潰そうとしていた計画に興味を持ち、研究員から真相を聞き出す・残った脳神経応用分析所も撤退。前で、記憶をなくした上条と出会う(インデックス第1期の第10話に繋がる)#11「自動販売機」...上条との再会(6巻31~32話。警報を聞き、美琴と上条の所へ。上条を美琴の男と勘違いしたまま去る。・美琴、何かを決意#12「樹形図の設計者(ツリーダイアグラム)」...ツリーダイアグラムの破壊の判明(6巻32~33話。・妹達の製造と殺害を指示したツリーダイアグラムを憎む・上条、御坂妹(10032号)に説得され、黒猫を引き取る・妹達(10031号)、胸が痛むと訴える(美琴との接触で感情が芽生える)・美琴、ツリーダイアグラムへのハッキングを企む・上条と御坂妹(10032号)と黒猫~一方通行vs妹達(10031号)・美琴、ツリーダイアグラムが7月28日に破壊されていたことを知る(*1)*1...インデックスのせい。インデックス第1期の第6話(原作小説第1巻)参照。#13「一方通行(アクセラレータ)」...美琴の絶望(6巻34話。)・一方通行vs妹達(10031号)。ひっくり返す最後の手段を失うも、あきらめずに全施設を襲撃することを目論む。カメラで10031号が殺害される瞬間を見て絶望。(10032号)らに再会し、妹達の真相を知る。美琴に会うために常盤台中学の寮(208号室)へ。美琴はある決意に至る...!#14「約束」...上条との約束(6巻34~35話。