貨物機を念頭に、操縦席を上部デッキに配置する形で設計されたこともあり、ジェット旅客機としては初の2階建て客室を持つ機体となった。当初2階はファーストクラス乗客用のラウンジとして設定する航空会社が多かった。日本航空は1978年に、ラウンジを改装して「スカイスリーパー」と銘打った完全なベッドになる席を長距離国際線で提供開始した。ファーストクラス運賃に加え追加料金が必要だったため[14]利用が低迷し数年後に廃止された。その後ほとんどの航空会社が客席とギャレーとして使用することとなった。現在は、エコノミークラスでは横6席、ビジネスクラスでは横4席で使用されることが多い。階段は初期の機体は螺旋式階段であったが、後に下部が曲がっているものの概ね直線状階段に改められている。-300/-400型では2階客室部分が延長されたことから、位置を少し後ろに移動させたうえで完全な直線階段となっている。階段上部に可動式のパーティションが設けられている。メインデッキと比べて天井が低くなるため、2階客席の収納は、初期型の機体は窓側座席横にのみ確保されていた。その後-300/-400型では初期の機体と比べて天井に余裕が出来たため、窓側座席横とオーバーストウェッジの2箇所に収納が確保されている。一部の航空会社では地下の貨物室部分に調理場を設けて3階建てとしているほか、多くの政府専用機が機体前部の貨物室部分から機体へ乗り降りが出来るように機体収納式のタラップ(エアステア)を付けるなどの改造をしている。機体および客室の幅が最大部で6.1メートルと、従来のボーイング707型機(最大部で3.54メートル)やボーイング727型機などのいわゆる「ナローボディ」機に比べ飛躍的に広がった。ボーイング707型機がエコノミークラスで横6席であったのに対し、747では横9席となり、後には短距離路線専用のSRが横10席を採用したことを機に、中長距離路線においても横10席が標準となった。客室の幅が広がったために旅客機として世界で初めて通路が1本から2本となっている。通路が2本となっているのはメインデッキの部分であり、2階席部分となるアッパーデッキは通路が1本となっている。客室の幅や全長が飛躍的に広がったことを受け、日本国内線専用に開発され、日本航空がローンチカスタマーとなったSR-100型では、最大500席を超える座席数を設けることが可能となり、実際に全日空が500席以上を設定した。後に日本航空のみが導入した-300SR型や-100B/SUD型、日本航空と全日空のみが導入した-400D型では2階客室部分が延長され、約550席程度とさらに多くの客席を設けることが可能となった。