地球最大の決戦5000年前に地球に飛来し、地球人と同化したらしい謎の金星人予言者によって、不思議な出来事が次々と予言されていく。九州・阿蘇の火口からはラドンが、横浜港沖ではゴジラが、そして黒部渓谷の霞沢に落下した隕石からは地球を滅ぼしにやって来たキングギドラが現れ、それぞれ東京に向かう。この危機に防衛大臣は、インファント島の小美人にモスラの協力を要請、モスラはゴジラとラドンを説得し、一致団結してキングギドラに闘いを挑むのだが......。