より、製造や販売、広告手法が制限されるが、健康食品は健康増進法により、病気の予防効果や栄養成分の効果を謳う広告で著しい相違や事実誤認させる表示を禁止している。厚生労働省は、財源難から専従職員を配置できず、2009年に消費者庁が発足して所管官庁が移管されるまで、勧告など処分実績は無かった[32]。するなどの健康被害を起こす事件もおきている。花王のエコナは、食用油として初めて特定保健用食品に認定された商品であるが、グリシドール脂肪酸エステル(発がん性のあるグリシドールに体内で変換される懸念がある)が他の市販食用油より多く含まれていることが解かり(ヨーロッパの事例よりひとケタ多いとされる[33])、花王は2009年、販売を自粛するとともに、特定保健用食品の取り消しの届け出を行った。グリシドール脂肪酸エステルが、実際にグリシドールに変換されるかは、現時点では不明である。導入されたが、成分だけで機能性や安全性を判断することはできないとの批判が、この制度の検討の段階からあり、ほかにもシステマティック・レビューを行うと、効果なしのもの、食品安全委員会が「安全性が確認できない」とまとめようとしていたものなど問題が指摘されていた[34]。この制度になって以降は、効能の化学的論拠については製造業者の責任で提出するのみで良くなり、安全性の検証は事後に実施されることとされた。このため、トクホの審査段階で安全性に疑問が指摘された成分を含んだ機能食品が出現するようになっていることが、消費者庁の指摘で判明している[35]。2017年には、特定保健用食品として承認された食品について、関与する成分の含有量が足りていないため、景品表示法違反(優良誤認)が下された[2]。