107は後述の落石衝突事故により廃車となり、代替として119が新製されている(台枠および機器類は廃車された107から流用)。2003年よりバリアフリー対策改造が施され、後述の1100番台へ改番したため番台消滅。「南紀」用として製造された貫通タイプの普通先頭車。車体の仕様は100番台と同一だが、男子用小便所を設置したため定員が減少し56名となった。209は100番台と同様にバリアフリー対策改造が施され改番されている。1119)編集100番台をバリアフリー対応改造した形式。高床構造であった車内座席を一部改造し段差をなくした車椅子対応座席を配置、トイレも車椅子対応の洋式に改造したもの。2003年に登場した番台区分。定員が減少し50名となったため、元番号+1000とされた。現在は100番台全車に施工済み。改造時点で種車が廃車となっていた関係で1107のみ欠番となっている。1200番台(1209)編集キハ85形1100番台と同様のバリアフリー対応改造を209に施工したもの。元番号+1000となっている。設置されたが、トイレはない。電源容量確保のためインバーターを2基搭載している。1と2はJR北海道のジョイフルトレイン「フラノエクスプレス」先頭車と番号が重複していた。「南紀」用として製造された普通中間車。カウンター付の車内販売準備室を備える。当初より車椅子対応設備を持ち、客扉や車内仕切扉の幅が広くなっている。なく、車椅子対応設備も持たない。そのため当系列では最大の定員72名を誇る。ためグリーン座席は2+2配置となっており、シートピッチは116cm。車掌室・トイレを備える。定員56名(グリーン席32名・普通席24名)。のちに「南紀」にも使用。「南紀」用に製造された非貫通タイプのグリーン先頭車。キロハ84よりもシートピッチをさらに広げ125cmとなり、座席も2+1配置となったため、車内はゆったりとしている。