DECK(2017)が発売された2017年3月25日より施行されたルール。新エキスパートルール以来の大規模なルール改正となる。主なルールの変更点は以下の通り。リンクモンスター・リンク召喚の登場。6つ目のモンスターゾーンとして、エクストラモンスターゾーンの新設。従来のモンスターゾーンがメインモンスターゾーンに改称。エクストラデッキからモンスターを特殊召喚する場合、原則としてエクストラモンスターゾーンにしか出せない。リンクモンスターのリンクマーカーが指し示しているメインモンスターゾーンであればエクストラデッキからの特殊召喚が可能。「エクストラデッキからの特殊召喚」にはペンデュラム召喚や正規手順以外の特殊召喚も全て含まれる。ペンデュラムゾーンが魔法&罠ゾーンの右端・左端との兼用になる。これらには通常の魔法・罠カードを出す事も、ペンデュラムモンスターを魔法カード扱いで発動する事もできる。左右両端の魔法&罠ゾーンは、ペンデュラムモンスターが置かれている場合、または「ペンデュラムゾーンにペンデュラムモンスターを置く」場合にのみペンデュラムゾーンとして扱われる。よって、例えば右端の魔法&罠ゾーンに発動している永続魔法が《揺れる眼差し》で破壊されるような事はない。メインデッキ、サイドデッキ、エクストラデッキの枚数制限はマスタールール3と同様で変化なし。エクストラデッキを構成するモンスターとして、新たにリンクモンスターが追加された。†これまでカード名が記されていた発動条件のテキストを「このカード名の」に統一。例1:《RAMクラウダー》このカード名の効果は1ターンに1度しか使用できない。自分の墓地のサイバース族モンスター1体を対象として発動できる。エクシーズ召喚等の正規の方法以外でエクストラデッキのカードを特殊召喚する場合も、エクストラモンスターゾーンかリンクマーカーの向いたメインモンスターゾーンへ特殊召喚を行う。(17/02/26)一方、これらの種類のモンスターであっても、エクストラデッキ以外からの特殊召喚や戻す場合、エクストラモンスターゾーンは使用できない。リンクマーカーの向いたメインモンスターゾーンがない場合も、エクストラモンスターゾーンのエクシーズモンスターにエクシーズモンスターを重ねてエクシーズ召喚する事は可能。シンクロ召喚・融合召喚も同様に、素材とすることでエクストラモンスターゾーンが開く場合には行うことができる。片方のエクストラモンスターゾーンから素材にし、空いているもう片方のエクストラモンスターゾーンに特殊召喚する事もできる。効果で一時的にフィールドを離れた場合、メインモンスターゾーンに戻る。エクストラモンスターゾーンのモンスターのコントロールが変更された場合、メインモンスターゾーンに移動する。(17/03/18)一時的に移動し元の持ち主へ戻る場合も、そのまま持ち主のメインモンスターゾーンへ移動する。エクストラモンスターゾーンのモンスターを対象に《ポジションチェンジ》の効果を発動できない。(17/03/25)RUM等でメインモンスターゾーンのエクシーズモンスターに重ねてエクシーズ召喚扱いで特殊召喚する場合、エクストラモンスターゾーンに特殊召喚するモンスターを出し、その上でエクシーズモンスターとエクシーズ素材をエクストラモンスターゾーンに移動させて重ねる。(17/03/25)従来可能だった運用が根本的に見直しとなる、という点では生け贄召喚導入というごく最初期のものに続く2回目であり、非常に大きな変更である。生け贄召喚は第1期中に早々に見直され、黎明期のごく短期間でのルール変更であったことを思えば、実質的には初の大規模変更と言える。新エキスパートルールは第2期に入りエキスパートルール時代にはなかった処理が多数生み出されたための整備がほとんどであった。マスタールール以降は、シンクロ召喚等の追加システムや、アドバンス召喚のような用語変更程度で、基本的な仕組みはそのままであった。先攻の通常のドロー廃止等の細かなものはあれど、基本的にこれらのルール変更は「変更」というよりも「追加拡張」に近かったのである。エクストラモンスターゾーンに関するルールの変更は大きく、既存のデッキの多くが影響を受けるルール変更となった。マスタールール以降のデッキはエクストラデッキから素材を並べて大量展開を狙う等エクストラデッキの活用を前提としたものが大部分であり、それらの多くが大打撃を受けている。一方で、マスタールール以降であっても【真竜】や【帝王】等のようにエクストラデッキをほぼ使わないデッキや、新エキスパートルール時代の、大量展開が得意でないためにマスタールール以降の環境に適応できていなかったデッキは、ほぼ影響がなく相対的に強化されたと言える。カードの位置や一時的な除外等、モンスターゾーンの活用のために評価が見直されたカードも非常に多い。《フュージョン・ゲート》で複数体の融合モンスターを並べたり、1ターンに多数のシンクロ召喚を行ったりという戦術は、リンクモンスターを間に噛ませる必要が生じた。リンクモンスターを経由しても、リンクマーカーで稼げる数には限度があり、展開手順に工夫が必要となる。《シューティング・スター・ドラゴン》のようにエクストラデッキから素材を並べる必要があるものもハードルが上がっている。【シンクロン】や【オッドアイズ】等マスタールール以降にアニメや漫画等で登場した所謂キャラデッキの多くはエクストラデッキから素材を並べる必要があるものを前提とした構築や戦術が多かった為、従来の運用からの大幅な変更を余儀なくされている。ペンデュラム召喚を戦術に据えたデッキ、特に【イグナイト】などの「能動的にペンデュラムモンスターをどんどんエクストラデッキに送り、ペンデュラム召喚でそれらを大量展開し次の戦略に繋げる」系列は根本的に破綻してしまった。リンクモンスターを用意しなければ大量展開ができないのだが、そもそも大量展開ができない時点で効率的にリンク召喚を含む各種展開がこなせない。なんとかリンク召喚できても、次のペンデュラム召喚までリンクモンスターを維持せねばならず、またリンクモンスターを複数体展開すればその枠の分だけペンデュラム召喚できるモンスターの体数も減ってしまう。【オッドアイズ】の《オッドアイズ・フュージョン》・【セフィラ】の《セフィラの聖選士》のように、特殊召喚以外の活用がある場合は、エクストラデッキ肥しもまだまだ活用できる。ペンデュラムゾーンと魔法&罠ゾーンの共有化によって、DDなどの永続魔法・永続罠とペンデュラムモンスターを併用するデッキは影響を受けた。宝玉獣は、ペンデュラムモンスターと《宝玉の氾濫》の両立が困難となり、従来の運用からの大幅な変更を余儀なくされている。十二獣やRUMのような、1体を次の素材にしつつ展開できるギミックは、エクストラモンスターゾーン1つでやりくりできるため価値を増した。レッド・デーモンのように、エクストラデッキからの1体にメインデッキのモンスターを組み合わせ進化するものも、1つの枠でもやりくりできる。《スターダスト・ドラゴン》・《PSYフレームロード・Ω》のように自力で一時的に場を離れメインモンスターゾーンに移動できる能力の価値が増した。逆に、後続の素材等にしつつメインモンスターゾーンに蘇生するという動きができない、エクストラデッキ以外から出せないもののデメリットは増すこととなる。エクシーズモンスターは一時的にでも場を離れるとエクシーズ素材が0になってしまう。このため、融合モンスター・シンクロモンスターに比べメインモンスターゾーンへ移動する手段が限定され、やや弱体化している。ほとんどのデッキが大なり小なり影響を受ける余りに大きなルール変更のために、新マスタールールの詳細発覚後OCGプレイヤーを中心に大きな騒ぎとなった。公式の発表は2017/02/21に発売予定だったVジャンプ誌面での予定だったが、関連情報がネット上に流出したのは2017/02/17の夕方頃だった。その翌日にはシングルカードの買取を停止するカードショップが現れる事態となっただけでなく、これにより資金繰りの悪化に伴い閉店の危機にまで発展する店も現れ、一種の騒動にまで拡大。Yahoo!ニュースやネット上のまとめサイト等でも掲載されたためにOCGプレイヤー以外にも知られることとなり、カードゲーム業界での遊戯王の影響力を多くの人が再認識する結果となった。一方で、「事実上のスタン落ち導入により既存カードの価値がなくなった」というような記事や意見、悲観論も目立った。情報自体が公式発表前のもの、ならびに21日まで休日を挟んでいたからかこの間にKONAMI側からの告知がなかったことも混乱に拍車を掛けていた。実際には、停止措置と同時にカードの位置関連等の強化買取を告知したショップもある等、変更による相場の大幅変動に対応する措置であり、短期間で沈静化している。「マスタールール4」と呼ぶプレイヤーもいるが、これは誤りである。