辞任した澤村に代わり、もう1人の代表取締役だった山賀博之が社長を引き継いだ[12]。2001年には『まほろまてぃっく』(シャフト共同制作)、2003年に『ぷちぷり*ユーシィ』(AIC共同制作)を発表するなど、他社との共同制作ながらもテレビアニメシリーズの元請実績を重ね、OVA『フリクリ』(2000年-2001年、プロダクションI.G共同制作)も話題作となった。ブシロード』のアニメーション制作を担当予定することが発表されていたが、後に企画自体が凍結となり、制作から離脱した。2004年から2006年にかけて、ガイナックス設立20周年記念作品として単独元請のOVAシリーズ『トップをねらえ2!』を発表した[15]。一方で、創業時から作品制作の主軸を務めてきた庵野秀明が取締役に就任した後も放漫経営は続き、庵野が社内状況の記された書類を見てショックを受けることもあった[12]。庵野は取締役時代から給与体系や社内システムの改善を進言したもののなかなか聞き入れてもらえなかった[12]。このままでは次回作として温めていたオリジナル企画を同社でやっても『エヴァンゲリオン』の亜流にしかならないと考えた庵野は、その企画を凍結し、『エヴァンゲリオン』のリメイクをしたほうが良いという考えに至った[12]。庵野は、制作費を管理し、スタッフたちにきちんと還元するには、自分自身の考えを直接できる場が必要だと考え、独立を決断する[12]。庵野は『トップをねらえ2!』完結後の2006年9月、アニメ制作スタジオ・カラーを設立し、翌2007年10月に取締役を辞任してガイナックスを退社した[12]。庵野に追随して鶴巻和哉、摩砂雪らもカラーへ移籍した。2007年9月公開の『エヴァンゲリヲン新劇場版:序』以降の『新世紀エヴァンゲリオン』リメイクシリーズ(エヴァンゲリヲン新劇場版)はカラーが制作し、版権も持つ形となった[12]。両社は、ガイナックス時代の庵野が手がけた作品の商品化でガイナックスが収入を得た場合、カラーに一定のロイヤリティー(使用料)を支払う契約を結んだ[16]。