新駅舎は尾道水道を島や山が囲む箱庭的景観の魅力を引き立てる建物形状とすることで、尾道のまちなみと融合したデザインとなっている。尾道水道の景色が眼前に広がる眺望デッキやプラットフォームに向けて大きな開口のとられた待合スペースなどが、旅行者や地域の方々に駅舎内でゆっくり過ごしていただける憩いの空間として用意されている。オリーブグリーン色に呼応して、日本の伝統色から特注した4色のタイルが施工されている。