使用停止命令を出す方針との一部報道について、13日午前の記者会見で菅義偉官房長官は、「事実に厳しく対応していくのは当然」と述べた。この会見で菅官房長官は、「現時点で(規制委による)処分内容が決定したとは承知してないが、原子力は安全が最優先。その中でさまざまな批判があれば、事実に厳しく対応していくのは当然」として、場合によっては停止命令処分もやむなしとの考えを示唆している。もんじゅについては、1995年、二次冷却系での金属ナトリウム漏えい事故により14年間停止状態が続いた後、3年前の2010年に運転が再開されたが、再開後3ヶ月余りで原子炉容器内に機器が落下した事故が発生したため、現在も停止したままの状態にある。今回の件で、再び停止命令が出されれば、かつては国をあげて取り組むとしていた日本の核燃料サイクル政策は大きな変更を余儀なくされる。