自身の論文でも画像の切り貼りをしていたことが判明。その行為は「不正ではない」と主張しながらも調査委員長を辞任し、25日、理研にも受理されたと発表した。問題が明らかになったのは24日、インターネット上で石井上席研究員の過去の2つの論文で画像の切り貼りなどがあることが指摘された。石井上席研究員は、そのうち2008年発表の論文については、本文の説明の順番になるよう画像を入れ替えたことを認め、すでに掲載学術誌には訂正を認められていると弁明。小保方氏が不正で自身が不正でないとする説明はされてないが、「10年前の当時のルールとしては(自身の切り貼りは)問題ないと判断していました」としている。この状況のもとで調査委員長を務めるのは理研に迷惑をかけるため、「委員長の職を辞し、調査委員会から身を引くことが賢明と判断し、委員長の職を辞することを申し出、研究所に承認して頂きました」と述べており、続けて「このような事態に至ったことは不徳の致す所であり、皆様に色々なご迷惑をおかけした事を深くお詫び申し上げます」とコメントしている。