Neonになったあたりから、EGitを使ってPushした後Eclipseを終了させようとするとハングアップするようになりました。Viewを使うように変更になったのか、私が設定変更したのか忘れてしまったのですが、これを使うようになってからトラブっています。Viewを使っていないか確認してみて下さい。画像を貼っておきます。Viewを使わなければ良いので、他の画面からコミットするようにします。「ウインドウ→設定→チーム→Git→コミット」と選択して、「コミットダイアログの代わりに・・・」のチェックを外して下さい。私の場合はこれだけでPush後にEclipseを閉じてもハングアップしなくなりました。上手くいかなかった解決策EGitを最新版にする、アンインストールした後に再インストールし直す、など基本的なことは試したのですが問題は解決しませんでした。VisualStudioがGitサポートを始めているので、そちらに移るのもありなのかなぁ、とか思ったりもしました。