開戦直前の1941年10月15日に竣工。伊24と第4潜水隊を新編し、第6艦隊第1潜水戦隊に編入。安全潜航深度100m。零式小型偵察機1機を運用可能。武装は95式魚雷17本、53cm魚雷発射管6門、40口径14cm単装砲1門、25mm連装機銃2丁。巡潜乙型とは航続距離に優れた巡洋潜水艦乙型の略。甲型にあった旗艦機能を無くし、簡略化したタイプ。完成したのは29隻だった。17本に減少し、25mm連装機銃も1基のみに減らされている。日本潜水艦の中は最も多数の同型艦を持ち、潜水艦が挙げた戦果の44%は巡潜乙型が占めている功労者の家系。日本潜水艦は居住性が悪く、Uボートにはあったシャワー室が無いと見るのが定説だった。伊23号潜水艦の真実ある海軍機関兵の回想」によると伊25には搭載されていたと記述があり、定説をひっくり返している。同時に「母艦でバスに入る」との記述があり、風呂場も完備されていた事を示唆している。どの潜水艦もそうだが、沈没すれば艦長から一兵卒まで根こそぎ戦死のため、一蓮托生の意識が強かった。乗組員同士の間には確かな絆や礼儀が存在した。階級の垣根を越え、全員が良好な関係を築けていた。士官用・兵員用のトイレも階級の区別無く使用された。この事が乗組員の能力を極限にまで引き上げ、数々の困難な任務を可能とした。10月25日、初代艦長に田上明治少佐が着任し出撃準備に取り掛かる。10月31日に第4潜水隊旗艦に指定。岩国航空隊から来た搭乗員2名を搭載。狭い艦内と空気の悪さに驚かされた。岩国航空隊時代の広々とした環境とまるで違っていたからだ。艦内の至る所に走るパイプや機械と計器。それらを無駄なく狭い空間に収めている設計に感嘆したという。瀬戸内海で水上機の発進訓練を行ったのち、横須賀へ回航。11月11日に先遣部隊に編入され、ハワイ作戦の支援を担当。狭い艦内には長期航海3ヶ月分の食糧が詰め込まれた。その量、実にトラック十数台分。あったが容量は十分ではなかった。