2節から7節を6連勝するなど幸先良いスタート切りるなどして最終節まで優勝争いを演じ、最終的に3位(17勝8分9敗)。AFCチャンピオンズリーグの出場権を獲得した。8月には1993年のJリーグ開幕以来1度も勝ち星を挙げることができなかったカシマスタジアムでの鹿島戦で初勝利を収めた。その先の感動へ-ストイコビッチ体制2年目。コーチに飯島寿久と伊藤裕二が就任。3月22日の第3節清水戦で3-1と勝利し、ホームゲーム通算150勝を達成。中断期間前の5月24日までにダヴィは9得点を挙げ、その時点で得点ランクトップであったものの、ダヴィ以外の得点は7点にとどまった。この原因の1つとして昨シーズンにヨンセンが務めたポストプレーの役割にダヴィが適合していなかったことが指摘され、ストイコビッチ監督の目指すサイド攻撃を活かすためのターゲット役の獲得が急がれた[18]。外国人枠は埋まっていたためAFC枠で獲得可能な外国人選手を調査し、6月21日にジョシュア・ケネディの獲得を発表した[19]。すると、空いた外国人枠で7月29日にブルザノヴィッチを獲得[22]。8月3日に三都主アレサンドロを獲得した[23]。守備面ではバヤリツァの長期離脱が大きく響き、前半戦は常にセンターバック駒不足の状態が続いた。吉田麻也と増川隆洋の2人がほぼ全ての試合に先発出場したが、7月5日のG大阪戦では両者を怪我と出場停止で欠き、センターバック経験の乏しい竹内彬と佐藤が起用された[24]。前半戦から学生時代にセンターバック経験のある巻佑樹の起用も検討されており、後半戦の10月25日の磐田戦では実際にセンターバックで先発出場した[25]。最終成績は9位(14勝8分12敗)。AFCチャンピオンズリーグ2009はグループリーグを1位で通過したが、準決勝でアル・イテハドに敗退してベスト4。天皇杯は決勝へ進出したが準優勝に終わった。金崎の加入により、ケネディを中央に置いた3トップの形が増える。開幕戦は勝利したが、新戦力がチームに馴染むのに時間がかかった。W杯中断後は順当に勝ち星を積み上げ、8月14日(第18節)浦和戦で勝利して単独首位に浮上した。シーズン通じて1度も連敗がなく、また敗戦後の次ゲームは全て勝利するなど確実に勝ち点を重ね、11月20日(第31節)湘南戦でJリーグ18年目にして初のリーグ戦優勝を決めた。一度も首位を明け渡すことなく、最終的には「シーズン23勝」(3分8敗)、「勝ち点72」(タイ記録)、2位G大阪との「勝ち点差10」など1シーズン制移行後最高の記録を残し、圧勝でリーグ戦を終えた。2005年の1シーズン制移行後、1996年に1年だけ1シーズン制が実施された時を含め、最終節を待たずして優勝が決定したのはこれが初めてである。ストイコビッチ、MVPに楢崎正剛が選出され、ケネディが得点王を獲得した。選手としてのMVPと両方を獲得したのはストイコビッチが初である。楢崎はGKとして初めてMVPに選出された[26]。-ストイコビッチ体制4年目。期限付き移籍、津田知宏は移籍期間が延長された。2月26日、スーパーカップで鹿島と対戦しPK戦で勝利を収め年間王者となる。東日本大震災の影響によるリーグ戦中断期間中に長谷川徹が期限付き移籍、下部組織から佐藤和樹が2種登録された。リーグ戦では前年より継続して連敗はなかったが、怪我や過密日程の疲労による主力選手の離脱もあり好不調の波が大きかった。10月15日(第29節)G大阪戦から最終節新潟戦まで6連勝するも、最終成績は2位(21勝8分5敗)。勝ち点71は首位柏と1差であった。ケネディが19得点を挙げ、2年連続の得点王となった。10月にブルザノビッチが退団した。AFCチャンピオンズリーグ2011はグループリーグを突破するも、水原三星に敗れベスト16。-ストイコビッチ体制5年目。ダニエルの加入により3バックが検討され[27]、実際シーズン中に何度が使用された。前年に続いてシーズン序盤から怪我による離脱者が相次ぎ、特に攻撃陣の長期離脱や不調により得点力の低下を招いた[28]。ものの成績は奮わず、最終成績は7位(15勝7分12敗)。5月に3年ぶりとなる連敗を喫し、ナビスコ杯ではベスト8に終わった。天皇杯もベスト8で敗北した。不屈の挑戦ストイコビッチ体制6年目。永井謙佑は1月19日にスタンダール・リエージュへと完全移籍したが、8月13日に期限付き移籍で再加入。開幕戦には牟田が片山奨典以来7年ぶりの新人の開幕スタメン出場を果たした[29]。リーグ戦は序盤からケネディの不調などの要因から、6月の中断期間前までの第9節から第13節を16年ぶりとなる5連敗で終えるなど不安定な展開が続いた[30]。9月14日、清水戦でラドンチッチのゴールによりリーグ戦クラブ通算の1000失点目を喫し、G大阪に次ぐ2クラブ目の記録となった。8日の天皇杯で長野戦でも初戦で敗れた。10月3日、ストイコビッチが契約満了により監督を退任することとなった[31]。契約延長しない旨を発表された。最終成績は11位(13勝13敗8分)。下部組織から昇格、枝村匠馬、ヘジスが期限付き移籍で加入。チアゴが期限付き移籍、水野泰輔は移籍期間が延長された。グランパスでは特別指定選手として初の開幕戦スタメン出場したが[37]、試合は清水に敗れ12年ぶりの開幕黒星となった[38]。2・3節は勝ったものの、4月にリーグ戦4連敗を喫した。6月にレアンドロ・ドミンゲスを獲得。8月には期限付き移籍で加入中の枝村が退団し、川又堅碁を獲得、グスタボが期限付き移籍で加入した。最終成績は10位(13勝12敗9分)。moving西野体制2年目。(2014年までは期限付き移籍)が復帰。中村直志が引退、玉田、ケネディ、ヘジスが退団。田中輝希が期限付き移籍から復帰した。年間順位は9位(13勝14敗7分)。ナビスコカップでは3年ぶりに決勝トーナメントに進出したが、準々決勝でG大阪に敗れた。天皇杯は1回戦でFC町田ゼルビアに敗れた。シーズン終了後に、西野監督が退任[39]。前年6月にGM補佐に就任した小倉隆史が監督就任。松田力が期限付き移籍から復帰。