ディレクトリがプロジェクト内に表示されなくなります。パッケージを直接編集というケースはないと思いますが、パッケージの中身を確認したいという場合に開けないのでその点不便になりそうです。ウェブサイトやアカウントとリンクしているコンピュータからアクセスすることが可能です。通り、チェックを外したディレクトリがハードドライブ上から削除される・Webや同期している別マシンからはアクセス可能という想定外の仕様なので使えません。通りチェックを外したディレクトリを再度作成する事により、ようやくそのディレクトリが同期対象から外れるという希望の仕様になるようですが面倒というか何か違う。2015年12月22日NetBeansが重くなるのでnode_modulesやbower_componentsディレクトリを読み込ませなくする。