この配列を見ることで、ORF全長をカバーしていたり、ほとんど全長であるESTを見つけることができます。numberとIDをメモしておきます。なく、キーワードからESTを探した方がいいことがあります。(練習2)例えば、IL-8の場合を行ってみます。Man)を選択し、「go」を押します。2」*146930を選択するとIL8についての主要な研究の歴史が解説されます。3」上部の「UniGene」を選択すると、遺伝子情報が示された後に、ESTクローンのリストが表示されます。numberとIMAGE:番号を記載しておきます。agreementなどの書類を書くことなく入手可能です)・Invitgogen社からのEST検索(練習3)ESTを直接入手できる会社のページから検索します。最初のページはアンケートページです。Sequnece」のタブを押し、ここに配列や遺伝子の名前を入れて検索できます。ここではIL8のタンパク質翻訳領域の全長を入力します。以下に例としてIL-8受容体のタンパク質翻訳領域の配列を示します。(以下はFASTA形式のIL8受容体のタンパク質翻訳領域)これをコピー&ペーストし、blast検索を行います。accession番号でも検索できます。bp)atgtcaaatattacagatccacagatgtgggattttgatgatctaaatttcactggcatgccacctgcagatgaagattacagcccctgtatgctagaaactgagacactcaacaagtatgttgtgatcatcgcctatgccctagtgttcctgctgagcctgctgggaaactccctggtgatgctggtcatcttatacagcagggtcggccgctccgtcactgatgtctacctgctgaacctggccttggccgacctactctttgccctgaccttgcccatctgggccgcctccaaggtgaatggctggatttttggcacattcctgtgcaaggtggtctcactcctgaaggaagtcaacttctacagtggcatcctgctgttggcctgcatcagtgtggaccgttacctggccattgtccatgccacacgcacactgacccagaagcgtcacttggtcaagtttgtttgtcttggctgctggggactgtctatgaatctgtccctgcccttcttccttttccgccaggcttaccatccaaacaattccagtccagtttgctatgaggtcctgggaaatgacacagcaaaatggcggatggtgttgcggatcctgcctcacacctttggcttcatcgtgccgctgtttgtcatgctgttctgctatggattcaccctgcgtacactgtttaaggcccacatggggcagaagcaccgagccatgagggtcatctttgctgtcgtcctcatcttcctgctttgctggctgccctacaacctggtcctgctggcagacaccctcatgaggacccaggtgatccaggagagctgtgagcgccgcaacaacatcggccgggccctggatgccactgagattctgggatttctccatagctgcctcaaccccatcatctacgccttcatcggccaaaattttcgccatggattcctcaagatcctggctatgcatggcctggtcagcaaggagttcttggcacgtcatcgtgttacctcctacacttcttcgtctgtcaatgtctcttccaacctctga//3)必要なcloneを選択し、検索します。いくつかのクローンが全長をコードしていることがわかりますので、画面に従って購入手続きを進めます。Japanにも転送され、通常の試薬と同様に代理店を通しての購入となります。Blastでは検索できませんので注意してくださいサイトはヒトゲノムはhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/HsBlast.html、マウスゲノムではhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/MmBlast.htmlです。入力する配列はFasta形式もしくはAccession番号ですのでこれも注意してください。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/index.html)最初に通常のblastpで相同性のあるタンパク質を検索し、返ってきた結果の中で、自分の興味のある配列を複数選択します。それらの間で保存されているアミノ酸配列(position)を用いて再度blastpを行っていくというプログラムです。ンパク質の配列(仮にProteinXとします)を入力し、指定のモチーフを持ったタンパク質の中から、ProteinXと相同性の高い順に示します。結果画面から、そのままPSI-Blastに移行できます。持つタンパク質を、fractalkineに対するホモロジーの高い順に並べてみます。ANALYZER(http://www-personal.umich.edu/~ino/blast.html)実は上で述べたほとんどの検索はこのサイトでできます。配列を入れて、ボタンを押すだけです。このサイトはNCBIの検索プロトコールに入力するところだけを自動化しているだけなので、結果は2-2.3までのものと同じ画面になります。http://www-personal.umich.edu/~ino/HELP.HTMLに日本語で解説があります。numberなどをもとに検索する場所です。検索できる主要なデータベースは以下の通りです。Medlineの文献検索です。並べるときは、間を半角のコンマで切れば、AND検索になります。複数のタンパク質の間で保存されているドメインを集めたもの。アミノ酸配列からのドメイン解析アミノ酸配列を入力して、これまでに知られているタンパク質ドメインがあるかどうかを検索するサイトは多数あります。(http://blocks.fhcrc.org/blocks/impala.html)Aはコンセンサス配列などの短い領域のサーチ、Bは比較的長いタンパク質ドメインの解析に有用です。657AAを上の二つで検索してみます。過去の研究では以下のようなドメインを持つことになっています。motif以上の結果によく似た結果が、検索から得られています。代表的な疎水性領域予測のサイトを以下にあげます。域を予測するプログラムです。domainだけではなくて、そのタンパクがどのオルガネラに発現するかを予測してくれます。AllAllを用いた進化系統樹の作成(http://cbrg.inf.ethz.ch/ServerBooklet/chapter2_3.html)様々な系統樹作成のサイトがありますが、私の経験では系統樹作成はここが一番いいようです。「Example」に入って、例に従ってアミノ酸配列を並べます。numberを入力すればいいことになっていますが、実際にはエラーが出ることが多いので、面倒でもアミノ酸配列を並べることをすすめます。2)以下に従って配列を並べます。今日は49個のGPCRの配列を入れてみました。treeを選択します。(postscript形式)または、PDF形式でデータを落とせるアドレスがe-mailで示されますので、ダウンロードします。PDFは加工ができないのでここではps形式のものをダウンロードします。6)Postscriptをサポートしたソフト(イラストレーターや、キャンバスなど)で開きます。必要に応じて加工してください。含むタンパク質が登録されると自動的に電子メイルで知らせてくれるサービスです。現在のところ核酸配列からの検索はできません。Browser上で結晶のデータファイルを読み込んで表示させることができます。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtmlです。http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm同時に英語マニュアルがダウンロードされますが、かなりわかりにくいです。・日本語マニュアルはここ。http://homepage3.nifty.com/keikoszk/3d/honbun.htmにあります。Blastで検索し、pdbデータベースを指定することで表示されます。IL-8のpdbファイルを取得し、3次元構造をを表示します。Promotor予測こういったサイトは多数存在します。いくつかのサイトを使って検索し大まかな予想は立てられる者の、あくまでも実験で確かめなければならないものだと思います。Feature(http://arete.ibb.waw.pl/PL/html/gene_feature_searches_bcm.html)では、様々な予測プログラムが掲載されています。マップなどゲノムプロジェクトのシーケンスデータにアプローチする方法には大きく分けて二通りがあります。1)Blastでhtgsをデータベースに指定することでダイレクトにゲノムシーケンスデータを得ることができます。locusなどからもアクセスできます。sequenceを取ってみます。