日本語RefExの論文が出版されました。あなたの研究に役立ったらぜひ引用を!!▼もっと詳しくRefExについてDNAマイクロアレイの開発によりゲノム規模での遺伝子の発現量の測定が可能となって以来、遺伝子発現データはさまざまな研究グループにより異なる測定手法を用いて産生され、公共データベースに蓄積しつづけています。これらのデータは、仮説の構築、研究計画の立案、実験データの解釈など、さまざまな状況において幅広い分野の研究者に利用される汎用的なデータですが、その膨大さや多様さのため、それらを自らの研究に利用することは困難な場合があります。遺伝子発現解析の基準となる正常な組織や細胞などの大規模測定データを集め、並列に比較できるよう整理し、それらを快適に閲覧できるウェブツールです。RefExについて引用する方法あなたの研究に役立ったらぜひ引用してください。RefExの活動は、どのくらい活用されたかについて主に引用数などで評価されており、利用者の方の積極的なサポートが必要不可欠です。よって得られた哺乳類の正常組織、細胞等における遺伝子発現データを収集し並列に表現することによって、各組織における遺伝子発現状況を計測手法間の差異とともに直感的に比較できることが特長です。RefExを利用することで、研究者は研究対象とする遺伝子が平常時にどの組織、細胞でどの程度発現しているのかについて、自ら実験をすることなく確認することができます。研究者がしばしば遭遇する馴染みのない遺伝子について、一般的には個別の研究論文における実験データや記述などからそれらの生物学的特徴を類推したりしますが、RefExでは実験デザインに左右されない大規模かつ網羅的な測定データから研究者自身の目でそれらを簡単に確認することができます。研究者の用意した複数の遺伝子IDについて一括で検索できる機能を備えているほか、リスト機能を用いて遺伝子の詳細データを並列に比較することができるため、遺伝子発現解析などで見出された遺伝子群の関係性を知るためのツールとしても有用です。分かりやすくもっとも基本的なキーワード·遺伝子名検索では文字を入力する度に検索語の候補が提示されるので、それらから選択することで容易にキーワード入力を行うことができます。2番染色体」などのように、ある分類に属する遺伝子群についてまとめて検索·比較できるよう整理されています。測定データから独自に算出し、組織ごとに一覧することができます。searchでは、複雑な検索条件を一度に指定することが可能であり、あらかじめID情報などが手元にある場合には、目的とするデータに簡単に行き着くことができます。組織間の比較と測定手法間(EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq)の比較を両立させた相対発現量が棒グラフで示されるとともに人体の3DモデルであるBodyParts3D/Anatomographyに発現量を反映させたヒートマップが表示されます。リスト機能を使えば、検索結果の個別の遺伝子について一時的に保存しておくことができます。見比べることができます。これらの機能は、新たな知識発見あるいは仮説の構築をサポートします。詳細情報ページに記載された種々のIDには、それぞれRefExの内部リンクやオリジナルのデータベースサイトへの外部リンクが貼られており、同じ分類に属する遺伝子を再検索したり、RefEx自体を遺伝子検索の起点とすることもできます。再利用可能で有用なパブリックデータの活用例RefExが提供するすべてのデータは、クリエイティブ·コモンズライセンスのもとで、オープンデータとして自由にダウンロードおよび再利用することができます。検索結果一覧や詳細情報ページのデータはいずれもダウンロードすることが可能で、研究者自身のデータと参照することも、それらを使った再解析も自由に行うことができます。外部の研究データレポジトリ「figshare」にも全てのデータがDOI付きで公開されています(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3812815)。ソフトウェア開発プロジェクトのための共有ウェブサービス「GitHub」上にも、公開データの再解析に用いたプログラムやドキュメントを整理しており、RefExで提供する再解析データについてある一定の評価品質および再現性を担保しています(https://github.com/dbcls/RefEx)。RefExは生命科学データの共有および再利用の活用例のひとつであり、データ駆動型研究のためのデータセット、ウェブツールとしてだれでも自由に使うことができます。ライブラリーの材料別に展開して集計した材料種類別のクローン数です。よって測定された発現データです。average)を用いて正規化しています。ゲノムにマップされたCAGEタグの頻度情報はその転写物の発現量を反映していることを利用して発現データとしています。million)で正規化されています。データの各TPMを、log2変換した上で、サンプル分類ごとにまとめ、同じGeneIDで合算し、平均をとったものが表示されています。sequencingの発現データです。取得したシーケンスデータは、TophatおよびCufflinks、Cuffcompareを用いて発現領域の検出および既存遺伝子領域との対応付けを行っています。Million)で正規化しています。GitHubに記載しています。ページから利用可能です。これらのデータセットには、引用する際に利用できるDOIが付与されており、それらはfigshareからも閲覧できます推奨閲覧ブラウザこのサイトは、以下のブラウザ(最新版)で正常に動作します。それ以前のバージョンでは正常動作しませんので、ご注意ください。(JSONオブジェクトがないため、詳細ページの3Dマップが表示されません。(2017/8/30)お問い合わせ本サイトに関するお問い合わせはDBCLSのお問い合わせフォームからお願いします。ページ上部に戻るRefExについてRefExの使い方ダウンロード。