3月13日午前2時30分、オークランド港を航空偵察すべく艦載機が発進した。約1時間後、近づいてくる商船の光を確認。14cm甲板砲を準備し、いざという時は一戦交える覚悟だったが、商船は伊25に気付かず去っていった。その直後に艦載機が帰投し、商船4隻の停泊を報じた。艦載機を回収した伊25は、先ほどの敵商船を仕留める事を決意。同日13時15分に敵商船を発見し、2万トン級と推測された。伊25は4本の魚雷を発射。田上艦長は撃沈を報告した。異説では方位盤が左に4度ずれていたため失敗したとしている。3月16日、敵重巡1隻と2万トン級商船を発見。攻撃に移ろうとしたが、先に潜望鏡を発見され、敵の重巡がこちらに迫ってくる。やむなく潜航し、攻撃の機会を逃した。危機が去った後に浮上し、艦載機を飛ばして40分間の索敵を行ったが、見つける事は出来なかった。3月19日、フィジー島スヴァ港の航空偵察を実施。エメラルド一色の綺麗な海が眼下に広がり、サンゴ礁まで見えた。美しき光景は搭乗員2名の心身を癒した。港内にはイギリスのエメラルド級巡洋艦、商船4隻、小型船多数を確認。敵の拠点を偵察中、艦載機がサーチライトの照射を受ける事態に見舞われるも、でたらめな発光信号を送って敵を困惑させ、無事逃げ切った。3月22日午前4時55分、北上する敵重巡を発見。追跡を行ったが、振り切られている。3月23日、アメリカ領サモア諸島のパコパコ沖に到着。海が荒れていたため艦載機の発進ができず、仕方なく潜望鏡で偵察を行った。軍艦はおろか軍事施設の観測すら殆ど叶わなかった。この偵察を以って伊25は帰路につく。3月27日、トラック島まで1200海里の地点まで到達。艦名と日の丸を記入し、軍艦旗を掲げた。3月30日、トラック島に入港。給油艦音戸から燃料補給を受け、乗組員には束の間の休息が与えられた。入港後すぐに横須賀へと戻る事となり、翌31日15時にトラック泊地を出港していった。4月4日、ようやく横須賀に入港。長きに渡る航海により伊25の塗装は剥げ、色あせていた。「赫々たる戦果を祝す」と信号が送られてきた。垢と油にまみれた乗組員たちが、温かな歓迎に応えている。入港後、伊25は整備を受けた。乗組員には半舷上陸と32時間の休暇が与えられ、5日間の熱海休養も二度許可された。4月10日、第6艦隊第1潜水戦隊第4潜水隊に編入。4月18日、横須賀に停泊していた伊25はドゥーリットル空襲に遭遇。この時、第5船渠に入渠していた。空母へ改装中だった大鯨に直撃した。低空で飛行していくB-25を、とある男が間近で見ていた。軍令部に呼び出され、オレゴン山中への空爆命令を受領した。田上艦長と藤田飛行兵曹長は相性抜群で、甲板で行う艦載機の組み立て、カタパルト発進、洋上収容まで迅速に行っていた。本人は成功させる自信が無く、受領したもののひそかに遺書をしたためていた。間近で見たB-25が脳裏に浮かび、作戦立案に思わず熱が入った。完成した計画書を持ち、田上艦長に作戦の概要を説明した。休養と整備を終えた伊25は5月11日13時30分、伊26とともに横須賀を出港して北上。アリューシャン作戦の支援を行うべく直接コジャック方面へ向かった。17日にシベリアの日付変更線を越え、5月19日、ダッチハーバー南400海里に到達。翌20日より昼間は潜航して過ごした。伊25は一時的に北方部隊へ編入された。5月26日、アリューシャン作戦に先立ってアラスカのコジャック港偵察を行う事に。この偵察は重要視されていたため、バックアップに伊26がついた。波のうねりは高く、作業が妨げられる。伊25は反転離脱を行いながら準備を急いだが、カタパルト故障で発進不可能に陥る。慌てて艦載機を収容し、最大速力で45分間退避。その後、カタパルトを修理。翌27日20時に艦載機を発進させ、港内に重巡3隻、駆逐艦8隻、商船6隻を発見。本隊の第二機動部隊に貴重な情報を送った。艦載機を収容後、伊25は潜航。40分後、敵の駆逐艦2隻が接近。爆雷防御を下令し、深度60mにまで沈降したが発見されていなかったらしく敵は素通りして行った。「米本土の主要な施設を砲撃せよ」との命令を受け、シアトルに向けて航行。翌29日、シアトルの西北西700海里地点で巡洋艦に護衛された輸送船1隻を確認。魚雷戦用意の号令が下され、6本の魚雷が装填されたが見失う。艦載機を発進させて周囲を捜索しても見つからなかった。5月30日、哨戒機6機から爆撃を受け、急速潜航でやり過ごす。6月2日、シアトルの沖合いに到着し通商破壊を開始。撹乱のため竹で出来た偽の潜望鏡を用意していたという。6月5日午後12時、音源を探知。潜望鏡を上げてみると1万2000トン級の商船を視認、14時に魚雷2本を撃ち込んで撃沈した。伊25がアメリカ西海岸で通商破壊している頃、ちょうどミッドウェー海戦が行われていた。戦況は伊25にも届き、「我、空母大破4、小破1。伊168潜がヨークタウン型空母を撃沈せり」と報告を受けた。6月11日、空母4隻喪失の悲報が届き、艦内は沈痛な空気に包まれた。翌12日、発見した大型商船に魚雷1本を命中させ、大破。13日には8000トン級商船に魚雷2本を命中させ、更に同日中に油槽船1隻を大破させる。浮上し、14cm砲8発を撃ち込んで油槽船にトドメを刺した。6月18日、伊25と伊26に主要施設砲撃が改めて下令される。6月20日午前10時、フラッグ岬の南西でイギリス商船フォート・カモザン(7126トン)を攻撃。第二船倉に魚雷を命中させ、さらに甲板砲18発を撃ち込んで大破させた。敵船は木材といった水に浮く材質を大量に積み込んでいたため沈没には至らず、曳航されてしまっている。カナダ海軍のコルベット艦クイネルが伊25の捜索を行ったが、逃れる事に成功した。浮上を命じ、コロンビア河口沖に占位。スティーブンス沿岸要塞に向けて14cm砲弾17発を発射した。有効的な砲撃が出来なかった。敵をパニックに陥らせ、慌てて駆け出してきた敵の守備隊が転んだり、トラックに轢かれるなどして負傷。ジャック・R・ウッド大尉は「私たちには地獄のように見えた」と語っている。砲弾の多くは野球場や沼地に落ちたが、1発が電力装置の付近で炸裂。複数の大きな電話線と電力線が切断され、これが唯一の損害であった。要塞側は陸砲があったにも関わらず反撃が行えなかった。基地司令が10インチ砲の射程では届かないと判断したとも言われる。発射された砲弾のうち、1発がゴルフ場に着弾。現在そこには記念碑が建てられている。微小な損害しか与えられなかったが、この砲撃は米英戦争以来130年ぶりの本土攻撃となり、西海岸への本格的侵攻を想起させて敵国を恐怖させた。通報を受けたハドソン攻撃機が急行、爆撃してきたが損害は無かった。漁業灯を付け、操業中のアメリカ漁船の間に紛れ込み、水上航行で沖まで脱出した。同日中に伊25はアメリカ貨物船(7100トン。船名不明)を撃沈している(戦史叢書第098巻92頁)。西海岸から離れ、ダッチハーバーを偵察。6月25日、哨戒機編隊6機を発見し、潜航退避した。6月30日夜、横須賀への帰投命令を受領。伊5と交代し、内地を目指した。長期の作戦から解放されたため、7月9日に艦内の大掃除を実施。3升分の真水が振る舞われ、乗員は洗面所で入浴した。7月11日、横須賀に帰投。家族を横須賀に呼び寄せ、久々の休暇を楽しんでいた。すると突然田上艦長から海軍省へ出頭するよう命じられた。行ってみると、大佐・中佐クラスのお偉いさんが集結。その中には皇族の高松宮殿下(中佐相当)の姿もあった。潜水艦作戦の参謀を務める井浦中佐が机の上にアメリカ西海岸の地図を広げた。「アメリカ本土を爆撃してもらいたい」「オレゴンの森林をやってもらいたい」。目標が軍事基地ではない事に最初は嘆息した藤田飛行兵曹長だったが、森林火災の重大さを説明され、俄然やる気が出てきた。潜水艦1隻の艦載機1機では、仮に市街地へ爆弾を投下しても程度は知れている。民心へ恐怖を与える事も出来る。理に適った作戦目標だった。田上艦長に地図を渡した。地図はすぐに金庫の中へとしまわれた。アメリカ本土爆撃の事を知るのはパイロット本人の藤田兵曹長と田上艦長以下数名の士官のみだった。艦内の通路上に食糧や被服が積み重ねられ、その上に幅の狭い板が置かれた。8月上旬に横須賀の航空技術廠で搭載機の改造が行われ、76kgテルミット焼夷弾6発を搭載できるようにした。1発の爆弾の中に520個の焼夷弾が入っており、着弾と同時に100m四方に散乱。2000度の高温で1分間燃焼する代物だった。8月10日に第4潜水隊は解隊した。敵の足元に咲くジンチョウゲ8月15日、アメリカ本土爆撃という大任を帯びて横須賀を出港。この作戦はドゥーリットル空襲の意趣返しでもあった。伊25は第6艦隊直轄となった。大任とは裏腹に、伊25を見送ってくれたのは在泊中の小型艦艇の乗員だけと寂しい出撃だった。死地に赴く伊25は、ただ静かに湾口へと向かっていった。全ての乗組員が死を覚悟し、見納めと言わんばかりに祖国の大地を見続けていた。生きて母港に帰れるとは思えない。敵に大打撃を与え、その任務を全うする殉国の精神が見て取れた。