番組リクエストスタッフ『統合TV』は、生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。千葉大学ゐのはな同窓会館多目的ホールこのテキストを引用する際はDOIをご利用ください。AJACS下総「実験データの生物学的解釈をするための遺伝子発現DB・ウェブツールの使い方」の講習資料です。ありますので、こちらもあわせてご活用ください。講習会全体のプログラムはこちらです。本講習は、だれでも自由に使うことができる公共データベースやウェブツールを活用して、研究のさまざまな場面で調べることの多い個々の遺伝子発現データを簡単に調べるための方法と基礎知識について学びます。自ら行なった大規模発現解析の(あるいは公共データベースから取得・解析した)結果として得られた数百〜数千におよぶ遺伝子セットについて、生物学的な解釈をする方法とその結果の考察を実践します。講習の流れ今回の講習では、コンピュータを使って以下の内容について説明します。検索する数十~数千の遺伝子群の生物学的解釈DAVID【実習2】DAVIDを用いて、発現データの結果を生物学的に解釈する【実習3】これまで学んだことを踏まえて、発現データの結果を生物学的に解釈する講習に際しての注意とお願いみんなで同時にアクセスするとサイトにつながりにくくなることが予想されます。資料を見ながら自力で進められそうな方はどんどん先に、そうでない方は講師と一緒にすすめていきましょう。サイトの反応が悪い時はタイミングをずらして実行してみてください。反応が無いからと言って何度もクリックするとますます繋がらなくなってしまいます。おおらかな気持ちで臨みましょう。わからないことがあったら挙手にてスタッフにお知らせください。遠慮は無用です(そのための講習会です!)。おいてけぼりは楽しくありません。http://www.youtube.com/user/togotv/YouTubeのチャンネル登録をすると更新情報がメールで届きます。ウェブサイトへのアクセスの仕方から結果の解釈まで、操作の一挙手一投足がわかります。(2017年11月末現在)講義・講習などの参考資料や後輩指導の教材として利用できます。本講習中、本家サイトが繋がらない時は、統合TVを見ればおおよその内容がわかるようになっています。「発現解析」タグから検索できます。使用することができます。(AJACS)」で閲覧できるようになり、受講生の復習のみならず、初学者の学習教材としてご活用いただけます。統合TV未掲載の場合は、統合TV番組リクエストフォームへどうぞ!!研究発表のスライド作成や資料作成、論文の図表等でどなたでも自由にお使いいただける画像は、自由に使える画像を探すからご利用いただけます。(出典記載のみでOK)統合TVを作ってみたい方、募集中です。絞込みに使えないか検討した。これらの候補遺伝子の正常組織における発現量が低ければ、治療標的とした場合に悪影響・副作用が小さくなると仮説した。実際に、これらの遺伝子の発現量をRefExで確認し、追加確認実験の優先順位付けを効率的に行うことができた。画面中央の「組織特異的に発現する遺伝子を見る」の臓器アイコンにカーソルを合わせると、更に詳細な部位のアイコンが出るので、調べたい臓器(例として肝臓)をクリックします。検索結果一覧が表示されます。検索結果一覧では、「ソート項目の切り替え」や「絞り込み検索」、「リストへの追加」ができます。(手順11以降で解説します。chain)をクリックすると詳細情報を閲覧できます。「皮膚・骨格筋を表示」もしくは「アニメーション表示」にチェックを入れるとどのように表示されるでしょうか。「組織40分類別データ」では、バーの上にマウスオーバーすると測定部位と発現値が表示されます。「Download」をクリックすると、表示中の遺伝子の組織40分類別の発現データがタブ区切り形式でダウンロードできます。ID」のリンク先をクリックすると、どういう情報が参照できるでしょうか。termを持つ他の遺伝子を一括で検索できます。クリックしてみましょう。CAGEデータのビューアに切り替わります。ビューアは上部が拡大図で、下部が全体表示になっています。検索窓にキーワードを入れるとサンプル名を検索できます。ヒットしたサンプルはオレンジ色で強調されます。右側に、サンプル名と発現値、サンプル分類が表示されます。RefEx用に整理したサンプル情報一覧も閲覧可能です。検索結果一覧に戻ります。ソート項目を切り替えて、どのように結果が変わるでしょうか。様々な条件で検索結果を絞り込むことができます。絞り込み検索は左のバーから行えます。遺伝子名に「liver」を含むデータは何件あるでしょうか。「遺伝子名」の下の「条件なし」をクリックして表示されるウインドウに「liver」と入力し、「Include」をクリックし、「この条件で絞り込み」を押します。「遺伝子名」の項目で「Exclude」に「solute」を加えると、検索結果はどう変わるでしょうか。「組織」の項目で、データ元をRNA-seqに変更したり、臓器の指定を追加すると検索結果はどう変わるでしょうか。「必ず含むデータセット」の「ALL」にチェックを入れると、検索結果はどう変わるでしょうか。検索結果一覧に移動して、3つの遺伝子を「リストに追加」してみましょう。追加した件数は「リストを見る」の横に表示されます。「リストを見る」をクリックするとリストに移動します。『並べて表示する』にチェックを入れて、「遺伝子を並べて表示」をクリックします。遺伝子発現データやGeneOntology情報を並列に比較することで見えてくる「違い」はなんでしょうか。その違いからどういうことが推測できるでしょうか。自分の研究テーマに関連する、また興味のある遺伝子について検索してみましょう。BioGPSヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースBioGPSはAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたさまざまな組織や細胞(株)遺伝子発現プロファイルのデータベース。variant)の発現状況も調べることが可能。最近ではCircadian関係のデータも。(GEO)中から選抜されたデータセットに切り替えて発現状況を調べることが可能に。データベースの活用法http://biogps.org/を開きます。1(MyoD)の発現プロファイルを調べてみましょう。中央の検索窓に「myod」と入力し、「search」を押します。4654」をクリックします。最初はヒトのマイクロアレイデータが表示されます。List"は右上の<<アイコンをクリックすると非表示にできます。非表示にすることで画面を広く使うことができます。ページ内のウインドウは通常のウインドウと同じようにドラッグによる移動やサイズの変更などを行うことができます。選択すると、新しいタブで表示できます。書かれた窓に単語(組織名など)を入力すると、その単語の含まれた部分が赤くハイライト表示されます。バーを用いることで、グラフの表示範囲を調整することが出来ます。発現量を示すバーをクリックすると発現強度の値が表示されます。(Mouse)"をクリックしてマウスのデータを表示できます。MyoDはどの組織、細胞で強く発現しているでしょうか?場合によっては"Probeset"のプルダウンメニューから複数の項目を選択できる場合があります。クリックすると、ズームや検索機能などのついていない、画像だけのグラフで表示されます。低スペックなマシンでは、こちらの方が軽快に動作するでしょう。形式でダウンロードできます。GEO中のデータセットを検索でき、それらのデータに表示を切り替えることができます。samples)"を選択します。どのようにデータが変わったでしょうか。"Search"からキーワード検索で、GEOのデータを検索してみましょう。"C2C12"と検索するとどのようなデータが選択できるでしょうか。rayout」をクリックすると、検索した遺伝子に関して種々の外部データベースを横断検索できますが、どのようなデータが閲覧できるのか調べてみましょう。左上の「Search」タグをクリックして検索画面にもどり、自分の興味ある遺伝子について同様に検索してみましょう。自分の興味ある遺伝子が浮かばない場合は、著名なiPS細胞を作るために必要な4因子(Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc)がどの組織で発現しているか、またデータを切り替えて検索してみましょう。BioGPSのiPhoneアプリが無料で公開されていますので、「あの遺伝子はどの組織で発現してるのかな?」とふと調べたいときにお手持ちのiPhoneで遺伝子発現を調べられます。DEGs)が得られます。一般的な遺伝子発現解析の第一歩は、実験条件によって得られた数十~数千のDEGsが生物学的にどういう意味を持つかを考えることです。)を解析することで、生物学的解釈をしてみましょう。(発現量込みやタイムコースデータは不可)2010年以来データ更新が止まっていたが、最近、アップデートされた。GEOから取得した公共の遺伝子発現データを用います。このデータは、ある実験の前後の2群間で有意に発現減少した遺伝子群のリストです。(右クリックして「新しいタブで開く」もしくは「名前を付けてリンク先を保存」してください。Analysis」をクリックします。ファイルを指定します。リストのIDの種類タイプを選択します。クリックするとリストが読み込まれます。List_1」として保存されています。削除やrenameもできます。Tool」をクリックします。Ontologyを用いた解析の細かいメニューが表示されます。Process)に注目します。その右の「Chart」をクリックすると結果がポップアップされます。タイトル行をクリックするとソートできます。見て、上位にリストされたGOTermにどのような共通点・相違点があるでしょうか。DAVIDで得られた結果を踏まえ、「ある実験」とはどのような実験であったか考察してみましょう。使い方に慣れてきたところで、実戦的な生物学的解釈に挑戦してみましょう。今回は「正解」はありません。情報分析力と想像力が問われます。