2018年11月28日TwitterSharePocketHatenaLINEコピーするきょうごく本記事では「臨床で働いています。Rで統計解析したいのですが、おすすめのパッケージはありますか?」という疑問にお答えします本記事のポイントヘルスケア領域の特性にあった統計モデルを選択しよう本記事で紹介するおすすめパッケージはlavaan、blavaan、brmsの3つですなぜRで統計解析なの?Rで統計解析する利点は、コストゼロでさまざまな課題に対応できるようになるところにあります。Rはヘルスケア領域でであうほとんどすべての問題に対応できるため、使いこなせるようになるメリットはめっちゃ大きいです。臨床研究で必要なことは何でもできるようになりますから、スキルアップをかねて習得すべしです。「Rで統計解析を学ぶにはどうするの?」という疑問をお持ちの方は以下の記事をご参照ください。動画で効率よく学ぶことができますよ。おすすめ【レビュー】Udemy「Rではじめる統計基礎講座」は統計とRの入門にオススメきょうごく本記事では「Rで統計分析できるようになりたい。...続きを見るRのパッケージってなに?パッケージとは、国内外にいるRユーザーが開発したRの機能を拡張するためのプログラムです。パッケージはすべて無料でして、R単独でインストールしたり、アンインストールしたりできます。Network)というネットワークから入手することができます。その手順はとても簡単です。Rstudioのpackageのinstallをクリックします(赤でかこったところをクリック)。packagesというボックスがでるので、インストールしたいパッケージ名を記載し、installをクリックしたらOKです(赤でかこったところをクリック)。書いて実行したらOKです。記載してから実行したらOKです。医療者におすすめの統計モデルの特徴は以下の通りです。ダイナミックでインタラクティブなプロセスとして発生します。統計解析するときは、この複雑な事象を単純化しないとダメです。あまりに単純化すると、ヘルスケア領域であつかっている事象からかけ離れたものになります。実証するためにシンプルな仮説を立てつつも、ある程度そこにヘルスケア領域らしさをのせたい。以下では、そういう希望に応えうるR統計パッケージをさくっと紹介しますが、おすすめのパッケージは多数ありまして、そのすべてを書くと読みにくくなるので、本記事では3つだけ紹介します。パス解析などの機能を統合した手法であり、めちゃくちゃ柔軟にデータ解析することができます。書いて実行するだけです。通常の回帰分析は説明変数は複数OKですが、目的変数は1つのみです。構造方程式モデルならば、上記の単回帰や重回帰に加えて、それらでは不可能だった説明変数も目的変数も複数の仮説でもOKになります。以下には単純な例を示していますが、もっと複雑な仮説でもあつかえます。ケアがADLとQOLに与える影響を同時に検証することも可能です。構造方程式モデルは直接測定したデータ(観測変数)から、実際には測定していない変数(潜在変数)を作り、その関係性を検証することができます。QOLは関節可動域などのような物理量をもっておらず、直接測定することはできません。QOLを問ういくつかの質問項目に解答(観測変数)していただき、その得点からQOLという直接測定できない変数(潜在変数)を推論することになります。ヘルスケア領域にはQOLのほかに、アドヒアランス、意志決定などたくさんの潜在変数があります。これらに適切に対応した統計解析を行うには、構造方程式モデルが不可欠です。構造方程式モデルに対応したRパッケージは複数ありますが、lavaanがおすすめです。使ってみるとよいです。...続きを見るベイズ構造方程式モデル:blavaanblavaanはlavaanのベイズ推定版です。推定法はデータに統計モデルを当てはめる方法です。ベイズ推定法」という説明がなされることがありますが、これはちょっとミスリーディングです。これらは対立するものではなく、推定法に与えられた制約の違いだと理解しておくとよいです。ベイズ推定法」の順に緩くなり、それにともなって扱えるデータや統計モデルが増えていきます。blavaanは構造方程式モデルにベイズ推定法の利点をもちこめます。blavaanはJAGSあるいはStanというベイズ専用のソフトを使うので、事前にそれらのインストールを行います(もちろん無料)。指定することでStanで計算することができます。書いて実行してblavaanをインストールするだけです。モデルなどの機能を統合した手法であり、固定効果と変量効果を組み合わせることによって個体差や場所差など対象の個性を科学することができます。書いて実行するだけです。単回帰分析を使って年齢から体重を予測するとしましょう。表しますので、yは体重、xは年齢になって、前提として傾きaと切片bは全対象者で共通していると仮定することになります。すると、結果によっては例えば、対象者が100名いたら全員が1ヶ月で2キロ増える、という解釈になったりします。これは普通に考えるとかなり不自然です。体重の増加の程度は人によって異なるからです。それに対して、一般化線形混合モデルならば、傾きaと切片bは対象者によって異なるというような個体差を考慮した統計モデルを組めるので、対象者による体重の増減の違いを扱えます。一般化線形混合モデルは、治療の効果の出方には個人差があるということを考慮したうえで計算できるわけです。一般化線形混合モデルは「線形モデル→一般化線形モデル→一般化線形混合モデル→階層ベイズモデル」という発展に位置づけることができます。一般化線形混合モデルは最尤推定法とベイズ推定法で使うことができます。最尤推定法で用いるときは一般化線形混合モデル、ベイズ推定法で用いるときは階層ベイズモデルの一種としての一般化線形混合モデルに位置づけられます。brmsはベイズ推定法で一般化線形混合モデルを運用するものであり、マルコフ連鎖モンテカルロ法で推定値を計算する階層ベイズモデルの一種であると言えます。書いてパッケージをインストールすればよいです。一般化線形混合モデルはモデルが複雑なので最尤推定法で計算するのはしんどいので、基本的にはbrmsを使うとよいです。おすすめ一般化線形混合モデル(GLMM)のススメ本記事では「一般化線形混合モデル(GLMM)ってどんな方法なの?」という疑問にさくっとお答えします。...続きを見るまとめ本記事では「臨床で働いています。Rで統計解析したいのですが、おすすめのパッケージはありますか?」という疑問にお答えしました。本記事ではlavaan、blavaan、brmsを紹介しましたが、他にもヘルスケア領域でおすすめのパッケージはあります。別の記事で紹介できたらと思います。「そもそも統計が苦手だ」「Rの使い方がわからん」という人は以下の記事で効率よく学ぶツールを紹介しているのでご参照ください。おすすめ【入門】未経験から「Rで統計解析」を目指す方へ【動画2本+書籍1冊】きょうごく本記事では「仕事や研究で統計解析する必要があります。@MaKver2TwitterSharePocketHatenaLINEコピーする-研究-統計author本記事を読んだ方は、次の記事もよく読んでいます【厳選】プラグマティズムを学べるおすすめ本10...きょうごく本記事では「プラグマティズムを学べるおすすめ本を教えてほしい。...【無料】事例報告から臨床研究につなげる書き方の...きょうごく本記事では「事例報告は発表したことあります。...一般化線形モデルを実行したいならRがおすすめきょうごく本記事では「一般化線形モデルを活用したいです。...共分散構造分析のおすすめフリーソフト【構造方程...きょうごく本記事では「共分散構造分析を実行したいですが、有料ソフトを買うお金がありません。...研究疑問を作る3つの手順【徹底解説】きょうごく本記事では「研究疑問が上手く作れないです。アプローチ、OBP2.0という哲学的実践論の体系化に取り組んでいます。作業療法士という国家資格をもっています。最終学位は博士(作業療法学)です。普段は吉備国際大学ならびに同大学大学院で教授しています。(1)お問合わせよく読まれている記事1【レビュー】Udemy「Rではじめる統計基礎講座」は統計とRの入門にオススメきょうごく本記事では「Rで統計分析できるようになりたい。...3【入門】未経験から「Rで統計解析」を目指す方へ【動画2本+書籍1冊】きょうごく本記事では「仕事や研究で統計解析する必要があります。...4【2020年】統計を独学したい人におすすめ書籍10冊+α【研究者が語る】きょうごく本記事では「統計を独学したいけども、どんな本を読めばよいの?」といった疑問にお答えします。...5【初心者向け】WordPressでブログのお得な始め方【SEO解説付】きょうごく本記事では「これからブログをはじめたいと思っています。...6作業療法士の求人に強いおすすめ転職サイト・転職エージェント5選きょうごく本記事では「転職したい作業療法士です。作業療法士におすすめ転職サイト、転職エージェントを教えてほしい。...7無料オンラインコースの作り方【最低限の知っておくべき知識・ツール・機材の紹介】こんにちは、京極真です。YouTubeチャンネルで無料オンラインコースを開発しています。...8【特徴比較】おすすめ転職サイト・転職エージェント【総合型から特化型まで紹介】きょうごく本記事では「転職したい、、、。転職サイトと転職エージェントの違いがよくわからないなぁ。進学したい作業療法士向けのまとめ記事。