Achievements1.肝細胞がんについて早期肝がんと進行がんの統合ゲノム解析を行い、活性化ドライバー変異の標的遺伝子の活性化と当該遺伝子のDNA脱メチル化が相関することが見出された。DNAメチル化プロファイルに基づく症例層別化を試みたところ、エピジェノタイプによるサブ集団は早期肝がんの段階で既に形成されており、肝炎ウイルスタイプや変異ドライバー遺伝子とも関連する傾向が認められ、ゲノム及びエピゲノム変異の組み合わせが腫瘍の発生・進展において重要であると考えられた。2.オリゴデンドログリオーマの複数部位および再発腫瘍の解析から、初発時から再発時それぞれに固有の遺伝子変異が認められ、神経膠腫のゲノム多様性を示すものの、悪性化を強力に促すドライバー変異の獲得はみられず、DNAメチル化プロファイルも安定していることが認められた。3.腫瘍増殖に関わる長鎖ノンコーディングRNA(ncRNA)の同定を進めた。ChIP-seqおよびRNA-seq解析より、β-cateninにより直接転写誘導され、肝細胞がんや大腸がんでそれぞれCTNNB1あるいはAPC変異を有する症例において高発現を示すncRNAを同定した。β-カテニン標的遺伝子の転写調節に関与する可能性が高く、PRC2と相互作用することでクロマチン状態を制御すると考えられた。β-カテニンおよび低栄養下で誘導されるncRNAも同定され、腫瘍悪性化に関わると考えられた。4.腫瘍内微小環境においては低pH状態が形成されるが、酸性環境下(pH6.8)においてSREBP2が活性化され、酢酸代謝に関わるACSS2などの遺伝子群を誘導し、腫瘍細胞増殖をもたらすことを明らかにした。Status28年度が最終年度であるため、記入しない。Activity28年度が最終年度であるため、記入しない。