自分の場合なので、参考程度に。8)3→10にするとSNP数が0.75倍くらいになった。思ったよりは減らないんだなー、という印象。3と10だと質が大きく違う(気がする)ので、わりとお得感があった。12)全個体数の75%→50%にするとSNP数が1.5倍くらいになった。このパラメータはSNP数にわりと大きく影響するなー、という印象。13をいじっても大きくSNP数が変動することはなかった。5はあまりいじってない。それよりはFASTX-toolkitでの処理のパラメータいじったほうがいいかも。FASTX-toolkitで後ろから削ってやると、削らない場合よりもSNP数が多いという結果に。うまく削ってやると1.3倍くらいになった。ターミナルTweetPATHを通すとは?こちらを参照に。流れざっくりとした流れは以下の通りである。・再ログインする順を追って解説するパスを通すべきディレクトリの場所を取得するまず、コマンドの意味が書いてあるファイルを探す。コマンドの意味が書いてあるファイルは、Finderでみると黒い四角に緑の文字で「exec」と書かれたファイル。ファイル名がそのままターミナルで打ち込むコマンドになる。インストールしたソフトウェアのディレクトリの中に[bin]という名前のディレクトリがあったら、おそらくその中にあるはず。そのファイルがあるディレクトリにパスを通さなければならない。【フォルダ2】にパスを通す必要がある。【フォルダ1】にパスを通しても、コマンドは使えるようにならない。パスを通すべきディレクトリが見つかったら、その場所の「住所」を取得する必要がある。確実なのは、ターミナルでそのディレクトリに移動して、pwdと打ち込むと「住所」が表示される。この「住所」コピーしよう。これで、パスを通すべきディレクトリの場所を取得できた。.bash_profileを好きなテキストエディタで開く.bash_profileというファイルは、ユーザーログインの時にコンピューターが参照するファイル。ログイン時にコンピューターがこのファイルをみて、「あ、ここにパスを通せばいいのね」と判断してくれる。ホームディレクトリにあるが、隠しファイルになっているので、普通FInderでは見えない。※もし、なければ作る必要がある。ファイル名は必ず「.bash_profile」にすること。ここでは、デフォルトで入っているテキストエディタのnanoを使って、ターミナル上で開くコマンドを紹介する。~/.bash_profile※もし、なくても勝手に作ってくれる文を付け加えて上書き保存nanoは直感的に操作できるはず。場所は基本的にはどこでもいいので、以下の一文を付け加えよう。PATH=$PATH:"Users/○○/△△/□□"※Users/○○/△△/□□は、さっきコピーした「住所」おわったら[control]+x保存するか聞かれるのでy最後に[Enter]を押しておしまい。打ち込んだ文の意味はPATHという変数に、もともとPATHに入っていたものと、"Users/○○/△△/□□"をくっつけたものを代入しろという意味になる。"Users/○○/△△/□□"という感じ。ちなみに、PATH=$PATH:"Users/○○/△△/□□"の代わりにPATH="Users/○○/△△/□□":$PATHとやってもほとんど問題ないが、地味に違う。何が違うかというとパスの優先度が違ってくる。このへんは、また後日。再ログイン画面左上のAppleマークからログアウト・再ログインする。再起動する必要はない。再ログインしたら、ちゃんとパスが通っているか確認しよう。$PATHで、さっき追加した「住所」が表示されれば成功。おわりに通常はインストール時にデフォルトでパスが通っているディレクトリに実行ファイルをコピーしているので、インストールのたびにそこにパスを通したりする必要はない。インストールする権限がないとき、こちらでパスを通してやる必要が出てくる。いうときは、自由にいじれるところにインストール用のディレクトリを作り、毎回そのディレクトリを指定してインストールしてやればよい。すれば、パスを通すのは最初の1回だけで、2回め以降はパスを通す過程を省けるのでとてもラク。ディレクトリを指定してインストールする方法は、また後日。21:40Tweet広告を非表示にするもっと読むコメントを書く次のページプロフィール進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録。・Macの便利な設定などについてメモしていきます。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。