コウは咄嗟に1号機に乗り込み、ガトーが奪った2号機に立ち向かうが、百戦錬磨のガトーには歯が立たず逃げられてしまう。コウの上官であるバニング大尉の部隊は、2号機を奪還するべく追撃を開始する。1号機をフルバーニアン仕様へと換装するため、アルビオンは月のフォン・ブラウン市に入港する。ガンダムを大破させてしまったことに落ち込むコウは、アルビオンから逃げ出して町をさまよい、元ジオン軍兵士でジャンク屋を営むケリィという男と出会う。連邦軍のワイアット准将とデラーズのシーマは、秘密裡に接触を図る。それを発見したバニングたちは、ワイアットの艦が襲撃を受けているものと思い、シーマの艦を攻撃。撃沈した敵艦から「星の屑作戦」の全貌を記した計画書を発見する。連邦の宇宙要塞コンペイトウの前で、大規模な観艦式が行われる。デラーズにはジオン軍の残党が続々と合流。核兵器を搭載したガトーの2号機が連邦艦隊を狙って動き出し、コウはフルバーニアン仕様のガンダムを駆って阻止しようとする。ガトーが発射した核ミサイルによって、観艦式に参加した連邦艦隊は全滅状態。2号機に追いついたコウは、ガトーに戦いを挑み、両者は激闘を繰り広げる。シーマ艦隊は移送中のコロニーを奪取してミラーを破壊し、コロニーを月に落とそうとする。「星の屑作戦」の真の狙いは、地球へのコロニー落とし敢行にあった。落下が決定的となる阻止限界点が迫る中、コウはガンダム3号機に乗ってコロニーを目指すが、ついに限界点を突破。そのとき、突然デラーズ・フリートから戦闘中止が宣言される。2号機に搭載された核兵器による攻撃を恐れるジャブローは、アルビオンに2号機奪還の命令を下す。パイロット降格を言い渡されたコウは、1号機のパイロットとして送り込まれてきたベテランパイロットのモンシアと、どちらが1号機のパイロットにふさわしいかを巡って対決する。2号機を追ってアフリカ大陸を進むアルビオンからスパイが脱走。それは、スパイを泳がせて基地の場所を突き止めようとする作戦だった。敵の司令官ビッターは、2号機を乗せたHLVの発射時間を稼ぎ「星の屑作戦」を成功させるため、MS部隊を率いてアルビオンを迎撃する。アルビオンは2号機とガトーを追って宇宙へと向かう。2号機とガトーを乗せたHLVは暗礁空域内の基地に到着。核兵器を手に入れたデラーズは、連邦の悪意の証拠として全世界に向けて演説し、連邦政府に宣戦を布告。アルビオンはシーマ率いるMS部隊の攻撃を受ける。フルバーニアン仕様となったガンダムのテストを、コウは順調にこなす。コウはニナをデートに誘おうとするが話しを切り出すことが出来ず、かえってニナを怒らせてしまう。モビルアーマーを修復したケリィは、戦友ガトーのいるデラーズへの合流を望むが果たせず、コウの1号機に勝負を挑む。アルビオンはガンダム3号機のテストが行われているラビアン・ローズへと向かうが、警務部隊のナカト少佐に受け渡しを拒否される。月面へのコロニー落下を阻止すべく、月側はコロニーの軌道を変えようとするが、それによってコロニーは地球への落下コースに入ってしまう。ガトーはあくまでも「星の屑作戦」を成就するため、ソーラーシステム2を破壊、コロニーの地球落下は確実となる。コロニー内で最後の軌道修正を行うガトーを、かつて彼の恋人だったニナは説得しようと試みるが、聞き入れてもらえない。コウとガトーは、最後の決着をつけるべく壮絶な闘いを演じる。スターダストメモリー』を劇場公開用に再編集した作品。ジオン再興を目指すアナベル・ガトー少佐は、連邦軍の基地に潜り込んで試作ガンダム2号機を奪取する。宇宙世紀0083、連邦軍のトリントン基地に2体の新型ガンダムを積んだホワイトベース型の戦艦アルビオンが到着。コウをはじめとする基地のパイロットたちは、誰がテストパイロットになるかで殺気立つ。核ミサイルを搭載した2号機がデラーズ・フリートのガトーにより奪われてしまう。パリとロンドンを繋ぐ海中ユーロトンネルが謎の爆発。世界最大の保険会社ロイド社に投資する英国貴族アーチャー卿は、惨事の保険負担を強いられ、かつての友人で第二次大戦時にマレーで活躍した英雄=ハリマオが隠匿した財宝の回収を試みる。ハリマオの財宝を狙うルパンと次元は、アーチャーとその孫で美人考古学者のダイアナと、財宝の鍵となる複数の神像を奪い合う。謎の財宝「コロンブスの卵」の在り処を記した「コロンブス・ファイル」を手に入れた不二子とルパン。それを狙うバートン一味による襲撃に合い、ファイルは焼失してしまう。内容を唯一見ていた不二子だけが頼りであったが、襲撃からの逃走の際、崖から転落し消息不明に。数日後トレジャーハンターのロザリアに保護されるものの、自分の名さえ判らないほどの記憶喪失になっていた。不二子の身を案じ捜索するルパンだが、バートンの手先・ナザロフが行く手に立ち塞がる。銭形がルパン捜査を解任され、元雇兵のキース・ヘイトンが後任となった。ルパンは今度の標的を密売企業ショットシェルの貯蔵金に決定。遂行にはロシアの核物理学者カレン女史が必要だった。ショットシェルの手先に連行されかけていた彼女を不二子たちが救出し、予めロシアの原潜イワノフを奪取していたルパンたちと共に進水。この操縦にカレンの腕を要したのだ。そこでカレンは、次元が10年前に父を殺した相手だと看破する。そんな中ルパンの予想通りに、ショットシェルのボスであるジョン・クローズからイワノフへ入電。面談したジョンは、ルパンの腕を見込んで核兵器の強奪を依頼する。ジョンの目的は世界規模の戦争を起こさせ、利潤を得ることにあった。徳川幕府最後の将軍・徳川慶喜を写した2枚のガラス写真乾板「巽の慶喜」「乾の慶喜」には、徳川家の財宝の秘密が隠されているといわれていた。東京湾に建設中の巨大施設アクアポリスのオーナー、マイケル・スズキは、長年、その乾板を探し求め、ついに見つけ出すことに成功した。ルパンは「巽の慶喜」強奪を企てるが、銭形警部によって阻止されてしまう。そこで、もう1枚の乾板「乾の慶喜」がアクアポリスに運び込まれるところを狙う作戦を立てた。ルパンの行動を予測し、警備計画を進める銭形警部に、タウン誌のキュートな女性記者・一色まりやが取材のためにつきまとう。予知能力を持つまりやは、炎に彩られた過去の惨劇のイメージに悩まされてもいた。「乾の慶喜」を不二子に横からさらわれたルパンは、彼女と手を組んで、アクアポリス内に保管してある「巽の慶喜」を狙うことにする。スズキは単なる実業家ではなかった。犯人は、世界各国の要人暗殺には必ず関わっており、歴史を陰から操ってきたといわれる暗殺集団タランチュラのメンバーの一人だった。ルパンは、その銃を持つ者との因縁に決着をつけるため、サルガッソー海域の孤島にあるタランチュラの本部へと乗り込んでいく。殺し屋たちに捕らえられ、毒を注入される。その毒の効果を抑えるためには、ボスのゴルドーに服従するしかなく、心ならずも暗殺者に仕立てられてしまった。ゴルドーはルパンを、格闘技での殺しを得意とする美少女エレンと組ませ、さっそく暗殺の指令を下す。ところがエレンは、タランチュラに嫌気が差した仲間たちと共に、島からの脱出を計画していた。そのためには、島を防衛している静止衛星のレーザー砲を破壊しなければならない。ルパンとエレンは、ゴルドーの命令に従うふりをして島を離れ、静止衛星のコントロール施設に潜入するが......。