真核生物の場合、DNAポリメラーゼはα、β、γ、δ、εの5種類。DNA伸長をするのはDNAポリメラーゼδである。αはプライマーゼ、βとεがDNA修復を担う。γはミトコンドリアのDNA複製を行う。ヒトにはDNA修復にかかわる酵素としてDNAポリメラーゼζ、η、θ、ι、κも発見されている。状態の1本鎖切断部位(ニック)が存在するとき、この部位を認識してホスホジエステル結合により連結する酵素である。DNA複製時に、岡崎フラグメントの連結を行うほか、修復合成や組み換え反応におけるDNA鎖連結反応にも関与する。DNAトポイソメラーゼ詳細は「DNAトポイソメラーゼ」を参照DNAのリンキング数を変えて別のトポロジー体(トポイソマー)に変換させる酵素。この変換のためにDNAを一時的に切断するが、その様式によってI型とII型の2種類に分類される。I型は二本鎖の一方の鎖だけを一時的に切断し、一方、II型は両鎖の一時的切断を引き起こす。I型は#DNAのよじれの解消で、II型は#脱カテナン化およびヌクレオソームの組み立てで活躍する。親鎖の二重らせんをほどくことで、複製フォークを進行させる巻き戻し酵素。DNAプライマーゼ詳細は「DNAプライマーゼ」を参照プライマーを合成する酵素。真正細菌のDNA複製については、主に大腸菌とそれに感染する大腸菌ファージを用いた研究により大部分が解明されている。大腸菌ファージは非常に単純なゲノムを持ったウイルスで、複製は基本的に宿主のタンパク質を利用するので研究には欠かせない。DamメチラーゼによるアデニンのGATC部分に対するメチル化。すると、Damメチラーゼ(赤)が登場する。娘鎖は改めてメチル化され、両鎖はその点で区別ない。原核細胞のゲノムは単一のレプリコンである。DNA複製は常に唯一の複製起点から、細胞周期の中ただ一度だけ実行される。この仕組みを単コピー型と呼ぶ[36][37]。真正細菌の中にはコレラ菌のように複数の環状染色体を持つものや、ボレリア菌のように複数の線状染色体をもつものも存在する。原核細胞にはゲノムDNAだけでなく、自律的に増殖する染色体外DNAたるプラスミドも存在する場合が多い。こちらは染色体同様に単コピー型制御の場合もあれば、それとは異なる多コピー型制御を受ける場合もある[36][37]。多コピー型の制御下では一回の細胞周期中にプラスミド複製が繰り返され、細胞中に複数のコピー体が存在することになる。大腸菌と枯草菌の場合、DNA複製を終わらせるter配列に独特で面白い性質がみられる。半周した位置に出会う。この遭遇点から約100kbにわたり、2か所の終了領域がある[36][38]。3の部位である[38]。各領域は終了させる複製フォークの方向が特異的に決まっている。独特なのは、複製フォークが対応するter配列まで行くのに、他方に対応している終了領域を通り過ぎることである[36]。この配置は複製フォークの待ち伏せを起こす。何らかの理由で一方の複製フォークが遅れ、両フォークが本来の遭遇点で出会えなくても、早く進んできたほうがter領域で止まって到着を待つのだろう[39]。細胞周期にDNA複製がたった一回しか行われないためには複製起点に点火済みか否かを示す目印が必要となる。細菌の複製起点にはいくつかメチル化された配列が存在し、これらメチル化状態はDNA複製の前後で異なる。この違いが目印である。複製前は標的配列の両鎖ともメチル化されている。複製により、メチル化のない娘鎖が会合。ヘミメチル化は複製開始を阻害すると考えられている[40]。メチル化されていない複製起点は効率よく機能するため、複製開始に両鎖のメチル化が必要という考えが否定されているためである。ゲノム中のほかの典型的なGATC配列はどこにあろうと複製後1.5分以内にメチル化されるのに対し、複製起点のそれは約13分かかる[40]。このため、複製起点の標的配列は何らかの形で保護されていると思われる。damメチラーゼをoriCから隔離する機構がseqA遺伝子の研究で明らかにされつつある[41]。より双方向性にDNA複製が進む。2つの複製フォークの中間に重要な2つの配列はある。このときのDNAはθに見えることからシータ構造という。