Discoveryゼブラフィッシュを用いた医学研究をしています。journalからpublishできました。注)彼はうちの研究室に所属していたわけではないので、あくまで共同研究者なのでございます。Imagesいえ〜〜い!!パチパチパチパチ・・・(もはやマンネリ)これまで、ゼブラフィッシュ体内の蛍光量、たとえばEGFPタンパク質を発現させた血管や免疫細胞、はたまた移植したがん細胞の量を測定するソフトウェアはいくつか報告されてきましたが、どれもこれもオープンソースではなく、無料のものもほとんどなく、ほぼ唯一無料のImageJはとても素人には使いにくい、という問題点がありました。無料!!!ひゅ〜〜〜〜〜〜っ!!!!ソースも見放題!!あ、pythonベースです。論文にも直接ソースが書いてあります。ダウンロードは・・・こちら!!何かの通販みたい。使い方は論文に書いてありますが、動画でも説明しています。最初にthreshold値を適当に決めて、あとは解析したい画像をまとめてソフトウェアのアイコンにドラッグ&ドロップするだけなのですが。plotを用いて(ちゃんと自分でprogram書きました)3D化したりしています。3D化した画像をsupplementaryで後悔していますが、グリグリできて楽しいですよ(Chromeで開くと動かないので気をつけてください)。これは単なる画像なので動きませーん。あと、蛍光ビーズをがん細胞みたいにゼブラフィッシュに移植して定量化したりもしました。これがまた綺麗なんだわ、論文には画像出していませんが。