護衛を約束してくれた大石刑事の到着を待つ梨花たち。沙都子のトラップで間一髪奇襲を避け、裏山へ逃げ込んだ梨花たち。そんな彼女たちを助けにきた圭一たちと山狗部隊の大立ち回りが始まる。なんとか活路を開こうとする圭一たちだったが...。放たれたジェネシスの第二射は、連合軍月基地を壊滅させた。半狂乱のアズラエルは核部隊にプラント群攻撃を命令する。氷に閉ざされた『アイランド』と呼ばれる地下シェルター内の街で、切那はリンネという少女と出会い、不思議な発明を手伝っていた。地球を救うための発明らしいが真偽は不明。街は確実に終末へと向かっていた。「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸の事を吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サソリの攻撃にさらされるサクラを守るため、チヨバアはこの戦いのためにだけ持ち出した、因縁の傀儡を口寄せする。ナルトの力を借り、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。カカシの元につく事になったナルトだが、修業の成果を見せる為にサクラとタッグを組み、かつて行ったサバイバル演習でカカシに挑む事になる。砂隠れの里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きがおこる。“暁”のメンバーが砂に降り立ったのだ。窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。ナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが、大技『朝孔雀』にて鬼鮫を撃破。砂隠れの里から風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速カカシ班を砂に向かわせる。“暁”との戦端を開くカンクロウ。傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。“暁”のアジトを突き止め、直ちに我愛羅奪還に発とうとするカカシ班。里の警備を命じられてしまったテマリに代わって同行の名乗りをあげたのはチヨバアだった。パックンは砂へ向かう途中のガイ班の元に辿り付いていた。パックンの案内のもと直接アジトを目指すガイ班だが、その動きは既に敵の知る所だった......。教え子を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイは、愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術VS怪力の激しい肉弾戦になだれ込む両者。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、遂にガイは禁断の奥義の準備に入る。イタチの幻術に捕らわれてしまったナルトだが、その脳裏を過ぎたのは自来也による幻術対策の修業だった。白熱するナルト達のサバイバル演習。術の連係にキレを増したナルトに、戦闘に不向きと思われていたサクラも、綱手直伝の技を駆使してカカシを追い込んでいく。その頃、砂隠れの里では我愛羅を狙う“暁”のデイダラが極秘潜入工作を開始していた。数々の警備を突破していくデイダラ。潜入成功かと思われたそのとき......。デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うがその代償はあまりに大きかった。生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。我愛羅は最後の力を里の為に使い、デイダラの手に落ちるのだった。一刻を争うカンクロウの病状。それは毒の専門であるチヨバアの手にすら余る代物だった。一縷の望みは綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。同じ頃、我愛羅をアジトに運んだ“暁”達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく封印術を開始するのだった。危篤状態のカンクロウに完璧な処置を施していくサクラ。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨバアだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣いとサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは“暁”の手掛かりを提供。カカシは忍犬による追跡を開始する。“暁”のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。侵入を試みるも、結界に行く手を阻まれてしまう。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札のありかを探り出し、連係プレイで結界を破壊する。その動きはすでに“暁”の知るところだった。砂隠れの里へ先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは「人柱力」という同じ苦しみを分かち合う仲間として我愛羅の身を案じ、“暁”に対する激しい怒りを爆発させる。瀕死の状態で回収されるカンクロウ。治療が施されるが、その身に受けた未知の毒でこのままでは二、三日の命と判明する。身を挺して自分の危機を救ったサクラの為、同じく毒に侵されたチヨバアは迷わず最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一達の行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間、チヨバアの最後の反撃がついにサソリを打ち倒す。毒刃を急所に受けたサクラは瀕死の状態だった。その術は瞳に捕らえられた空間をべつの空間に転送してしまうという脅威の瞳術だった。術を食らったデイダラの隙をつき、ようやく我愛羅奪還に成功するナルト。変わり果てた我愛羅の姿はナルトの怒りに火をつけ、凶暴な感情を呼び起こす。怒りに己を失い九尾に支配されゆくナルト。自来也の忠告を受けていたカカシは、すんでのところで九尾の暴走を抑える。サクラ達が合流したことでサソリの敗北を知るデイダラだが、時を同じくして駆けつけたガイ班に退路を塞がれる。デイダラは最後の手段として、木ノ葉勢を巻き込んだ自爆を図るのだった。我愛羅と共に砂隠れに凱旋するナルト達。サソリから得た情報を報告する為、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。森はずれの荒野では“暁”のゼツと手下トビの前に、満身創痍のデイダラが現れる。カカシとの勝負に勝ち、自分達の成長を証明してみせたナルトとサクラはカカシ班に配属される。砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは万一、守鶴が発現した場合を考え警戒するが、カンクロウはその可能性を否定する。カンクロウは弟である我愛羅の強い決意を知っていたのだ。力尽きた我愛羅を連れ去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、弟・我愛羅を取り戻すべく小隊にて追跡を開始する。追っ手がかかる事は“暁”の想定の範囲内。巧妙に仕掛けたトラップで次々と砂の追っ手を脱落させていく。カンクロウは執念の追跡で、ただ一人“暁”の元に辿り着くのだった。結界解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に思わぬ足止めを食わされる。我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを怒りに任せて追うナルト。必然、後を追わざるを得ないカカシは残るチヨバアとサクラに「無茶をするな」と言い残すが......。対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは攻防一体の傀儡「ヒルコ」の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。ヒルコの持つ毒は猛毒で、かすり傷でさえ致命傷になる。隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。解毒効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。なんとか制限時間内に倒したものの、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は終劇に向けた最後の戦いに突入する。ガイ班の戦闘は続いていた。時間と共に疲労の色を見せる本体とは逆に、出現時の動きをキープし続ける偽者に追い込まれていく。デイダラを追うナルト達。激しい追走の最中でもカカシの新術の準備は着々と進められていた。デイダラの存在に気付いた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。木ノ葉ではナルト達のサバイバル演習が続いていた。夜明けというタイムリミットに追われ、焦るナルトとサクラ。膠着する戦況に二人は、いちかばちかのある作戦に出る。ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明。他国から里を守るためとはいえ、自ら進んで我愛羅に守鶴を憑依させたチヨバアは、己の過去の過ちを悔い、これから成すべき事に思いを巡らせる。完成の時を迎えていた。チャクラを磁力に変えるという特殊能力を持つ三代目風影の人傀儡を前に、不利と読むチヨバアはサクラに退避を促す。ときすでに遅くサソリの猛攻撃が開始。サクラを庇いつつ戦うチヨバアだが、瞬く間に「父」と「母」を砂鉄で封じられ、傀儡を失ってしまった。絶体絶命の窮地の中で、サクラはひとつの決断をする。