オオバボダイジュの変種。ユキノシタ目ユキノシタ科。山鼻村で宮部金吾により採取されたことによる。大型哺乳類としては、エゾシカのほかヒグマも挙げられる。リス類は、エゾリス、エゾシマリスのほかエゾモモンガが生息する。エゾユキウサギも認められるが、キタキツネの増加により減少したといわれる。このほか特定外来生物であるアライグマも定着・拡大している。ネズミ類は、アカネズミ類であるヒメネズミ、ハントウアカネズミ(カラフトアカネズミ)、アカネズミ(エゾアカネズミ)、ヤチネズミ類のエゾヤチネズミが生息するほか、ヒメヤチネズミ(ミカドネズミ)も認められている。ネズミとは別系統であるトガリネズミ類としてバイカルトガリネズミ(エゾトガリネズミ)、オオアシトガリネズミが生息する。鳥類は藻岩山・円山でほぼ同様に120種余りが認められ、夏鳥を含む繁殖期に種数および個体数が最大になる。天然記念物のクマゲラの繁殖例が有名であるが稀であり、減少が懸念されるヨタカやエゾライチョウも1980年(昭和55年)以降の記録としてあるが21世紀以降は不明である。留鳥としては、カラ類、キツツキ類、ヒヨドリ、シメ、カケス(ミヤマカケス)、猛禽類のフクロウ(エゾフクロウ)やタカ類などが生息する。多くの夏鳥が繁殖するほか、渡り鳥の要地として多くの旅鳥も見られ、冬鳥としては、ツグミ、レンジャク類、アトリ類などが知られる。昆虫は藻岩山で数千種が確認されている。チョウ類は藻岩山・円山に約90種が生息する。日本の国蝶であるオオムラサキが一部で観察され、多くのミドリシジミ類(ゼフィルス〈Zephyrus〉)をはじめ、ウスバシロチョウ類(パルナシウス〈Parnassius〉)を含むアゲハチョウのほか、本州では高地に生息するチョウも見られる。その後一度も見つかっておらず、そのタイプ標本も行方不明のため正体不明とされる。札幌農学校出身で藻岩山・円山を研究調査地とした昆虫学者の松村松年らにより、多くの昆虫に採集地の藻岩山にちなんだ和名・学名がつく。トンボ目サナエトンボ科。カメムシ目キジラミ科。アミメカゲロウ目ウスバカゲロウ科。コウチュウ目ゾウムシ科。