私立リリアン女学園高等部には清く正しい学園生活を受け継いでいくため、“姉妹(スール)”と呼ばれる姉妹制度が存在する。1年生の福沢祐巳は山百合会(生徒会)に所属する憧れの先輩・小笠原祥子のスールとして、紅・黄・白薔薇さま達が運営する山百合会を手伝いながら学園生活を送っている。山百合会の個性的な面々やお嬢様である祥子の言動に振り回される日常が続く中、やがて薔薇さま達も卒業、そして新入生「瞳子」の登場により祥子を取り巻く衝撃の展開が祐巳を待ち受けていた。妹の寧(ねい)は襲撃によって両方の腕を切られ失っていた。二人は今、村々を回る旅芸人で生計を立てていた。旅の途中、姉の殷(いん)は偶然、数百年間置き去りにされていた『天書(てんしょ)』を手にする。太白軍の攻撃に出くわした姉妹は、天書から現れた不思議な少女『雲(ゆん)』と、伝説の剣『軒轅剣(けんえんけん)』で太白軍を撃退する。しょう)は太白の奴隷となっていたが、機関術の才能を見出され、帝国内での地位を得る。釗(しょう)は、太白皇帝に取り立てられ、最強の機関獣の製作に没頭する。成果を上げた釗は、上将軍となって戦場におもむくようになる。反抗軍に加わった殷と寧の姉妹。軒轅剣を持つ姉の殷と、戦闘義手をつけた妹の寧、そして雲の活躍で、反抗軍を次々と勝利に導く。争いに疑問を感じながら妹をかばって戦う殷と、自立をあせって戦いたがる寧は、気持ちがすれ違っていた。戦いの中、殷、寧、釗の再会の時が訪れる。敵同士として相対した時、互いに死んだと思っていた3人の運命の歯車が大きく回転する。襲い来る謎のモンスター≪メガロ≫。歩が追いかける、謎の連続殺人犯とは。