長く続く暗闇の向こうにかすかな光が見えました。逃走したグランツ教の司教”メルキオール”を追って、アイリ・ファンブロウ(あいり・ふぁんぶろう)こと魔法少女アウストラリスは、蜘蛛の巣のように張り巡らされた下水道を走っていました。用水路に突き当たり、地上に出たアウストラリスは空を覆う無数の影に息を飲みました。天使を思わせる翼を持った巨人は、神々しい姿とは裏腹に邪悪な本性を剥き出しにして、海京都市に攻撃を加えていました。崩れた高層建築の残骸が降り注ぎ、通りはパニックになった人々で溢れ返っています。その時、メルキオールを追って別行動をとっていた海京警察のサーファー刑事から連絡が入りました。『教会を張ってた部下から報告があった。飛び交うガーディアンの群れの奥、都市部の真ん中に黄金の大型飛空艇が見えます。「......あれがそのようですね」アウストラリスが目を細めたその直後、飛空艇の真横から巨大な影が現れました。ガーディアンのようですが、今まで見た第一段階や第二段階とは違うようです。通常のガーディアンより遥かに巨大、背中に四枚の翼、下半身には人間の脚の代わりに、蛸のような八本の脚が蠢いていました。異形の怪物は頭上を通り過ぎると、凄まじい速さで海に飛び込みました。『なんだかわからねぇが、事態は深刻なようだな......。