Japan』(1878年)にまとめた[1]。ミドルネームは「ワレン」と表記される場合もある。Walton)の6人の子供の第三子(兄2人・弟2人・妹1人)として生まれる[2]。少年時代に事故で目を傷つけ、それが生涯の重荷となる[3]。ニュージャージー州ニューブランズウィックのラトガース大学に入学[3]。留学していた畠山義成(後に開成学校の校長となる)と会い、日本に関心を持つ。同級生ウィリアム・グリフィスと親友となる。会衆派教会の牧師の父につれられてヨーロッパを旅行、スイスのジュネーブに留学し神学校で学ぶ[3]。勝海舟が、駿府藩が徳川の旧幕臣たちのために静岡に設立した「駿府学問所」(のち、「静岡学問所」に改称)の教員を探している旨の手紙をグリフィスに送る。これに対しグリフィスが親友のクラークを推薦。クラークはそのことによって来日[4]することになる。