ジオン公国でガルマの国葬が大々的に行われようとするのと同時に、猛将ランバ・ラルがホワイトベース討伐の任を帯びて戦艦ザンジバルで降下してきた。ザンジバルの追撃を振り切ることができなかったブライトは、ひどい虚脱状態のアムロをガンダムで出撃させる。そんな状態のアムロの前に凶悪な影が立ちはだかる。ジャブローに降下したカミーユとクワトロは、攻撃を交わしつつ中心地へと向かった。ジャブローはすでにもぬけの殻だった。核爆弾の罠が作動する寸前、カミーユはレコアとカイの気配を感じ、2人を救出する。ラビアンローズへの途中、ジュドー達は任務を放棄してザクIIの残骸回収を始めてしまった。兄ジュドーの勝手な行動に責任を感じたリィナは、ルーとともにラビアンローズへ向かうが、キャラの攻撃でリィナは宇宙に放り出されてしまうのだった。一命をとりとめ、トロワのサーカスキャンプで目覚めるヒイロ。五飛は内戦の続くブント共和国でゲリラ活動をするサリィ・ポオと出会っていた。弱者である人々が正義のために命を落とす姿が、五飛の心に戦士の自覚を呼びさます。コロニーが墜ちた地、オーストラリアのトリントン基地で開示される『箱』への座標を得るため戦いを引き起こすジオン残党軍。その戦いを止めたいバナージは、立ち塞がるジンネマンを退けてユニコーンガンダムで出撃する。ラー・カイラムのMS部隊トライスターは、ロニの親代わりだったカークスを迎撃して撃破。ロニは怒りと悲しみでシャンブロでの殺戮を続けるが、亡くなったカークスの思いが彼女に人の心を取り戻させる。ジオン残党の怨念は強くシャンブロは再び暴走する。リディはユニコーンガンダムのビーム・マグナムを奪うとシャンブロを撃破。ロニの死に呆然となるバナージの前に黒いユニコーンガンダムが接近する。「星の屑作戦」の真の狙いは、地球へのコロニー落とし敢行にあった。落下が決定的となる阻止限界点が迫る中、コウはガンダム3号機に乗ってコロニーを目指すが、ついに限界点を突破。そのとき、突然デラーズ・フリートから戦闘中止が宣言される。ロボットアニメ史上に新たな金字塔を打ち立てた「機動戦士ガンダム」の劇場用3部作第1弾。TV版の第1~13話を再編集し、アムロがガンダムを起動してから巨大な敵の姿を認識するまでを収録している。宇宙世紀0079、ジオン公国軍のシャア・アズナブル率いる部隊が、連邦軍が密かに開発中のモビルスーツ・ガンダムを狙い、スペースコロニー・サイド7に侵入。サイド7で暮らしていた少年アムロ・レイは、ガンダムを起動させてジオンのモビルスーツと戦い、これを撃破。サイド7の人々と共に連邦軍の新型戦艦ホワイトベースに逃げ込んだアムロは、ガンダムのパイロットとして戦争の渦中に巻き込まれていく。宇宙世紀0087年、シャアはクワトロと名前を変え、反連邦組織エゥーゴに参加していた。潜入したコロニーで、彼は黒いガンダムを目撃する。カミーユ少年は、憲兵から尋問中、ガンダム墜落の混乱に乗じて脱出した。ガンダムMk-II奪取をたくらみ、再度潜入するクワトロ。その戦闘のさなか、カミーユはガンダムMk-IIに乗り込んで、操縦に成功した。それを目撃したブライトは、カミーユにアムロの再来を感じるのだった。スターダストメモリー』を劇場公開用に再編集した作品。ジオン再興を目指すアナベル・ガトー少佐は、連邦軍の基地に潜り込んで試作ガンダム2号機を奪取する。宇宙世紀0083、連邦軍のトリントン基地に2体の新型ガンダムを積んだホワイトベース型の戦艦アルビオンが到着。コウをはじめとする基地のパイロットたちは、誰がテストパイロットになるかで殺気立つ。核ミサイルを搭載した2号機がデラーズ・フリートのガトーにより奪われてしまう。アーガマはカラバと連携のため待機となり、ガンダムチームにはダカールへの先行命令が出た。砂漠地帯へと向かった一行に、ザビ家再興を8年もの間待ち続けていたロンメル隊が包囲する。ロンメル隊の旧式モビルスーツをガンダムチームは次々と撃破していく......。ガンダムチームは合流地点付近のメルリル湖畔でオウギュストのドライセン部隊に襲撃された。ジュドーの活躍で撃退したものの、ビーチャは嫉妬を隠しきれない。オウギュストが攻撃を仕掛けたとき、ビーチャはジュドーを出し抜いてZZガンダムで出撃するが......。1号機をフルバーニアン仕様へと換装するため、アルビオンは月のフォン・ブラウン市に入港する。ガンダムを大破させてしまったことに落ち込むコウは、アルビオンから逃げ出して町をさまよい、元ジオン軍兵士でジャンク屋を営むケリィという男と出会う。連邦の宇宙要塞コンペイトウの前で、大規模な観艦式が行われる。デラーズにはジオン軍の残党が続々と合流。核兵器を搭載したガトーの2号機が連邦艦隊を狙って動き出し、コウはフルバーニアン仕様のガンダムを駆って阻止しようとする。