Policyタンパク質複合体の反応中間体と特定状態のトラップの創薬研究への応用TweetPocketこんにちは、masayaです。ligationを利用したタンパク質の特定の中間体もしくは特定のコンフォメーションをトラップする手法』についての話を創薬研究への応用を視野に入れつつ行ったので、せっかくなのでこちらでも簡単にシェアしてみようかと思いました。個人的に不安定なタンパク質の中間体を捉えるというコンセプトはとても好きで、2016年に取り組んだ卓越研究員制度の研究計画でもこのアイデアを取り組んだくらいなので、今回は『反応中間体と特定状態のトラップの創薬研究への応用』についてシェアします。上図のP)ができます。この一連の反応の中では多くの場合はTransientな状態の酵素-基質複合体(上図のES)を経ることになります。この不安定なES複合体状態の中では例えば、ES複合体中にしか形成されない特定のポケットが出現したり、Open-Closeのような特定のコンフォメーションの制御が働いたりする場合もあると考えられます。Bの二者複合体を強制的にトラップするという2つの手法が用いられていました。Crosslinking1つ目のストラテジー、Crosslinkerを使った複合体のトラップでは、アミノ酸の一つであるCys同士をCrosslinkするCrosslinkerが好んで使われていました。Crosslinking”で選択することができます。BMOEとTMEAが頻繁に使われて最終的に良い結果を残していました。Ligationです。(上図のLPXTGGGG)。ligationのメリットは結合させたいペアのタンパク質中のCysを無視出来る点です。Aを使うメリットは大きいです。Aの生化学実験への応用方法として、基質タンパク質を蛍光ラベルする方法もポスドクラボではよく使われていました。頻繁に使う基質タンパク質であれば、蛍光ラベルしておくことで一回の実験結果が得られるまでの時間がウエスタンブロティングに比べるとだいぶ早く、またより綺麗なイメージが得られるというメリットがあります。上の図は蛍光ラベルした基質を使う実験とウエスタンブロッティングの実験の時間・試料調製・データの質のメリットとデメリットを比較した表になるので参考にしてみてください。mice”で紹介されているSHP2というタンパク質は良い例かと思います。(2016)このSHP2の例では、SHP099という低分子化合物がSHP2のOpen状態(active)とClose状態(inactive)の2つの状態のうちClose状態に現れるポケットに選択的に結合してSHP2の機能を阻害します。プロジェクトの標的のタンパク質またはタンパク質複合体の性質によっては、これらの中間体や特定状態トラップは有効なアプローチになるではないかと感じます。Aを使った特定状態のトラップは、ポスドク時代に興味を持ったアプローチで今後もプロジェクトの性質がこのコンセプトを許容するものであれば応用していきたいなと感じます。最後までお付き合いいただき、ありがとうございました。参考になった、面白かったと思って頂けたら是非シェアして下さい。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。Discoveryに従事しています。Industryへのキャリアパス、ポスドク、研究留学についての情報を発信しています。@masayayamaguchブログをメールで購読メールアドレスを記入して購読すれば、更新をメールで受信できます。