スーパー京大理系について名前の通り京都大学を第一志望とするクラスである。中には関東には設置校舎が無いので大阪大学などを志望する生徒も一部混ざっている。関東での設置校舎はとても少ない。お茶の水校ではスーパー京大理系は1クラスしかない。そのためクラス分けがないのでクラス内の学力にとても大きな差がある。お茶の水校では前述通り1クラスでかつ2号館なので3号館ほどのキツさはない。そのうえ講師の質が東大クラスのSAに劣らないくらいよい。スーパー京大理系集中コースもある。徹底的に演習するものである。前期は英語が2回、数学が1回のみ行われる。この他に有料ではあるが京大エンカレッジセミナーや関西校の講師が出講するスーパー京大実戦講座や京大突破レクチャーが行われる。無料で受けることが出来る。京大クラスなら基本久山道彦の授業を避けることは出来ないであろう。久山師の方針により後期に配布される入試問題研究には一切触れず自習用とする(解答も配らない)。物理の小倉がいたり化学の井龍がいたりと、なかなか他のクラスでも巡り合うことのない実力派講師が集まる。