文献検索について文献検索には色々なやり方があります。以下、東大で公式に行うことのできる検索を説明します。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)から様々な検索ができます。枠内に検索したいキーワードを入れ、左のプルダウンメニューからPubMedを選び、「Go」を押せば結果が表示されます。リンクをたどれば、Abstractまでは読むことができますが、一部のジャーナルを除いて、全文を読むことはできません。全文を読みたい場合は、以下の「東京大学で利用できる電子ジャーナル検索」を利用します。2東京大学で利用できる電子ジャーナル東京大学図書館が、様々な出版社と契約して論文をWEB上で読めるようにしています。端末のIPアドレスが東大内でなければ利用できませんので、自宅からはアクセスできません。サイトhttp://ejournal.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/index.htmlにアクセスし、ジャーナル(雑誌)のタイトルを入力することで、そのジャーナルを検索し、上記のPubmed検索で見つけた号、ページ、年度を入力することで、論文の全文を読むことができます。ジャーナルによっては、パスワードなどを入力することが求められますが、これは「INFO」ボタンをクリックすれば書かれています。SCIENCE上の二つとは大きく異なり、ある論文がどのような論文に引用されているかを調べることができるサイトです。具体的には、「自分が書いた論文が、何回、どのような論文に引用されているのか?」を調べることができます。(SCI-EXPANDED)を選びます)や、キーワードを入れて、検索元になる論文を探します。以降、リンクをたどっていけば、その論文が、出版以降にどんな論文に引用されているかを知ることができます。ベースを利用しても結果には大差はありません。Genbank(アメリカ)とDDBJ(日本)で若干異なるようです。もとにしたタンパク質のデータベースです。従って時間的にはSwissProtの方が遅く登録されます。日本からの新規遺伝子の登録はできるだけDDBJのSAKURA(http://sakura.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html)を使って下さい。DDBJを通じて登録された遺伝子数によってDDBJへの予算が左右される事があるそうです。以下、GenbankのBlastを元にお話しします。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)検索に関して考えなければならないのは、以下の点です。A)自分が入力するのは核酸配列、アミノ酸配列のいずれであるか?相同性検索の結果は、核酸配列、アミノ酸配列のいずれで受け取りたいか?B)検索のアルゴリズムはBlastかFastaか?・Blast:高速の検索で一般的に用いられます。ルーチンにはこれで十分です。・Fasta:Blastよりも複雑なアルゴリズムを用いているので、Blastでかからないものが引っかかることがあります。時間がかかるので、返事はE-mailでもらうようにした方が良いと思います。このプログラムはNCBIにはないので、私はDDBJのFastaを使っています。(入力したDNAを6フレームで翻訳し、対象データベースのDNA(アミノ酸配列がわかっていないもの)も同様にアミノ酸に翻訳して、その間で相同性比較をします。主として、DNA断片の配列から、アミノ酸として相同性のあるEST*やゲノムシーケンスを探すときに使います。同一のDNA配列を持つものを探すときは、blastnを使います。