鎖国していた日本に来日して、対外貿易窓であった長崎の出島(でじま)のオランダ商館の医師となった。1824年、出島外に鳴滝塾(なるたきじゅく)を開いて蘭学や医学教育を行った。高野長英(たかのちょうえい)、二宮敬作(にのみやけいさく)、伊東玄朴(いとうげんぼく)らを輩出した。1828年にシーボルトが帰国するとき、国外へ持出しを禁止されていた日本地図を持っていたために国外追放となった。これをシーボルト事件という。伊能忠敬(いのうただたか)の後を引き継いで日本地図を完成させた高橋景保(たかはしかげやす)がシーボルトに地図を渡しており、処罰された。1858年にシーボルトの追放が解除され、再来日して幕府の外交顧問となった。シーボルトのまとめ・出島に「鳴滝塾」を開き、蘭学・医学を伝えた・「シーボルト事件」で国外追放に。