており、背中に乗ることが出来る。爆弾を持っているものもいる。食べられないがタマゴで倒せる。</dt><dd>空を飛ぶヒヨコのような鳥。どの手段でも倒せるが、タマゴを当てると焼き鳥(2)になる。</dt><dd>丸々としたハチ。</dt><dd>黄色い蛇のような敵。軌道にそって回っている。</dt><dd>お馴染みの人食い植物だが、本作のは巨大。トゲだらけの胴体部分を伸ばして襲ってくる。タマゴをぶつけると倒せる。</dt><dd>空飛ぶパックンフラワー。舌を伸ばしてきて、飲み込まれると手持ちのタマゴが無くなるほかヨッシーが一定時間小さくなってしまう。</dt><dd>ペロペロパックンの地上固定版だが舌は出さない。</dt><dd>トゲ玉のシューリンガンを吐いてぶつけて来るカメ一族。title="プクプク">プクプク</a>。水上に飛び出しヨッシーを食べようとし、食べられると一発でミス。</dt><dd>青い巨大なプクプク。水面から水を吐いてヨッシーを落として食べようとし、あかプクと同様に食べられると一発でミス。</dt><dd>ピンク色の小さなウナギ。</dt><dd>ヨッシーが近づくと落ちてくる。トゲだらけで食べても不味い。</dt><dd>トゲがあり触れない。</dt><dd>ジャングルに住むカエル。</dt><dd>ジャングルに住む小さいカエル。</dt><dd>ヨッシーに気付くと、蜂が群体となって進行を邪魔する。避けるにはゆっくり歩けばよい。</dt><dd>ハッパに乗ってふわふわと落ちてくる芋虫。葉っぱのほうはヨッシーのライフ回復に役立つ。</dt><dd>黒い頭に羽の付いた敵。食べられないが他の手段で倒せる。</dt><dd>海中で登場する潜水艦に乗ったヘイホー。