Researchat.fmResearchat.fmResearchat.fmは、バイオロジーの研究者3人がアツいと感じていることを自由に話すポッドキャスト番組です。紹介した関連論文まとめ2019年の2月からResearchat.fmを始め、様々な論文について話してきました。心の中では触れた)論文とその周辺論文についてまとめました。sequencing)により細胞に与えられた摂動と破壊された遺伝子の情報を読み出す技術。DNA-of-thingsのオリジナル論文。スタンフォードバニーちゃんの情報をDNAとして記録し、シリカビーズに入れて3Dプリンティング可能な材料に混ぜ込み、3Dオブジェクトを3Dプリンタによって作成するDNA-of-thingsの開発を行った。情報が劣化することなく、読み出しも問題なく行えた。Fountain法を用いている。Storageに応用した論文。Storage論文の比較を行っている。215Petabyte/gramで情報を埋め込むことができると推定している。Boydenらの技術。細胞に、膨らませることが可能なポリマーを染み込ませて膨らませることでこれまで観察不可能だった小さな構造が観察可能になった。超解像イメージングとは異なるアイデアから生まれた技術。新しい人工塩基をつくることにより、4種類から8種類に拡張した論文。PCRしたり、DNA->RNAしたりすることが可能。transcription....今回、Sohが紹介した論文。Expression’...の略。labであり、こちらの論文はPubmedから無料で読めます。コガネムシのツノに関する論文。editing論文の原稿。templateを逆転写反応後に相同組換えで導入する、というアイディアはこの論文が初出。この論文ではバクテリア由来のretronとよばれる配列を利用した。editingを実現させた。Pubmedから無料で読めます。REPAIRv2はoff-target効果がさらに軽減されている。editing....こちらは今年にScienceに掲載された改良版。RNA編集が実現され、RESCUEと命名。(高温になるとKlenowが失活するため)。このため、サイクル反応のたびにどんどん反応容量が増えていき、最終的には140uLのうち、30%ちかくがKlenowになる。polymeraseであるTaqを応用したPCRの論文。今のPCRの原型となる。被引用数としてはこの論文が一番PCR関連の中では多い。Mullisが24歳の時にかいた物理の論文。problems....PCRを用いることによって7個の頂点からなるハミルトン経路問題を解くことを示した論文。computingにおける最初の例。PDFが読めますので興味があればぜひ。Computer....AdlemanによるDNAコンピューター第二弾の論文。systems....Target-AID法ではヤツメウナギ由来のCDA1を利用し、C-to-T塩基編集技術が実現された。LiuらBroad研究所のチームは、ラット由来のAPOBEC1を使用したC-to-T塩基編集技術を報告した。cleavage....大腸菌のTadAタンパク質を人工的に進化させ、AからGへのDNA塩基編集酵素を作成したオリジナル論文。自然界には存在しないタンパク質を作出することはプロジェクト上、非常に大きなリスクを伴うものであった。BE3-YEEが開発された。Tattooのコンセプトを打ち出した論文。今回のNeuralinkの発表とともに公開。いうよりは企業が公開するホワイトペーパーという形態である。2019年の3月にUCSFから発表されていた論文。今回の発表の根幹を担う技術についてかなり詳しく述べられている。発表時にNeuralinkとの関係は示されていない。Nanoengineering誌のレビュー論文。Microsoft社により開発されたDNAストレージ技術。DNAマイクロチップ上に合成された数十万種類のDNAにはデータの他にそのデータブロックを示す番地情報が同時に付与されている。この番地情報に相補的なDNA配列をプライマーとして利用することでPCRによってランダムアクセスを実現した。この手法により、200MB程度の動画データの読み書きがデモされた。synthesisを用いた最初のDNAデータストレージ論文。Churchはベンチに立ち、ピペットを握り実験したんだよと以前SriはSohに話してくれた。ちなみにSriはUCLAでPIとして独立後、Octantという製薬のベンチャーを立ち上げた。labで合成生物学の研究をしており、DNA組み換え酵素を組み合わせた複雑な遺伝回路を生きた細胞で実装することを成功させた。サンランドバオバブの年齢を放射年代測定によって推定した論文。1060歳+-75歳とされている。microscopyに関するオリジナル論文。