その後の「最後の晩餐」では、どちらかの異書同図法を使うことがほぼルール化された。ダ・ヴィンチは異書同図法を使わなかった。ペテロはイエスから三人目、ユダの下座に配され、ヨハネとイエスの間には逆三角の空間が挿入された。ダ・ヴィンチは筆頭弟子ペテロの優位性と、ヨハネとイエスの親密な関係を否定した。言い換えれば、教会の権威とイエスの神性というドグマを拒否したのである。先にも述べたように使徒ヨハネがヨハネ伝の著者であるという説は、現在の聖書学では否定されている。ヨハネ伝は、他の3つの福音書(共観福音書)と比べ、イエスの神格化が顕著である。共観福音書では、イエス以外のものがイエスを神の子、あるいはキリスト(救い主)と呼ぶ事はあるが、イエス自身が自らを神と名乗ることはない。ヨハネ伝13:19を例にあげれば、「そのことがまだ起らない今のうちに、あなたがたに言っておく。事が起ったとき、私がそれであることを、あなたがたが信じるためである。」というイエスの言葉である。「he」とは「神」である。この表現自体は、マタイ伝24:5、マルコ伝13:6、ルカ伝21:8にもあるが、用法はヨハネ伝とは大きく違う。共観福音書では文中の主語である「私が」はイエスを意味するのではなく、「そう言って人を惑わす者」を意味する。参考のために、他の訳も紹介しておく。わたしはあるほとんど同じ意味だが、日本語で補語を「彼」とするか「それ」とするか、あるいは補語なしに、ただ「ある」とするかで、ニュアンスの違いはある。いずれにしても、神学的には、これは「イエスが自らを神と認めた」言葉と理解されている。ダ・ヴィンチの時代に読まれていた聖書はウルガータ本である。画家たちはラテン語訳聖書をもとに描いた。「最後の晩餐」でヨハネとイエスの近さ、親しさを強調する図法が使われているのは、ヨハネ伝にある「イエスの愛しておられた者が、み胸に近く席についていた(13:23)」という言葉に由来する。これを、美術史家たちが「ヨハネが眠っている」、あるいは「ヨハネがショックで倒れている」と解釈するのは、ラテン語聖書を参照せず議論していることを意味する。述べたようにラテン語の「recumbo」の原意は「横臥する」で、イエスの時代は食事のときには横臥して食卓を囲む習慣があった。そこから「食卓の席に着く」、「伏せる」、「沈む」などの意味が派生したのである。anti-Judaism)中世初期から中世後期半ばまで、ユダの裏切りは、聖書に従って、イエスによる「裏切りの予告」につながるイエスやユダの所作(手、指、口などのジェスチュアー、姿勢など)で控えめに表現された。非難の対象はユダ個人であった。中世後期のペスト大流行(1346-47)から様相が一変する。世俗的反ユダヤ主義がユダへの非難に重なってきた。ユダヤ人は吝嗇で、ペスト(黒死病)の原因をまき散らした(井戸に毒物を投入した)という風聞が、ユダヤ人たちへの世俗的憎悪を煽った。マタイ伝(27:25)に書かれた呪いの言葉(「その血の責任は、われわれとわれわれの子孫の上にかかってもよい」)が、それらを正当化した。ダ・ヴィンチはそれらの裏切り図法をまったく使わなかった。