メールクライアントを移行した場合や、削除メッセージを残しておく場合など、同じメールを受信してしまうことがあります。Mail」では、基本機能として用意されています。削除することができます。見てわかるように「選択フォルダから」「全フォルダから」のどちらかを選ぶのですが。「全フォルダから」は、怖くて、まだやったことがありません。「選択フォルダから」を選んだ場合、正常に機能することは確認済です。削除された重複メールは、ただちに消えてしまうわけではなく、「ごみ箱」へ移動するようですので、「全フォルダから」を選んでも問題ないかもしれません。