1両(キハ85-107)が廃車となり、その代替車両としてキハ85-119が1997年に製造された。「南紀」のグリーン車がキロ85からキロハ84に変更される。新宮駅間は「南紀」として運行)[3]。紀勢本線において野生動物との接触事故が多発しているため、2012年春から「南紀」用キハ85のうち4両のスカートにスポンジゴム製衝撃緩和装置が取り付けられた[4]。「ひだ」のインバウンド需要拡大に伴い、2016年には通訳オペレーターと話せるテレビ電話や音声翻訳機能を備えたタブレット端末を導入。2018年にはすべての車両で無料Wi-Fiの提供を開始し、和式トイレの一部を洋式へ改造している[1][5][6]。10月頃に鈴鹿サーキットでFIA(国際自動車連盟)主催F1世界選手権日本グランプリが開催される際には全席指定の臨時特急「鈴鹿グランプリ」に使用される。1991年1月に団体臨時列車として東日本旅客鉄道(JR東日本)飯山線に乗り入れた[7]。身延線にも2001年にお召し列車として入線している。飯田駅間にも1990年10月に団体臨時列車で乗り入れた[8]。JRと伊勢鉄道以外では1991年に樽見鉄道樽見線にて2両編成で試運転を行ったことがあるが、営業運転は臨時・団体共に行われていない。伊勢市駅間で急行「いせ」が1日1往復運転された。編成はキロハ84かキロ85を連結した4両編成で、特製のヘッドマークが用意されて運転された[9][10]。2014年10月にはキハ85-12が高山本線80周年記念の臨時列車用にさるぼぼなど飛騨地方の名産品が描かれたラッピングが施されて運用された[11]。2017年5月13日から28日までの毎週土曜・日曜に、計6回運転された「ぬくもり飛騨路号」にキハ85系が使用された[12]。15周年記念号」にキハ85系が使用された[13]。)2017年6月7日、JR東海から特急「ひだ」「南紀」用として、新たにハイブリッド気動車HC85系の投入計画が発表された[14]。2019年12月に先行量産車が完成し各種試験を行い、2022年以降に本格導入予定となっている[15][16]。対応など、地上設備の改良工事も実施された。ディーゼル機関車においては、1982年に大井川鐵道DD20形で採用例がある。原設計こそ1960年代と古いが信頼性は高く、船舶や自動車などにも広範に使用される汎用型の高速ディーゼルエンジンであった。80年代にはアメリカのトラックメーカーから広く採用を受け、それまで主流だったGM系のデトロイト・ディーゼルのユニフロー掃気ディーゼルエンジンに代わって市場で好評を得た実績もある。後の373系や383系に近いものとなっているが、本系列では号車・座席種別幕が小型になっていないという違いがある。ゴールデンウィークや年末年始、おわら風の盆などの最繁忙期には4・5両編成に増結されることがある。2019年10月3日閲覧。2017年6月7日閲覧。2018年3月6日閲覧。2018年3月6日閲覧。