信長は明智光秀が挙兵した軍に暗殺された。光秀は、万が一に備えて"連判状"に信長暗殺に自身と秀吉が加担している文章を書きそれを後世に残す為に隠れた場所に保管するように指示した。光秀は秀吉の手で暗殺され、天下統一の後継者は秀吉となった。信長の死後、尽くすべき主を失った五右衛門は自由になる為に織田家から出奔する意思を固め、侍になるべく石田三成直属の忍となる為残る意思を固めた才蔵は決別の証として信長の双剣を折り砕き、"布分"と刻まれた剣を才蔵が、"天下"と刻まれた剣を五右衛門が手にして2人はそれぞれの道は進んでいったのだ。それから茶々も美しい絶世の美女へと成長して秀吉の居城・大阪城で暮らしていた。秀吉が茶々を引き取った目的が、茶々を秀吉の側室とすることであることを知るが、そこで茶々も秀吉が信長暗殺の張本人であることを知り、ある決意を固め秀吉の側室となることを決める。才蔵と別れた後に忍を辞めた後の装備等を再び自分の元に戻した五右衛門はアジトに戻ると佐助と小平太の様子がおかしい。状況を聞いたところ小平太が佐助の小太刀を盗み、母親の仇である又八を街中の白昼堂々の中で殺したのだという。小平太は強くなって母の仇を殺したんだと息巻いていたが五右衛門が叱咤する。"お前のお母さんは仇をとってくれなんて言ったのか!?︎復讐なんて誰も望んじゃいねえんだよ!!︎"。それから日がたち、秀吉と茶々の婚礼の儀式。五右衛門が1人信長の仇を取る為襲撃をかけるが、それと同時に三成からの命令を受けた才蔵が手下と共に秀吉暗殺の為行動を開始。三成は自身が秀吉の後継者として天下を統べる存在として秀吉暗殺を企てていたのだ。三成から口封じの為才蔵は殺されかけるが秀吉の暗殺も失敗。才蔵は捕まり拷問を受けることとなってしまう。佐助は五右衛門に才蔵を助けたら後々で面倒なことになるからやめろと忠告するが五右衛門は才蔵を助け出しアジトに運び入れる。佐助の杞憂は現実となってしまい、三成は才蔵の愛する妻を殺し息子を人質に取ったのだ。大阪城前に貼り付けにされ釜風呂の刑に処されることとなった。そこで才蔵は自らを石川五右衛門と名乗り、自身の名を轟かせる為に秀吉暗殺を企てたが失敗したことを語り、押し寄せた民たちに今苦しんでいるのはお前たちだろうと説いて秀吉の手で処刑される。五右衛門も復讐の為大阪城を急襲し、秀吉の元へたどり着く。茶々も信長の敵討ちのため秀吉を殺そうとするが失敗し、俺を殺したら世が戦乱に戻るぞと説く。五右衛門は秀吉と対峙し何故信長の一番の家臣だったあんたが信長暗殺を企てなのかを尋ねると秀吉は淡々と答えた。"俺は百姓の生まれだ。子供の頃から腹が減って仕方がなかった。信長様の無理難題に答えて出世していき今じゃ天下人の一番の家臣だ。腹の飢えが癒えることはなかった。そこで天下を取ってみたくなった"。そこで秀吉も五右衛門に自由とはなんだと尋ねた。秀吉も自身が主を裏切ったことのケジメをつけるべく死ぬ覚悟を決めていた。運命からは逃げられないぞと五右衛門に最期警告し、五右衛門に討ち取られた。茶々を救出後にアジトに向かった。秀吉亡き後徳川家康ら徳川軍と石田光成率いる石田軍が天下人の後継を巡り挙兵し、関ヶ原で激突する。アジトで茶々から五右衛門が戦うのは友の敵討ちの為か、それとも恩人への忠義の為かと尋ねると五右衛門は誰もそんなことを望んでる訳じゃないと答えた。戦場に向かう途中、小平太と再会し"パンドラの箱"を託し、今よりも強くなれと小平太に説いた。信長の遺品である、朱色の西洋甲冑と才蔵の遺品である双剣の片方を装備し五右衛門は関ヶ原に乱入し石田三成を討ち取る。徳川陣営で半蔵と対峙した五右衛門は自らの胸の内を暴きながら戦いに挑む。"お前らが権力にすがるから終わらねえんだろうが!!︎皆が幸せにならねえんだよ!!︎"半蔵を負かした後、家康に近寄った五右衛門は、必ず戦乱のない世の中を、皆が幸せになれる世の中を、平和な世の中を作ると誓えと言い寄る。五右衛門の身体には徳川軍の兵士として従軍していた佐助の手で致命傷を負う。関ヶ原の戦いが終結し、五右衛門もその場から去るが傷は深かった。五右衛門もそう言い残し、安らかな顔で眠りについた。強い者から金銀財宝を奪い、弱い者に分け与える大泥棒でありながら民衆のヒーロー。優れた身体能力で屋敷を荒し回り自由気ままに暮らしていたが、ある日忍び込んだ蔵から持ち出した「箱」により過去の重大な出来事に関わる一連の真相を知ってしまう。目の前で父親が切腹し、母親を斬殺され、祖母と逃げている山中で信長に拾われ、「五右衛門」と名付けられた。仕える忍びで五右衛門とは互角の実力を持つ。侍に成るべく石田三成の元で忍びをしている。五右衛門との再会時には敵対関係だったが、最期は五右衛門にすべてを託す。信長への奉公を終え「侍になりたい」と夢を目指した。信長の姪で両親がおらず、育ての親である信長や秀吉を慕っていた。五右衛門と同じように真相を知ってしまい、戦乱の世に戻ってしまう事を察知し自ら止めに出る。友達のいなかった茶々は密かに五右衛門に想いを寄せていた。一度は五右衛門の首を狙うも敵わず、その後は五右衛門に財宝の在処などを提供したり、くっついて回るお調子者。五右衛門の事が理解できなくなり徳川軍の兵隊として戦に出向く。幼い五右衛門と才蔵に武術を教え、五右衛門には茶々の護衛を任せた。鎧は西洋の赤い甲冑を着用。