Uピクミン3に登場するさまざまな仕掛けピクミン3の各エリアにはさまざまな仕掛けがあり、ピクミンの力を使ってそれらの仕掛けを解きながら、さらに探索を進めていくことになる。特定のピクミンがいなければ解けないという仕掛けがほとんどとなっており、どのピクミンがどれに対応するかを覚えておきたい。ふさいでいる紙箱や紙袋は、書いてある数字と同数のピクミンで動かすことができる。動かすとショートカットルートが開くことが多いので、紙箱や紙袋を発見したときには必ず動かすようにしたい。ピクミン20匹いればほぼ間違いなく動かすことができる。水晶スイショウには道をふさいでいる物や、中に橋のカケラやペレットなどが閉じ込められている物もある。スイショウの中に果実が入っていることもある。この水晶は岩ピクミンがいないと壊せないので、岩ピクミンを常に連れて歩くようにしたい。土が盛り上がっている部分にピクミンを投げ込むと、埋まっている物を掘り出してくれる。バクダン岩や橋のカケラなど、さまざまな物が埋まっているので、タテ穴を見つけた時には必ず掘り返えすようにしたい。バクダン岩タテ穴から発掘できることが多い。鉄筋のカベを壊せるだけでなく、爆風でダメージを与えることができる。原生生物にバクダン岩を食べさせれば、大ダメージを与えることも可能。爆発にピクミンが巻き込まれると死んでしまうので注意したい。カベ道をふさいているカベは全部で4種類あり、特定のピクミンがいないと壊せないカベもある。カベを壊さないと探索を進められない場合がほとんどなので、岩ピクミンと黄ピクミンは常に連れて歩くようにしたい。少数でも全種類のピクミンを連れていれば、いちいちオニヨンに戻って必要なピクミンを連れてくる手間を省くことができる。土のカベすべてのピクミンでも壊すことができる。突撃で一気に壊すか、少数のピクミンで壊している間に、ほかの作業を進めるようにしたい。ガラスのカベ岩ピクミンでないと壊すことができないカベ。岩ピクミンを投げて10~20回ほど直撃させると、ヒビが入って粉々に砕け散る。鉄筋のカベ壊すとショートカットルートが開けることが多い。ピクミンの力では壊すことができないため、どこかでバクダン岩を探してきて壊すことになる。電気のカベ黄ピクミン以外が触ると感電してしまうので、黄ピクミンでしか壊すことができない。感電したピクミンは、笛で呼ぶと再び動けるようになる。羽ピクミンが10匹いれば、竹の柵を持ち上げて通ることができるようになる。持ち上げている羽ピクミンを集合させると、竹の柵が落ちてしまうので、近くで集合をかけるときは笛の鳴り響く範囲に注意したい。