土地の権利をめぐり、流域にある大津市の三井寺と疏水管理者の京都市が対立している。疏水は同寺の地下を通っており、寺側は1日までに「京都市は(地上と地下の)土地の使用権を持たない」との確認を求め京都地裁に提訴。これに対し、市は「権利はこちらにある」と反論している。訴状によると、京都市は明治時代に、国有地だった寺の敷地内に疏水を建設。敷地の所有権が寺に移った後も、国有財産法に基づき、疏水部分の土地の使用権を30年ごとに自動更新したとしている。今年4月に期間満了となるため、寺側は「(これ以上更新すると)今後の宗教活動に支障が出る可能性もある」と主張している。