JA8444)が石垣空港でオーバーラン事故を起こす(南西航空石垣空港オーバーラン事故)。1986年4月:初の旅行商品となる「スワルプラン」(現社名変更後はJ-TAP)発売開始。就航(ボーイング737-200)。与那国線にDHC-6に代わってYS-11を再投入。2月15日:SWAL専用の那覇空港国内線第2ターミナルビルが旧国際ターミナルビル跡に移転。開設(松山線に次ぐ2路線目の本土路線)。就航(ボーイング737-200)。7月後半から8月に投入)。就航(ボーイング737-200)。ソウル/金浦線が就航(台風接近により前日27日に岡山経由で運航)。名古屋線をJALから一部移管(1993年1月から完全移管、1995年5月10日に再びJALに移管。山形線を就航(1995年5月10日にJALに移管)。1993年4月7日、5月中旬からはSWAL塗装での運航)。1995年、JALからのリース、塗装が現社名塗装となる)。就航(1970年代から検討してようやく実現したが2001年3月で運休、2006年2月からJALで運航再開するも2007年3月で運休)。就航(ボーイング737-200、石垣空港にとって初の本土直行便となる。石垣発東京/羽田行きは給油のため宮古経由の運航)。1994年7月22日:最新機種のボーイング737-400を導入。宮古線に投入(以後各路線に投入)。就航(石垣発大阪/関西行きは、給油のため宮古経由の運航)。1995年4月:ボーイング737-400のJALへのウェットリース開始(同社が同機種を導入したため)。台北/桃園線のチャーターフライト運航。与論線を子会社の琉球エアーコミューターに移管(同社の最新機種DHC-8-Q100導入に伴うもの、機材もYS-11から変更)。久米島線がこれまでのYS-11に代わって同空港初のジェット旅客機となるボーイング737-200での運航となる。9月の季節限定運航となる。2007年以降は久米島発は那覇経由となる)。翌年5月には那覇発のみ午前便が増便)。就航(松山線と交互で週3日の運航、2009年2月で運休)。1999年5月26日:那覇空港国内線ターミナルビルが現在地に移転・供用開始。(JAS・のちにJALに統合)との乗換えが便利になる。7月15日:YS-11が与那国空港のジェット化に伴い退役。与那国線がこれまでのYS-11に替わって同空港初のジェット旅客機となるボーイング737-200での運航となる。就航(JALの一部を移管)。福島線をJALから移管・就航(2009年2月で運休)。2002年2月9日:当社初のジェット旅客機であるボーイング737-200が退役(以降機種はボーイング737-400のみとなる)。8月の夏季限定運航)。インターナショナルに吸収合併)発足に伴い、当社は日本航空インターナショナル(現・日本航空)の子会社となる。2003年1月:ロゴ・航空機塗装デザインを変更(JALにあわせて"JTAノ"ロゴに。変更初号機就航は同年2月より)。同時に石垣発大阪/伊丹行きが宮古経由となるため宮古→大阪/伊丹線(宮古発の片道のみ)も就航。それに伴い石垣発大阪/関西行きの経由地が那覇空港となる。(いずれも2007年3月で運休、ただし石垣発大阪/関西行きの那覇経由は6月まで継続)。就航(2010年5月5日で運休)。10月:一部機材にクラスJを設定。2007年4月1日:日本トランスオーシャン航空、日本航空インターナショナル、日本アジア航空、JALウェイズ、JALエクスプレス、ジェイ・エアが『ワンワールド』に正式加盟・サービス開始。石垣線(石垣発神戸行きは那覇経由、これにより石垣発大阪/関西行きの経由地が那覇空港から再び宮古空港となる)を就航。那覇線を全便JALより移管(一部はJAL機材・乗務員によるJTA便としてウェットリース運航)。