兵站拠点(へいたんきょてん)壁外においての活動拠点である。プレイヤーが好きなようにに施設を配置することでが可能で、これが拠点クラフト機能。襲い来る巨人達から司令部を防衛する「拠点ミッション」が発生。そのミッションを有利に進めるために、巨人の進行を阻む様々な障害物などを設置していく。”といった種類のミッションがあった。拠点ミッション■巨人の襲撃から司令部を防衛することが目的。■「突発拠点ミッション」巨人たちから拠点を防衛する■「緊急拠点ミッション」各章の最後の通常ミッションをクリアすると発生する。特殊訓練ミッション■特定の原作キャラの団員が、忠誠度100%になった時に受注可能なミッション■特殊訓練ミッションの戦闘評価でSランクを獲得すると、特別な技能が手に入る遠征ミッション■遠征ミッションでは、連続で発生する複数のミッションをクリアしていく。誕生日ミッション■ミカサなど原作の人気キャラの中には誕生日に特別なミッションが発生する。■対象となる原作キャラクターは、20名以上に及ぶ。gamesp.net。