フルオキセチン以外のSSRIは衝動性が亢進する患者が一部存在する[29]。not)」[4]、しかし危機介入時や[173]、併存疾患の全体的治療という点では薬物治療も考慮することができる[4]、抗精神病薬を中長期に渡って投与してはならない[4]、とし「精神的・肉体的に併存疾患のないBPD患者と現在薬を処方されている患者に対しては、投薬量を削減し不必要な薬物治療を打ち切る方向で見直すべきである」と定めており、薬剤が用いられるとしても一週間を超えるべきではないとしている[4]。よる2008年のガイドラインでは、原則として単剤療法が推奨される[177]。第一選択として、有効性の示されている非定型抗精神病薬のアリピプラゾール(エビリファイ)あるいはオランザピン(ジプレキサ)を、脱抑制の危険性を避けるため統合失調症に用いるよりも少量で用いることが推奨されている[177]。不安や抑うつに対してはSSRIや非定型抗精神病薬が推奨される[177]。気分安定薬では、バルプロ酸ナトリウム(デパケン)やトピラマートが衝動性に対してある程度の効果が確認されているとされるが、過量服薬時に危険であることも指摘されている[177]。リチウムやカルバマゼピンの有効性は確認されていない[178]。抗うつ薬と抗精神病薬のような多剤併用の有効性を支持する証拠はなく[178]、長期間投与の有用性も認められない[179]。この疾患の不安や過覚醒による不眠症にはベンゾジアゼピン系の薬剤の有効性は報告されておらず、依存の形成や過量服薬の危険性を考慮し処方するとしても数日から2週間といった短期にし、とりわけ単剤処方が推奨される[180]。不安、同一性障害には効果がないとされ、患者の治療法は一律ではない。有効性は確認されていない。抗精神病薬に関しては専門家の間でも、統合失調症と同じ容量ではなくごく少量を投与するべき、という意見の合意が得られている。副作用や安全性の観点からは定型抗精神病薬よりも非定型抗精神病薬の使用が適している。副作用に対し敏感な患者も多いため、事前に詳細な説明をすることは不安の軽減に繋がる。薬剤は「悪いもの」と思われがちなため、アドヒアランス(服薬しているか)の確認や有害事象について繰り返し話し合うことが必要である[175]。境界性パーソナリティ障害の薬物療法は、症状の緩和作用以上の深い意味を持つとの見解もある。薬物への意識または無意識的な「投影」である。重要な他者(医師を含む)の存在の拒絶や受け入れ、一体感の切望または敵意による過量服薬など、意識・無意識的な他者への「投影」が投薬治療に様々な意味を持たせているという。治療者も自身の能力に対する不安感や無力感を、患者に薬を与えることで解消しようとしていないか省みる必要があるだろう[175][181]。上述の診療ガイドラインにて、有効性について総合的に調査されているが、それ以前の年代のものが含まれている。他害などの急性症状には最も有効であるが、維持的に使った場合は限定的な効果しかないとする意見を述べている[182]。効果が示され、抗精神病薬に関しては認知・知覚症状への有効性も認められた。