別海町の漁業形態は、定置網による秋サケ漁と5トンから20トン未満船によるホタテ・ウニ・ホッキ桁網漁、小型船によるカレイ・ニシン漁、打瀬舟によるホッカイエビ漁などを主力とする沿岸漁業です。別海町では早くから栽培漁業に着手し「獲る漁業」から「育てる漁業」への転換を進めたことで増殖事業が定着し、安定した漁獲量に繋がっています。その「育てる漁業」の主力をなしているのはホタテガイ漁業とサケ定置漁業で、全体水揚げの80%強を占めています。これら増殖事業に加え、平成8年度からウニ種苗育成センターが、平成12年度からニシン種苗生産センターが稼動し、前浜資源の維持増大に努めています。別海町には4つの漁港があります。北海道によりその情報を登録されることになっており、下表の数値は各漁港を拠点として登録されている漁船の隻数です。