番組リクエストスタッフ『統合TV』は、生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。千現地区研究本館1階第2会議室このテキストを引用する際はDOIをご利用ください。化合物データベース化合物とは?化合物には有機化合物や無機化合物が含まれます。本講習会で扱う化合物は、主に原子数1000以下の低分子有機化合物です。本講習会ではPubChemの使い方を説明します。原子の元素記号と単結合(一重線)、二重結合(二重線)、三重結合(三重線)を組み合わせて分子構造を表す。化学構造式が複雑な化合物になると正しい命名をするのが簡単ではない。SDfile)古くから利用されている。バージョンとしてV2000とV3000がある。一般的にはV2000が利用されているが、原子数、結合数が各999個までの制限がある。V3000にはこの制限はない。ファイル形式の説明でもう少し詳しく説明します。ファイル形式.smiSMILESを格納、複数行にSMILESを記載することで一つのファイルに複数の化学構造を記述することができる。オントロジーや分類法から、化合物のデータセットを絞り込み、絞り込んだデータセットをダウンロードすることができます。classificationから、データセットを選ぶ。今回はChEBIを選択してみます。displayで、SubstanceとCompoundを切り替えると、下のカウントの数値が変わります。クリックして、目的のセットを探します。byで、Keywordを選択(デフォルト)で、キーワード(ここでは、glycolipid)を入力しSearchします。Classificationの左のプラスのアイコンをクリックします。展開された状態で、ブラウザの検索機能でglycolipidを検索します。検索したglycolipidをクリックすると、ウインドウが開きます。glycolipidの左の青い数字をクリックします。検索(選択)された化合物のリストが表示されます。Downloadをクリックします。検索(選択)した化合物のリストをダウンロードするためのサイトが開きます。必要に応じでformatなどを変更し、Downloadボタンを押します。自動的に選択した形式でデータのダウンロードが開始されます。この場合は、ファイル名4363722229543774033.sdf.gzとしてダウンロードされます。ダウンロードされたファイルを解凍すると、エディタなどでデータを見ることができます。processを選択してみます。Taxonomyが選択できるようになります。glycosylationの右の「520」をクリックすると、新しいウインドウが開きます。Geneのリストが表示されます。IDのリンクをクリックすると詳細画面を見ることができます。化学構造がSMILESへ変換できない場合は、ID(SID)のみ出力されます。FTPFTPサイトからデータセットをダウンロードすることができます。FTPをクリックFTPサイトが表示されます。リストが表示されます。必要なデータをクリックするとダウンロードできます。以下のようにディレクトリをたどると、Compoundの2018-06-28更新データをSDF形式でダウンロードできます。ダウンロードしたデータは、上述のように解凍することでエディタなどでデータを見ることができます。ツール化合物をコンピュータで扱うためのソフトウェアデータベースとは別の話なので、興味がある人はリンクなどを参考ください。これらのツールを利用すると簡単なデータベースを自分で作ることができます。構造の類似度の計算や構造検索、ファイル形式変換、図の生成などが可能です。表示されるウインドウで、化合物のコンフォマーの構造を見ることができます。左のツールをクリックして、画像やデータの保存することができます。表示されたSDFデータをクリップボードにコピーします。Loadをクリックします。緑で選択された入力欄に、コピーしたSDFデータをペーストします。textareaをクリックして、SDFデータを読み込みます。クリックして、メニュをたたみます。選択して、適当に分子の表示を変更してください。ライセンスの下で利用可能です。利用にあたっては、下記のクレジットを必ず表示してください。(CC-BY-4.0)。