10月には党地域指導部メンバーに選出され、当時、バクル大統領以上の実力者であった、サッダーム副議長の右腕として台頭した。RCC副議長は議長(大統領)が非常の場合に大統領代行を務めるため、事実上の政権序列第2位の地位を占めた。1980年代後半に党北部局副議長に就任した際には、クルド人の弾圧を目的にした「アンファール作戦」を指導。クルド人住民に対する大量虐殺に関わったとされる[2]。RCC副議長として、1980年のイラン侵攻、1990年のクウェート侵攻の決定に関与しており、1991年の湾岸戦争中に起きたイラク軍のサウジアラビア領内への侵攻はイブラーヒームが提案したとされる[2]。湾岸戦争後にイラク軍副総司令官に任命され、シーア派・クルド人の反政府蜂起の鎮圧を指揮した。イラク南部の湿地帯に住むマーシュ・アラブ人の住む湿地を干上がらせて住民環境を破壊し、蜂起に加担したマーシュ・アラブ人への懲罰措置を実行したとされる。南部の反乱を鎮圧させると北部に向かい今度は、クルド人の反乱を戦闘ヘリも使用して、容赦無く鎮圧した。この時、『ハラブジャの出来事を忘れたなら、我々は同じ活動を繰り返す準備が出来ている』と語ったとされ、暗にハラブジャでの化学兵器による住民殺害事件に触れて警告した[3]。1992年2月には、ニーナワー県知事に任命された。1995年にはサッダームの長男ウダイ・サッダーム・フセインとイブラーヒームの娘が結婚した(後に離婚)。一時期にしろ、サッダームと姻戚関係になった。幹部に数多く登用して自らの権力基盤を固めた。ジュムフーリーヤ(共和国)広場で行われる軍事パレードでは、サッダームの右隣にいることが多かった。