宇宙世紀0096年――。ネオ・ジオン軍と地球連邦軍が戦火を交えた『シャアの反乱』から3年。工業コロニー、インダストリアル7に住む少年バナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。戦争の火種となる『ラプラスの箱』の取引を止めるため、ビスト財団当主のカーディアスに会おうとするオードリー。地球連邦軍と『袖付き』の間で戦闘が起き、コロニーは戦場と化してしまう。『ラプラスの箱』を巡る戦闘でインダストリアル7は戦場と化してしまう。オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『箱』の鍵となる純白のモビルスーツ、ユニコーンガンダムと運命的な出会いを果たす。クシャトリヤを退け、戦闘後に気を失ったバナージは収容されたネェル・アーガマで、オードリーと再会する。そこへネオ・ジオン残党軍『袖付き』の首魁、フル・フロンタルが駆るシナンジュに襲撃してきた。オードリーを救うため、バナージはアナハイム社の重役アルベルトの力を借りて出撃した。赤い彗星の再来と呼ばれるフル・フロンタルの駆るシナンジュと激突したユニコーンガンダムはデストロイモードに変身するが...。ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星パラオ。そこで待ち受けていたのは仮面を外して素顔を見せるフル・フロンタルだった。ネェル・アーガマでは、エコーズのダグザが指揮するある作戦が実行される。地球連邦軍ロンド・ベルのネェル・アーガマと特殊部隊エコーズが、バナージとユニコーンガンダムの奪還作戦を開始した。ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星パラオは新たな戦場と化す。混乱の中でバナージと再会したミネバは、リディの父の力を借りるため地球へ行くと伝える。フロンタルは強化人間のマリーダを使って『ラプラスの箱』の鍵であるユニコーンガンダムのNT-D(ニュータイプ・デストロイヤー)の発動を促そうとする。ユニコーンガンダムには『箱』への道を開示するプログラムが仕組まれていた。クシャトリヤを駆るマリーダと戦ったバナージは、ニュータイプ同士の感応により彼女の過去と心の痛みを知るのだった。連邦側の捕虜になったマリーダは、バナージに「それでも」と言い続けろ、ユニコーンガンダムに眠るもうひとつのシステムを呼び覚ます力になる、と助言する。そのマリーダは地球へ移されることになる。サイアムの孫娘で現ビスト財団当主代行マーサ・カーバインの指示だ。アルベルトに財団の命綱である『ラプラスの箱』の開放阻止を命じたのもマーサだった。テロで爆破された首相官邸ラプラスの跡地へ向かう。ダグザに強制され、一度は反発したバナージだが、オットーからバナージ救出作戦を主導したのがダグザだと知らされ、ユニコーンガンダムを出撃させたのだ。リカルド・マーセナスが行った演説を流し始めた。ジオン根絶のための殺戮マシーンではない何かが組み込まれていることに気付いたダグザは、バナージに「それを制御するのは生身の心だ」と教える。アンジェロの親衛隊と共に急襲したフロンタルのシナンジュによってダグザは殺された。バナージの怒りに反応したユニコーンガンダムはNT-Dを発動させデストロイモードに変身し、シナンジュを圧倒するが、盾となったギルボア機を撃墜してしまう。地球へ落ちていくユニコーンガンダム。その光芒を地球に降りたミネバは目撃するのだった。地球に落ちたユニコーンガンダムとバナージを助けたガランシェールが西サハラ砂漠に不時着した。地球潜伏のジオン残党軍は地球連邦の首都ダカールを襲撃する陽動作戦を展開。連邦政府の中心人物ローナンはブライト・ノアにガランシェール探索を命じる。リディと共に地球に降りたミネバは自分が政治利用されるのを怖れてマーセナス家から姿を消すが、地球生まれの老人が語る「宇宙移民を実行した人々の善意」という言葉でなすべきことに気づき、追っ手の者達に身を預ける。同じ頃、アルベルトの叔母マーサは強化人間のマリーダを手駒とするべく再調整を施す。ジンネマンはジオン残党軍と接触するためバナージを連れて砂漠の横断を敢行する。砂漠を旅したバナージは連邦軍に家族を殺されたジンネマン達の悲しい過去を知り、『ラプラスの箱』をより良く使う方法を探るべく新たな情報が開示される場所、トリントン基地へ向かうことを決意する。そのトリントン基地への攻撃をフロンタルに進言するロニ。彼女は地球連邦首都ダカールを襲撃したシャンブロのパイロットだった。リディはデルタプラスでブライト艦長が指揮するラー・カイラムに合流する。そのラー・カイラムにトリントン基地が襲われたとの報が入る。ジオン残党軍がカークスの呼びかけで結集したのだ。シドニー新湾に現れたシャンブロは無差別に市街地を破壊しながら進撃。ジオン残党の怨念がロニを殺戮に駆り立てていた。コロニーが墜ちた地、オーストラリアのトリントン基地で開示される『箱』への座標を得るため戦いを引き起こすジオン残党軍。その戦いを止めたいバナージは、立ち塞がるジンネマンを退けてユニコーンガンダムで出撃する。ラー・カイラムのMS部隊トライスターは、ロニの親代わりだったカークスを迎撃して撃破。ロニは怒りと悲しみでシャンブロでの殺戮を続けるが、亡くなったカークスの思いが彼女に人の心を取り戻させる。ジオン残党の怨念は強くシャンブロは再び暴走する。リディはユニコーンガンダムのビーム・マグナムを奪うとシャンブロを撃破。ロニの死に呆然となるバナージの前に黒いユニコーンガンダムが接近する。バンシィに急襲されたバナージは、ユニコーンガンダムと共に身柄を拘束され、ラー・カイラムに収容された。そのバナージがアルベルトの腹違いの弟だと聞かされ驚くリディ。アルベルトの叔母マーサは、リディの父ローナンから引き渡されたミネバをバナージに口を割らせるための駒とすべく超大型輸送機ガルダへ移送した。八方塞がりの状況下、『ラプラスの箱』への新たな座標を秘匿し続けるバナージに、ロンド・ベル司令ブライトは歴代ガンダムパイロットと同じ可能性を認めて励ますと、カイ・シデンを通じてミネバ奪還の共同作戦をガランシェールへ伝達。救援にネェル・アーガマを派遣する段取りも図り、バナージをミネバのいるガルダへ送り出す。ミネバとマリーダ奪還作戦を仕掛けるガランシェール隊。その阻止をマリーダに命じるアルベルト。ユニコーンガンダムのバナージはデストロイモードに変身したバンシィに苦戦する。マーサ達の手を逃れたミネバはリディの救いの手を拒み、バナージが受け止めてくれると信じて空に身を投げた。バナージはその願い通りにミネバを助けてガランシェールに届け、マリーダとジンネマン救出のため再びガルダへ向かった。ガンダムへの憎しみに囚われたマリーダだが、ジンネマンの出現に心を乱される。リディの憎悪はバンシィもまたガンダムだという事実をマリーダに突きつけ、混乱してバンシィから吐き出されたマリーダをジンネマンは助けるのだった。バナージとミネバ達を収容したガランシェールは、宇宙に上がる途中でエンジントラブルに見舞われるが、諦めないバナージの奮闘で不思議な光に覆われたユニコーンガンダムの力で、無事ネェル・アーガマとの合流を果たす。『ラプラスの箱』に関わったネェル・アーガマとガランシェールの抹殺を決断。宇宙へ戻ったバナージ達の前に連邦宇宙軍最大級の巨艦ゼネラル・レビルを差し向ける。絶体絶命に陥るバナージ達。その窮地を救ったのは、ネオ・ジオン艦隊を率いるフル・フロンタルだった。シナンジュの活躍でゼネラル・レビルの追撃から逃れたネェル・アーガマは、『袖付き』との共同戦線をやむなく受け入れる。連邦軍から追われる身となったネェル・アーガマが選んだ苦肉の策、『袖付き』との共同戦線。それに反発するクルー達に受け入れを命じたオットーは、フロンタルから本音を引き出そうとする。問われたフロンタルは、地球を除く月と各サイドが経済的な結びつきを強めて連邦を弱体化させるという「サイド共栄圏」構想を明かす。その結果、引き起こされる悲劇を予見して失望するミネバだったが、『ラプラスの箱』への最終座標がインダストリアル7のメガラニカだとフロンタルに伝えてしまうのだった。アルベルトからバンシィ・ノルンを受け取ったリディは、ユニコーンガンダムを追って出撃する。フル・フロンタルに『ラプラスの箱』の最終座標が知られ、落ち込むバナージ。マリーダは望みを持ち続ければチャンスは来ると励ます。タクヤ達は密かに連邦軍哨戒艦を呼び反撃の機会を窺うが、アンジェロに察知されてしまう。彼らを人質にされ哨戒艦撃沈を要求されたオットー艦長は共同戦線の破棄を決断。激しい銃撃が展開される中、バナージはフロンタルと対峙する。ミネバもフロンタルのサイド共栄圏構想を否定する立場でマリーダと動くが、ジンネマンはマリーダに投降を命じた。マリーダの決意がジンネマンの恨みを解かす。バナージとマリーダに反撃され、ネェル・アーガマから脱出したフロンタル達は『箱』の最終座標へ向かう。インダストリアル7へ急ぐネェル・アーガマは『袖付き』のモビルスーツの攻撃に進路を阻まれる。その戦線を突破できなければ、フル・フロンタルに『ラプラスの箱』の確保を許してしまう。フルアーマー・ユニコーンガンダムのバナージに対し、リディのバンシィ・ノルンが立ち塞がった。カイ・シデンから、コロニーレーザー『グリプス2』が稼働し『箱』の消滅も厭わない作戦が進展しつつあると聞いたブライトは、コントロールセンターがあるシャイアン基地にラー・カイラムを急行させる。血の呪縛に縛られ暴走するリディ。怪我を押してクシャトリヤ・リペアードで救援に駆けつけたマリーダは、バナージに先に行けと命じるのだった。アンジェロに捕捉されローゼン・ズールのサイコ・ジャマーに苦戦するバナージ。マリーダと対決したリディは思念の共鳴現象に翻弄されクシャトリヤ・リペアードを撃破してしまう。マリーダの思いはジンネマンやミネバ達に宙域の危機を伝えて去る。その死の衝撃はユニコーンガンダムに数値を越えた感応波を現出させ、惑乱したアンジェロは自機を自壊させた。ジンネマンの協力で『袖付き』艦隊の足止めに成功したネェル・アーガマはインダストリアル7宙域に到達する。同じ頃、シャイアン基地に乗り込んだブライトはリディの父ローナンやマーサと対峙する。バナージとミネバが向かうメガラニカではサイアム・ビストが待ち受けていた。テロの実行犯で、その際に手に入れた宇宙世紀憲章を『ラプラスの箱』として連邦と取引してきた。連邦の硬直した状況を憂い、孫のカーディアスと連携して真のニュータイプを見つけ出す機能をつけたユニコーンガンダムを『箱』の鍵とし、世界の未来を託す者を探そうと試みたという。その試練をミネバと乗り越えたバナージは、サイアムから『箱』を譲り受け、みんなの為に使いたいと考える。フル・フロンタルもまた氷室に現れ『箱』の正当なる継承者だと主張。バナージとフロンタルの『箱』を巡る最終決戦が始まる。『ラプラスの箱』を強奪しようとするフル・フロンタルは、立ち向かったガエルのシルヴァ・バレトを圧倒的な戦力差で大破させた。ガエルの危機にユニコーンガンダムを召喚するバナージ。リディもバンシィ・ノルンで参戦し、2機のガンダムが巨大モビルアーマー、ネオ・ジオングと対決する。フロンタルはネオ・ジオングのサイコシャードでガンダムの全武装を破壊。バナージを宇宙の時の果てへと誘い込み、虚無と絶望を植え付けようとする。諦めないバナージに、ララァ達の思念が力を貸す。それに呼応して自壊を始めるネオ・ジオング。ローナンは『箱』を葬り去るためコロニーレーザーの使用を決断、実行を承認してしまう。宇宙に旅立った人類が新たな可能性を期待されて送り出された事実を記した宇宙世紀憲章の「未来」という一文。その一文が記された『ラプラスの箱』を怖れる連邦政府の中心人物でリディの父のローナンは『箱』の在るメガラニカ破壊の為、コロニーレーザーの照射を承認してしまう。バナージとリディはガンダム2機のサイコ・フィールドでメガラニカの防衛に成功するが、その代償にバナージはユニコーンガンダムに取り込まれてしまう。世界中の人々に向けてミネバが『箱』の真実を明かすなか、オットーとジンンネマン達は協力して追撃してくる連邦軍艦隊からの離脱を図る。バナージは父カーディアスの思念に促され、ミネバの元へ帰還する。