シークレット・サービスの捜査官イーサン・バークは、失踪した二人の同僚を捜索中、「ウェイワード・パインズ」という町の入り口で交通事故に遭う。その後、森の中で目を覚ました彼は閑静な住宅街へとたどり着くが、IDや所持品を何もかも失ってしまっていた。自分の無事を伝えようと、家族や組織に連絡を取ろうとするイーサンだったが...。少女ボーとその両親が乗った乗用車が何者かに襲われ、両親は殺され、ボーは連れ去られて闇に消えていく。これと平行して、ある刑務所では冤罪で死刑を宣告された青年テイトに謎の男が救いの手を差し伸べ、自由と引き換えに少女ボーの命を死守せよという使命を与える。ボーの成長とともに強力になる超能力を狙って、二人に追い迫る政府の悪者たち。