6つの研究班があります。それぞれ研究課題を設定して、相互に連携しながら研究を進めています。なかでも、本学として最も重要な研究課題は特定研究とし、学長がその研究の代表者となります。専任研究員はおかず、各学科で研究・教育に携わる教員が兼任で研究員を務めています。これは、研究員を固定化することなく、さまざまな教員が参加した共同研究プロジェクトの研究成果を、ひろく各学科の教育にフィードバックすることを期待するためです。大学院生などが研究補助を務めながら自らの研究にも役立てることができる研究補助員制度も設けています。開催に積極的に取り組んでいます。(中国)との協定に基づく学術交流、ベトナム社会科学アカデミー宗教研究院(ベトナム)との協定に基づく共同プロジェクトが推進されています。国際的な学術交流を推進するため、国内外の多様な研究者を招聘できる客員研究員制度や嘱託研究員制度を生かして研究交流をはかっています。真宗総合研究所の出版物として公開するほか、より広く世間に問うため、学外の一般出版社による出版を推進しています。シンポジウムや公開講演会などによる研究成果の公開にも積極的に取り組んでいます。使命とする分野(主として仏教研究に関連する諸分野)の研究者を育成するために設けられている制度です。あたる者を対象としています。