鋼鉄のガールフレンド2nd第壱中学校に通う14歳の少年の、碇シンジは仲間たちと楽しい日々を過ごしている。明るく元気で姉さん気取り、幼なじみの惣流・アスカ・ラングレー...。食パンをくわえて走ってくる、活発な転校生、綾波レイ...。歌が大好き、ヴァイオリンも得意な美少年、渚カヲル...。ジャージ姿がトレードマーク、曲がったことが大嫌いな男、鈴原トウジ...。メカにはちょっとうるさい、ミリタリーおたくな相田ケンスケ...。皆、普通の中学二年生であることには変わりはない。人造人間エヴァンゲリオンのパイロットであるという事実以外は...。舞台に、「もうひとつのエヴァンゲリオン」が今、始まろうとしている。アドベンチャーゲームの世界で展開されるのは、シンジ、アスカ、レイたちが奏でる、もう一つのエヴァ・ストーリーです。明るくて、時に切ない青春の一コマとして描かれるもうひとつのエヴァンゲリオンの世界で、レイを選ぶのか、アスカを選ぶのか、カヲルを選ぶのか、選択によってストーリーは大きく変化します。ハイクオリティなイラストで展開されるエヴァストーリー。ドレスアップしたレイとデートしたり、部屋でアスカと二人きりになったり、時にはカヲルと...。登場するメインキャラクターは16人。アニメと同じキャスティングが本ゲームのために新規収録。雰囲気の違うレイ、今まで通り元気いっぱいのアスカなど聞き所いっぱいです。幼なじみのアスカにいつもやりこめられている。二人の仲を知っている周囲には「夫婦漫才」と冷やかされている。転校生・レイの急接近、同級生・カヲルとの微妙な関係。シンジたちのクラスに転校してきた少女。明るくて活発ですぐにクラスになじみ、初日から関わりのあったシンジたちと行動を共にするようになる。意外にはっきり物を言うので、アスカの方がたじたじになってしまうことも。シンジの幼なじみの元気な少女。日本人とドイツ人のクォーターだが国籍はアメリカ。非常にプライドが高く負けず嫌い。大人ぶってみたり、好きなのにいじめてしまう子供っぽさを発揮したりと、シンジはいつも振り回されっぱなし。大人びたものの言い方をするので、周囲からは微妙に浮いている。アスカやレイと同様、妙に絡んでくる美少年だが、シンジもまんざらではなさそうなのが疑惑を深めるところ。第壱中学校のシンジたちのクラスの担任の教師。美人で独身、しかもさっぱりした性格とあって男子生徒たちの間で非常に人気がある。