「根本」という意味で「大本」という言葉が辞書に載っていますが、そのことをもって「元」の使い方を否定する理由にはならないような気がいたします。上記(4)の意味で「大元」としても、辞書によっては「元=根本」とされている(これが使い方の混乱を招く一つの要因でしょうね^^;)以上は完全に間違った使い方ではないわけです。その言葉が辞書には載っていないというだけで。はいっても、辞書に掲載され人口に膾炙している言葉を使った方が無難だということは間違いないところですが。上記旺文社に書かれているように、厳密に区別されているわけではなく「もと」単体で使う場合でも表記の「ゆれ」が存在するのでしょうね。実際に辞書によって若干解釈が違っています。使用に際してその混乱を防ぐ意味でも「ひらがな表記」となるのでしょうか。感じますが、日本語は奥が深くて難しいですね^^;今回のご質問をご提示くださった質問者様に感謝いたします。ありがとうござました。