パッケージ管理ソフトウェアの一つである。利用してパッケージをインストールすれば、煩わしいパッケージの依存関係などをすべて自動的に解決してくれる。使い方は簡単で、比較的によく使われている。オプションを付けて実行する。インストールする場合は次のようにする。コマンドはあらゆるパッケージをインストールできるわけではない。パッケージリストに載っていないパッケージ(ソフトウェア)の場合はインストールできない。そのようなパッケージをインストールする場合は、そのパッケージをパッケージリストに加える必要がある。パッケージリストを追加する必要がある。brewsci/bioパッケージリストの追加を行えば、あとは普通にインストールできるようになる。オプションを利用する。オプションを利用することで、パッケージのアップデートを行うことができる。アップデートする場合は次のようにする。blastこれに対して、すべてのパッケージをアップデートしたい場合は、パッケージ名を指定しなければよい。