最大の違いはユダ(4)、ペテロ(5)、ヨハネ(6)の図法にある。先にも述べたように、画家個人の嗜好でこれらの変更が行われたとは考えらにくい。変更点からは、ダ・ヴィンチの図法を否定し、伝統図法を復活させたように見える。ダ・ヴィンチの図法を完全に否定したわけでもないし、100%伝統に従ってもいない。ダ・ヴィンチの図法と伝統図法を、巧妙に折衷した形跡もある。そこに、ルイーニの逡巡、苦悩を見ることができる。以下のような箇所である。ユダの図法:ユダをテーブルの前に出し、裏切り図法の一種である孤立の図法を使ったようにも見える。同時にもう一人の匿名の弟子も前に出していることで、ユダの孤立を強調する効果は薄い。ユダが右手に持つ金入れ袋は隠し持つでも、テーブル上に置くでもなく、隠し袋の図法とも会計係の図法とも判定できない。ペテロの図法:ペテロの席はイエスの隣でも(伝統図法)、ユダの下座(ダ・ヴィンチの図法)でもなく、ヨハネの次席である。異書同図法を使っていない点では、当時の伝統に従っていない。その意味では、ダ・ヴィンチと同様にヨハネ伝に従っているとも言える。先述したようにヨハネ伝のペテロは滑稽な役回りであり、教会の権威を象徴するにふさわしい弟子とは書かれていない。ヨハネの図法:もっとも重要な変更は、ヨハネの図法にある。ルイーニが使った図法は伝統図法そのものである。(1)、(2)のような曖昧さはない。明らかにダ・ヴィンチの図法が否定されている。彼がイエスとヨハネの間に挿入した空隙や楔は失われた。そこでは、イエスに愛され、イエスと親密な関係にあったヨハネが描かれている。三位一体説の証人としてのヨハネが強調されているのである。このことは、キリスト教会がダ・ヴィンチの《最後の晩餐》でもっとも受け入れがたかったのが、ヨハネの図法であったことを示唆している。ルイーニが、教会の意向を受け入れた、あるいは干渉を受けて譲歩したことは間違いないだろう。ダ・ヴィンチを師と仰ぐルイーニが、自らの意志で彼を否定するとは考えられないからである。注文主が教会あるいはその関係者であった蓋然性は高い。彼らが、「ルイーニがレオナルド派であり、《最後の晩餐》について、またその評判─素晴らしさと異端性─について知っている」と思ったことは間違いないだろう。逆説的ではあるが、ルイーニは師を守るために師に背いたとも言える。この点では、ルイーニはバッハの弟子であるバムラーと同じような立場にあったと言える(XI-2)。バムラーたちは、バッハの晩年に《ヨハネ受難曲》初演稿(おそらくバッハによって破却されていた)の再演を求められて、《ヨハネ受難曲》第4稿として知られる総譜をパート譜から復元したと言われる。それはバッハへのハラスメントであると同時に、バッハを守る事でもあった(注2)。ルイーニにも、自己保身の心理が働いていたのかもしれない。師への思いもあって複雑な心境だったと思われる。次に、曰く付きの《岩窟の聖母》に論じたい。ダ・ヴィンチの《最後の晩餐》で、ヨハネが眠ったように見える姿が、ヨハネの原罪を表現しているという解釈がある。イエスがゲッセマネの園で苦悶の祈りをあげるときに、三人の弟子たちが呑気に寝ていたというマタイ伝(26:36-40)、マルコ伝(14:33-37)の逸話を根拠にしている。その解釈には無理が有る。第一に、この逸話はヨハネ伝にはない、第二に、その解釈が正しいなら、ペテロと大ヤコブが眠っていないのはおかしい。上記の福音書では眠っていた弟子たちの代表はペテロであり、大ヤコブはヨハネの兄である。少なくとも、ペテロ、大ヤコブ、ヨハネの三人が眠っていなければならない。ここで、ヨハネだけが原罪を強調される理由は無い。ルイーニの修正は後世から見れば、師への裏切りとも思える。時代的な背景を考えればむしろダ・ヴィンチの名誉を守り、かつ教会の要請にも応じるためにぎりぎりの譲歩をしたとも言える。Bammler(1722-84)はバッハの弟子で、《ヨハネ受難曲》第4稿に関わった主要なコピストと言われている。これが、バッハの指示によるものか、教会の要請によるものかは確証がない。最近では、バッハ学者の多くがバッハの要請であったと理解している。その結果、最近では第4稿を《ヨハネ受難曲》の決定稿とする傾向が強い。傾向分析の結果はこの説を支持しないし、バッハが1739年に取り組み、途中で放棄した(あるいは「放棄させられた」)浄書譜の完成部分(最初の10楽章)が反映されていないのは不自然である(II-7)。初演稿を何度も書き直したバッハの意図に反して、晩年になって初演稿を弟子たちに復元させたのがバッハの意志とは思えない。《ヨハネ受難曲》第4稿の上演は、バッハの意に沿わず、あるいは反して行われたと考える。彼は、着任後間もなくから始まった迫害を、晩年、死後にかけても受けている。《ヨハネ受難曲》第4稿は教会からハラスメントの産物である可能性がたかい。トーマスカントルは終身雇用でありいかに重篤でも生存中に後継者の募集、決定は行われないという慣例に反して死亡前に後任が募集され決定された、遺体埋葬記録は無く、墓所は所在不明になった。現在、聖トーマス教会の祭壇前床下に埋葬されている骨は、20世紀近くなってライプッチ郊外の聖ヨハネ教会の雑草下から発見された身元不明の5遺体の一つに過ぎない。頭蓋骨からの復元像が肖像にもっとも似ていた遺体を選んだとか、オーク材の棺に納められていたからとかが理由とされるが、近年になってスコットランド、ダンディー大学の専門家(キャロライン・ウィルキンソン)が頭蓋骨から複顔した像は肖像画とは似ても似つかないものだった。なによりも、埋葬記録が消えたこと自身が教会のバッハに対する仕打ちを反映している。現在も子孫(女性)が残るので、DNA鑑定が確実だが、そのような話は聞こえて来ない。寡婦になったマグダレーナには25年前の初任給返還要求が出されたなど、あげればきりがないほどの迫害が記録されている。そのような状況のなかで、弟子がとりうる最善の策が、初演稿の再現だったのだろう。晩年のバッハは公私ともに、追いつめられていたのである(XI-2)。ダ・ヴィンチの場合は、ルドヴィーコの後ろ盾を失い、バチカンから迫害され、フランスに亡命するしか道は残されていなかったのであろう。その結果、彼の名作の多くがルーブル美術館に保存されることになり、イタリアも返却要求ができない状況である(一時は、《モナリザ》を盗み出してイタリアに戻すという事件もあったが)。