彼の視線の先、軽く自分で肩を叩いている女性、伊吹も、あの時帰ってきた一人だ。あの時、事実を把握していた人間の殆どは消えてしまった。組織の司令職にあった彼の父親も、副指令だった人物も、その他の人々も。コントロールルーム最上階層にいて、最後まで辛うじて生き残り状況をモニターしていた人々、そして、彼——碇シンジだけだった。若き研究主任として残り、ドイツ支部、アメリカ支部の技術部の責任ある人々と研究を続けていた。エヴァと補完計画に関する技術は、その殆どを本部が握っていたし(エヴァシリーズを作った第三世界の国々は下請けであり、その本質的な技術は知りえなかった)、その他にエヴァに関する技術を辛うじてもっていたのは、弐号機を建造したドイツと、3,4号機を建造したアメリカだけだった。その中でも、それを利用できるほどにしっていた人物はこの研究所に集められるほどでしかなかったのだ。人々は、ほとんどがもとの職場に戻ることで事なきを得た。ネルフ職員は基本的に公務員であり、日本以外の国々では軍事組織との対立は表面化していなかった上に、日本のネルフ本部で生き残った職員は100人にも満たなかったので、出来ないことではなかった。日向と青葉は、今では国連の他の組織に配属されている。使徒との戦いでのメインオペレータを務めた彼らは、ネルフに悪いイメージを持っていない外国の国連組織においては、ある意味尊敬の対象であった。碇は、彼の同僚であり同居人だった女の子や、同僚だったもう一人の女の子はなれなかった、高校生になった。して、彼らはそれぞれに新たな道を歩き始めた。「おれも驚いてますよ」おれ、なんていう一人称を使い始めたのは、いつのことだろう、碇は高校生になり、大学生になり、院生になり、修士課程を終えると早々に生物進化研究所に入所した。それは予め決まっていたことのようにスムーズだった。すると既に、それ以外の道は彼の前から予め失われてしまっていたのかも知れない。時とともに傷は少しずつ、新しい肉に覆い隠されていった。その傷跡は9年を経てなおも残り続けた。入所の一因は、恐らくそのせいであろう、と碇は分析していた。「でも、なんだか、ここに来なきゃいけない気がして。それに何か、悪くないかな、っていう気もしたんです。向いてたのかも知れないですね」その言葉通り、碇はこの仕事には基本的に向いている人材だと言わなければならなかった。彼がここに入所した理由にはそれも加えなければならない。純粋に彼は研究者として、この研究所の研究に興味を持ってもいたのだ。修士を終えた程度の者が入れるような職場では本来はないにも拘らず、彼はこの数年でめきめきと力を伸ばしてきていた。彼は研究者としてのある種の直感を持ち、忍耐力もあった。伊吹などはたまに「私より向いてるかもね。天才研究者の息子、ここにありって感じ」と、碇のいないところで他の職員に漏らしていた。「うーん......でもリツコさんとか、母さんとか、惣流博士とか、何か遠いですよね。