発達によって、生物は細胞からなるとの認識が確定する中で、微生物には細胞に分かれていないものが多々あることがわかってきた。これらを細胞構造を持たないものだと判断する説もあり、非細胞性生物という言葉もあるが、やがて、それらの体内に多細胞生物の細胞内と共通する構造があることが判明し、単独の細胞で生活する生物であるとの認識が確定した。後に原核細胞と真核細胞の差、古細菌と真正細菌の違いが判明した。それらの差は単細胞生物と多細胞生物の差より遙かに重要なので、現在では単細胞生物をひとまとめにする分類学的意味はない。