<br>+====メンバー====-有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換(山田)。山田(糖鎖G)櫻井(金谷G)<br>-(2014/1/28)<br>+'''目的'''<br>-フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)<br>+:これまで糖鎖Gでは、曖昧な構造を含む糖鎖構造を一意の線形文字列で表記できる表記法としてWURCSを開発してきた。WURCSは糖質部分構造のみを文字列化するので文字列一致により同じ糖質が含まれるかを容易に判断することができる。これまでに糖鎖データベース以外に、PDB、ChEBIなどのデータについてWURCSへの変換を行ってきた。java)でWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査・検討する。WURCS-ハッカソン中にMol2WURCSにKNApSAcKの5万件のmolデータを当ててみる。上記単糖に”3*OCC/3=O”が修飾されている構造の例+</pre>+::フラボノイド分子のMolfileからWURCSが生成されたが、FLのIDをもとにすると糖を含まない分子が475分子含まれていた。OK<br>+:::KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)<br>+::::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052<br>+:::KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。OK<br>+'''2014/1/29'''<br>+::KS_34Kmolは、C00034052は2時間30分でWURCS生成できた。<br>+::KS_35Kmolは、C00035350は1時間以内でWURCS生成できた。<br>+::KS_09Kmolの、C00009344は2時間30分でWURCS生成できた。<br>+<br>+:結果:KNApSAcKのMolfileでWURCSのルールで糖質とみなす構造をすべてWURCSへ変換することができた。ChEBIの構造からWURCS生成(山田)<br>+メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討<br>メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討<br>-===メタゲノムと糖鎖===+===感染症と糖鎖===+====メンバー====+新町+奥田+山本+====目的====+細菌が生産する糖鎖構造の多様性を調べるためのスキームを作成する。+::糖鎖構造が思いの外少ない+'''2014/1/31'''<br>+:各疾患毎の糖鎖構造をSPARQLで取り出すことができた。20+</pre>+<br>++===環境微生物と糖鎖===+====メンバー====+新町+奥田+====目的====+環境中で合成される糖鎖構造の多様性について調べるためのスキーム開発+:「疾患と糖鎖」で作成したスキームでのPDOの部分をTaxonomyあるいは環境微生物の情報に置き換えて対応+::Taxonomyの階層と糖鎖構造の関係+:::各taxonでの糖鎖構造のプロファイル+::環境と棲息する微生物種の対応関係(MicrobeDBからなど)+:::環境による糖鎖構造の多様性の違い==糖鎖構造標準化====糖鎖構造標準化=====脂質======脂質===+:脂質の表記方法はある程度決まっているが国際標準化はない(有田さんから)<br>+:文献に記載されている脂質の構造情報もこれまで蓄積された実験的な事実を考慮して記載されている場合が多いらしい。<http://purl.uniprot.org/core/Protein>+}+</pre>+http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon/SPARQLendpoints++を参考にする。山田(糖鎖G)櫻井(金谷G)目的これまで糖鎖Gでは、曖昧な構造を含む糖鎖構造を一意の線形文字列で表記できる表記法としてWURCSを開発してきた。WURCSは糖質部分構造のみを文字列化するので文字列一致により同じ糖質が含まれるかを容易に判断することができる。これまでに糖鎖データベース以外に、PDB、ChEBIなどのデータについてWURCSへの変換を行ってきた。java)でWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査・検討する。上記単糖に”3*OCC/3=O”が修飾されている構造の例フラボノイド分子のMolfileからWURCSが生成されたが、FLのIDをもとにすると糖を含まない分子が475分子含まれていた。OKKS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。OK2014/1/29KS_34Kmolは、C00034052は2時間30分でWURCS生成できた。KS_35Kmolは、C00035350は1時間以内でWURCS生成できた。KS_09Kmolの、C00009344は2時間30分でWURCS生成できた。結果:KNApSAcKのMolfileでWURCSのルールで糖質とみなす構造をすべてWURCSへ変換することができた。細菌が生産する糖鎖構造の多様性を調べるためのスキームを作成する。糖鎖構造が思いの外少ない2014/1/31各疾患毎の糖鎖構造をSPARQLで取り出すことができた。表記方法はある程度決まっているが国際標準化はない(有田さんから)文献に記載されている脂質の構造情報もこれまで蓄積された実験的な事実を考慮して記載されている場合が多いらしい。<http://purl.uniprot.org/core/Protein>}http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon/SPARQLendpointsを参考にする。このページは46,626回アクセスされました。Unportedのライセンスで利用することができます。プライバシー・ポリシーTogoWikiについて。