クラスでは様々な形式(フォーマット)のファイルを取り扱うことができる。利用することで、ファイルのフォーマットの変換も簡単に行えるようになる。フォーマットをはじめとして、多くのフォーマットをサポートしている。基本的にファイルの読み込みと書き出しの機能を提供している。エントリーずつ取り出すことができる。メソッドを利用して、ファイルの書き出しを行える。形式で書き出すことも可能である。オブジェクトに保存される。型のオブジェクトは次のようなプロパティがある。型のオブジェクトは、ファイルを読み込んだときに自動的に作られる。シーケンスを作成してから、様々なプロパティを追加していく。型のオブジェクトに保存されている。切り出すことができる。書かれている位置情報を利用して、該当部分の塩基配列を取り出すことができる。