クラスターは、複数のセクターをまとめて扱うものある。ファイルシステムでディスクを管理する場合、セクター単位で行なうことはまれである。現在一般的なものは、大抵クラスター(あるいはブロック)単位で行なわれている。4Kiバイトの場合、10Kiバイトのファイルを保存すると3つのクラスターを使用して記録される。この場合、4Kiバイトの整数倍にたりない部分が事実上無駄になる。クラスターサイズは、FATの場合でもFAT12/FAT16/FAT32の種類によって異なるが、512バイト〜32キロバイト程度が使われており、大容量のディスクドライブを使うほどクラスターサイズが大きくなる傾向にある。クラスターサイズが大きいほど(前述のように)無駄になるディスク領域が多くなる。