某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録この広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。pecoTweetはじめにpecoってなに?という方はこのへん↓をご参考に。Qiitaダウンロードは一番上の公式サイトから。cdで遠くのディレクトリに移動するとき、いくらtabキーがあるとはいえ、長ったらしいパスを打ち込んで目的のディレクトリに一気に移動している人は少ないだろう。いって、一つ一つcd→ls→cdみたいに進んでいくのもめんどくさい。そこで、もっとGUIに近い感覚でディレクトリ移動したい!!という方にオススメのコマンドをpecoで作ってみた。仕様まずは↓を見ていただきたい。「sd」というのがそのコマンドだ。基本動作は、pecoで次々とディレクトリ選択して、目的のディレクトリまで一気に移動するといった感じになる。上のgifアニメでは、矢印キーでポチポチ選択しているが、もちろん検索して移動していくこともできる。上の項目には常に今のフルパスを表示されるようになっており、それを選べばプロセスが完了する。上から二番目の「../」を選択すると直上のディレクトリにも移動できる。オプションとして、1隠しディレクトリを表示する機能、2今いるディレクトリの中のファイルを表示する機能、3いつでもホームディレクトリに移動できる機能を追加した。.bashrcで読み込めば使用できるようになり、sdで実行される。Directoryの略のつもり。ショートカットが気に食わない方は適宜改変してください。directory」を選択することで、隠しディレクトリを表示するモードに移行する。デフォルトでは隠しディレクトリは表示されないようになっているので、隠しディレクトリに移動したいときはこの項目を選択する必要がある。directory」を選択すれば、再び隠してくれる仕様です。下から2番目の項目に、今いるディレクトリのファイルを一行で表示するようにした。この項目を選択すると、一覧にしてpecoで表示してくれるようになる。ちなみにファイル一覧を表示しているときは何を選択しても、前の画面に戻るだけである。DIRECTORY」という項目を設けて、どこにいても一気にホームディレクトリに移動できるようにした。ホームディレクトリ移動後もプロセスは終了しないので、ホーム直下のディレクトリなんかは一回ホームディレクトリを経由すると楽に移動できる。おわりにオプションコマンドをpecoの選択肢の中に組み込んだため、検索に引っかかってしまうという欠点がある。私は基本的に矢印で移動しているので、あまり問題にならないが、ガンガン検索して移動していく人には邪魔になるかもしれない。あと場合によっては、ディレクトリ移動後、一覧が表示されるまで少しラグが生じることがある。改善できそうなら、ご報告ください。資料作りTweetはじめに学会発表用のポスターを作るとき、色使いに気を使っている人はどれくらいいるだろうか。適当に配色してもまあまあ伝わるポスターが作れる。それよりも文字や図の配置、フォントなどに気を配った方が伝わるポスターになる。人に伝えるという目的のために配色が担う役割は、あまり多くない。私の経験上、世の中には色使いで損しているポスターが結構あるように思う。伝えるポスターを作る上で配色を武器にすることが出来る。私が以前、ポスターの配色についてネットで調べてみたとき、わかったのは「赤色は情熱的」とか「紫色は高貴」とか、そういうことばっかりだった。私が知りたかったのは、どのような配色だと主張を効率よく伝えられるか、ということである。その後、いろいろと自分で試行錯誤した結果、いろんなことに気がついたので、このページにまとめてみた。マクロ生物学徒の備忘録こちらを参考にしてもらえれば。基本的なコンセプトはこちらと共通している。配色の役割とはまず、テンプレートとしてこんなポスターを用意した。いずれも無彩色で作ってみた。配置などはきれいに揃えたつもりなのでそこそこ「伝わる」とは思う。一方で、これだけ配置やフォントにこだわっても、わかりにくい点や問題点が少なからずある。そこを指摘していくことで、「ポスターデザインにおける配色の役割」を考えていく。問題点1「どこが重要なのかがわからない」みなさんは、学会でポスターをどのように見ていくだろうか。・タイトルを見て、テーマを把握する。・テーマに興味がなくとも、10秒ほど掛けておおまかな主張を読み取ろうとする。→10秒で理解できないときは...・テーマに興味がないなら諦めて次に行く。・テーマに興味があるならあと1分ほどかけて読みこむ。・主張が面白ければ、覚えておいて発表者に話を聞く。いう感じだが、どうだろう。別の見方をする人も多いのかもしれないが、いずれにせよ、短時間で大まかな主張が伝わるかはとても重要だと思う。先程のポスターを見てみよう。短時間で内容を把握したい場合、読む場所を取捨選択する必要があるが、どこを読めばいいかわかるだろうか?そう、太字のところをみればいい。私もそのように作ったつもりだ。「太字のところを見ればいい」と理解するのに何秒かかるだろうか?察しのいい人で3秒、普通は5秒程度かかるんじゃないだろうか。この「読むべき場所はどこか」を把握するために掛かる時間は、見る人にとっては無駄な時間である。あまりにも時間がかかりそうな場合、忙しい人は読む気をなくしてしまうかもしれない(私もそうだ)。よって、発表者はこの時間を極限にまで減らす努力をすべきである。そこで、次のように改善してみた。このポスターなら、誰がどう見ても「赤字を読めばいい」と理解できるだろう。読んでほしい場所を強調する、というのが配色の一番大きな役割と言えるだろう。問題点2「見出しがわかりにくい」このポスターでは各項目の左上に見出しがついている。一方で、左下の結果の項目に注目してほしい。小見出しがついているが、この小見出しと本文の区別が少しつきにくい。小見出しがわかりにくいと、「結果が2つある」ということを把握するのに少し時間が掛かるということに繋がる。次のように改善してみた。大見出しを濃紺に、小見出しを紺にしてみた。すると、見出しがわかりやすくなり、内容も把握しやすくなるだろう。見出しと本文の区別をつける、というのも、配色の役割の1つだろう。問題点3「全体的に地味」ポスターを見るとき、まずポスター会場を適当にふらふらして、なんとなく気になるポスターだけ読んでいくという人もいるだろう。いう意味では、目立つポスターというのは有利だといえる。目立つ配色は印象に残りやすい。内容が伴っていないとだめだが、ポスター賞を狙う上でも、目立つというのは戦略の1つだろう。そこで、こんな感じにしてみた。テーマ色として水色を採用した。印象として、随分明るくなったと思う。周りのポスターにもよるが、そこそこ目立つんじゃないかと思う。ちなみに、見出しの色もテーマ色に合わせて紺色から青色にしてみた。見出しは、本文と区別がつけば十分なので、テーマ色と同じでもよい。同じ方が統一感があって良いかもしれない。そのあたりは後述の「配色のコツ」にて考える。テーマ色を何色にするかは、センスが問われるところだ。この辺は応用編(近日公開予定)も参考にしてもらえれば。ポスター全体を目立たせるというような役割があることを指摘してきた。した配色の役割を把握した上で、配色のコツを考えていく。強調を殺さない上述の1〜3の役割には、明確な優先順位が存在する。内容を効率よく伝えるという目的のためには、なんといっても、1読んでほしい場所を強調するというのが一番大切である。以下の例を見てみよう。テーマ色、強調色は先程と変わらず、見出しの色をオレンジ色にしてみた。2見出しと本文の区別をつける、という項目はこれでも達成されている。見出しの色と強調色がともに赤系統で似ているため、若干、強調が弱くなっている。そのため「赤字を読めばいい」というのが把握しにくくなってしまった。以下の例も見てみよう。これも、強調がすこしだけわかりにくくなっている。見出しが変に目立ちすぎている気もする。読むべきところが一瞬で把握できるのがわかるだろう。しても、テーマ色に赤色を使いたいなら、こういう感じはどうだろう。青色や緑色はあまり強調に向かない色ではあるので、ちょっとわかりにくいかもしれない。そのへんを改善したければ、以下のようにする。逆に強調色の青色をビビットにして印象を強くした。色数は少ない方がいいこれも強調を殺さないというのとほとんど同じ話だが、色数は少ない方がいい。色数が多いと煩雑になって、強調がわからなくなりやすい。以下の2つを見比べてもらえればわかると思う。色数多い色数少ない色数が少ないの方が圧倒的に強調がわかりやすい。まとめられる色はできるだけまとめて、彩度や明度で区別をつけると良い。...しかし、色数が多くても伝わりやすいポスターを作ることも不可能ではない。冒頭で、色数が多くなることで強調がわからなくなるのが問題だと述べた。逆に言えば、強調色を邪魔しない限り、色数を多くしても問題はない。この辺は応用編(近日公開予定)で述べる。まとめ配色には以下の役割がある。・強調色は強調したくないところには使わないようにする・強調色と同系統の色もできるかぎり避ける・色数は少なめにすることを心がけると強調がより明確になって、自分の主張をもっと効率良く伝えることができる。ArlequinTweetはじめに集団遺伝学ツールとして有名なArlequin(アルルカン)。HW平衡からの逸脱を調べたり、遺伝構造の階層を見たりと、何かと重宝する。Windows専用というのが、なかなかめんどくさい。そこで、WineをインストールしてMac上でWindowsソフトを実行できるようにして、Arlequinを起動させてみた。この項では、Wineのインストールと設定ArlequinのダウンロードAutomatorを使ったアプリ化(おまけ)について解説する。今まで、MacでWin用ソフトを立ち上げるWineというアプリがあるのは知っていたが、Wineとググると色んなものが出てきてどれが何なのかイマイチよくわからなかった。そもそもWineとは、Windowsソフトを別のOSで起動させるためのツールの総称(?)のようなものなのかも。今回は、このサイトのWine.appを使う。Macこのサイトでは、「WineBottler」と「Wine.app」の2つのソフトを提供している。Wine.appは、Windowsソフトを立ち上げるためのアプリであり、WineBottlerは、アプリケーションをインストールしたりできる。Arlequinに限っていえば、WineBottlerは全く必要ないが、お好みで。ちなみにWineBottlerをダウンロードすればWine.appも同梱されているので、わざわざ2つをダウンロードする必要はない。Wine.app上記サイトを開き、下にスクロール。この赤枠部分をクリック(ElCapitanの場合)。こんなダイアログが出てくるのでDownloadをクリック。広告サイトに飛ぶので、スルーして5秒ほど待つ。AD」となるので、クリック。待つとWine_1.8-rc4.dmgのダウンロードが始まるはず。ダウンロードが終わったら、Wine_1.8-rc4.dmgを起動する。こんなのが出てくるのでWineのアイコンをドラッグしてApplicationsにコピーする。これでインストール完了。Launchpadなどから今インストールしたWineを起動する。画面右上にWineのアイコンが表示されるはず(画像赤枠)。Prefix...」を選択する。すると、どこに仮想的なWindows環境を作るかを設定できる。好きな場所を設定しよう。複数用意してソフトごとに使い分けることもできるが、あまり意味はない。使わないやつは消してよい。作ったフォルダをFinderで開いてみると、drive_cというフォルダが確認できる。仮想的にCドライブを作って、Windowsのような環境を作っているようだ。Downloadsここから、「winarl35.zip」をダウンロードする。ダウンロードしたファイルを好きな場所に展開する。できたWinArl35フォルダを開くと、「WinArl35.exe」というファイルがあるはず。Wineが起動している状態(=右上にWineアイコンがある状態)で「WinArl35.exe」をダブルクリックすると、Arlequinが起動するはず。起動までに時間がかかるのはご愛嬌ということで。(おまけ)Automatorを使ったアプリ化これでMacでもArlequinを使えるようになったわけだが、Wineを立ち上げて、WinArl35フォルダを開いて、「WinArl35.exe」をダブルクリックする、というのを毎回やるのはちょっとめんどくさい。普通のMacアプリのようにLaunchpadからワンクリックで起動できないものか...。いうことで、Mac標準アプリのAutomatorを使って、ArlequinをLaunchpadからワンクリックで開けるようにする。Automatorを起動する。意外と知られていないがMacに標準装備されているアプリなので、必ずあるはず。起動して、新規書類を選択するとこういう画面になるはず。「アプリケーション」をクリックして「選択」。「ユーティリティ」→「アプリケーションを起動」を右のスペースにドラッグ。「シェルスクリプトを実行」もドラッグ。「アプリケーションを起動」の部分のプルダウンから「Wine」を選択する。シェルスクリプトを実行の枠内のcatを消して、以下の文を追加する。~/○○/△△/WinArl35/WinArl35.exe※環境によっては一行目はなくてもいけるかも。※openの後ろはWinArl35を解凍した場所を指定してください。できたら、左上の「ファイル」から「保存」。「Arlequin」でも「WinArl35」でも好きな名前にしてApplicationsに保存する。すると、Launchpadに表示されるようになるはず。これで、LaunchpadからワンクリックでArlequinを起動できるようになった。AlfredTweetはじめにAlfredとは、言わずと知れたランチャーアプリ。アプリの起動はもちろん、ファイルやメールなどの検索もこなしてしまう優れものだ。Alfredを入れていないMacはMacではないと言い切る人もいるほど、定番アプリとして名高い。ダウンロードは↓からできる。ごりゅご.comこのへんを見ればだいたいわかるはず。この項では、研究者ならみんな使いそうな設定と、バイオ系の研究者にとって便利な設定を紹介する。Scholarで論文検索Alfredを起動し、preferenceを開く。searchの項目を開く。こんな画面になるはず。Seach」をクリック。URLの項目にhttp://scholar.google.com/scholar?q={query}と入力する。タイトルやキーワードは適当にきめればよい。Scholarで検索してくれる。上記のGoogleScholarとほぼ同じ手順で設定する。URLの項目には、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term={query}と入力する。