「CLARITY(クラリティ)」の冷却装置(電動ウォータポンプ)に不具合があり、走行できなきくなる恐れがあるとして、国土交通省にリコールを届け出た。燃料電池システムを冷却する電動ウォータポンプで、駆動用モータの磁石の表面処理が不適切なため、冷却水により磁石が腐食することがある。そのまま使用を続けると腐食が進行し、電動ウォータポンプが作動しなくなり、パワーモードオン時に警告灯、警告表示が点灯し、燃料電池システムが起動しない。走行中に警告灯、警告表示が点灯し、燃料電池システムが停止して、最悪の場合、走行不能となる恐れがある。これまでに不具合が6件、事故はない。